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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6793 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab of ZKA190 at pH 8.0 and 37 celsius degree | |||||||||
マップデータ | Zika virus complexed with the Fab molecule of a human monoclonal antibody named ZKA190 | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus / antibody / complex / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex / icosahedral virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / methyltransferase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / methyltransferase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methylation / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / centrosome / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Zika virus (ジカ熱ウイルス) / Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang JQ / Lok SM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: A Human Bi-specific Antibody against Zika Virus with High Therapeutic Potential. 著者: Jiaqi Wang / Marco Bardelli / Diego A Espinosa / Mattia Pedotti / Thiam-Seng Ng / Siro Bianchi / Luca Simonelli / Elisa X Y Lim / Mathilde Foglierini / Fabrizia Zatta / Stefano Jaconi / ...著者: Jiaqi Wang / Marco Bardelli / Diego A Espinosa / Mattia Pedotti / Thiam-Seng Ng / Siro Bianchi / Luca Simonelli / Elisa X Y Lim / Mathilde Foglierini / Fabrizia Zatta / Stefano Jaconi / Martina Beltramello / Elisabetta Cameroni / Guntur Fibriansah / Jian Shi / Taylor Barca / Isabel Pagani / Alicia Rubio / Vania Broccoli / Elisa Vicenzi / Victoria Graham / Steven Pullan / Stuart Dowall / Roger Hewson / Simon Jurt / Oliver Zerbe / Karin Stettler / Antonio Lanzavecchia / Federica Sallusto / Andrea Cavalli / Eva Harris / Shee-Mei Lok / Luca Varani / Davide Corti / 要旨: Zika virus (ZIKV), a mosquito-borne flavivirus, causes devastating congenital birth defects. We isolated a human monoclonal antibody (mAb), ZKA190, that potently cross-neutralizes multi-lineage ZIKV ...Zika virus (ZIKV), a mosquito-borne flavivirus, causes devastating congenital birth defects. We isolated a human monoclonal antibody (mAb), ZKA190, that potently cross-neutralizes multi-lineage ZIKV strains. ZKA190 is highly effective in vivo in preventing morbidity and mortality of ZIKV-infected mice. NMR and cryo-electron microscopy show its binding to an exposed epitope on DIII of the E protein. ZKA190 Fab binds all 180 E protein copies, altering the virus quaternary arrangement and surface curvature. However, ZIKV escape mutants emerged in vitro and in vivo in the presence of ZKA190, as well as of other neutralizing mAbs. To counter this problem, we developed a bispecific antibody (FIT-1) comprising ZKA190 and a second mAb specific for DII of E protein. In addition to retaining high in vitro and in vivo potencies, FIT-1 robustly prevented viral escape, warranting its development as a ZIKV immunotherapy. #1: ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of zika virus complexed with a human monoclonal antibody 著者: Wang JQ / Lok SM | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6793.map.gz | 27.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6793-v30.xml emd-6793.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6793_fsc.xml | 6.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6793.png | 166.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-6793.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6793 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6793_validation.pdf.gz | 558.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6793_full_validation.pdf.gz | 557.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6793_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6793_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6793 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Zika virus complexed with the Fab molecule of a human monoclonal antibody named ZKA190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : zika virus complexed with Fab of a human monoclonal antibody name...
全体 | 名称: zika virus complexed with Fab of a human monoclonal antibody named ZKA190 |
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要素 |
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-超分子 #1: zika virus complexed with Fab of a human monoclonal antibody name...
超分子 | 名称: zika virus complexed with Fab of a human monoclonal antibody named ZKA190 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766 |
-超分子 #2: zika virus
超分子 | 名称: zika virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-超分子 #3: Fab ZKA190
超分子 | 名称: Fab ZKA190 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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-分子 #1: protein E
分子 | 名称: protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス) 株: Mr 766 |
分子量 | 理論値: 44.06993 KDa |
組換発現 | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) |
配列 | 文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRS UniProtKB: Core protein |
-分子 #2: variable region of Fab ZKA190 heavy chain
分子 | 名称: variable region of Fab ZKA190 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.41001 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS KYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYEGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKS GTQYYDTTGY EYRGLEYFGY WGQGTLVTVS |
-分子 #3: variable region of Fab ZKA190 light chain
分子 | 名称: variable region of Fab ZKA190 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.935241 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK RGQAPRLLIY DASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGRSRWTF GQGTKVEIK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-5y0a: |