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- EMDB-6667: Mechanistic insights into the alternative translation termination... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6667
タイトルMechanistic insights into the alternative translation termination by ArfA and RF2
マップデータ
試料
  • 複合体: 70S-ArfA-RF2 complex
    • 複合体: Rf2-ArfA
      • 複合体: rRNAリボソームRNA
        • RNA: x 5種
      • タンパク質・ペプチド: x 52種
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / stringent response / ribosomal large subunit binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation ...translation release factor activity, codon specific / stringent response / ribosomal large subunit binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / rescue of stalled ribosome / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alternative ribosome-rescue factor A / Alternative ribosome-rescue factor A / Peptide chain release factor 2 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain ...Alternative ribosome-rescue factor A / Alternative ribosome-rescue factor A / Peptide chain release factor 2 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Peptide chain release factor RF2 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Peptide chain release factor RF2 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Alternative ribosome-rescue factor A / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Ma C / Kurita D / Li N / Chen Y / Himeno H / Gao N
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Mechanistic insights into the alternative translation termination by ArfA and RF2.
著者: Chengying Ma / Daisuke Kurita / Ningning Li / Yan Chen / Hyouta Himeno / Ning Gao /
要旨: During cellular translation of messenger RNAs by ribosomes, the translation apparatus sometimes pauses or stalls at the elongation and termination steps. With the exception of programmed stalling, ...During cellular translation of messenger RNAs by ribosomes, the translation apparatus sometimes pauses or stalls at the elongation and termination steps. With the exception of programmed stalling, which is usually used by cells for regulatory purposes, ribosomes stalled on mRNAs need to be terminated and recycled to maintain adequate translation capacity. Much ribosome stalling originates in aberrant mRNAs that lack a stop codon. Transcriptional errors, misprocessing of primary transcripts, and undesired mRNA cleavage all contribute to the formation of non-stop mRNAs. Ribosomes stalled at the 3' end of non-stop mRNAs do not undergo normal termination owing to the lack of specific stop-codon recognition by canonical peptide release factors at the A-site decoding centre. In bacteria, the transfer-messenger RNA (tmRNA)-SmpB-mediated trans-translation rescue system reroutes stalled ribosomes to the normal elongation cycle and translation termination. Two additional rescue systems, ArfA-RF2 (refs 13, 14, 15, 16) and ArfB (formerly known as YaeJ), are also present in many bacterial species, but their mechanisms are not fully understood. Here, using cryo-electron microscopy, we characterize the structure of the Escherichia coli 70S ribosome bound with ArfA, the release factor RF2, a short non-stop mRNA and a cognate P-site tRNA. The C-terminal loop of ArfA occupies the mRNA entry channel on the 30S subunit, whereas its N terminus is sandwiched between the decoding centre and the switch loop of RF2, leading to marked conformational changes in both the decoding centre and RF2. Despite the distinct conformation of RF2, its conserved catalytic GGQ motif is precisely positioned next to the CCA-end of the P-site tRNA. These data illustrate a stop-codon surrogate mechanism for ArfA in facilitating the termination of non-stop ribosomal complexes by RF2.
履歴
登録2016年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月25日-
マップ公開2017年1月25日-
更新2018年10月24日-
現状2018年10月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5h5u
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6667.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.026 / ムービー #1: 0.026
最小 - 最大-0.20253226 - 0.45570314
平均 (標準偏差)0.0018713162 (±0.01832662)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 388.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z388.800388.800388.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.2030.4560.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 70S-ArfA-RF2 complex

全体名称: 70S-ArfA-RF2 complex
要素
  • 複合体: 70S-ArfA-RF2 complex
    • 複合体: Rf2-ArfA
      • 複合体: rRNAリボソームRNA
        • RNA: P-site tRNA
        • RNA: mRNA伝令RNA
        • RNA: 23S rRNA23SリボソームRNA
        • RNA: 5S Ribosomal RNA5SリボソームRNA
        • RNA: 16S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
      • タンパク質・ペプチド: Alternative ribosome-rescue factor A
      • タンパク質・ペプチド: Peptide chain release factor 2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19

+
超分子 #1: 70S-ArfA-RF2 complex

超分子名称: 70S-ArfA-RF2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#57
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pQE80L
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #2: Rf2-ArfA

超分子名称: Rf2-ArfA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #9-#38, #40-#57

+
超分子 #3: rRNA

超分子名称: rRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #5-#8, #39

+
分子 #1: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 9.577268 KDa
配列文字列:
ANIKSAKKRA IQSEKARKHN ASRRSMMRTF IKKVYAAIEA GDKAAAQKAF NEMQPIVDRQ AAKGLIHKNK AARHKANLTA QINKLA

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 8.392844 KDa
配列文字列:
PVIKVRENEP FDVALRRFKR SCEKAGVLAE VRRREFYEKP TTERKRAKAS AVKRHAKKLA RENARRTRLY

+
分子 #3: Alternative ribosome-rescue factor A

分子名称: Alternative ribosome-rescue factor A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 8.190438 KDa
配列文字列:
MSRYQHTKGQ IKDNAIEALL HDPLFRQRVE KNKKGKGSYM RKGKHGNRGN WEASGKKVNH FFTTGLLLSG AC

+
分子 #4: Peptide chain release factor 2

分子名称: Peptide chain release factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 41.30066 KDa
配列文字列: MFEINPVNNR IQDLTERSDV LRGYLDYDAK KERLEEVNAE LEQPDVWNEP ERAQALGKER SSLEAVVDTL DQMKQGLEDV SGLLELAVE ADDEETFNEA VAELDALEEK LAQLEFRRMF SGEYDSADCY LDIQAGSGGT EAQDWASMLE RMYLRWAESR G FKTEIIEE ...文字列:
MFEINPVNNR IQDLTERSDV LRGYLDYDAK KERLEEVNAE LEQPDVWNEP ERAQALGKER SSLEAVVDTL DQMKQGLEDV SGLLELAVE ADDEETFNEA VAELDALEEK LAQLEFRRMF SGEYDSADCY LDIQAGSGGT EAQDWASMLE RMYLRWAESR G FKTEIIEE SEGEVAGIKS VTIKISGDYA YGWLRTETGV HRLVRKSPFD SGGRRHTSFS SAFVYPEVDD DIDIEINPAD LR IDVYRTS GAGGQHVNRT ESAVRITHIP TGIVTQCQND RSQHKNKDQA MKQMKAKLYE LEMQKKNAEK QAMEDNKSDI GWG SQIRSY VLDDSRIKDL RTGVETRNTQ AVLDGSLDQF IEASLKAGL

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 29.792424 KDa
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AVVKCKPTSP GRRHVVKVVN PELHKGKPFA PLLEKNSKSG GRNNNGRITT RHIGGGHKQA YRIVDFKRNK DGIPAVVERL EYDPNRSAN IALVLYKDGE RRYILAPKGL KAGDQIQSGV DAAIKPGNTL PMRNIPVGST VHNVEMKPGK GGQLARSAGT Y VQIVARDG AYVTLRLRSG EMRKVEADCR ATLGEVGNAE HMLRVLGKAG AARWRGVRPT VRGTAMNPVD HPHGGGEGRN FG KHPVTPW GVQTKGKKTR SNKRTDKFIV RRRSK

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 22.277535 KDa
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MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

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分子 #11: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 22.121566 KDa
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MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 20.202416 KDa
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AKLHDYYKDE VVKKLMTEFN YNSVMQVPRV EKITLNMGVG EAIADKKLLD NAAADLAAIS GQKPLITKAR KSVAGFKIRQ GYPIGCKVT LRGERMWEFF ERLITIAVPR IRDFRGLSAK SFDGRGNYSM GVREQIIFPE IDYDKVDRVR GLDITITTTA K SDEEGRAL LAAFDFPFRK

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 18.801598 KDa
配列文字列:
SRVAKAPVVV PAGVDVKING QVITIKGKNG ELTRTLNDAV EVKHADNTLT FGPRDGYADG WAQAGTARAL LNSMVIGVTE GFTKKLQLV GVGYRAAVKG NVINLSLGFS HPVDHQLPAG ITAECPTQTE IVLKGADKQV IGQVAADLRA YRRPEPYKGK G VRYADEVV RTKEAKKK

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 15.78902 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT KKNIEFFEAR RAELEAKLAE VLAAANARAE KINALETVTI ASKAGDEGK LFGSIGTRDI ADAVTAAGVE VAKSEVRLPN GVLRTTGEHE VSFQVHSEVF AKVIVNVVAE

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分子 #15: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 17.587359 KDa
配列文字列:
ALNLQDKQAI VAEVSEVAKG ALSAVVADSR GVTVDKMTEL RKAGREAGVY MRVVRNTLLR RAVEGTPFEC LKDAFVGPTL IAYVTEHPG AAARLFKEFA KANAKFEVKA AAFEGELIPA SQIDRLATLP TYEEAIARLM ATMKEASAGK LVRTLAAVRD A KEAA

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 14.763165 KDa
配列文字列:
AKKVQAYVKL QVAAGMANPS PPVGPALGQQ GVNIMEFCKA FNAKTDSIEK GLPIPVVITV YADRSFTFVT KTPPAAVLLK KAAGIKSGS GKPNKDKVGK ISRAQLQEIA QTKAADMTGA DIEAMTRSIE GTARSMGLVV ED

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 13.565067 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEVL

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 15.008471 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 15.312269 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV RMGKGKGNV EYWVALIQPG KVLYEMDGVP EELAREAFKL AAAKLPIKTT FVTKTVM

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 14.393657 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS EKAEAAAE

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 12.794668 KDa
配列文字列:
MDKKSARIRR ATRARRKLQE LGATRLVVHR TPRHIYAQVI APNGSEVLVA ASTVEKAIAE QLKYTGNKDA AAAVGKAVAE RALEKGIKD VSFDRSGFQY HGRVQALADA AREAGLQF

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 13.028082 KDa
配列文字列:
SNIIKQLEQE QMKQDVPSFR PGDTVEVKVW VVEGSKKRLQ AFEGVVIAIR NRGLHSAFTV RKISNGEGVE RVFQTHSPVV DSISVKRRG AVRKAKLYYL RERTGKAARI KERLN

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 13.396828 KDa
配列文字列:
ARVKRGVIAR ARHKKILKQA KGYYGARSRV YRVAFQAVIK AGQYAYRDRR QRKRQFRQLW IARINAAARQ NGISYSKFIN GLKKASVEI DRKILADIAV FDKVAFTALV EKAKAALA

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 11.22216 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNLDFVGGA E

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 11.208054 KDa
配列文字列:
AAKIRRDDEV IVLTGKDKGK RGKVKNVLSS GKVIVEGINL VKKHQKPVPA LNQPGGIVEK EAAIQVSNVA IFNAATGKAD RVGFRFEDG KKVRFFKSNS ETIK

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 9.015344 KDa
配列文字列:
AHKKAGGSTR NGRDSEAKRL GVKRFGGESV LAGSIIVRQR GTKFHAGANV GCGRDHTLFA KADGKVKFEV KGPKNRKFIS IEAE

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 8.896354 KDa
配列文字列:
SRVCQVTGKR PVTGNNRSHA LNATKRRFLP NLHSHRFWVE SEKRFVTLRV SAKGMRVIDK KGIDTVLAEL RARGEKY

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 7.286464 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK AGA

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 6.423625 KDa
配列文字列:
AKTIKITQTR SAIGRLPKHK ATLLGLGLRR IGHTVEREDT PAIRGMINAV SFMVKVEE

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 6.332249 KDa
配列文字列:
AVQQNKPTRS KRGMRRSHDA LTAVTSLSVD KTSGEKHLRH HITADGYYRG RKVIAK

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 6.257436 KDa
配列文字列:
AKGIREKIKL VSSAGTGHFY TTTKNKRTKP EKLELKKFDP VVRQHVIYKE AKIK

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 7.181835 KDa
配列文字列:
PKIKTVRGAA KRFKKTGKGG FKHKHANLRH ILTKKATKRK RHLRPKAMVS KGDLGLVIAC LPYA

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 26.650475 KDa
配列文字列: ATVSMRDMLK AGVHFGHQTR YWNPKMKPFI FGARNKVHII NLEKTVPMFN EALAELNKIA SRKGKILFVG TKRAASEAVK DAALSCDQF FVNHRWLGGM LTNWKTVRQS IKRLKDLETQ SQDGTFDKLT KKEALMRTRE LEKLENSLGG IKDMGGLPDA L FVIDADHE ...文字列:
ATVSMRDMLK AGVHFGHQTR YWNPKMKPFI FGARNKVHII NLEKTVPMFN EALAELNKIA SRKGKILFVG TKRAASEAVK DAALSCDQF FVNHRWLGGM LTNWKTVRQS IKRLKDLETQ SQDGTFDKLT KKEALMRTRE LEKLENSLGG IKDMGGLPDA L FVIDADHE HIAIKEANNL GIPVFAIVDT NSDPDGVDFV IPGNDDAIRA VTLYLGAVAA TVREGRSQDL ASQAEESFVE AE

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 25.900117 KDa
配列文字列: GQKVHPNGIR LGIVKPWNST WFANTKEFAD NLDSDFKVRQ YLTKELAKAS VSRIVIERPA KSIRVTIHTA RPGIVIGKKG EDVEKLRKV VADIAGVPAQ INIAEVRKPE LDAKLVADSI TSQLERRVMF RRAMKRAVQN AMRLGAKGIK VEVSGRLGGA E IARTEWYR ...文字列:
GQKVHPNGIR LGIVKPWNST WFANTKEFAD NLDSDFKVRQ YLTKELAKAS VSRIVIERPA KSIRVTIHTA RPGIVIGKKG EDVEKLRKV VADIAGVPAQ INIAEVRKPE LDAKLVADSI TSQLERRVMF RRAMKRAVQN AMRLGAKGIK VEVSGRLGGA E IARTEWYR EGRVPLHTLR ADIDYNTSEA HTTYGVIGVK VWIFKGEILG GMAAVEQPEK PAAQPKKQQR KGRK

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 23.383002 KDa
配列文字列: ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT ...文字列:
ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT WLEVDAGKME GTFKRKPERS DLSADINEHL IVELYSK

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 17.498203 KDa
配列文字列:
AHIEKQAGEL QEKLIAVNRV SKTVKGGRIF SFTALTVVGD GNGRVGFGYG KAREVPAAIQ KAMEKARRNM INVALNNGTL QHPVKGVHT GSRVFMQPAS EGTGIIAGGA MRAVLEVAGV HNVLAKAYGS TNPINVVRAT IDGLENMNSP EMVAAKRGKS V EEILGK

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 15.727512 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMVKAKDER RERRDDFANE TADDAEAGDS EEEEEE

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 19.923959 KDa
配列文字列:
PRRRVIGQRK ILPDPKFGSE LLAKFVNILM VDGKKSTAES IVYSALETLA QRSGKSELEA FEVALENVRP TVEVKSRRVG GSTYQVPVE VRPVRRNALA MRWIVEAARK RGDKSMALRL ANELSDAAEN KGTAVKKRED VHRMAEANKA FAHYRWLSLR S FSHQAGAS SKQPALGYLN

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 14.015361 KDa
配列文字列:
SMQDPIADML TRIRNGQAAN KAAVTMPSSK LKVAIANVLK EEGFIEDFKV EGDTKPELEL TLKYFQGKAV VESIQRVSRP GLRIYKRKD ELPKVMAGLG IAVVSTSKGV MTDRAARQAG LGGEIICYVA

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 14.755074 KDa
配列文字列:
AENQYYGTGR RKSSAARVFI KPGNGKIVIN QRSLEQYFGR ETARMVVRQP LELVDMVEKL DLYITVKGGG ISGQAGAIRH GITRALMEY DESLRSELRK AGFVTRDARQ VERKKVGLRK ARRRPQFSKR

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 11.755597 KDa
配列文字列:
MQNQRIRIRL KAFDHRLIDQ ATAEIVETAK RTGAQVRGPI PLPTRKERFT VLISPHVNKD ARDQYEIRTH LRLVDIVEPT EKTVDALMR LDLAAGVDVQ ISLG

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 13.739778 KDa
配列文字列:
AKAPIRARKR VRKQVSDGVA HIHASFNNTI VTITDRQGNA LGWATAGGSG FRGSRKSTPF AAQVAAERCA DAVKEYGIKN LEVMVKGPG PGRESTIRAL NAAGFRITNI TDVTPIPHNG CRPPKKRRV

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 13.636961 KDa
配列文字列:
ATVNQLVRKP RARKVAKSNV PALEACPQKR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VCRVRLTNGF EVTSYIGGEG HNLQEHSVIL IRGGRVKDL PGVRYHTVRG ALDCSGVKDR KQARSKYGVK RPKA

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 12.997271 KDa
配列文字列:
ARIAGINIPD HKHAVIALTS IYGVGKTRSK AILAAAGIAE DVKISELSEG QIDTLRDEVA KFVVEGDLRR EISMSIKRLM DLGCYRGLR HRRGLPVRGQ RTKTNARTRK GPRKPIKK

+
分子 #52: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 11.475364 KDa
配列文字列:
AKQSMKAREV KRVALADKYF AKRAELKAII SDVNASDEDR WNAVLKLQTL PRDSSPSRQR NRCRQTGRPH GFLRKFGLSR IKVREAAMR GEIPGLKKAS W

+
分子 #53: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 10.159621 KDa
配列文字列:
SLSTEATAKI VSEFGRDAND TGSTEVQVAL LTAQINHLQG HFAEHKKDHH SRRGLLRMVS QRRKLLDYLK RKDVARYTQL IERLGLRR

+
分子 #54: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

+
分子 #55: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 9.593296 KDa
配列文字列:
TDKIRTLQGR VVSDKMEKSI VVAIERFVKH PIYGKFIKRT TKLHVHDENN ECGIGDVVEI RECRPLSKTK SWTLVRVVEK AVL

+
分子 #56: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 56 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 8.874276 KDa
配列文字列:
ARYFRRRKFC RFTAEGVQEI DYKDIATLKN YITESGKIVP SRITGTRAKY QRQLARAIKR ARYLSLLPYT DRHQ

+
分子 #57: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 57 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 10.32416 KDa
配列文字列:
PRSLKKGPFI DLHLLKKVEK AVESGDKKPL RTWSRRSTIF PNMIGLTIAV HNGRQHVPVF VTDEMVGHKL GEFAPTRTYR GHAADKKAK KK

+
分子 #5: P-site tRNA

分子名称: P-site tRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.497602 KDa
配列文字列:
CGCGGGGUGG AGCAGCUGGU AGCUCGUCGG GCUCAUAACC CGAAGGUCGU CGGUUCAAAU CCGGCCCCCG CAACCA

+
分子 #6: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 1.876173 KDa
配列文字列:
ACUAUG

+
分子 #7: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 941.305188 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAUGUUGAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCAAUC AAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACUGU UUCGGCAAGG GGGUCAUCC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACACG GCGGGUGCUA A CGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUGGGAA ACGAUGUGGG AA GGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCACUGG UCGAGUCGGC CUG CGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUUGG GUAGGGGAGC GUUC UGUAA GCCUGCGAAG GUGUGCUGUG AGGCAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUAA GUAACGAUAA AGCGG GUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUAA GGCGAG GCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG GGGACGGAGA AGGCUAU GU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AAAUCAAGGC UGAGGCGU G AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAUCAGGUAA CAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACACAGG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAAC UAGGCAAAAU GGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAGGUCCCU CGCGGAUGGA GCUGAAAUCA GUCGAAGAUA C CAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AUACGGUGUG ACGCCUGCCC GG UGCCGGA AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCGG UAAACGGCGG CCGUAACCAU AAC GGUCCU AAGGUAGCGA AAUUCCUUGU CGGGUAAGUU CCGACCUGCA CGAAUGGCGU AAUGAUGGCC AGGCUGUCUC CACC CGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCGC UGUGAAGAUG CAGUGUACCC GCGGCAAGAC GGAAAGACCC CGUGAACCUU UACUA UAGC UUGACACUGA ACAUUGAGCC UUGAUGUGUA GGAUAGGUGG GAGGCUUUGA AGUGUGGACG CCAGUCUGCA UGGAGC CGA CCUUGAAAUA CCACCCUUUA AUGUUUGAUG UUCUAACGUU GACCCGUAAU CCGGGUUGCG GACAGUGUCU GGUGGGU AG UUUGACUGGG GCGGUCUCCU CCUAAAGAGU AACGGAGGAG CACGAAGGUU GGCUAAUCCU GGUCGGACAU CAGGAGGU U AGUGCAAUGG CAUAAGCCAG CUUGACUGCG AGCGUGACGG CGCGAGCAGG UGCGAAAGCA GGUCAUAGUG AUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUCAACGGA UAAAAGGUAC UCCGGGGAUA ACAGGCUGAU ACCGCCCAAG AGUUCAUAUC GACGGCGGU GUUUGGCACC UCGAUGUCGG CUCAUCACAU CCUGGGGCUG AAGUAGGUCC CAAGGGUAUG GCUGUUCGCC A UUUAAAGU GGUACGCGAG CUGGGUUUAG AACGUCGUGA GACAGUUCGG UCCCUAUCUG CCGUGGGCGC UGGAGAACUG AG GGGGGCU GCUCCUAGUA CGAGAGGACC GGAGUGGACG CAUCACUGGU GUUCGGGUUG UCAUGCCAAU GGCACUGCCC GGU AGCUAA AUGCGGAAGA GAUAAGUGCU GAAAGCAUCU AAGCACGAAA CUUGCCCCGA GAUGAGUUCU CCCUGACCCU UUAA GGGUC CUGAAGGAAC GUUGAAGACG ACGACGUUGA UAGGCCGGGU GUGUAAGCGC AGCGAUGCGU UGAGCUAACC GGUAC UAAU GAACCGUGAG GCUUAACCU

+
分子 #8: 5S Ribosomal RNA

分子名称: 5S Ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 38.79009 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA U

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分子 #39: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 39 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 497.221594 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG CUAAUACCGC AUAACGUCGC AAGACCAAAG AGGGGGACCU UCGGGCCUCU UGCCAUCGGA UGUGCCCAGA UG GGAUUAG CUAGUAGGUG GGGUAACGGC UCACCUAGGC GACGAUCCCU AGCUGGUCUG AGAGGAUGAC CAGCCACACU GGA ACUGAG ACACGGUCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCC AUGC CGCGU GUAUGAAGAA GGCCUUCGGG UUGUAAAGUA CUUUCAGCGG GGAGGAAGGG AGUAAAGUUA AUACCUUUGC UCAUU GACG UUACCCGCAG AAGAAGCACC GGCUAACUCC GUGCCAGCAG CCGCGGUAAU ACGGAGGGUG CAAGCGUUAA UCGGAA UUA CUGGGCGUAA AGCGCACGCA GGCGGUUUGU UAAGUCAGAU GUGAAAUCCC CGGGCUCAAC CUGGGAACUG CAUCUGA UA CUGGCAAGCU UGAGUCUCGU AGAGGGGGGU AGAAUUCCAG GUGUAGCGGU GAAAUGCGUA GAGAUCUGGA GGAAUACC G GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACGAAGACU GACGCUCAGG UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUAG AUACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCGACUUGG AGGUUGUGCC CUUGAGGCGU GGCUUCCGGA GCUAACGCGU UAAGUCGACC GCCUGGGGA GUACGGCCGC AAGGUUAAAA CUCAAAUGAA UUGACGGGGG CCCGCACAAG CGGUGGAGCA UGUGGUUUAA U UCGAUGCA ACGCGAAGAA CCUUACCUGG UCUUGACAUC CACGGAAGUU UUCAGAGAUG AGAAUGUGCC UUCGGGAACC GU GAGACAG GUGCUGCAUG GCUGUCGUCA GCUCGUGUUG UGAAAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACGAGC GCAACCCUUA UCC UUUGUU GCCAGCGGUC CGGCCGGGAA CUCAAAGGAG ACUGCCAGUG AUAAACUGGA GGAAGGUGGG GAUGACGUCA AGUC AUCAU GGCCCUUACG ACCAGGGCUA CACACGUGCU ACAAUGGCGC AUACAAAGAG AAGCGACCUC GCGAGAGCAA GCGGA CCUC AUAAAGUGCG UCGUAGUCCG GAUUGGAGUC UGCAACUCGA CUCCAUGAAG UCGGAAUCGC UAGUAAUCGU GGAUCA GAA UGCCACGGUG AAUACGUUCC CGGGCCUUGU ACACACCGCC CGUCACACCA UGGGAGUGGG UUGCAAAAGA AGUAGGU AG CUUAACCUUC GGGAGGGCGC UUACCACUUU GUGAUUCAUG ACUGGGGUGA AGUCGUAACA AGGUAACCGU AGGGGAAC C UGCGGUUGGA UCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成使用したクラス数: 8 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 13693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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