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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6663 | |||||||||
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タイトル | Structure of RIP2 CARD domain | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu B / Gong Q | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural basis of RIP2 activation and signaling. 著者: Qin Gong / Ziqi Long / Franklin L Zhong / Daniel Eng Thiam Teo / Yibo Jin / Zhan Yin / Zhao Zhi Boo / Yaming Zhang / Jiawen Zhang / Renliang Yang / Shashi Bhushan / Bruno Reversade / Zongli Li / Bin Wu / 要旨: Signals arising from bacterial infections are detected by pathogen recognition receptors (PRRs) and are transduced by specialized adapter proteins in mammalian cells. The Receptor-interacting- ...Signals arising from bacterial infections are detected by pathogen recognition receptors (PRRs) and are transduced by specialized adapter proteins in mammalian cells. The Receptor-interacting-serine/threonine-protein kinase 2 (RIPK2 or RIP2) is such an adapter protein that is critical for signal propagation of the Nucleotide-binding-oligomerization-domain-containing proteins 1/2 (NOD1 and NOD2). Dysregulation of this signaling pathway leads to defects in bacterial detection and in some cases autoimmune diseases. Here, we show that the Caspase-activation-and-recruitment-domain (CARD) of RIP2 (RIP2-CARD) forms oligomeric structures upon stimulation by either NOD1-CARD or NOD2-2CARD. We reconstitute this complex, termed the RIPosome in vitro and solve the cryo-EM filament structure of the active RIP2-CARD complex at 4.1 Å resolution. The structure suggests potential mechanisms by which CARD domains from NOD1 and NOD2 initiate the oligomerization process of RIP2-CARD. Together with structure guided mutagenesis experiments at the CARD-CARD interfaces, we demonstrate molecular mechanisms how RIP2 is activated and self-propagating such signal. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6663.map.gz | 28 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6663-v30.xml emd-6663.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6663.png | 98 KB | ||
その他 | emd_6663_half_map_1.map.gz emd_6663_half_map_2.map.gz | 23.3 MB 23.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6663 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6663 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6663_validation.pdf.gz | 638.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6663_full_validation.pdf.gz | 637.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6663_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6663_validation.cif.gz | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6663 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6663 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6663.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_6663_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_6663_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Active RIP2 signaling complex
全体 | 名称: Active RIP2 signaling complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Active RIP2 signaling complex
超分子 | 名称: Active RIP2 signaling complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pSNAP |
-分子 #1: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
分子 | 名称: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 10.751217 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: TNSAGIAQQW IQSKREDIVN QMTEACLNQS LDALLSRDLI MKEDYELVST KPTRTSKVRQ LLDTTDIQGE EFAKVIVQKL KDNKQMGLQ PYPEI |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: METHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 12.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.9448 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -101.188 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0beta) 詳細: The model is only a partial model. Indefinite filament model could be produced by a helical rotation. 使用した粒子像数: 118954 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0beta) |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0beta) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル |
PDB-5h4a: |