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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6323 | |||||||||
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タイトル | CryoEM single particle reconstruction of prolate head of bacteriophage T4 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of empty T4 prolate head | |||||||||
試料 |
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キーワード | T4 prolate head | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun L / Zhang X / Gao S / Rao PA / Padilla-Sanchez V / Chen Z / Sun S / Xiang Y / Rao VB / Rossmann MG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Cryo-EM structure of the bacteriophage T4 portal protein assembly at near-atomic resolution. 著者: Lei Sun / Xinzheng Zhang / Song Gao / Prashant A Rao / Victor Padilla-Sanchez / Zhenguo Chen / Siyang Sun / Ye Xiang / Sriram Subramaniam / Venigalla B Rao / Michael G Rossmann / 要旨: The structure and assembly of bacteriophage T4 has been extensively studied. However, the detailed structure of the portal protein remained unknown. Here we report the structure of the bacteriophage ...The structure and assembly of bacteriophage T4 has been extensively studied. However, the detailed structure of the portal protein remained unknown. Here we report the structure of the bacteriophage T4 portal assembly, gene product 20 (gp20), determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM) to 3.6 Å resolution. In addition, analysis of a 10 Å resolution cryo-EM map of an empty prolate T4 head shows how the dodecameric portal assembly interacts with the capsid protein gp23 at the special pentameric vertex. The gp20 structure also verifies that the portal assembly is required for initiating head assembly, for attachment of the packaging motor, and for participation in DNA packaging. Comparison of the Myoviridae T4 portal structure with the known portal structures of φ29, SPP1 and P22, representing Podo- and Siphoviridae, shows that the portal structure probably dates back to a time when self-replicating microorganisms were being established on Earth. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6323.map.gz | 124.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6323-v30.xml emd-6323.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6323.gif 80_6323.gif | 114.5 KB 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6323 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6323 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6323.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 976.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of empty T4 prolate head | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : empty T4 prolate head
全体 | 名称: empty T4 prolate head |
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要素 |
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-超分子 #1000: empty T4 prolate head
超分子 | 名称: empty T4 prolate head / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 82 MDa |
-超分子 #1: Enterobacteria phage T4
超分子 | 名称: Enterobacteria phage T4 / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: empty head / NCBI-ID: 10665 / 生物種: Enterobacteria phage T4 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
分子量 | 理論値: 82 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris, 1 mM MgCl2, 100 mM NaCl |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid with thin holey carbon film, glow discharged in amylamine atmosphere |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 60521 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV |
試料ステージ | 試料ホルダー: Liquid nitrogen-cooled 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
温度 | 最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification. |
日付 | 2013年8月9日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 473 / 平均電子線量: 22.0 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 13000 |
詳細 | The particles were selected using an automatic selection program. |