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- EMDB-6301: S. cerevisiae SAGA complex in the donut conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6301
タイトルS. cerevisiae SAGA complex in the donut conformation
マップデータ3D reconstruction of the donut conformation of SAGA
試料
  • 試料: The donut conformation of the yeast SAGA complex
  • タンパク質・ペプチド: Spt-Ada-Gcn5 Acetyltransferase Complex
キーワードHistone acetyltransferase (ヒストンアセチルトランスフェラーゼ)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 38.9 Å
データ登録者Setiaputra D / Ross JD / Lu S / Cheng DT / Dong MQ / Yip CK
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: Conformational flexibility and subunit arrangement of the modular yeast Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase complex.
著者: Dheva Setiaputra / James D Ross / Shan Lu / Derrick T Cheng / Meng-Qiu Dong / Calvin K Yip /
要旨: The Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase (SAGA) complex is a highly conserved, 19-subunit histone acetyltransferase complex that activates transcription through acetylation and deubiquitination of ...The Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase (SAGA) complex is a highly conserved, 19-subunit histone acetyltransferase complex that activates transcription through acetylation and deubiquitination of nucleosomal histones in Saccharomyces cerevisiae. Because SAGA has been shown to display conformational variability, we applied gradient fixation to stabilize purified SAGA and systematically analyzed this flexibility using single-particle EM. Our two- and three-dimensional studies show that SAGA adopts three major conformations, and mutations of specific subunits affect the distribution among these. We also located the four functional modules of SAGA using electron microscopy-based labeling and transcriptional activator binding analyses and show that the acetyltransferase module is localized in the most mobile region of the complex. We further comprehensively mapped the subunit interconnectivity of SAGA using cross-linking mass spectrometry, revealing that the Spt and Taf subunits form the structural core of the complex. These results provide the necessary restraints for us to generate a model of the spatial arrangement of all SAGA subunits. According to this model, the chromatin-binding domains of SAGA are all clustered in one face of the complex that is highly flexible. Our results relate information of overall SAGA structure with detailed subunit level interactions, improving our understanding of its architecture and flexibility.
履歴
登録2015年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月27日-
マップ公開2015年6月3日-
更新2015年6月3日-
現状2015年6月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.239
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.239
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6301.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6301.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of the donut conformation of SAGA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.67 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.239 / ムービー #1: 0.239
最小 - 最大-0.0214361 - 0.92349243
平均 (標準偏差)0.00635893 (±0.05065207)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 597.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.674.674.67
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z597.760597.760597.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0210.9230.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The donut conformation of the yeast SAGA complex

全体名称: The donut conformation of the yeast SAGA complex
要素
  • 試料: The donut conformation of the yeast SAGA complex
  • タンパク質・ペプチド: Spt-Ada-Gcn5 Acetyltransferase Complex

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超分子 #1000: The donut conformation of the yeast SAGA complex

超分子名称: The donut conformation of the yeast SAGA complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 1.7 MDa

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分子 #1: Spt-Ada-Gcn5 Acetyltransferase Complex

分子名称: Spt-Ada-Gcn5 Acetyltransferase Complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: SAGA
詳細: Samples were prepared using gradient fixation using a glycerol gradient and glutaraldehyde.
組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: SF1 / 別称: Yeast / 細胞中の位置: Nucleus
分子量理論値: 1.7 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 40 mM HEPES, 150 mM NaCl, 20% glycerol, 0.1% Tween-20, 0.015% glutaraldehyde
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein were used to scoop a carbon layer floating on 0.75% w/v uranyl formate, sandwiching the protein and a layer of stain between two carbon layers.
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with holey carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 65900 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry room temperature tomography holder
試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -65
温度平均: 298 K
詳細Low dose
日付2013年2月10日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.3 µm / 実像数: 382 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 38.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider
詳細: The initial map was made using back-projection of tilted data, and was subjected to an angular refinement cycle with the same data set. The model then underwent a final refinement cycle with ...詳細: The initial map was made using back-projection of tilted data, and was subjected to an angular refinement cycle with the same data set. The model then underwent a final refinement cycle with both tilted and untilted data. The model was then filtered to the calculated resolution.
使用した粒子像数: 22518
詳細Particles were selected manually.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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