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- EMDB-5452: A Tail-like Assembly at the Portal Vertex in Intact Herpes Simple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5452
タイトルA Tail-like Assembly at the Portal Vertex in Intact Herpes Simplex Type-1 Virions
マップデータReconstruction of Herpes Simplex Virus type 1 (HSV-1) using Multivariate Statistical Analysis
試料
  • 試料: Herpes Simplex Virus type 1 (HSV-1) virion.
  • ウイルス: Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
キーワードHSV-1 (単純ヘルペスウイルス) / cryo-ET / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / Electron cryo-microscopy (低温電子顕微鏡法) / Electron cryo-tomography / PVAT / MSA / Melon Ball / Single Particle Tomography / Sub-tomogram Averaging
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 60.0 Å
データ登録者Schmid MF / Hecksel CW / Rochat RH / Bhella D / Chiu W / Rixon FJ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2012
タイトル: A tail-like assembly at the portal vertex in intact herpes simplex type-1 virions.
著者: Michael F Schmid / Corey W Hecksel / Ryan H Rochat / David Bhella / Wah Chiu / Frazer J Rixon /
要旨: Herpes viruses are prevalent and well characterized human pathogens. Despite extensive study, much remains to be learned about the structure of the genome packaging and release machinery in the ...Herpes viruses are prevalent and well characterized human pathogens. Despite extensive study, much remains to be learned about the structure of the genome packaging and release machinery in the capsids of these large and complex double-stranded DNA viruses. However, such machinery is well characterized in tailed bacteriophage, which share a common evolutionary origin with herpesvirus. In tailed bacteriophage, the genome exits from the virus particle through a portal and is transferred into the host cell by a complex apparatus (i.e. the tail) located at the portal vertex. Here we use electron cryo-tomography of human herpes simplex type-1 (HSV-1) virions to reveal a previously unsuspected feature at the portal vertex, which extends across the HSV-1 tegument layer to form a connection between the capsid and the viral membrane. The location of this assembly suggests that it plays a role in genome release into the nucleus and is also important for virion architecture.
履歴
登録2012年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月17日-
マップ公開2012年10月17日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.56
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5452_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5452.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 159.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Herpes Simplex Virus type 1 (HSV-1) using Multivariate Statistical Analysis
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.56 / ムービー #1: 4.56
最小 - 最大-7.47709465 - 11.43591309
平均 (標準偏差)-0.00842042 (±0.98621404)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-175-175-175
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 3780.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z10.810.810.8
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z3780.0003780.0003780.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-175-175-175
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-7.47711.436-0.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Herpes Simplex Virus type 1 (HSV-1) virion.

全体名称: Herpes Simplex Virus type 1 (HSV-1) virion.
要素
  • 試料: Herpes Simplex Virus type 1 (HSV-1) virion.
  • ウイルス: Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #1000: Herpes Simplex Virus type 1 (HSV-1) virion.

超分子名称: Herpes Simplex Virus type 1 (HSV-1) virion. / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Frozen hydrated HSV-1 Virions / 集合状態: 1 / Number unique components: 1
分子量理論値: 200 MDa

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超分子 #1: Human herpesvirus 1

超分子名称: Human herpesvirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Herpes Simplex Virus type 1 / 詳細: Frozen hydrated virions / NCBI-ID: 10298 / 生物種: Human herpesvirus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Herpes Simplex Virus type 1
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 200 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1250 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
詳細: 170mM NaCl, 3.4mM KCl, 10mM Na2HPO4, 1.8mM KH2PO4, 4.9mM MgCl2, 6.8mM CaCl2
グリッド詳細: Quantifoil R 2/2 holey carbon film on a 200 mesh copper grid, glow discharged in air
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Manual blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 28195 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 20000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 25.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 30.0 eV
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 914 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2008年5月23日
撮影カテゴリ: FILM
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 11 / 平均電子線量: 88 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 60.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD, tomohunter / 詳細: Final map is the average of 214 subvolumes
詳細Multivariate Statistical Analysis (MSA) was used to classify a unique vertex in the capsid shell for alignment and averaging. Further details provided in manuscript. Average number of projections used in the 3D reconstructions: 214.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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