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万見
- EMDB-4697: Tomogram of an enteroaggregative Escherichia coli cell displaying... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4697
タイトルTomogram of an enteroaggregative Escherichia coli cell displaying a type six secretion system apparatus.
マップデータTomogram of an enteroaggregative Escherichia coli cell displaying a type six secretion system apparatus.
試料
  • 細胞: Enteroaggregative Escherichia coli cell displaying a type six secretion system apparatus.
生物種Escherichia coli 042 (大腸菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Szwedziak P / Pilhofer M
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Bidirectional contraction of a type six secretion system.
著者: Piotr Szwedziak / Martin Pilhofer /
要旨: Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by a phage tail-like apparatus. Their conserved mechanism relies on the anchoring of the proximal end of a sheath-tube module to a ...Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by a phage tail-like apparatus. Their conserved mechanism relies on the anchoring of the proximal end of a sheath-tube module to a membrane, followed by contraction of the sheath towards the attachment site and ejection of the inner tube. Here we reveal a major variation of the CIS mechanism in the type six secretion system (T6SS) of enteroaggregative Escherichia coli (EAEC). We show that both ends of the sheath-tube module are attached to opposite sides of the cell, enabling the structure to contract in two opposite directions. The protein TssA1 mediates the interaction of the distal end with the cell envelope, the termination of tail elongation, and non-canonical contraction towards the distal end. We provide a framework for the molecular processes at the T6SS distal end. Further research will address whether bidirectional contraction allows for bidirectional effector secretion. The unrecognized concept of non-canonical contractions could be relevant to biofilms of the human intestine.
履歴
登録2019年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年3月27日-
更新2019年4月17日-
現状2019年4月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_4697.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4697.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 523.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Tomogram of an enteroaggregative Escherichia coli cell displaying a type six secretion system apparatus.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 21.67 Å
密度
最小 - 最大-6509.0 - 4361.0
平均 (標準偏差)69.701539999999994 (±197.812960000000004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin15416-16
サイズ308960928
Spacing960308928
セルA: 20803.2 Å / B: 6674.36 Å / C: 20109.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z21.66999895833321.6721.67
M x/y/z960308928
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z20803.1996674.36020109.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS16154-16
NC/NR/NS960308928
D min/max/mean-6509.0004361.00069.702

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enteroaggregative Escherichia coli cell displaying a type six sec...

全体名称: Enteroaggregative Escherichia coli cell displaying a type six secretion system apparatus.
要素
  • 細胞: Enteroaggregative Escherichia coli cell displaying a type six secretion system apparatus.

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超分子 #1: Enteroaggregative Escherichia coli cell displaying a type six sec...

超分子名称: Enteroaggregative Escherichia coli cell displaying a type six secretion system apparatus.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli 042 (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Cytodiagnostics / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.25 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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