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- EMDB-4427: The structure of a di-ribosome (disome) as a unit for RQC and NGD... -

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エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 4427
タイトルThe structure of a di-ribosome (disome) as a unit for RQC and NGD quality control pathways recognition.
マップデータ
試料Cryo-EM structure of a native stalled di-ribosome (disome) complex from S. cerevisiae
  • (nucleic-acid核酸) x 9
  • (60S ribosomal protein ...) x 40
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • ligandリガンド
機能・相同性Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein S14p/S29e ...Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein L16p/L10e / Ubiquitin family / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S12/S23 / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L7/L30 / Ribosomal protein L14 / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal L40e family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein L44 / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal L39 protein / Ribosomal L29 protein / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal L15 / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L13 / KOW motif / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S8 / WD domain, G-beta repeat / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L34Ae superfamily / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / Ribosomal protein L5, C-terminal / Ribosomal protein L15 / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ubiquitin-like domain superfamily / 50S ribosomal protein L30e-like / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S10 domain / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal, C-terminal / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S19, superfamily / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L30, central domain, archaeal type / Ribosomal protein S15P / Ribosomal protein L5, N-terminal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L7A/L8 superfamily / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily
機能・相同性情報
由来Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 5.3Å分解能
データ登録者Tesina P / Cheng J / Becker T / Beckmann R
引用ジャーナル: EMBO J. / : 2019
タイトル: Collided ribosomes form a unique structural interface to induce Hel2-driven quality control pathways.
著者: Ken Ikeuchi / Petr Tesina / Yoshitaka Matsuo / Takato Sugiyama / Jingdong Cheng / Yasushi Saeki / Keiji Tanaka / Thomas Becker / Roland Beckmann / Toshifumi Inada
要旨: Ribosome stalling triggers quality control pathways targeting the mRNA (NGD: no-go decay) and the nascent polypeptide (RQC: ribosome-associated quality control). RQC requires Hel2-dependent uS10 ...Ribosome stalling triggers quality control pathways targeting the mRNA (NGD: no-go decay) and the nascent polypeptide (RQC: ribosome-associated quality control). RQC requires Hel2-dependent uS10 ubiquitination and the RQT complex in yeast. Here, we report that Hel2-dependent uS10 ubiquitination and Slh1/Rqt2 are crucial for RQC and NGD induction within a di-ribosome (disome) unit, which consists of the leading stalled ribosome and the following colliding ribosome. Hel2 preferentially ubiquitinated a disome over a monosome on a quality control inducing reporter mRNA in an translation reaction. Cryo-EM analysis of the disome unit revealed a distinct structural arrangement suitable for recognition and modification by Hel2. The absence of the RQT complex or uS10 ubiquitination resulted in the elimination of NGD within the disome unit. Instead, we observed Hel2-mediated cleavages upstream of the disome, governed by initial Not4-mediated monoubiquitination of eS7 and followed by Hel2-mediated K63-linked polyubiquitination. We propose that Hel2-mediated ribosome ubiquitination is required both for canonical NGD (NGD) and RQC coupled to the disome and that RQC-uncoupled NGD outside the disome (NGD) can occur in a Not4-dependent manner.
構造検証レポートPDB-ID: 6i7o

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年11月16日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2019年1月9日 / マップ公開: 2019年1月16日 / 最新の更新: 2019年3月13日

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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
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マップデータ

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投影像・断面図

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Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
506 pix
1.5 Å/pix.
= 758.798 Å
506 pix
1.5 Å/pix.
= 758.798 Å
506 pix
1.5 Å/pix.
= 758.798 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4996 Å
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表面のレベル:0.013 (by author), 0.013 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.066871494 - 0.1602559
平均 (標準偏差)0.0003179695 (0.0062321145)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
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Dimensions506506506
Origin0.00.00.0
Limit505.0505.0505.0
Spacing506506506
セルA=B=C: 758.7976 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.49960079051381.49960079051381.4996007905138
M x/y/z506506506
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z758.798758.798758.798
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NX/NY/NZ
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start NC/NR/NS000
NC/NR/NS506506506
D min/max/mean-0.0670.1600.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Cryo-EM structure of a native stalled di-ribosome (disome) comple...

全体名称: Cryo-EM structure of a native stalled di-ribosome (disome) complex from S. cerevisiae
構成要素数: 86

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構成要素 #1: タンパク質, Cryo-EM structure of a native stalled di-ribosome (disome)...

タンパク質名称: Cryo-EM structure of a native stalled di-ribosome (disome) complex from S. cerevisiae
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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構成要素 #2: 核酸, 25S ribosomal RNA

核酸名称: 25S ribosomal RNAリボソームRNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
GUUUGACCUC AAAUCAGGUA GGAGUACCCG CUGAACUUAA GCAUAUCAAU AAGCGGAGGA AAAGAAACCA ACCGGGAUUG CCUUAGUAAC GGCGAGUGAA GCGGCAAAAG CUCAAAUUUG AAAUCUGGUA CCUUCGGUGC CCGAGUUGUA AUUUGGAGAG GGCAACUUUG GGGCCGUUCC UUGUCUAUGU UCCUUGGAAC AGGACGUCAU AGAGGGUGAG AAUCCCGUGU GGCGAGGAGU GCGGUUCUUU GUAAAGUGCC UUCGAAGAGU CGAGUUGUUU GGGAAUGCAG CUCUAAGUGG GUGGUAAAUU CCAUCUAAAG CUAAAUAUUG GCGAGAGACC GAUAGCGAAC AAGUACAGUG AUGGAAAGAU GAAAAGAACU UUGAAAAGAG AGUGAAAAAG UACGUGAAAU UGUUGAAAGG GAAGGGCAUU UGAUCAGACA UGGUGUUUUG UGCCCUCUGC UCCUUGUGGG UAGGGGAAUC UCGCAUUUCA CUGGGCCAGC AUCAGUUUUG GUGGCAGGAU AAAUCCAUAG GAAUGUAGCU UGCCUCGGUA AGUAUUAUAG CCUGUGGGAA UACUGCCAGC UGGGACUGAG GACUGCGACG UAAGUCAAGG AUGCUGGCAU AAUGGUUAUA UGCCGCCCGU CUUGAAACAC GGACCAAGGA GUCUAACGUC UAUGCGAGUG UUUGGGUGUA AAACCCAUAC GCGUAAUGAA AGUGAACGUA GGUUGGGGCC UCGCAAGAGG UGCACAAUCG ACCGAUCCUG AUGUCUUCGG AUGGAUUUGA GUAAGAGCAU AGCUGUUGGG ACCCGAAAGA UGGUGAACUA UGCCUGAAUA GGGUGAAGCC AGAGGAAACU CUGGUGGAGG CUCGUAGCGG UUCUGACGUG CAAAUCGAUC GUCGAAUUUG GGUAUAGGGG CGAAAGACUA AUCGAACCAU CUAGUAGCUG GUUCCUGCCG AAGUUUCCCU CAGGAUAGCA GAAGCUCGUA UCAGUUUUAU GAGGUAAAGC GAAUGAUUAG AGGUUCCGGG GUCGAAAUGA CCUUGACCUA UUCUCAAACU UUAAAUAUGU AAGAAGUCCU UGUUACUUAA UUGAACGUGG ACAUUUGAAU GAAGAGCUUU UAGUGGGCCA UUUUUGGUAA GCAGAACUGG CGAUGCGGGA UGAACCGAAC GUAGAGUUAA GGUGCCGGAA UACACGCUCA UCAGACACCA CAAAAGGUGU UAGUUCAUCU AGACAGCCGG ACGGUGGCCA UGGAAGUCGG AAUCCGCUAA GGAGUGUGUA ACAACUCACC GGCCGAAUGA ACUAGCCCUG AAAAUGGAUG GCGCUCAAGC GUGUUACCUA UACUCUACCG UCAGGGUUGA UAUGAUGCCC UGACGAGUAG GCAGGCGUGG AGGUCAGUGA CGAAGCCUAG ACCGUAAGGU CGGGUCGAAC GGCCUCUAGU GCAGAUCUUG GUGGUAGUAG CAAAUAUUCA AAUGAGAACU UUGAAGACUG AAGUGGGGAA AGGUUCCACG UCAACAGCAG UUGGACGUGG GUUAGUCGAU CCUAAGAGAU GGGGAAGCUC CGUUUCAAAG GCCUGAUUUU AUGCAGGCCA CCAUCGAAAG GGAAUCCGGU UAAGAUUCCG GAACCUGGAU AUGGAUUCUU CACGGUAACG UAACUGAAUG UGGAGACGUC GGCGCGAGCC CUGGGAGGAG UUAUCUUUUC UUCUUAACAG CUUAUCACCC CGGAAUUGGU UUAUCCGGAG AUGGGGUCUU AUGGCUGGAA GAGGCCAGCA CCUUUGCUGG CUCCGGUGCG CUUGUGACGG CCCGUGAAAA UCCACAGGAA GGAAUAGUUU UCAUGCCAGG UCGUACUGAU AACCGCAGCA GGUCUCCAAG GUGAACAGCC UCUAGUUGAU AGAAUAAUGU AGAUAAGGGA AGUCGGCAAA AUAGAUCCGU AACUUCGGGA UAAGGAUUGG CUCUAAGGGU CGGGUAGUGA GGGCCUUGGU CAGACGCAGC GGGCGUGCUU GUGGACUGCU UGGUGGGGCU UGCUCUGCUA GGCGGACUAC UUGCGUGCCU UGUUGUAGAC GGCCUUGGUA GGUCUCUUGU AGACCGUCGC UUGCUACAAU UAACGAUCAA CUUAGAACUG GUACGGACAA GGGGAAUCUG ACUGUCUAAU UAAAACAUAG CAUUGCGAUG GUCAGAAAGU GAUGUUGACG CAAUGUGAUU UCUGCCCAGU GCUCUGAAUG UCAAAGUGAA GAAAUUCAAC CAAGCGCGGG UAAACGGCGG GAGUAACUAU GACUCUCUUA AGGUAGCCAA AUGCCUCGUC AUCUAAUUAG UGACGCGCAU GAAUGGAUUA ACGAGAUUCC CACUGUCCCU AUCUACUAUC UAGCGAAACC ACAGCCAAGG GAACGGGCUU GGCAGAAUCA GCGGGGAAAG AAGACCCUGU UGAGCUUGAC UCUAGUUUGA CAUUGUGAAG AGACAUAGAG GGUGUAGAAU AAGUGGGAGC UUCGGCGCCA GUGAAAUACC ACUACCUUUA UAGUUUCUUU ACUUAUUCAA UGAAGCGGAG CUGGAAUUCA UUUUCCACGU UCUAGCAUUC AAGGUCCCAU UCGGGGCUGA UCCGGGUUGA AGACAUUGUC AGGUGGGGAG UUUGGCUGGG GCGGCACAUC UGUUAAACGA UAACGCAGAU GUCCUAAGGG GGGCUCAUGG AGAACAGAAA UCUCCAGUAG AACAAAAGGG UAAAAGCCCC CUUGAUUUUG AUUUUCAGUG UGAAUACAAA CCAUGAAAGU GUGGCCUAUC GAUCCUUUAG UCCCUCGGAA UUUGAGGCUA GAGGUGCCAG AAAAGUUACC ACAGGGAUAA CUGGCUUGUG GCAGUCAAGC GUUCAUAGCG ACAUUGCUUU UUGAUUCUUC GAUGUCGGCU CUUCCUAUCA UACCGAAGCA GAAUUCGGUA AGCGUUGGAU UGUUCACCCA CUAAUAGGGA ACGUGAGCUG GGUUUAGACC GUCGUGAGAC AGGUUAGUUU UACCCUACUG AUGAAUGUUA CCGCAAUAGU AAUUGAACUU AGUACGAGAG GAACAGUUCA UUCGGAUAAU UGGUUUUUGC GGCUGUCUGA UCAGGCAUUG CCGCGAAGCU ACCAUCCGCU GGAUUAUGGC UGAACGCCUC UAAGUCAGAA UCCAUGCUAG AACGCGGUGA UUUCUUUGCU CCACACAAUA UAGAUGGAUA CGAAUAAGGC GUCCUUGUGG CGUCGCUGAA CCAUAGCAGG CUAGCAACGG UGCACUUGGC GGAAAGGCCU UGGGUGCUUG CUGGCGAAUU GCAAUGUCAU UUUGCGUGGG GAUAAAUCAU UUGUAUACGA CUUAGAUGUA CAACGGGGUA UUGUAAGCAG UAGAGUAGCC UUGUUGUUAC GAUCUGCUGA GAUUAAGCCU UUGUUGUCUG AUUUGU
分子量理論値: 1.097493875 MDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #3: 核酸, 5S ribosomal RNA

核酸名称: 5S ribosomal RNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
GGUUGCGGCC AUAUCUACCA GAAAGCACCG UUUCCCGUCC GAUCAACUGU AGUUAAGCUG GUAAGAGCCU GACCGAGUAG UGUAGUGGGU GACCAUACGC GAAACUCAGG UGCUGCAAUC U
分子量理論値: 38.951105 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #4: 核酸, 5.8S ribosomal RNA

核酸名称: 5.8S ribosomal RNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
AAACUUUCAA CAACGGAUCU CUUGGUUCUC GCAUCGAUGA AGAACGCAGC GAAAUGCGAU ACGUAAUGUG AAUUGCAGAA UUCCGUGAAU CAUCGAAUCU UUGAACGCAC AUUGCGCCCC UUGGUAUUCC AGGGGGCAUG CCUGUUUGAG CGUCAUU
分子量理論値: 50.376758 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #5: タンパク質, 60S ribosomal protein L2-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L2-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.217289 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #6: タンパク質, 60S ribosomal protein L3

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L3 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 43.719602 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #7: タンパク質, 60S ribosomal protein L4-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L4-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 39.027926 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #8: タンパク質, 60S ribosomal protein L5

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L5 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 33.415387 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #9: タンパク質, 60S ribosomal protein L6-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L6-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 20.000564 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #10: タンパク質, 60S ribosomal protein L7-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L7-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.34148 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #11: タンパク質, 60S ribosomal protein L8-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L8-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.65684 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #12: タンパク質, 60S ribosomal protein L9-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L9-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.491902 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #13: タンパク質, 60S ribosomal protein L10

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L10 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.410465 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #14: タンパク質, 60S ribosomal protein L11-B

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L11-Bリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 19.266082 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #15: タンパク質, 60S ribosomal protein L13-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L13-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.956312 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #16: タンパク質, 60S ribosomal protein L14-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L14-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.06387 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #17: タンパク質, 60S ribosomal protein L15-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L15-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.351162 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #18: タンパク質, 60S ribosomal protein L16-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L16-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.028951 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #19: 核酸, 18S ribosomal RNA

核酸名称: 18S ribosomal RNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUCGUUUAU UUGAUAGUUC CUUUACUACA UGGUAUAACU GUGGUAAUUC UAGAGCUAAU ACAUGCUUAA AAUCUCGACC CUUUGGAAGA GAUGUAUUUA UUAGAUAAAA AAUCAAUGUC UUCGGACUCU UUGAUGAUUC AUAAUAACUU UUCGAAUCGC AUGGCCUUGU GCUGGCGAUG GUUCAUUCAA AUUUCUGCCC UAUCAACUUU CGAUGGUAGG AUAGUGGCCU ACCAUGGUUU CAACGGGUAA CGGGGAAUAA GGGUUCGAUU CCGGAGAGGG AGCCUGAGAA ACGGCUACCA CAUCCAAGGA AGGCAGCAGG CGCGCAAAUU ACCCAAUCCU AAUUCAGGGA GGUAGUGACA AUAAAUAACG AUACAGGGCC CAUUCGGGUC UUGUAAUUGG AAUGAGUACA AUGUAAAUAC CUUAACGAGG AACAAUUGGA GGGCAAGUCU GGUGCCAGCA GCCGCGGUAA UUCCAGCUCC AAUAGCGUAU AUUAAAGUUG UUGCAGUUAA AAAGCUCGUA GUUGAACUUU GGGCCCGGUU GGCCGGUCCG AUUUUUUCGU GUACUGGAUU UCCAACGGGG CCUUUCCUUC UGGCUAACCU UGAGUCCUUG UGGCUCUUGG CGAACCAGGA CUUUUACUUU GAAAAAAUUA GAGUGUUCAA AGCAGGCGUA UUGCUCGAAU AUAUUAGCAU GGAAUAAUAG AAUAGGACGU UUGGUUCUAU UUUGUUGGUU UCUAGGACCA UCGUAAUGAU UAAUAGGGAC GGUCGGGGGC AUCAGUAUUC AAUUGUCAGA GGUGAAAUUC UUGGAUUUAU UGAAGACUAA CUACUGCGAA AGCAUUUGCC AAGGACGUUU UCAUUAAUCA AGAACGAAAG UUAGGGGAUC GAAGAUGAUC AGAUACCGUC GUAGUCUUAA CCAUAAACUA UGCCGACUAG GGAUCGGGUG GUGUUUUUUU AAUGACCCAC UCGGCACCUU ACGAGAAAUC AAAGUCUUUG GGUUCUGGGG GGAGUAUGGU CGCAAGGCUG AAACUUAAAG GAAUUGACGG AAGGGCACCA CCAGGAGUGG AGCCUGCGGC UUAAUUUGAC UCAACACGGG GAAACUCACC AGGUCCAGAC ACAAUAAGGA UUGACAGAUU GAGAGCUCUU UCUUGAUUUU GUGGGUGGUG GUGCAUGGCC GUUCUUAGUU GGUGGAGUGA UUUGUCUGCU UAAUUGCGAU AACGAACGAG ACCUUAACCU ACUAAAUAGU GGUGCUAGCA UUUGCUGGUU AUCCACUUCU UAGAGGGACU AUCGGUUUCA AGCCGAUGGA AGUUUGAGGC AAUAACAGGU CUGUGAUGCC CUUAGACGUU CUGGGCCGCA CGCGCGCUAC ACUGACGGAG CCAGCGAGUC UAACCUUGGC CGAGAGGUCU UGGUAAUCUU GUGAAACUCC GUCGUGCUGG GGAUAGAGCA UUGUAAUUAU UGCUCUUCAA CGAGGAAUUC CUAGUAAGCG CAAGUCAUCA GCUUGCGUUG AUUACGUCCC UGCCCUUUGU ACACACCGCC CGUCGCUAGU ACCGAUUGAA UGGCUUAGUG AGGCCUCAGG AUCUGCUUAG AGAAGGGGGC AACUCCAUCU CAGAGCGGAG AAUUUGGACA AACUUGGUCA UUUAGAGGAA CUAAAAGUCG UAACAAGGUU UCCGUAGGUG AACCUGCGGA AGGAUCAUUA
分子量理論値: 579.761938 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #20: タンパク質, 40S ribosomal protein S0-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S0-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.811074 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #21: タンパク質, 40S ribosomal protein S1-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S1-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.498365 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #22: タンパク質, 40S ribosomal protein S2

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S2 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.212979 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #23: タンパク質, 40S ribosomal protein S3

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S3 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.702791 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #24: タンパク質, 40S ribosomal protein S4-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S4-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.338133 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #25: タンパク質, 40S ribosomal protein S5

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S5 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.908338 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #26: タンパク質, 40S ribosomal protein S6-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S6-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.965975 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #27: タンパク質, 40S ribosomal protein S7-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S7-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.07157 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #28: タンパク質, 40S ribosomal protein S8-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S8-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.537803 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #29: タンパク質, 40S ribosomal protein S9-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S9-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.210662 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #30: タンパク質, 40S ribosomal protein S10-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S10-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.042562 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #31: タンパク質, 40S ribosomal protein S11-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S11-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.588461 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #32: タンパク質, 40S ribosomal protein S12

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S12 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.327331 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #33: タンパク質, 40S ribosomal protein S13

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S13 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.928748 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #34: タンパク質, 40S ribosomal protein S14-B

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S14-Bリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.560528 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #35: タンパク質, 40S ribosomal protein S15

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S15 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.421732 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #36: タンパク質, 40S ribosomal protein S16-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S16-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.659216 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #37: タンパク質, 40S ribosomal protein S17-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S17-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.268545 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #38: タンパク質, 40S ribosomal protein S18-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S18-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.940443 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #39: タンパク質, 40S ribosomal protein S19-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S19-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.81093 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #40: タンパク質, 40S ribosomal protein S20

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S20 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.476479 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #41: タンパク質, 40S ribosomal protein S21-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S21-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.758829 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #42: タンパク質, 40S ribosomal protein S22-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S22-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.518867 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #43: タンパク質, 40S ribosomal protein S23-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S23-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.942699 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #44: タンパク質, 40S ribosomal protein S24-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S24-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.23165 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #45: タンパク質, 40S ribosomal protein S25-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S25-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.930299 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #46: タンパク質, 40S ribosomal protein S26-B

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S26-Bリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.022989 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #47: タンパク質, 40S ribosomal protein S27-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S27-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.762195 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #48: タンパク質, 40S ribosomal protein S28-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S28-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.116281 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #49: タンパク質, 40S ribosomal protein S29-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S29-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.335303 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #50: タンパク質, 40S ribosomal protein S30-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S30-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.779086 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #51: タンパク質, Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

タンパク質名称: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.329946 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #52: タンパク質, Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein

タンパク質名称: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.151426 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #53: タンパク質, 60S ribosomal protein L17-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L17-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 20.589518 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #54: タンパク質, 60S ribosomal protein L18-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L18-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 20.478059 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #55: タンパク質, 60S ribosomal protein L19-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L19-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.631121 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #56: タンパク質, 60S ribosomal protein L20-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L20-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 20.478852 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #57: タンパク質, 60S ribosomal protein L21-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L21-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.148066 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #58: タンパク質, 60S ribosomal protein L22-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L22-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.006555 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #59: タンパク質, 60S ribosomal protein L23-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L23-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.218625 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #60: タンパク質, 60S ribosomal protein L24-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L24-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.506229 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #61: タンパク質, 60S ribosomal protein L25

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L25 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.641997 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #62: タンパク質, 60S ribosomal protein L26-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L26-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.892317 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #63: タンパク質, 60S ribosomal protein L27-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L27-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.437166 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #64: タンパク質, 60S ribosomal protein L28

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L28 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.630471 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #65: タンパク質, 60S ribosomal protein L29

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L29 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.560688 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #66: タンパク質, 60S ribosomal protein L30

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L30 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.902664 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #67: タンパク質, 60S ribosomal protein L31-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L31-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.649754 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #68: タンパク質, 60S ribosomal protein L32

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L32 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.478054 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #69: タンパク質, 60S ribosomal protein L33-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L33-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.045935 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #70: タンパク質, 60S ribosomal protein L34-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L34-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.608831 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #71: タンパク質, 60S ribosomal protein L35-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L35-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.811444 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #72: タンパク質, 60S ribosomal protein L36-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L36-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.020063 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #73: タンパク質, 60S ribosomal protein L37-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L37-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.300709 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #74: タンパク質, 60S ribosomal protein L38

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L38 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.714363 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #75: タンパク質, 60S ribosomal protein L39

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L39 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.227444 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #76: タンパク質, Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

タンパク質名称: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.032321 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #77: タンパク質, 60S ribosomal protein L41-B

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L41-Bリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 3.354243 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #78: タンパク質, 60S ribosomal protein L42-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L42-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.115462 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #79: タンパク質, 60S ribosomal protein L43-A

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L43-Aリボソーム / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.981756 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #80: タンパク質, 60S acidic ribosomal protein P0

タンパク質名称: 60S acidic ribosomal protein P0 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 33.749121 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #81: 核酸, P-site tRNA

核酸名称: P-site tRNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
UUCCUCGUGG CCCAAUGGUC ACGGCGUCUG GCUACGAACC AGAAGAUUCC AGGUUCAAGU CCUGGCGGGG AAGCCA
分子量理論値: 24.468551 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #82: 核酸, E-site tRNA

核酸名称: E-site tRNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
UCCGAUAUAG CGUAACGGCU AUCACAUCAC GCUUUCACCG UGGAGACCGG GGUUCGACUC CCCGUAUCGG AGCCA
分子量理論値: 24.004262 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #83: 核酸, A/P hybrid tRNA

核酸名称: A/P hybrid tRNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
GCCCGGAUAG CUCAGUCGGU AGAGCAGGGG AUUAGGAAUC CCCGUGUCCU UGGUUCGAUU CCGAGUCCGG GCACCA
分子量理論値: 24.501539 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #84: 核酸, P/E hybrid tRNA

核酸名称: P/E hybrid tRNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
CGCGGGGUGG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGGUCG UCGGUUCAAA UCCGGCCCCC GCAACCA
分子量理論値: 24.802785 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #85: 核酸, mRNA

核酸名称: mRNA伝令RNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
UUUUUUUUUU UUGACAAAUU UUUUUUUUAA UCCUGGAUGG AACGACCGUU UUUUUUU
分子量理論値: 17.90427 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #86: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 15 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.2
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 2.5 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 15739
3次元再構成分解能: 5.3 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線
(分解能の算定)

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原子モデル構築

得られたモデル

+
万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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