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- EMDB-43705: HIV-1 wild-type intasome core -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43705
タイトルHIV-1 wild-type intasome core
マップデータPrimary map
試料
  • 複合体: wild-type HIV-1 intasomes
    • タンパク質・ペプチド: Integraseインテグラーゼ
    • DNA: vDNA
    • DNA: vDNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide
キーワードHIV-1 / integrase (インテグラーゼ) / nucleoprotein complexes / INSTI / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core ...Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
インテグラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li M / Craigie R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: HIV-1 Integrase Assembles Multiple Species of Stable Synaptic Complex Intasomes That Are Active for Concerted DNA Integration In vitro.
著者: Min Li / Renbin Yang / Xuemin Chen / Huaibin Wang / Rodolfo Ghirlando / Emilios K Dimitriadis / Robert Craigie /
要旨: Retroviral DNA integration is mediated by nucleoprotein complexes (intasomes) in which a pair of viral DNA ends are bridged by a multimer of integrase (IN). Most of the high-resolution structures of ...Retroviral DNA integration is mediated by nucleoprotein complexes (intasomes) in which a pair of viral DNA ends are bridged by a multimer of integrase (IN). Most of the high-resolution structures of HIV-1 intasomes are based on an HIV-1 IN with an Sso7d protein domain fused to the N-terminus. Sso7d-IN aggregates much less than wild-type IN and has been critical for structural studies of HIV-1 intasomes. Unexpectedly, these structures revealed that the common core architecture that mediates catalysis could be assembled in various ways, giving rise to both tetrameric and dodecameric intasomes, together with other less well-characterized species. This differs from related retroviruses that assemble unique multimeric intasomes, although the number of protomers in the intasome varies between viruses. The question of whether the additional Sso7d domain contributes to the heterogeneity of HIV-1 intasomes is therefore raised. We have addressed this by biochemical and structural studies of intasomes assembled with wild-type HIV-1 IN. Negative stain and cryo-EM reveal a similar range of multimeric intasome species as with Sso7d-IN with the same common core architecture. Stacks of intasomes resulting from domain swapping are also seen with both wild-type and Sso7d-IN intasomes. The propensity to assemble multimeric intasome species is, therefore, an intrinsic property of HIV-1 IN and is not conferred by the presence of the Sso7d domain. The recently solved intasome structures of different retroviral species, which have been reported to be tetrameric, octameric, dodecameric, and hexadecameric, highlight how a common intasome core architecture can be assembled in different ways for catalysis.
履歴
登録2024年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43705.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.016
最小 - 最大-0.021049248 - 0.06971362
平均 (標準偏差)0.000005866695 (±0.0016641753)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 377.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_43705_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half1 map

ファイルemd_43705_half_map_1.map
注釈Half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half2 map

ファイルemd_43705_half_map_2.map
注釈Half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : wild-type HIV-1 intasomes

全体名称: wild-type HIV-1 intasomes
要素
  • 複合体: wild-type HIV-1 intasomes
    • タンパク質・ペプチド: Integraseインテグラーゼ
    • DNA: vDNA
    • DNA: vDNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide

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超分子 #1: wild-type HIV-1 intasomes

超分子名称: wild-type HIV-1 intasomes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: HIV-1 intasomes assembled with wild-type NL4-3 integrase
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Integrase

分子名称: Integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 32.658252 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSHMFLDGID KAQEEHEKYH SNWRAMASDF NLPPVVAKEI VASCDKCQLK GEAMHGQVDC SPGIWQLDCT HLEGKVILVA VHVASGYIE AEVIPAETGQ ETAYFLLKLA GRWPVKTVHT DNGSNFTSTT VKAACWWAGI KQEFGIPYNP QSQGVIESMN K ELKKIIGQ ...文字列:
GSHMFLDGID KAQEEHEKYH SNWRAMASDF NLPPVVAKEI VASCDKCQLK GEAMHGQVDC SPGIWQLDCT HLEGKVILVA VHVASGYIE AEVIPAETGQ ETAYFLLKLA GRWPVKTVHT DNGSNFTSTT VKAACWWAGI KQEFGIPYNP QSQGVIESMN K ELKKIIGQ VRDQAEHLKT AVQMAVFIHN FKRKGGIGGY SAGERIVDII ATDIQTKELQ KQITKIQNFR VYYRDSRDPV WK GPAKLLW KGEGAVVIQD NSDIKVVPRR KAKIIRDYGK QMAGDDCVAS RQDED

UniProtKB: インテグラーゼ

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分子 #2: vDNA

分子名称: vDNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 27.371412 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #3: vDNA

分子名称: vDNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 8.374477 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT) (DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4...

分子名称: (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: DLU
分子量理論値: 419.379 Da
Chemical component information

ChemComp-DLU:
(4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide / ドルテグラビル / 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM / ドルテグラビル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 6.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 460363
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5u1c

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 167000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5u1c


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8w09:
HIV-1 wild-type intasome core

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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