[日本語] English
万見
- EMDB-4296: Recombinant human MUC5B mucin N-terminal -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4296
タイトルRecombinant human MUC5B mucin N-terminal
マップデータNone
試料
  • 複合体: MUC5B N-terminal oligomeric state
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.5 Å
データ登録者Trillo-Muoy S / Nilsson HE / Hebert H / Hansson GC
資金援助 スウェーデン, 米国, 16件
OrganizationGrant number国
The Swedish Heart-Lung Foundation スウェーデン
Magnus Bergvalls Foundation スウェーデン
Lederhausens Center for CF Research at University Gothenburg スウェーデン
Center for Innovative Medicine (KI) スウェーデン
Cystic Fibrosis Foundation14X0 米国
Swedish CF Foundation スウェーデン
Cystic Fibrosis Foundation077X0 米国
Swedish Research Council スウェーデン
The Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
The Swedish Cancer Foundation スウェーデン
Sahlgrenska University Hospital (ALF) スウェーデン
IngaBritt and Arne Lundberg Foundation スウェーデン
National Institute of Allergy and Infectious DiseasesU01AI095473 スウェーデン
Wilhelm and Martina Lundgrens Foundation スウェーデン
Erica Lederhausens Foundation スウェーデン
The Swedish Foundation for Strategic Research スウェーデン
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018
タイトル: Granule-stored MUC5B mucins are packed by the non-covalent formation of N-terminal head-to-head tetramers.
著者: Sergio Trillo-Muyo / Harriet E Nilsson / Christian V Recktenwald / Anna Ermund / Caroline Ridley / Lauren N Meiss / Andrea Bähr / Nikolai Klymiuk / Jeffrey J Wine / Philip J B Koeck / David ...著者: Sergio Trillo-Muyo / Harriet E Nilsson / Christian V Recktenwald / Anna Ermund / Caroline Ridley / Lauren N Meiss / Andrea Bähr / Nikolai Klymiuk / Jeffrey J Wine / Philip J B Koeck / David J Thornton / Hans Hebert / Gunnar C Hansson /
要旨: Most MUC5B mucin polymers in the upper airways of humans and pigs are produced by submucosal glands. MUC5B forms N-terminal covalent dimers that are further packed into larger assemblies because of ...Most MUC5B mucin polymers in the upper airways of humans and pigs are produced by submucosal glands. MUC5B forms N-terminal covalent dimers that are further packed into larger assemblies because of low pH and high Ca in the secretory granule of the mucin-producing cell. We purified the recombinant MUC5B N-terminal covalent dimer and used single-particle electron microscopy to study its structure under intracellular conditions. We found that, at intragranular pH, the dimeric MUC5B organized into head-to-head noncovalent tetramers where the von Willebrand D1-D2 domains hooked into each other. These N-terminal tetramers further formed long linear complexes from which, we suggest, the mucin domains and their C termini project radially outwards. Using conventional and video microscopy, we observed that, upon secretion into the submucosal gland ducts, a flow of bicarbonate-rich fluid passes the mucin-secreting cells. We suggest that this unfolds and pulls out the MUC5B assemblies into long linear threads. These further assemble into thicker mucin bundles in the glandular ducts before emerging at the gland duct opening. We conclude that the combination of intracellular packing of the MUC5B mucin and the submucosal gland morphology creates an efficient machine for producing linear mucin bundles.
履歴
登録2018年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月21日-
マップ公開2019年3月20日-
更新2019年10月2日-
現状2019年10月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4296.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4296.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.0785 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.14 / ムービー #1: 1.14
最小 - 最大-0.92020476 - 3.0594723
平均 (標準偏差)0.009275456 (±0.13923985)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 399.07202 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.07852.07852.0785
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.072399.072399.072
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.9203.0590.009

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : MUC5B N-terminal oligomeric state

全体名称: MUC5B N-terminal oligomeric state
要素
  • 複合体: MUC5B N-terminal oligomeric state

-
超分子 #1: MUC5B N-terminal oligomeric state

超分子名称: MUC5B N-terminal oligomeric state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The MUC5B N-terminal covalent dimers form non-covalent tetramers at low pH, high Ca2+ in the secretory vesicles of the mucus secreting cells
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Human / 器官: submucosal gland / 組織: gland
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 組換株: ovary / 組換細胞: CHO-K1 cells
組換プラスミド: mammalian episomal expression vector pCEP-His
分子量実験値: 570 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 6.2 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: C6H13NO4S / 構成要素 - 名称: MES
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate / 詳細: 2% (w/v) uranyl acetate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.005 kPa
詳細Sample was incubated at room temperature overnight and then fixed in 0.6% glutaraldehyde for 4 min Before the negtive stain procedure

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.0 µm / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 95 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 15.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 72165 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 4456
詳細: Negative monitor contrast fascilated particle picking
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12)
ソフトウェア - 詳細: EMAN2 e2boxer.py was used to automatically select particle images
詳細: For low resolution data EMAN2 uses a 1D structure factor during the CTF procedure
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The initial model was based on a subset of class averages representing different views.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 4056
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る