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- EMDB-42685: Structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42685
タイトルStructure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle (composite map)
マップデータComposite map of the Ran-RCC1-NCP complex. The Ran-RCC1 portion was taken from a focus-refined Ran-RCC1 map. The NCP portion was taken from a 1-side bound Ran-RCC1-NCP map. Both local-sharpened.
試料
  • 複合体: Ran-RCC1-NCP complex
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2AヒストンH2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2BヒストンH2B
    • DNA: 153-bp Widom 601 DNA forward strand
    • DNA: 153-bp Widom 601 DNA reverse strand
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding nuclear protein Ran
    • タンパク質・ペプチド: Regulator of chromosome condensation
キーワードGTPase (GTPアーゼ) / Guanine nucleotide exchange factor (グアニンヌクレオチド交換因子) / chromatin-binding / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RCAF complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / polytene chromosome band / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Ub-specific processing proteases / larval somatic muscle development / 多糸染色体 / mitotic nuclear membrane reassembly / RNA nuclear export complex ...RCAF complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / polytene chromosome band / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Ub-specific processing proteases / larval somatic muscle development / 多糸染色体 / mitotic nuclear membrane reassembly / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / cellular response to mineralocorticoid stimulus / manchette / sulfate binding / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleosomal DNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / regulation of mitotic nuclear division / dynein intermediate chain binding / nuclear chromosome / ribosomal subunit export from nucleus / spermatid development / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal small subunit export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / nucleosome binding / sperm flagellum / spindle assembly / 核膜孔 / 中心小体 / protein export from nucleus / viral process / mitotic spindle organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein activity / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / chromosome segregation / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / small GTPase binding / nucleosome assembly / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / structural constituent of chromatin / GDP binding / ヌクレオソーム / メラノソーム / mitotic cell cycle / 核膜 / 染色体 / chromatin organization / positive regulation of protein binding / midbody / histone binding / actin cytoskeleton organization / nucleic acid binding / cadherin binding / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein domain specific binding / GTPase activity / chromatin binding / クロマチン / protein-containing complex binding / GTP binding / 核小体 / magnesium ion binding / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 1. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / small GTPase Ran family profile. / Ran (タンパク質) / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Histone H2B signature. ...Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 1. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / small GTPase Ran family profile. / Ran (タンパク質) / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ヒストンH3 / ヒストンH2B / Regulator of chromosome condensation / GTP-binding nuclear protein Ran / ヒストンH4 / ヒストンH2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Huang SK / Rubinstein JL / Kay LE
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2015-04347 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FND-50357 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle
著者: Huang SK / Rubinstein JL / Kay LE
履歴
登録2023年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42685.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of the Ran-RCC1-NCP complex. The Ran-RCC1 portion was taken from a focus-refined Ran-RCC1 map. The NCP portion was taken from a 1-side bound Ran-RCC1-NCP map. Both local-sharpened.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-0.123132035 - 10.992342000000001
平均 (標準偏差)0.021685403 (±0.20942947)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 263.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ran-RCC1-NCP complex

全体名称: Ran-RCC1-NCP complex
要素
  • 複合体: Ran-RCC1-NCP complex
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2AヒストンH2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2BヒストンH2B
    • DNA: 153-bp Widom 601 DNA forward strand
    • DNA: 153-bp Widom 601 DNA reverse strand
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding nuclear protein Ran
    • タンパク質・ペプチド: Regulator of chromosome condensation

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超分子 #1: Ran-RCC1-NCP complex

超分子名称: Ran-RCC1-NCP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 15.405036 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVGLFEDTN LSAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: ヒストンH3

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: An extra isoleucine was inserted at the N-terminus following the first residue methionine
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.521611 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MITGRGKGGK GLGKGGAKRH RKVLRDNIQG ITKPAIRRLA RRGGVKRISG LIYEETRGVL KVFLENVIRD AVTYTEHAKR KTVTAMDVV YALKRQGRTL YGFGG

UniProtKB: ヒストンH4

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分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.388727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKV KGKAKSRSNR AGLQFPVGRI HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVMEYLAA EVLELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLSG VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TEKKA

UniProtKB: ヒストンH2A

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分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: An extra glycine was left at the N-terminus as a result of TEV cleavage. An extra isoleucine (residue 3) was inserted after the initiation methionine.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.897275 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GMIPPKTSGK AAKKAGKAQK NITKTDKKKK RKRKESYAIY IYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDIF ERIAAEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK

UniProtKB: ヒストンH2B

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分子 #7: GTP-binding nuclear protein Ran

分子名称: GTP-binding nuclear protein Ran / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.456105 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAAQGEPQVQ FKLVLVGDGG TGKTTFVKRH LTGEFEKKYV ATLGVEVHPL VFHTNRGPIK FNVWDTAGQE KFGGLRDGYY IQAQCAIIM FDVTSRVTYK NVPNWHRDLV RVCENIPIVL CGNKVDIKDR KVKAKSIVFH RKKNLQYYDI SAKSNYNFEK P FLWLARKL ...文字列:
MAAQGEPQVQ FKLVLVGDGG TGKTTFVKRH LTGEFEKKYV ATLGVEVHPL VFHTNRGPIK FNVWDTAGQE KFGGLRDGYY IQAQCAIIM FDVTSRVTYK NVPNWHRDLV RVCENIPIVL CGNKVDIKDR KVKAKSIVFH RKKNLQYYDI SAKSNYNFEK P FLWLARKL IGDPNLEFVA MPALAPPEVV MDPALAAQYE HDLEVAQTTA LPDEDDDL

UniProtKB: GTP-binding nuclear protein Ran

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分子 #8: Regulator of chromosome condensation

分子名称: Regulator of chromosome condensation / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.893758 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SPKRIAKRRS PPADAIPKSK KVKVSHRSHS TEPGLVLTLG QGDVGQLGLG ENVMERKKPA LVSIPEDVVQ AEAGGMHTVC LSKSGQVYS FGCNDEGALG RDTSVEGSEM VPGKVELQEK VVQVSAGDSH TAALTDDGRV FLWGSFRDNN GVIGLLEPMK K SMVPVQVQ ...文字列:
SPKRIAKRRS PPADAIPKSK KVKVSHRSHS TEPGLVLTLG QGDVGQLGLG ENVMERKKPA LVSIPEDVVQ AEAGGMHTVC LSKSGQVYS FGCNDEGALG RDTSVEGSEM VPGKVELQEK VVQVSAGDSH TAALTDDGRV FLWGSFRDNN GVIGLLEPMK K SMVPVQVQ LDVPVVKVAS GNDHLVMLTA DGDLYTLGCG EQGQLGRVPE LFANRGGRQG LERLLVPKCV MLKSRGSRGH VR FQDAFCG AYFTFAISHE GHVYGFGLSN YHQLGTPGTE SCFIPQNLTS FKNSTKSWVG FSGGQHHTVC MDSEGKAYSL GRA EYGRLG LGEGAEEKSI PTLISRLPAV SSVACGASVG YAVTKDGRVF AWGMGTNYQL GTGQDEDAWS PVEMMGKQLE NRVV LSVSS GGQHTVLLVK DKEQS

UniProtKB: Regulator of chromosome condensation

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分子 #5: 153-bp Widom 601 DNA forward strand

分子名称: 153-bp Widom 601 DNA forward strand / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 47.457234 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)

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分子 #6: 153-bp Widom 601 DNA reverse strand

分子名称: 153-bp Widom 601 DNA reverse strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 46.998945 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: The composite map of the Ran-RCC1-NCP complex are made from stitching together two distinct portions from two separate maps. The Ran-RCC1 portion comes from a locally refined map of the Ran- ...詳細: The composite map of the Ran-RCC1-NCP complex are made from stitching together two distinct portions from two separate maps. The Ran-RCC1 portion comes from a locally refined map of the Ran-RCC1 region on NCP, which used 401,603 particles and refined to 2.5 angstrom resolution. The NCP portion comes from a map of a 1-side bound Ran-RCC1-NCP complex, which used 199,434 particles and refined to 2.4 angstrom resolution.
使用した粒子像数: 401603
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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