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万見
- EMDB-41831: Gradient-fixed lipidated recombinant apolipoprotein E4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41831
タイトルGradient-fixed lipidated recombinant apolipoprotein E4
マップデータGradient-fixed lipidated recombinant apolipoprotein E4
試料
  • 複合体: Gradient fixed lipidated recombinant apolipoprotein E4 in complex with monoclonal anti-ApoE F(ab')2 fragment
キーワードApolipoprotien E / ApoE / Lipoprotein (リポタンパク質) / LIPID BINDING PROTEIN
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.71 Å
データ登録者Strickland MR / Rau M / Summers B / Basore K / Wulf II J / Jiang H / Chen Y / Ulrich JD / Randolph GJ / Zhang R ...Strickland MR / Rau M / Summers B / Basore K / Wulf II J / Jiang H / Chen Y / Ulrich JD / Randolph GJ / Zhang R / Fitzpatrick JAJ / Cashikar AG / Holtzman DM
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)T32AG058518 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1NS090934 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1U19AG069701 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1745038 米国
Other private 米国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2024
タイトル: Apolipoprotein E secreted by astrocytes forms antiparallel dimers in discoidal lipoproteins.
著者: Michael R Strickland / Michael J Rau / Brock Summers / Katherine Basore / John Wulf / Hong Jiang / Yun Chen / Jason D Ulrich / Gwendalyn J Randolph / Rui Zhang / James A J Fitzpatrick / Anil ...著者: Michael R Strickland / Michael J Rau / Brock Summers / Katherine Basore / John Wulf / Hong Jiang / Yun Chen / Jason D Ulrich / Gwendalyn J Randolph / Rui Zhang / James A J Fitzpatrick / Anil G Cashikar / David M Holtzman /
要旨: The Apolipoprotein E gene (APOE) is of great interest due to its role as a risk factor for late-onset Alzheimer's disease. ApoE is secreted by astrocytes in the central nervous system in high-density ...The Apolipoprotein E gene (APOE) is of great interest due to its role as a risk factor for late-onset Alzheimer's disease. ApoE is secreted by astrocytes in the central nervous system in high-density lipoprotein (HDL)-like lipoproteins. Structural models of lipidated ApoE of high resolution could aid in a mechanistic understanding of how ApoE functions in health and disease. Using monoclonal Fab and F(ab') fragments, we characterize the structure of lipidated ApoE on astrocyte-secreted lipoproteins. Our results provide support for the "double-belt" model of ApoE in nascent discoidal HDL-like lipoproteins, where two ApoE proteins wrap around the nanodisc in an antiparallel conformation. We further show that lipidated, recombinant ApoE accurately models astrocyte-secreted ApoE lipoproteins. Cryogenic electron microscopy of recombinant lipidated ApoE further supports ApoE adopting antiparallel dimers in nascent discoidal lipoproteins.
履歴
登録2023年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41831.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Gradient-fixed lipidated recombinant apolipoprotein E4
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.928 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0886
最小 - 最大-0.58472586 - 2.431171
平均 (標準偏差)-0.00046778852 (±0.04148413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 556.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_41831_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_41831_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gradient fixed lipidated recombinant apolipoprotein E4 in complex...

全体名称: Gradient fixed lipidated recombinant apolipoprotein E4 in complex with monoclonal anti-ApoE F(ab')2 fragment
要素
  • 複合体: Gradient fixed lipidated recombinant apolipoprotein E4 in complex with monoclonal anti-ApoE F(ab')2 fragment

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超分子 #1: Gradient fixed lipidated recombinant apolipoprotein E4 in complex...

超分子名称: Gradient fixed lipidated recombinant apolipoprotein E4 in complex with monoclonal anti-ApoE F(ab')2 fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 182 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.8 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 51037
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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