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- EMDB-4146: Human 26S proteasome in complex with Oprozomib -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4146
タイトルHuman 26S proteasome in complex with Oprozomibプロテアソーム
マップデータ
試料
  • 複合体: human 26S proteasome in complex with oprozomibプロテアソーム
    • 複合体: human 26S proteasomeプロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: x 33種
      • リガンド: x 1種
    • 複合体: bound oprozomib
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of inclusion body assembly / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / proteasome accessory complex / 減数分裂 / purine ribonucleoside triphosphate binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process ...positive regulation of inclusion body assembly / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / proteasome accessory complex / 減数分裂 / purine ribonucleoside triphosphate binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / metal-dependent deubiquitinase activity / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / protein K63-linked deubiquitination / negative regulation of programmed cell death / regulation of endopeptidase activity / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / proteasome core complex / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / K63-linked deubiquitinase activity / immune system process / myofibril / proteasome binding / regulation of protein catabolic process / proteasome storage granule / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / blastocyst development / transcription factor binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / general transcription initiation factor binding / endopeptidase activator activity / NF-kappaB binding / proteasome assembly / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / regulation of proteasomal protein catabolic process / enzyme regulator activity / mRNA export from nucleus / : / 封入体 / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to organonitrogen compound / proteasome complex / proteolysis involved in protein catabolic process / sarcomere / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / ciliary basal body / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Degradation of DVL / proteasomal protein catabolic process / P-body / 細胞分化 / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Hh mutants are degraded by ERAD / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Degradation of AXIN / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Degradation of GLI1 by the proteasome / lipopolysaccharide binding / Activation of NF-kappaB in B cells / Hedgehog ligand biogenesis / Negative regulation of NOTCH4 signaling / G2/M Checkpoints / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / double-strand break repair via homologous recombination / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Regulation of RUNX3 expression and activity / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / response to virus
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin interaction motif / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / DSS1/SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / : ...: / Ubiquitin interaction motif / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / DSS1/SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / : / DSS1/SEM1 family / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 C-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN2, N-terminal domain / DSS1_SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn6, N-terminal / 6S proteasome subunit Rpn6, C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN6 N-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn2/Psmd1 subunit / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 26S proteasome regulatory subunit RPN2, C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 C-terminal domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / : / 26S proteasome regulatory subunit 7, OB domain / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / Proteasome/cyclosome repeat / Proteasome/cyclosome repeat / Ubiquitin-interacting motif. / PCI/PINT associated module / von Willebrand factor type A domain / Proteasome subunit alpha 1 / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / HEAT repeats / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / VWFA domain profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / von Willebrand factor, type A / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / Proteasome subunit alpha type-7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / 26S proteasome regulatory subunit 6A / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 ...26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / Proteasome subunit alpha type-7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / 26S proteasome regulatory subunit 6A / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 / 26S proteasome regulatory subunit 7 / 26S proteasome regulatory subunit 6B / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Proteasome subunit alpha type-6 / 26S proteasome regulatory subunit 4 / 26S proteasome regulatory subunit 8 / 26S proteasome regulatory subunit 10B / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 / Proteasome subunit beta type-7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Synthetic construct (人工物) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Haselbach D / Schrader J / Lambrecht F / Henneberg F / Chari A / Stark H
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationCH1098-1/1 ドイツ
ESFRI ドイツ
German Research FoundationSFB860-TP A5 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Long-range allosteric regulation of the human 26S proteasome by 20S proteasome-targeting cancer drugs.
著者: David Haselbach / Jil Schrader / Felix Lambrecht / Fabian Henneberg / Ashwin Chari / Holger Stark /
要旨: The proteasome holoenzyme is the major non-lysosomal protease; its proteolytic activity is essential for cellular homeostasis. Thus, it is an attractive target for the development of ...The proteasome holoenzyme is the major non-lysosomal protease; its proteolytic activity is essential for cellular homeostasis. Thus, it is an attractive target for the development of chemotherapeutics. While the structural basis of core particle (CP) inhibitors is largely understood, their structural impact on the proteasome holoenzyme remains entirely elusive. Here, we determined the structure of the 26S proteasome with and without the inhibitor Oprozomib. Drug binding modifies the energy landscape of conformational motion in the proteasome regulatory particle (RP). Structurally, the energy barrier created by Oprozomib triggers a long-range allosteric regulation, resulting in the stabilization of a non-productive state. Thereby, the chemical drug-binding signal is converted, propagated and amplified into structural changes over a distance of more than 150 Å from the proteolytic site to the ubiquitin receptor Rpn10. The direct visualization of changes in conformational dynamics upon drug binding allows new ways to screen and develop future allosteric proteasome inhibitors.
履歴
登録2016年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月5日-
マップ公開2017年7月5日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5m32
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.27 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.13073525 - 0.27538812
平均 (標準偏差)0.0013361698 (±0.009985619)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 426.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.271.271.27
M x/y/z336336336
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.720426.720426.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS336336336
D min/max/mean-0.1310.2750.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human 26S proteasome in complex with oprozomib

全体名称: human 26S proteasome in complex with oprozomibプロテアソーム
要素
  • 複合体: human 26S proteasome in complex with oprozomibプロテアソーム
    • 複合体: human 26S proteasomeプロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3PSMB3
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2PSMB2
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5PSMB5
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1PSMB1
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4PSMB4
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 7
      • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 6B
      • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 10B
      • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 6A
      • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 8
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome complex subunit SEM1プロテアソーム
      • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
    • 複合体: bound oprozomib
      • タンパク質・ペプチド: bound Oprozomib

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超分子 #1: human 26S proteasome in complex with oprozomib

超分子名称: human 26S proteasome in complex with oprozomib / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 1.5 MDa

+
超分子 #2: human 26S proteasome

超分子名称: human 26S proteasome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#33, #35
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa

+
超分子 #3: bound oprozomib

超分子名称: bound oprozomib / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #34
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 25.927535 KDa
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MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV NGKTFLEKRY NEDLELEDAI HTAILTLKES FEGQMTEDNI EVGICNEAGF RRLTPTEVKD YLAAIA

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 29.525842 KDa
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+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 26.164742 KDa
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分子 #4: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
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分子 #5: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 26.203836 KDa
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分子 #6: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 28.469252 KDa
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MSSIGTGYDL SASTFSPDGR VFQVEYAMKA VENSSTAIGI RCKDGVVFGV EKLVLSKLYE EGSNKRLFNV DRHVGMAVAG LLADARSLA DIAREEASNF RSNFGYNIPL KHLADRVAMY VHAYTLYSAV RPFGCSFMLG SYSVNDGAQL YMIDPSGVSY G YWGCAIGK ARQAAKTEIE KLQMKEMTCR DIVKEVAKII YIVHDEVKDK AFELELSWVG ELTNGRHEIV PKDIREEAEK YA KESLKEE DESDDDNM

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 27.432459 KDa
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MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA GVKQTESTSF LEKKVKKKFD WTFEQTVETA ITCLSTVLSI DFKPSEIEVG VVTVENPKFR ILTEAEIDAH LV ALAERD

+
分子 #8: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 30.000418 KDa
配列文字列: MAAVSVYAPP VGGFSFDNCR RNAVLEADFA KRGYKLPKVR KTGTTIAGVV YKDGIVLGAD TRATEGMVVA DKNCSKIHFI SPNIYCCGA GTAADTDMTT QLISSNLELH SLSTGRLPRV VTANRMLKQM LFRYQGYIGA ALVLGGVDVT GPHLYSIYPH G STDKLPYV ...文字列:
MAAVSVYAPP VGGFSFDNCR RNAVLEADFA KRGYKLPKVR KTGTTIAGVV YKDGIVLGAD TRATEGMVVA DKNCSKIHFI SPNIYCCGA GTAADTDMTT QLISSNLELH SLSTGRLPRV VTANRMLKQM LFRYQGYIGA ALVLGGVDVT GPHLYSIYPH G STDKLPYV TMGSGSLAAM AVFEDKFRPD MEEEEAKNLV SEAIAAGIFN DLGSGSNIDL CVISKNKLDF LRPYTVPNKK GT RLGRYRC EKGTTAVLTE KITPLEIEVL EETVQTMDTS

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分子 #9: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 22.972896 KDa
配列文字列: MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCAEQMYGM CESLWEPNMD P DHLFETIS ...文字列:
MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCAEQMYGM CESLWEPNMD P DHLFETIS QAMLNAVDRD AVSGMGVIVH IIEKDKITTR TLKARMD

+
分子 #10: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 22.349719 KDa
配列文字列: MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ ...文字列:
MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ KRFILNLPTF SVRVIDKDGI HNLENIAF

+
分子 #11: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 22.484369 KDa
配列文字列: TTTLAFKFRH GVIVAADSRA TAGAYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQ YKGMGLSMGT MICGWDKRGP GLYYVDSEGN RISGATFSVG SGSVYAYGVM DRGYSYDLEV EQAYDLARRA I YQATYRDA ...文字列:
TTTLAFKFRH GVIVAADSRA TAGAYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQ YKGMGLSMGT MICGWDKRGP GLYYVDSEGN RISGATFSVG SGSVYAYGVM DRGYSYDLEV EQAYDLARRA I YQATYRDA YSGGAVNLYH VREDGWIRVS SDNVADLHEK YSGSTP

+
分子 #12: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 26.522396 KDa
配列文字列: MLSSTAMYSA PGRDLGMEPH RAAGPLQLRF SPYVFNGGTI LAIAGEDFAI VASDTRLSEG FSIHTRDSPK CYKLTDKTVI GCSGFHGDC LTLTKIIEAR LKMYKHSNNK AMTTGAIAAM LSTILYSRRF FPYYVYNIIG GLDEEGKGAV YSFDPVGSYQ R DSFKAGGS ...文字列:
MLSSTAMYSA PGRDLGMEPH RAAGPLQLRF SPYVFNGGTI LAIAGEDFAI VASDTRLSEG FSIHTRDSPK CYKLTDKTVI GCSGFHGDC LTLTKIIEAR LKMYKHSNNK AMTTGAIAAM LSTILYSRRF FPYYVYNIIG GLDEEGKGAV YSFDPVGSYQ R DSFKAGGS ASAMLQPLLD NQVGFKNMQN VEHVPLSLDR AMRLVKDVFI SAAERDVYTG DALRICIVTK EGIREETVSL RK D

+
分子 #13: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 29.231178 KDa
配列文字列: MEAFLGSRSG LWAGGPAPGQ FYRIPSTPDS FMDPASALYR GPITRTQNPM VTGTSVLGVK FEGGVVIAAD MLGSYGSLAR FRNISRIMR VNNSTMLGAS GDYADFQYLK QVLGQMVIDE ELLGDGHSYS PRAIHSWLTR AMYSRRSKMN PLWNTMVIGG Y ADGESFLG ...文字列:
MEAFLGSRSG LWAGGPAPGQ FYRIPSTPDS FMDPASALYR GPITRTQNPM VTGTSVLGVK FEGGVVIAAD MLGSYGSLAR FRNISRIMR VNNSTMLGAS GDYADFQYLK QVLGQMVIDE ELLGDGHSYS PRAIHSWLTR AMYSRRSKMN PLWNTMVIGG Y ADGESFLG YVDMLGVAYE APSLATGYGA YLAQPLLREV LEKQPVLSQT EARDLVERCM RVLYYRDARS YNRFQIATVT EK GVEIEGP LSTETNWDIA HMISGFE

+
分子 #14: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 25.377652 KDa
配列文字列: MAATLLAARG AGPAPAWGPE AFTPDWESRE VSTGTTIMAV QFDGGVVLGA DSRTTTGSYI ANRVTDKLTP IHDRIFCCRS GSAADTQAV ADAVTYQLGF HSIELNEPPL VHTAASLFKE MCYRYREDLM AGIIIAGWDP QEGGQVYSVP MGGMMVRQSF A IGGSGSSY ...文字列:
MAATLLAARG AGPAPAWGPE AFTPDWESRE VSTGTTIMAV QFDGGVVLGA DSRTTTGSYI ANRVTDKLTP IHDRIFCCRS GSAADTQAV ADAVTYQLGF HSIELNEPPL VHTAASLFKE MCYRYREDLM AGIIIAGWDP QEGGQVYSVP MGGMMVRQSF A IGGSGSSY IYGYVDATYR EGMTKEECLQ FTANALALAM ERDGSSGGVI RLAAIAESGV ERQVLLGDQI PKFAVATLPP A

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分子 #15: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 26.351039 KDa
配列文字列: SYDRAITVFS PDGHLFQVEY AQEAVKKGST AVGVRGRDIV VLGVEKKSVA KLQDERTVRK ICALDDNVCM AFAGLTADAR IVINRARVE CQSHRLTVED PVTVEYITRY IASLKQRYTQ SNGRRPFGIS ALIVGFDFDG TPRLYQTDPS GTYHAWKANA I GRGAKSVR ...文字列:
SYDRAITVFS PDGHLFQVEY AQEAVKKGST AVGVRGRDIV VLGVEKKSVA KLQDERTVRK ICALDDNVCM AFAGLTADAR IVINRARVE CQSHRLTVED PVTVEYITRY IASLKQRYTQ SNGRRPFGIS ALIVGFDFDG TPRLYQTDPS GTYHAWKANA I GRGAKSVR EFLEKNYTDD AIETDDLTIK LVIKALLEVV QSGGKNIELA VMRRDQSLKI LNPEEIEKYV AEIEKEK

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分子 #16: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 26.632299 KDa
配列文字列: AANQYDNDVT VWSPQGRIHQ IEYAMEAVKQ GSATVGLKSK THAVLVALKR AQSELAAHQK KILHVDNHIG ISIAGLTADA RLLCNFMRQ ECLDSRFVFD RPLPVSRLVS LIGSKTQIPT QRYGRRPYGV GLLIAGYDDM GPHIFQTCPS ANYFDCRAMS I GARSQSAR ...文字列:
AANQYDNDVT VWSPQGRIHQ IEYAMEAVKQ GSATVGLKSK THAVLVALKR AQSELAAHQK KILHVDNHIG ISIAGLTADA RLLCNFMRQ ECLDSRFVFD RPLPVSRLVS LIGSKTQIPT QRYGRRPYGV GLLIAGYDDM GPHIFQTCPS ANYFDCRAMS I GARSQSAR TYLERHMSEF MECNLDELVK HGLRALRETL PAEQDLTTKN VSIGIVGKDL EFTIYDDDDV SPFLDGLEER

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分子 #17: 26S protease regulatory subunit 7

分子名称: 26S protease regulatory subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 48.700805 KDa
配列文字列: MPDYLGADQR KTKEDEKDDK PIRALDEGDI ALLKTYGQST YSRQIKQVED DIQQLLKKIN ELTGIKESDT GLAPPALWDL AADKQTLQS EQPLQVARCT KIINADSEDP KYIINVKQFA KFVVDLSDQV APTDIEEGMR VGVDRNKYQI HIPLPPKIDP T VTMMQVEE ...文字列:
MPDYLGADQR KTKEDEKDDK PIRALDEGDI ALLKTYGQST YSRQIKQVED DIQQLLKKIN ELTGIKESDT GLAPPALWDL AADKQTLQS EQPLQVARCT KIINADSEDP KYIINVKQFA KFVVDLSDQV APTDIEEGMR VGVDRNKYQI HIPLPPKIDP T VTMMQVEE KPDVTYSDVG GCKEQIEKLR EVVETPLLHP ERFVNLGIEP PKGVLLFGPP GTGKTLCARA VANRTDACFI RV IGSELVQ KYVGEGARMV RELFEMARTK KACLIFFDEI DAIGGARFDD GAGGDNEVQR TMLELINQLD GFDPRGNIKV LMA TNRPDT LDPALMRPGR LDRKIEFSLP DLEGRTHIFK IHARSMSVER DIRFELLARL CPNSTGAEIR SVCTEAGMFA IRAR RKIAT EKDFLEAVNK VIKSYAKFSA TPRYMTYN

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分子 #18: 26S protease regulatory subunit 4

分子名称: 26S protease regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 47.91398 KDa
配列文字列: MGQSQSGGHG PGGGKKDDKD KKKKYEPPVP TRVGKKKKKT KGPDAASKLP LVTPHTQCRL KLLKLERIKD YLLMEEEFIR NQEQMKPLE EKQEEERSKV DDLRGTPMSV GTLEEIIDDN HAIVSTSVGS EHYVSILSFV DKDLLEPGCS VLLNHKVHAV I GVLMDDTD ...文字列:
MGQSQSGGHG PGGGKKDDKD KKKKYEPPVP TRVGKKKKKT KGPDAASKLP LVTPHTQCRL KLLKLERIKD YLLMEEEFIR NQEQMKPLE EKQEEERSKV DDLRGTPMSV GTLEEIIDDN HAIVSTSVGS EHYVSILSFV DKDLLEPGCS VLLNHKVHAV I GVLMDDTD PLVTVMKVEK APQETYADIG GLDNQIQEIK ESVELPLTHP EYYEEMGIKP PKGVILYGPP GTGKTLLAKA VA NQTSATF LRVVGSELIQ KYLGDGPKLV RELFRVAEEH APSIVFIDEI DAIGTKRYDS NSGGEREIQR TMLELLNQLD GFD SRGDVK VIMATNRIET LDPALIRPGR IDRKIEFPLP DEKTKKRIFQ IHTSRMTLAD DVTLDDLIMA KDDLSGADIK AICT EAGLM ALRERRMKVT NEDFKKSKEN VLY

+
分子 #19: 26S protease regulatory subunit 6B

分子名称: 26S protease regulatory subunit 6B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 47.426141 KDa
配列文字列: MEEIGILVEK AQDEIPALSV SRPQTGLSFL GPEPEDLEDL YSRYKKLQQE LEFLEVQEEY IKDEQKNLKK EFLHAQEEVK RIQSIPLVI GQFLEAVDQN TAIVGSTTGS NYYVRILSTI DRELLKPNAS VALHKHSNAL VDVLPPEADS SIMMLTSDQK P DVMYADIG ...文字列:
MEEIGILVEK AQDEIPALSV SRPQTGLSFL GPEPEDLEDL YSRYKKLQQE LEFLEVQEEY IKDEQKNLKK EFLHAQEEVK RIQSIPLVI GQFLEAVDQN TAIVGSTTGS NYYVRILSTI DRELLKPNAS VALHKHSNAL VDVLPPEADS SIMMLTSDQK P DVMYADIG GMDIQKQEVR EAVELPLTHF ELYKQIGIDP PRGVLMYGPP GCGKTMLAKA VAHHTTAAFI RVVGSEFVQK YL GEGPRMV RDVFRLAKEN APAIIFIDEI DAIATKRFDA QTGADREVQR ILLELLNQMD GFDQNVNVKV IMATNRADTL DPA LLRPGR LDRKIEFPLP DRRQKRLIFS TITSKMNLSE EVDLEDYVAR PDKISGADIN SICQESGMLA VRENRYIVLA KDFE KAYKT VIKKDEQEHE FYK

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分子 #20: 26S protease regulatory subunit 10B

分子名称: 26S protease regulatory subunit 10B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 43.065641 KDa
配列文字列: MADPRDKALQ DYRKKLLEHK EIDGRLKELR EQLKELTKQY EKSENDLKAL QSVGQIVGEV LKQLTEEKFI VKATNGPRYV VGCRRQLDK SKLKPGTRVA LDMTTLTIMR YLPREVDPLV YNMSHEDPGN VSYSEIGGLS EQIRELREVI ELPLTNPELF Q RVGIIPPK ...文字列:
MADPRDKALQ DYRKKLLEHK EIDGRLKELR EQLKELTKQY EKSENDLKAL QSVGQIVGEV LKQLTEEKFI VKATNGPRYV VGCRRQLDK SKLKPGTRVA LDMTTLTIMR YLPREVDPLV YNMSHEDPGN VSYSEIGGLS EQIRELREVI ELPLTNPELF Q RVGIIPPK GCLLYGPPGT GKTLLARAVA SQLDCNFLKV VSSSIVDKYI GESARLIREM FNYARDHQPC IIFMDEIDAI GG RRFSEGT SADREIQRTL MELLNQMDGF DTLHRVKMIM ATNRPDTLDP ALLRPGRLDR KIHIDLPNEQ ARLDILKIHA GPI TKHGEI DYEAIVKLSD GFNGADLRNV CTEAGMFAIR ADHDFVVQED FMKAVRKVAD SKK

+
分子 #21: 26S protease regulatory subunit 6A

分子名称: 26S protease regulatory subunit 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 49.266457 KDa
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MNLLPNIESP VTRQEKMATV WDEAEQDGIG EEVLKMSTEE IIQRTRLLDS EIKIMKSEVL RVTHELQAMK DKIKENSEKI KVNKTLPYL VSNVIELLDV DPNDQEEDGA NIDLDSQRKG KCAVIKTSTR QTYFLPVIGL VDAEKLKPGD LVGVNKDSYL I LETLPTEY DSRVKAMEVD ERPTEQYSDI GGLDKQIQEL VEAIVLPMNH KEKFENLGIQ PPKGVLMYGP PGTGKTLLAR AC AAQTKAT FLKLAGPQLV QMFIGDGAKL VRDAFALAKE KAPSIIFIDE LDAIGTKRFD SEKAGDREVQ RTMLELLNQL DGF QPNTQV KVIAATNRVD ILDPALLRSG RLDRKIEFPM PNEEARARIM QIHSRKMNVS PDVNYEELAR CTDDFNGAQC KAVC VEAGM IALRRGATEL THEDYMEGIL EVQAKKKANL QYYA

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分子 #22: 26S protease regulatory subunit 8

分子名称: 26S protease regulatory subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 39.818309 KDa
配列文字列: KSQNLRRLQA QRNELNAKVR LLREELQLLQ EQGSYVGEVV RAMDKKKVLV KVHPEGKFVV DVDKNIDIND VTPNCRVALR NDSYTLHKI LPNKVDPLVS LMMVEKVPDS TYEMIGGLDK QIKEIKEVIE LPVKHPELFE ALGIAQPKGV LLYGPPGTGK T LLARAVAH ...文字列:
KSQNLRRLQA QRNELNAKVR LLREELQLLQ EQGSYVGEVV RAMDKKKVLV KVHPEGKFVV DVDKNIDIND VTPNCRVALR NDSYTLHKI LPNKVDPLVS LMMVEKVPDS TYEMIGGLDK QIKEIKEVIE LPVKHPELFE ALGIAQPKGV LLYGPPGTGK T LLARAVAH HTDCTFIRVS GSELVQKFIG EGARMVRELF VMAREHAPSI IFMDEIDSIG SSRLEGGSGG DSEVQRTMLE LL NQLDGFE ATKNIKVIMA TNRIDILDSA LLRPGRIDRK IEFPPPNEEA RLDILKIHSR KMNLTRGINL RKIAELMPGA SGA EVKGVC TEAGMYALRE RRVHVTQEDF EMAVAKVMQ

+
分子 #23: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 105.958234 KDa
配列文字列: MITSAAGIIS LLDEDEPQLK EFALHKLNAV VNDFWAEISE SVDKIEVLYE DEGFRSRQFA ALVASKVFYH LGAFEESLNY ALGAGDLFN VNDNSEYVET IIAKCIDHYT KQCVENADLP EGEKKPIDQR LEGIVNKMFQ RCLDDHKYKQ AIGIALETRR L DVFEKTIL ...文字列:
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分子 #24: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 61.0665 KDa
配列文字列: MKQEGSARRR GADKAKPPPG GGEQEPPPPP APQDVEMKEE AATGGGSTGE ADGKTAAAAA EHSQRELDTV TLEDIKEHVK QLEKAVSGK EPRFVLRALR MLPSTSRRLN HYVLYKAVQG FFTSNNATRD FLLPFLEEPM DTEADLQFRP RTGKAASTPL L PEVEAYLQ ...文字列:
MKQEGSARRR GADKAKPPPG GGEQEPPPPP APQDVEMKEE AATGGGSTGE ADGKTAAAAA EHSQRELDTV TLEDIKEHVK QLEKAVSGK EPRFVLRALR MLPSTSRRLN HYVLYKAVQG FFTSNNATRD FLLPFLEEPM DTEADLQFRP RTGKAASTPL L PEVEAYLQ LLVVIFMMNS KRYKEAQKIS DDLMQKISTQ NRRALDLVAA KCYYYHARVY EFLDKLDVVR SFLHARLRTA TL RHDADGQ ATLLNLLLRN YLHYSLYDQA EKLVSKSVFP EQANNNEWAR YLYYTGRIKA IQLEYSEARR TMTNALRKAP QHT AVGFKQ TVHKLLIVVE LLLGEIPDRL QFRQPSLKRS LMPYFLLTQA VRTGNLAKFN QVLDQFGEKF QADGTYTLII RLRH NVIKT GVRMISLSYS RISLADIAQK LQLDSPEDAE FIVAKAIRDG VIEASINHEK GYVQSKEMID IYSTREPQLA FHQRI SFCL DIHNMSVKAM RFPPKSYNKD LESAEERRER EQQDLEFAKE MAEDDDDSFP

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分子 #25: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 52.979359 KDa
配列文字列: MADGGSERAD GRIVKMEVDY SATVDQRLPE CAKLAKEGRL QEVIETLLSL EKQTRTASDM VSTSRILVAV VKMCYEAKEW DLLNENIML LSKRRSQLKQ AVAKMVQQCC TYVEEITDLP IKLRLIDTLR MVTEGKIYVE IERARLTKTL ATIKEQNGDV K EAASILQE ...文字列:
MADGGSERAD GRIVKMEVDY SATVDQRLPE CAKLAKEGRL QEVIETLLSL EKQTRTASDM VSTSRILVAV VKMCYEAKEW DLLNENIML LSKRRSQLKQ AVAKMVQQCC TYVEEITDLP IKLRLIDTLR MVTEGKIYVE IERARLTKTL ATIKEQNGDV K EAASILQE LQVETYGSME KKERVEFILE QMRLCLAVKD YIRTQIISKK INTKFFQEEN TEKLKLKYYN LMIQLDQHEG SY LSICKHY RAIYDTPCIQ AESEKWQQAL KSVVLYVILA PFDNEQSDLV HRISGDKKLE EIPKYKDLLK LFTTMELMRW STL VEDYGM ELRKGSLESP ATDVFGSTEE GEKRWKDLKN RVVEHNIRIM AKYYTRITMK RMAQLLDLSV DESEAFLSNL VVNK TIFAK VDRLAGIINF QRPKDPNNLL NDWSQKLNSL MSLVNKTTHL IAKEEMIHNL Q

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分子 #26: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 47.526688 KDa
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MAAAAVVEFQ RAQSLLSTDR EASIDILHSI VKRDIQENDE EAVQVKEQSI LELGSLLAKT GQAAELGGLL KYVRPFLNSI SKAKAARLV RSLLDLFLDM EAATGQEVEL CLECIEWAKS EKRTFLRQAL EARLVSLYFD TKRYQEALHL GSQLLRELKK M DDKALLVE VQLLESKTYH ALSNLPKARA ALTSARTTAN AIYCPPKLQA TLDMQSGIIH AAEEKDWKTA YSYFYEAFEG YD SIDSPKA ITSLKYMLLC KIMLNTPEDV QALVSGKLAL RYAGRQTEAL KCVAQASKNR SLADFEKALT DYRAELRDDP IIS THLAKL YDNLLEQNLI RVIEPFSRVQ IEHISSLIKL SKADVERKLS QMILDKKFHG ILDQGEGVLI IFDEPPVDKT YEAA LETIQ NMSKVVDSLY NKAKKLT

+
分子 #27: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 45.592285 KDa
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MPLENLEEEG LPKNPDLRIA QLRFLLSLPE HRGDAAVRDE LMAAVRDNNM APYYEALCKS LDWQIDVDLL NKMKKANEDE LKRLDEELE DAEKNLGESE IRDAMMAKAE YLCRIGDKEG ALTAFRKTYD KTVALGHRLD IVFYLLRIGL FYMDNDLITR N TEKAKSLI EEGGDWDRRN RLKVYQGLYC VAIRDFKQAA ELFLDTVSTF TSYELMDYKT FVTYTVYVSM IALERPDLRE KV IKGAEIL EVLHSLPAVR QYLFSLYECR YSVFFQSLAV VEQEMKKDWL FAPHYRYYVR EMRIHAYSQL LESYRSLTLG YMA EAFGVG VEFIDQELSR FIAAGRLHCK IDKVNEIVET NRPDSKNWQY QETIKKGDLL LNRVQKLSRV INM

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分子 #28: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 37.086441 KDa
配列文字列: MPELAVQKVV VHPLVLLSVV DHFNRIGKVG NQKRVVGVLL GSWQKKVLDV SNSFAVPFDE DDKDDSVWFL DHDYLENMYG MFKKVNARE RIVGWYHTGP KLHKNDIAIN ELMKRYCPNS VLVIIDVKPK DLGLPTEAYI SVEEVHDDGT PTSKTFEHVT S EIGAEEAE ...文字列:
MPELAVQKVV VHPLVLLSVV DHFNRIGKVG NQKRVVGVLL GSWQKKVLDV SNSFAVPFDE DDKDDSVWFL DHDYLENMYG MFKKVNARE RIVGWYHTGP KLHKNDIAIN ELMKRYCPNS VLVIIDVKPK DLGLPTEAYI SVEEVHDDGT PTSKTFEHVT S EIGAEEAE EVGVEHLLRD IKDTTVGTLS QRITNQVHGL KGLNSKLLDI RSYLEKVATG KLPINHQIIY QLQDVFNLLP DV SLQEFVK AFYLKTNDQM VVVYLASLIR SVVALHNLIN NKIANRDAEK KEGQEKEESK KDRKEDKEKD KDKEKSDVKK EEK KEKK

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分子 #29: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 42.995359 KDa
配列文字列: MKDVPGFLQQ SQNSGPGQPA VWHRLEELYT KKLWHQLTLQ VLDFVQDPCF AQGDGLIKLY ENFISEFEHR VNPLSLVEII LHVVRQMTD PNVALTFLEK TREKVKSSDE AVILCKTAIG ALKLNIGDLQ VTKETIEDVE EMLNNLPGVT SVHSRFYDLS S KYYQTIGN ...文字列:
MKDVPGFLQQ SQNSGPGQPA VWHRLEELYT KKLWHQLTLQ VLDFVQDPCF AQGDGLIKLY ENFISEFEHR VNPLSLVEII LHVVRQMTD PNVALTFLEK TREKVKSSDE AVILCKTAIG ALKLNIGDLQ VTKETIEDVE EMLNNLPGVT SVHSRFYDLS S KYYQTIGN HASYYKDALR FLGCVDIKDL PVSEQQERAF TLGLAGLLGE GVFNFGELLM HPVLESLRNT DRQWLIDTLY AF NSGNVER FQTLKTAWGQ QPDLAANEAQ LLRKIQLLCL MEMTFTRPAN HRQLTFEEIA KSAKITVNEV ELLVMKALSV GLV KGSIDE VDKRVHMTWV QPRVLDLQQI KGMKDRLEFW CTDVKSMEML VEHQAHDILT

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分子 #30: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 40.78159 KDa
配列文字列: MVLESTMVCV DNSEYMRNGD FLPTRLQAQQ DAVNIVCHSK TRSNPENNVG LITLANDCEV LTTLTPDTGR ILSKLHTVQP KGKITFCTG IRVAHLALKH RQGKNHKMRI IAFVGSPVED NEKDLVKLAK RLKKEKVNVD IINFGEEEVN TEKLTAFVNT L NGKDGTGS ...文字列:
MVLESTMVCV DNSEYMRNGD FLPTRLQAQQ DAVNIVCHSK TRSNPENNVG LITLANDCEV LTTLTPDTGR ILSKLHTVQP KGKITFCTG IRVAHLALKH RQGKNHKMRI IAFVGSPVED NEKDLVKLAK RLKKEKVNVD IINFGEEEVN TEKLTAFVNT L NGKDGTGS HLVTVPPGPS LADALISSPI LAGEGGAMLG LGASDFEFGV DPSADPELAL ALRVSMEEQR QRQEEEARRA AA ASAAEAG IATTGTEDSD DALLKMTISQ QEFGRTGLPD LSSMTEEEQI AYAMQMSLQG AEFGQAESAD IDASSAMDTS EPA KEEDDY DVMQDPEFLQ SVLENLPGVD PNNEAIRNAM GSLASQATKD GKKDKKEEDK K

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分子 #31: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 34.620023 KDa
配列文字列: MDRLLRLGGG MPGLGQGPPT DAPAVDTAEQ VYISSLALLK MLKHGRAGVP MEVMGLMLGE FVDDYTVRVI DVFAMPQSGT GVSVEAVDP VFQAKMLDML KQTGRPEMVV GWYHSHPGFG CWLSGVDINT QQSFEALSER AVAVVVDPIQ SVKGKVVIDA F RLINANMM ...文字列:
MDRLLRLGGG MPGLGQGPPT DAPAVDTAEQ VYISSLALLK MLKHGRAGVP MEVMGLMLGE FVDDYTVRVI DVFAMPQSGT GVSVEAVDP VFQAKMLDML KQTGRPEMVV GWYHSHPGFG CWLSGVDINT QQSFEALSER AVAVVVDPIQ SVKGKVVIDA F RLINANMM VLGHEPRQTT SNLGHLNKPS IQALIHGLNR HYYSITINYR KNELEQKMLL NLHKKSWMEG LTLQDYSEHC KH NESVVKE MLELAKNYNK AVEEEDKMTP EQLAIKNVGK QDPKRHLEEH VDVLMTSNIV QCLAAMLDTV VFK

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分子 #32: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 39.667871 KDa
配列文字列: MFIKGRAPRA PPRERRRATR GGLRQVVAPP RALGSTSRPH FRRASVCRRR CRKSGGLLAA SRKMAAAAVN GAAGFSSSGP AATSGAVLQ AATGMYEQLK GEWNRKSPNL SKCGEELGRL KLVLLELNFL PTTGTKLTKQ QLILARDILE IGAQWSILRK D IPSFERYM ...文字列:
MFIKGRAPRA PPRERRRATR GGLRQVVAPP RALGSTSRPH FRRASVCRRR CRKSGGLLAA SRKMAAAAVN GAAGFSSSGP AATSGAVLQ AATGMYEQLK GEWNRKSPNL SKCGEELGRL KLVLLELNFL PTTGTKLTKQ QLILARDILE IGAQWSILRK D IPSFERYM AQLKCYYFDY KEQLPESAYM HQLLGLNLLF LLSQNRVAEF HTELERLPAK DIQTNVYIKH PVSLEQYLME GS YNKVFLA KGNIPAESYT FFIDILLDTI RDEIAGCIEK AYEKILFTEA TRILFFNTPK KMTDYAKKRG WVLGPNNYYS FAS QQQKPE DTTIPSTELA KQVIEYARQL EMIV

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分子 #33: 26S proteasome complex subunit SEM1

分子名称: 26S proteasome complex subunit SEM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 8.284611 KDa
配列文字列:
MSEKKQPVDL GLLEEDDEFE EFPAEDWAGL DEDEDAHVWE DNWDDDNVED DFSNQLRAEL EKHGYKMETS

+
分子 #34: bound Oprozomib

分子名称: bound Oprozomib / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 536.641 Da
配列文字列:
(6V9)(7C9)(7C9)(6VA)

+
分子 #35: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMBisTris
50.0 mMpotassium chlorideKCl
10.0 mMmagnesium sulphateMgSO4
2.0 mMATPアデノシン三リン酸
5.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 72 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot with sensor.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 110236 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.0001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 59000
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope is equipped with Cs corrector
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SIMPLE (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: PRIME
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 233000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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