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- EMDB-41285: Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41285
タイトルDouble nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC
マップデータfull c8 ring of double Y-complexes from multibody volume
試料
  • 複合体: Nuclear Pore Complex核膜孔
    • 複合体: double Nup84 Y-complex
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP120
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP85
      • タンパク質・ペプチド: NUP145 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC13Protein targeting
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin Seh1
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP84
      • タンパク質・ペプチド: NUP133 isoform 1
キーワードnuclear pore complex (核膜孔) / nucleocytoplasmic transport / nucleoporin (ヌクレオポリン) / membrane protein (膜タンパク質) / translocase (輸送酵素) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA export from nucleus in response to heat stress / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of TORC1 signaling ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / structural constituent of nuclear pore / vacuolar membrane / silent mating-type cassette heterochromatin formation / nucleocytoplasmic transport / subtelomeric heterochromatin formation / ribosomal large subunit export from nucleus / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / : / positive regulation of TORC1 signaling / protein export from nucleus / cell periphery / protein import into nucleus / double-strand break repair / 核膜 / 核膜 / chromosome, telomeric region / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 小胞体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like ...Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin autopeptidase / NUP C-terminal domain profile. / Nucleoporin peptidase S59-like / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NUP133 isoform 1 / NUP145 isoform 1 / Nucleoporin NUP120 / Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin NUP84 / Protein transport protein SEC13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Akey CW / Echeverria I / Ouch C / Fernandez-Martinez J / Rout MP
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01 GM45377 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH P41 GM109824 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01 GM112108 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH GM117212 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Implications of a multiscale structure of the yeast nuclear pore complex.
著者: Christopher W Akey / Ignacia Echeverria / Christna Ouch / Ilona Nudelman / Yi Shi / Junjie Wang / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Michael P Rout /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from ...Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from cryogenic electron microscopy and AlphaFold2 models. Key features of the inner and outer rings were integrated into a comprehensive model. We resolved flexible connectors that tie together the core scaffold, along with equatorial transmembrane complexes and a lumenal ring that anchor this channel within the pore membrane. The organization of the nuclear double outer ring reveals an architecture that may be shared with ancestral NPCs. Additional connections between the core scaffold and the central transporter suggest that under certain conditions, a degree of local organization is present at the periphery of the transport machinery. These connectors may couple conformational changes in the scaffold to the central transporter to modulate transport. Collectively, this analysis provides insights into assembly, transport, and NPC evolution.
履歴
登録2023年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41285.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41285.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full c8 ring of double Y-complexes from multibody volume
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.568928 - 6.037515
平均 (標準偏差)0.0061389585 (±0.083342575)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 1276.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: multibody half map

ファイルemd_41285_additional_1.map
注釈multibody half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: recombined 2 Y-complex protomer, bfactor -600 and local...

ファイルemd_41285_additional_2.map
注釈recombined 2 Y-complex protomer, bfactor -600 and local resolution box 120
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: multibody half map

ファイルemd_41285_additional_3.map
注釈multibody half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: post processed multibody volume

ファイルemd_41285_additional_4.map
注釈post processed multibody volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of c8 ring

ファイルemd_41285_half_map_1.map
注釈half map of c8 ring
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of c8 ring

ファイルemd_41285_half_map_2.map
注釈half map of c8 ring
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nuclear Pore Complex

全体名称: Nuclear Pore Complex核膜孔
要素
  • 複合体: Nuclear Pore Complex核膜孔
    • 複合体: double Nup84 Y-complex
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP120
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP85
      • タンパク質・ペプチド: NUP145 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC13Protein targeting
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin Seh1
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP84
      • タンパク質・ペプチド: NUP133 isoform 1

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超分子 #1: Nuclear Pore Complex

超分子名称: Nuclear Pore Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Protein A tagged Mlp1 pullout of NPC
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: MATa ade2-1 ura3-1 his3-11,15 trp1-1 leu2-3,112 can1-100 MLP1-PPX-ProteinA::HIS5
Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nuclear envelope

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超分子 #2: double Nup84 Y-complex

超分子名称: double Nup84 Y-complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all / 詳細: Nup84 Y-complexes in nuclear double outer ring
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: MATa ade2-1 ura3-1 his3-11,15 trp1-1 leu2-3,112 can1-100 MLP1-PPX-ProteinA::HIS5
Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nuclear envelope

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分子 #1: Nucleoporin NUP120

分子名称: Nucleoporin NUP120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: long arm of Nup84 Y-complex / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: MATa ade2-1 ura3-1 his3-11
分子量理論値: 120.560328 KDa
配列文字列: MACLSRIDAN LLQYYEKPEP NNTVDLYVSN NSNNNGLKEG DKSISTPVPQ PYGSEYSNCL LLSNSEYICY HFSSRSTLLT FYPLSDAYH GKTINIHLPN ASMNQRYTLT IQEVEQQLLV NVILKDGSFL TLQLPLSFLF SSANTLNGEW FHLQNPYDFT V RVPHFLFY ...文字列:
MACLSRIDAN LLQYYEKPEP NNTVDLYVSN NSNNNGLKEG DKSISTPVPQ PYGSEYSNCL LLSNSEYICY HFSSRSTLLT FYPLSDAYH GKTINIHLPN ASMNQRYTLT IQEVEQQLLV NVILKDGSFL TLQLPLSFLF SSANTLNGEW FHLQNPYDFT V RVPHFLFY VSPQFSVVFL EDGGLLGLKK VDGVHYEPLL FNDNSYLKSL TRFFSRSSKS DYDSVISCKL FHERYLIVLT QN CHLKIWD LTSFTLIQDY DMVSQSDSDP SHFRKVEAVG EYLSLYNNTL VTLLPLENGL FQMGTLLVDS SGILTYTFQN NIP TNLSAS AIWSIVDLVL TRPLELNVEA SYLNLIVLWK SGTASKLQIL NVNDESFKNY EWIESVNKSL VDLQSEHDLD IVTK TGDVE RGFCNLKSRY GTQIFERAQQ ILSENKIIMA HNEDEEYLAN LETILRDVKT AFNEASSITL YGDEIILVNC FQPYN HSLY KLNTTVENWF YNMHSETDGS ELFKYLRTLN GFASTLSNDV LRSISKKFLD IITGELPDSM TTVEKFTDIF KNCLEN QFE ITNLKILFDE LNSFDIPVVL NDLINNQMKP GIFWKKDFIS AIKFDGFTSI ISLESLHQLL SIHYRITLQV LLTFVLF DL DTEIFGQHIS TLLDLHYKQF LLLNLYRQDK CLLAEVLLKD SSEFSFGVKF FNYGQLIAYI DSLNSNVYNA SITENSFF M TFFRSYIIEN TSHKNIRFFL ENVECPFYLR HNEVQEFMFA MTLFSCGNFD QSYEIFQLHD YPEAINDKLP TFLEDLKSE NYHGDSIWKD LLCTFTVPYR HSAFYYQLSL LFDRNNSQEF ALKCISKSAE YSLKEIQIEE LQDFKEKQHI HYLNLLIHFR MFEEVLDVL RLGHECLSDT VRTNFLQLLL QEDIYSRDFF STLLRLCNAH SDNGELYLRT VDIKIVDSIL SQNLRSGDWE C FKKLYCFR MLNKSERAAA EVLYQYILMQ ADLDVIRKRK CYLMVINVLS SFDSAYDQWI LNGSKVVTLT DLRDELRGL

UniProtKB: Nucleoporin NUP120

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分子 #2: Nucleoporin NUP85

分子名称: Nucleoporin NUP85 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: short arm of Nup84 Y-complex / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 84.972438 KDa
配列文字列: MTIDDSNRLL MDVDQFDFLD DGTAQLSNNK TDEEEQLYKR DPVSGAILVP MTVNDQPIEK NGDKMPLKFK LGPLSYQNMA FITAKDKYK LYPVRIPRLD TSKEFSAYVS GLFEIYRDLG DDRVFNVPTI GVVNSNFAKE HNATVNLAME AILNELEVFI G RVKDQDGR ...文字列:
MTIDDSNRLL MDVDQFDFLD DGTAQLSNNK TDEEEQLYKR DPVSGAILVP MTVNDQPIEK NGDKMPLKFK LGPLSYQNMA FITAKDKYK LYPVRIPRLD TSKEFSAYVS GLFEIYRDLG DDRVFNVPTI GVVNSNFAKE HNATVNLAME AILNELEVFI G RVKDQDGR VNRFYELEES LTVLNCLRTM YFILDGQDVE ENRSEFIESL LNWINRSDGE PDEEYIEQVF SVKDSTAGKK VF ETQYFWK LLNQLVLRGL LSQAIGCIER SDLLPYLSDT CAVSFDAVSD SIELLKQYPK DSSSTFREWK NLVLKLSQAF GSS ATDISG ELRDYIEDFL LVIGGNQRKI LQYSRTWYES FCGFLLYYIP SLELSAEYLQ MSLEANVVDI TNDWEQPCVD IISG KIHSI LPVMESLDSC TAAFTAMICE AKGLIENIFE GEKNSDDYSN EDNEMLEDLF SYRNGMASYM LNSFAFELCS LGDKE LWPV AIGLIALSAT GTRSAKKMVI AELLPHYPFV TNDDIEWMLS ICVEWRLPEI AKEIYTTLGN QMLSAHNIIE SIANFS RAG KYELVKSYSW LLFEASCMEG QKLDDPVLNA IVSKNSPAED DVIIPQDILD CVVTNSMRQT LAPYAVLSQF YELRDRE DW GQALRLLLLL IEFPYLPKHY LVLLVAKFLY PIFLLDDKKL MDEDSVATVI EVIETKWDDA DEKSSNLYET IIEADKSL P SSMATLLKNL RKKLNFKLCQ AFM

UniProtKB: Nucleoporin NUP85

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分子 #3: NUP145 isoform 1

分子名称: NUP145 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: stem junction of Nup84 Y-complex / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 145.810578 KDa
配列文字列: MFNKSVNSGF TFGNQNTSTP TSTPAQPSSS LQFPQKSTGL FGNVNVNANT STPSPSGGLF NANSNANSIS QQPANNSLFG NKPAQPSGG LFGATNNTTS KSAGSLFGNN NATANSTGST GLFSGSNNIA SSTQNGGLFG NSNNNNITST TQNGGLFGKP T TTPAGAGG ...文字列:
MFNKSVNSGF TFGNQNTSTP TSTPAQPSSS LQFPQKSTGL FGNVNVNANT STPSPSGGLF NANSNANSIS QQPANNSLFG NKPAQPSGG LFGATNNTTS KSAGSLFGNN NATANSTGST GLFSGSNNIA SSTQNGGLFG NSNNNNITST TQNGGLFGKP T TTPAGAGG LFGNSSSTNS TTGLFGSNNT QSSTGIFGQK PGASTTGGLF GNNGASFPRS GETTGTMSTN PYGINISNVP MA VADMPRS ITSSLSDVNG KSDAEPKPIE NRRTYSFSSS VSGNAPLPLA SQSSLVSRLS TRLKATQKST SPNEIFSPSY SKP WLNGAG SAPLVDDFFS SKMTSLAPNE NSIFPQNGFN FLSSQRADLT ELRKLKIDSN RSAAKKLKLL SGTPAITKKH MQDE QDSSE NEPIANADSV TNIDRKENRD NNLDNTYLNG KEQSNNLNKQ DGENTLQHEK SSSFGYWCSP SPEQLERLSL KQLAA VSNF VIGRRGYGCI TFQHDVDLTA FTKSFREELF GKIVIFRSSK TVEVYPDEAT KPMIGHGLNV PAIITLENVY PVDKKT KKP MKDTTKFAEF QVFDRKLRSM REMNYISYNP FGGTWTFKVN HFSIWGLVNE EDAEIDEDDL SKQEDGGEQP LRKVRTL AQ SKPSDKEVIL KTDGTFGTLS GKDDSIVEEK AYEPDLSDAD FEGIEASPKL DVSKDWVEQL ILAGSSLRSV FATSKEFD G PCQNEIDLLF SECNDEIDNA KLIMKERRFT ASYTFAKFST GSMLLTKDIV GKSGVSIKRL PTELQRKFLF DDVYLDKEI EKVTIEARKS NPYPQISESS LLFKDALDYM EKTSSDYNLW KLSSILFDPV SYPYKTDNDQ VKMALLKKER HCRLTSWIVS QIGPEIEEK IRNSSNEIEQ IFLYLLLNDV VRASKLAIES KNGHLSVLIS YLGSNDPRIR DLAELQLQKW STGGCSIDKN I SKIYKLLS GSPFEGLFSL KELESEFSWL CLLNLTLCYG QIDEYSLESL VQSHLDKFSL PYDDPIGVIF QLYAANENTE KL YKEVRQR TNALDVQFCW YLIQTLRFNG TRVFSKETSD EATFAFAAQL EFAQLHGHSL FVSCFLNDDK AAEDTIKRLV MRE ITLLRA STNDHILNRL KIPSQLIFNA QALKDRYEGN YLSEVQNLLL GSSYDLAEMA IVTSLGPRLL LSNNPVQNNE LKTL REILN EFPDSERDKW SVSINVFEVY LKLVLDNVET QETIDSLISG MKIFYDQYKH CREVAACCNV MSQEIVSKIL EKNNP SIGD SKAKLLELPL GQPEKAYLRG EFAQDLMKCT YKI

UniProtKB: NUP145 isoform 1

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分子 #4: Protein transport protein SEC13

分子名称: Protein transport protein SEC13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: cofactor of Nup145C on stem of Nup84 Y-complex / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 33.082965 KDa
配列文字列: MVVIANAHNE LIHDAVLDYY GKRLATCSSD KTIKIFEVEG ETHKLIDTLT GHEGPVWRVD WAHPKFGTIL ASCSYDGKVL IWKEENGRW SQIAVHAVHS ASVNSVQWAP HEYGPLLLVA SSDGKVSVVE FKENGTTSPI IIDAHAIGVN SASWAPATIE E DGEHNGTK ...文字列:
MVVIANAHNE LIHDAVLDYY GKRLATCSSD KTIKIFEVEG ETHKLIDTLT GHEGPVWRVD WAHPKFGTIL ASCSYDGKVL IWKEENGRW SQIAVHAVHS ASVNSVQWAP HEYGPLLLVA SSDGKVSVVE FKENGTTSPI IIDAHAIGVN SASWAPATIE E DGEHNGTK ESRKFVTGGA DNLVKIWKYN SDAQTYVLES TLEGHSDWVR DVAWSPTVLL RSYLASVSQD RTCIIWTQDN EQ GPWKKTL LKEEKFPDVL WRASWSLSGN VLALSGGDNK VTLWKENLEG KWEPAGEVHQ

UniProtKB: Protein transport protein SEC13

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分子 #5: Nucleoporin Seh1

分子名称: Nucleoporin Seh1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: cofactor Nup85 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 34.652078 KDa
配列文字列: MQPFDSGHDD LVHDVVYDFY GRHVATCSSD QHIKVFKLDK DTSNWELSDS WRAHDSSIVA IDWASPEYGR IIASASYDKT VKLWEEDPD QEECSGRRWN KLCTLNDSKG SLYSVKFAPA HLGLKLACLG NDGILRLYDA LEPSDLRSWT LTSEMKVLSI P PANHLQSD ...文字列:
MQPFDSGHDD LVHDVVYDFY GRHVATCSSD QHIKVFKLDK DTSNWELSDS WRAHDSSIVA IDWASPEYGR IIASASYDKT VKLWEEDPD QEECSGRRWN KLCTLNDSKG SLYSVKFAPA HLGLKLACLG NDGILRLYDA LEPSDLRSWT LTSEMKVLSI P PANHLQSD FCLSWCPSRF SPEKLAVSAL EQAIIYQRGK DGKLHVAAKL PGHKSLIRSI SWAPSIGRWY QLIATGCKDG RI RIFKITE KNLQVELLSE HDDHNGEVWS VSWNLTGTIL SSAGDDGKVR LWKATYSNEF KCMSVITAQQ

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分子 #6: Nucleoporin NUP84

分子名称: Nucleoporin NUP84 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: tail of Nup84 Y-complex / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 83.718867 KDa
配列文字列: MELSPTYQTE RFTKFSDTLK EFKIEQNNEQ NPIDPFNIIR EFRSAAGQLA LDLANSGDES NVISSKDWEL EARFWHLVEL LLVFRNADL DLDEMELHPY NSRGLFEKKL MQDNKQLYQI WIVMVWLKEN TYVMERPKNV PTSKWLNSIT SGGLKSCDLD F PLRENTNV ...文字列:
MELSPTYQTE RFTKFSDTLK EFKIEQNNEQ NPIDPFNIIR EFRSAAGQLA LDLANSGDES NVISSKDWEL EARFWHLVEL LLVFRNADL DLDEMELHPY NSRGLFEKKL MQDNKQLYQI WIVMVWLKEN TYVMERPKNV PTSKWLNSIT SGGLKSCDLD F PLRENTNV LDVKDKEEDH IFFKYIYELI LAGAIDEALE EAKLSDNISI CMILCGIQEY LNPVIDTQIA NEFNTQQGIK KH SLWRRTV YSLSQQAGLD PYERAIYSYL SGAIPNQEVL QYSDWESDLH IHLNQILQTE IENYLLENNQ VGTDELILPL PSH ALTVQE VLNRVASRHP SESEHPIRVL MASVILDSLP SVIHSSVEML LDVVKGTEAS NDIIDKPYLL RIVTHLAICL DIIN PGSVE EVDKSKLITT YISLLKLQGL YENIPIYATF LNESDCLEAC SFILSSLEDP QVRKKQIETI NFLRLPASNI LRRTT QRVF DETEQEYSPS NEISISFDVN NIDMHLIYGV EWLIEGKLYV DAVHSIIALS RRFLLNGRVK ALEQFMERNN IGEICK NYE LEKIADNISK DENEDQFLEE ITQYEHLIKG IREYEEWQKS VSLLSSESNI PTLIEKLQGF SKDTFELIKT FLVDLTS SN FADSADYEIL YEIRALYTPF LLMELHKKLV EAAKLLKIPK FISEALAFTS LVANENDKIY LLFQSSGKLK EYLDLVAR T ATLSN

UniProtKB: Nucleoporin NUP84

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分子 #7: NUP133 isoform 1

分子名称: NUP133 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: tail Nup84 Y-complex / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 133.452672 KDa
配列文字列: MSEKKVHLRL RKELSVPIAV VENESLAQLS YEEESQASLM DISMEQQQLR LHSHFDNSKV FTENNRYIVK TLQTDYSSGF SNDDELNGY IDMQIGYGLV NDHKKVYIWN IHSTQKDTPY ITVPFRSDDN DEIAVAPRCI LTFPATMDES PLALNPNDQD E TGGLIIIK ...文字列:
MSEKKVHLRL RKELSVPIAV VENESLAQLS YEEESQASLM DISMEQQQLR LHSHFDNSKV FTENNRYIVK TLQTDYSSGF SNDDELNGY IDMQIGYGLV NDHKKVYIWN IHSTQKDTPY ITVPFRSDDN DEIAVAPRCI LTFPATMDES PLALNPNDQD E TGGLIIIK GSKAIYYEDI NSINNLNFKL SEKFSHELEL PINSSGGEKC DLMLNCEPAG IVLSTNMGRI FFITIRNSMG KP QLKLGKL LNKPFKLGIW SKIFNTNSSV VSLRNGPILG KGTRLVYITT NKGIFQTWQL SATNSHPTKL IDVNIYEAIL ESL QDLYPF AHGTLKIWDS HPLQDESSQL FLSSIYDSSC NETYYILSTI IFDSSSNSFT IFSTYRLNTF MESITDTKFK PKIF IPQME NANDTNEVTS ILVMFPNAVV ITQVNSKLDS SYSMRRKWED IVSLRNDIDI IGSGYDSKSL YVLTKQMGVL QFFVK ENEE TNSKPEVGFV KSHVDQAVYF SKINANPIDF NLPPEISLDQ ESIEHDLKLT SEEIFHSNGK YIPPMLNTLG QHLSVR KEF FQNFLTFVAK NFNYKISPEL KLDLIEKFEI LNCCIKFNSI IRQSDVLNDI WEKTLSNYNL TQNEHLTTKT VVINSPD VF PVIFKQFLNH VVFVLFPSQN QNFKLNVTNL INLCFYDGIL EEGEKTIRYE LLELDPMEVD TSKLPWFINF DYLNCINQ C FFDFTFACEE EGSLDSYKEG LLKIVKILYY QFNQFKIWIN TQPVKSVNAN DNFININNLY DDNHLDWNHV LCKVNLKEQ CIQIAEFYKD LSGLVQTLQT LDQNDSTTVS LYETFFNEFP KEFSFTLFEY LIKHKKLNDL IFRFPQQHDV LIQFFQESAP KYGHVAWIQ QILDGSYADA MNTLKNITVD DSKKGESLSE CELHLNVAKL SSLLVEKDNL DINTLRKIQY NLDTIDAEKN I SNKLKKGE VQICKRFKNG SIREVFNILV EELKSTTVVN LSDLVELYSM LDDEESLFIP LRLLSVDGNL LNFEVKKFLN AL VWRRIVL LNASNEGDKL LQHIVKRVFD EELPKNNDFP LPSVDLLCDK SLLTPEYISE TYGRFPIDQN AIREEIYEEI SQV ETLNSD NSLEIKLHST IGSVAKEKNY TINYETNTVE Y

UniProtKB: NUP133 isoform 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細One step affinity purified

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 37651 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Preliminary grid screening done manually with individual images of low magnification montages of candidate meshes.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4015 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / 詳細: 3218 images retained after triage
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 26049
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: C8 symmetrized NPC map segmented in CHIMERA with Segger to provide initial 3D map of the double outer ring, which was low pass filtered for the first reference.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
詳細: C8 symmetry used followed by Multibody processing focused on a double Y-complex protomer
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement
詳細: C1 symmetry used to refine to refine double Y-complex protomer
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement
詳細: multibody in RELION followed by refinements in cryosparc
使用した粒子像数: 29655
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: none
詳細Molecular dynamics flexible fitting after docking Alphafold2 CSMs for Nups into the 3D map of double Y complex ring with Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation
得られたモデル

PDB-8tie:
Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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