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万見
- EMDB-41198: Tropomyosin-receptor kinase fused gene protein (TRK-fused gene pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41198
タイトルTropomyosin-receptor kinase fused gene protein (TRK-fused gene protein; TFG) Low Complexity Domain (residues 237-327) P285L mutant, amyloid fiber
マップデータ
試料
  • 複合体: amyloid fibril of protein TFG P285L
    • タンパク質・ペプチド: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
  • リガンド: water水
キーワードamyloid (アミロイド) / mutation (突然変異) / Charcot-Marie-Tooth disease (シャルコー・マリー・トゥース病) / Hereditary motor and sensory neuropathy with proximal dominant involvement / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


COPII vesicle coating / COPII-mediated vesicle transport / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding ...COPII vesicle coating / COPII-mediated vesicle transport / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein TFG / TFG, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain profile. / PB1 domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Protein TFG
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Rosenberg GM / Sawaya MR / Boyer DR / Ge P / Abskharon R / Eisenberg DS
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG048120 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG07895 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2023
タイトル: Fibril structures of TFG protein mutants validate the identification of TFG as a disease-related amyloid protein by the IMPAcT method.
著者: Gregory M Rosenberg / Romany Abskharon / David R Boyer / Peng Ge / Michael R Sawaya / David S Eisenberg /
要旨: We previously presented a bioinformatic method for identifying diseases that arise from a mutation in a protein's low-complexity domain that drives the protein into pathogenic amyloid fibrils. One ...We previously presented a bioinformatic method for identifying diseases that arise from a mutation in a protein's low-complexity domain that drives the protein into pathogenic amyloid fibrils. One protein so identified was the tropomyosin-receptor kinase-fused gene protein (TRK-fused gene protein or TFG). Mutations in TFG are associated with degenerative neurological conditions. Here, we present experimental evidence that confirms our prediction that these conditions are amyloid-related. We find that the low-complexity domain of TFG containing the disease-related mutations G269V or P285L forms amyloid fibrils, and we determine their structures using cryo-electron microscopy (cryo-EM). These structures are unmistakably amyloid in nature and confirm the propensity of the mutant TFG low-complexity domain to form amyloid fibrils. Also, despite resulting from a pathogenic mutation, the fibril structures bear some similarities to other amyloid structures that are thought to be nonpathogenic and even functional, but there are other factors that support these structures' relevance to disease, including an increased propensity to form amyloid compared with the wild-type sequence, structure-stabilizing influence from the mutant residues themselves, and double-protofilament amyloid cores. Our findings elucidate two potentially disease-relevant structures of a previously unknown amyloid and also show how the structural features of pathogenic amyloid fibrils may not conform to the features commonly associated with pathogenicity.
履歴
登録2023年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41198.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.539 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-14.732647999999999 - 19.962502000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000000837 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 206.97598 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41198_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41198_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : amyloid fibril of protein TFG P285L

全体名称: amyloid fibril of protein TFG P285L
要素
  • 複合体: amyloid fibril of protein TFG P285L
    • タンパク質・ペプチド: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
  • リガンド: water水

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超分子 #1: amyloid fibril of protein TFG P285L

超分子名称: amyloid fibril of protein TFG P285L / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant

分子名称: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.464754 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMVSKG EEDNMAIIKE FMRFKVHMEG SVNGHEFEIE GEGEGRPYEG TQTAKLKVTK GGPLPFAWD ILSPQFMYGS KAYVKHPADI PDYLKLSFPE GFKWERVMNF EDGGVVTVTQ DSSLQDGEFI YKVKLRGTNF P SDGPVMQK ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMVSKG EEDNMAIIKE FMRFKVHMEG SVNGHEFEIE GEGEGRPYEG TQTAKLKVTK GGPLPFAWD ILSPQFMYGS KAYVKHPADI PDYLKLSFPE GFKWERVMNF EDGGVVTVTQ DSSLQDGEFI YKVKLRGTNF P SDGPVMQK KTMGWEASSE RMYPEDGALK GEIKQRLKLK DGGHYDAEVK TTYKAKKPVQ LPGAYNVNIK LDITSHNEDY TI VEQYERA EGRHSTGGMD ELYKAGTMDP GQIEGQMYQQ YQQQAGYGAQ QPQAPPQQPQ QYGIQYSASY SQQTGPQQLQ QFQ GYGQQP TSQAPAPAFS GQPQQLPAQP PQQYQASNYP AQ

UniProtKB: Uncharacterized protein, Protein TFG

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 240 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 8 seconds, blot force 0.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 7920 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.39 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 179.02 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 193640

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 14.16 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8ter:
Tropomyosin-receptor kinase fused gene protein (TRK-fused gene protein; TFG) Low Complexity Domain (residues 237-327) P285L mutant, amyloid fiber

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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