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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40719 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | particulate methane monooxygeanse treated with potassium cyanide and copper reloaded | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Metalloenzyme (金属タンパク質) / Membrane Protein (膜タンパク質) / Nanodiscs / Oxidoreductase (酸化還元酵素) | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methane monooxygenase (particulate) / methane monooxygenase complex / methane monooxygenase activity / methane monooxygenase (soluble) / methane monooxygenase NADH activity / methane monooxygenase NADPH activity / methane metabolic process / monooxygenase activity / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Methylococcus capsulatus (バクテリア) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Tucci FJ / Jodts RJ / Rosenzweig AC | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023 タイトル: Product analog binding identifies the copper active site of particulate methane monooxygenase. 著者: Frank J Tucci / Richard J Jodts / Brian M Hoffman / Amy C Rosenzweig / 要旨: Nature's primary methane-oxidizing enzyme, the membrane-bound particulate methane monooxygenase (pMMO), catalyzes the oxidation of methane to methanol. pMMO activity requires copper, and decades of ...Nature's primary methane-oxidizing enzyme, the membrane-bound particulate methane monooxygenase (pMMO), catalyzes the oxidation of methane to methanol. pMMO activity requires copper, and decades of structural and spectroscopic studies have sought to identify the active site among three candidates: the Cu, Cu, and Cu sites. Challenges associated with the isolation of active pMMO have hindered progress toward locating its catalytic center. However, reconstituting pMMO into native lipid nanodiscs stabilizes its structure and recovers its activity. Here, these active samples were incubated with 2,2,2,-trifluoroethanol (TFE), a product analog that serves as a readily visualized active-site probe. Interactions of TFE with the Cu site were observed by both pulsed ENDOR spectroscopy and cryoEM, implicating Cu and the surrounding hydrophobic pocket as the likely site of methane oxidation. Use of these orthogonal techniques on parallel samples is a powerful approach that can circumvent difficulties in interpreting metalloenzyme cryoEM maps. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40719.map.gz | 34.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40719-v30.xml emd-40719.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40719.png | 115.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40719.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_40719_half_map_1.map.gz emd_40719_half_map_2.map.gz | 475.1 MB 475.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40719 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40719 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.5291 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40719_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40719_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : particulate methane monooxygenase
全体 | 名称: particulate methane monooxygenaseMethane monooxygenase (particulate) |
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要素 |
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-超分子 #1: particulate methane monooxygenase
超分子 | 名称: particulate methane monooxygenase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Bath |
分子量 | 理論値: 337.11 kDa/nm |
-分子 #1: Particulate methane monooxygenase alpha subunit
分子 | 名称: Particulate methane monooxygenase alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Bath |
分子量 | 理論値: 42.832887 KDa |
配列 | 文字列: HGEKSQAAFM RMRTIHWYDL SWSKEKVKIN ETVEIKGKFH VFEGWPETVD EPDVAFLNVG MPGPVFIRKE SYIGGQLVPR SVRLEIGKT YDFRVVLKAR RPGDWHVHTM MNVQGGGPII GPGKWITVEG SMSEFRNPVT TLTGQTVDLE NYNEGNTYFW H AFWFAIGV ...文字列: HGEKSQAAFM RMRTIHWYDL SWSKEKVKIN ETVEIKGKFH VFEGWPETVD EPDVAFLNVG MPGPVFIRKE SYIGGQLVPR SVRLEIGKT YDFRVVLKAR RPGDWHVHTM MNVQGGGPII GPGKWITVEG SMSEFRNPVT TLTGQTVDLE NYNEGNTYFW H AFWFAIGV AWIGYWSRRP IFIPRLLMVD AGRADELVSA TDRKVAMGFL AATILIVVMA MSSANSKYPI TIPLQAGTMR GM KPLELPA PTVSVKVEDA TYRVPGRAMR MKLTITNHGN SPIRLGEFYT ASVRFLDSDV YKDTTGYPED LLAEDGLSVS DNS PLAPGE TRTVDVTASD AAWEVYRLSD IIYDPDSRFA GLLFFFDATG NRQVVQIDAP LIPSFM UniProtKB: Particulate methane monooxygenase alpha subunit |
-分子 #2: Particulate methane monooxygenase beta subunit
分子 | 名称: Particulate methane monooxygenase beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methane monooxygenase (particulate) |
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由来(天然) | 生物種: Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Bath |
分子量 | 理論値: 28.445098 KDa |
配列 | 文字列: MSAAQSAVRS HAEAVQVSRT IDWMALFVVF FVIVGSYHIH AMLTMGDWDF WSDWKDRRLW VTVTPIVLVT FPAAVQSYLW ERYRLPWGA TVCVLGLLLG EWINRYFNFW GWTYFPINFV FPASLVPGAI ILDTVLMLSG SYLFTAIVGA MGWGLIFYPG N WPIIAPLH ...文字列: MSAAQSAVRS HAEAVQVSRT IDWMALFVVF FVIVGSYHIH AMLTMGDWDF WSDWKDRRLW VTVTPIVLVT FPAAVQSYLW ERYRLPWGA TVCVLGLLLG EWINRYFNFW GWTYFPINFV FPASLVPGAI ILDTVLMLSG SYLFTAIVGA MGWGLIFYPG N WPIIAPLH VPVEYNGMLM SIADIQGYNY VRTGTPEYIR MVEKGTLRTF GKDVAPVSAF FSAFMSILIY FMWHFIGRWF SN ERFLQST UniProtKB: Particulate methane monooxygenase beta subunit |
-分子 #3: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein
分子 | 名称: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Bath |
分子量 | 理論値: 27.65684 KDa |
配列 | 文字列: LLDKKWLTFA LAIYTVFYLW VRWYEGVYGW SAGLDSFAPE FETYWMNFLY TEIVLEIVTA SILWGYLWKT RDRNLAALTP REELRRNFT HLVWLVAYAW AIYWGASYFT EQDGTWHQTI VRDTDFTPSH IIEFYLSYPI YIITGFAAFI YAKTRLPFFA K GISLPYLV ...文字列: LLDKKWLTFA LAIYTVFYLW VRWYEGVYGW SAGLDSFAPE FETYWMNFLY TEIVLEIVTA SILWGYLWKT RDRNLAALTP REELRRNFT HLVWLVAYAW AIYWGASYFT EQDGTWHQTI VRDTDFTPSH IIEFYLSYPI YIITGFAAFI YAKTRLPFFA K GISLPYLV LVVGPFMILP NVGLNEWGHT FWFMEELFVA PLHYGFVIFG WLALAVMGTL TQTFYSFAQG GLGQSLCE UniProtKB: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein |
-分子 #4: COPPER (II) ION
分子 | 名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: CU |
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分子量 | 理論値: 63.546 Da |
Chemical component information | ChemComp-CU: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.56 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 864874 |