+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3982 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Molecular Architecture of the Jumonji C histone demethylase KDM5B. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 27.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Aduri NA / Gajhede M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: Molecular architecture of the Jumonji C family histone demethylase KDM5B. 著者: Jerzy Dorosz / Line Hyltoft Kristensen / Nanda G Aduri / Osman Mirza / Rikke Lousen / Saskia Bucciarelli / Ved Mehta / Selene Sellés-Baiget / Sara Marie Øie Solbak / Anders Bach / Pablo ...著者: Jerzy Dorosz / Line Hyltoft Kristensen / Nanda G Aduri / Osman Mirza / Rikke Lousen / Saskia Bucciarelli / Ved Mehta / Selene Sellés-Baiget / Sara Marie Øie Solbak / Anders Bach / Pablo Mesa / Pablo Alcon Hernandez / Guillermo Montoya / Tam T T N Nguyen / Kasper D Rand / Thomas Boesen / Michael Gajhede / 要旨: The full length human histone 3 lysine 4 demethylase KDM5B (PLU-1/Jarid1B) has been studied using Hydrogen/Deuterium exchange mass spectrometry, homology modelling, sequence analysis, small angle X- ...The full length human histone 3 lysine 4 demethylase KDM5B (PLU-1/Jarid1B) has been studied using Hydrogen/Deuterium exchange mass spectrometry, homology modelling, sequence analysis, small angle X-ray scattering and electron microscopy. This first structure on an intact multi-domain Jumonji histone demethylase reveal that the so-called PLU region, in the central region of KDM5B, has a curved α-helical three-dimensional structure, that acts as a rigid linker between the catalytic core and a region comprising four α-helices, a loop comprising the PHD2 domain, two large intrinsically disordered loops and the PHD3 domain in close proximity. The dumbbell shaped and curved KDM5B architecture observed by electron microscopy is complementary to the nucleosome surface and has a striking overall similarity to that of the functionally related KDM1A/CoREST complex. This could suggest that there are similarities between the demethylation mechanisms employed by the two histone 3 lysine 4 demethylases at the molecular level. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3982.map.gz | 17 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3982-v30.xml emd-3982.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3982.png | 12.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3982 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3982 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3982.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : KDM5B
全体 | 名称: KDM5B |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: KDM5B
超分子 | 名称: KDM5B / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-分子 #1: KDM5B
分子 | 名称: KDM5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
配列 | 文字列: MEAATTLHPG PRPALPLGGP GPLGEFLPPP ECPVFEPSWE EFADPFAFIH KIRPIAEQTG ICKVRPPPD WQPPFACDVD KLHFTPRIQR LNELEAQTRV KLNFLDQIAK YWELQGSTLK I PHVERKIL DLFQLNKLVA EEGGFAVVCK DRKWTKIATK MGFAPGKAVG ...文字列: MEAATTLHPG PRPALPLGGP GPLGEFLPPP ECPVFEPSWE EFADPFAFIH KIRPIAEQTG ICKVRPPPD WQPPFACDVD KLHFTPRIQR LNELEAQTRV KLNFLDQIAK YWELQGSTLK I PHVERKIL DLFQLNKLVA EEGGFAVVCK DRKWTKIATK MGFAPGKAVG SHIRGHYERI LN PYNLFLS GDSLRCLQKP NLTTDTKDKE YKPHDIPQRQ SVQPSETCPP ARRAKRMRAE AMN IKIEPE ETTEARTHNL RRRMGCPTPK CENEKEMKSS IKQEPIERKD YIVENEKEKP KSRS KKATN AVDLYVCLLC GSGNDEDRLL LCDGCDDSYH TFCLIPPLHD VPKGDWRCPK CLAQE CSKP QEAFGFEQAA RDYTLRTFGE MADAFKSDYF NMPVHMVPTE LVEKEFWRLV STIEED VTV EYGADIASKE FGSGFPVRDG KIKLSPEEEE YLDSGWNLNN MPVMEQSVLA HITADIC GM KLPWLYVGMC FSSFCWHIED HWSYSINYLH WGEPKTWYGV PGYAAEQLEN VMKKLAPE L FVSQPDLLHQ LVTIMNPNTL MTHEVPVYRT NQCAGEFVIT FPRAYHSGFN QGFNFAEAV NFCTVDWLPL GRQCVEHYRL LHRYCVFSHD EMICKMASKA DVLDVVVAST VQKDMAIMIE DEKALRETV RKLGVIDSER MDFELLPDDE RQCVKCKTTC FMSAISCSCK PGLLVCLHHV K ELCSCPPY KYKLRYRYTL DDLYPMMNAL KLRAESYNEW ALNVNEALEA KINKKKSLVS FK ALIEESE MKKFPDNDLL RHLRLVTQDA EKCASVAQQL LNGKRQTRYR SGGGKSQNQL TVN ELRQFV TQLYALPCVL SQTPLLKDLL NRVEDFQQHS QKLLSEETPS AAELQDLLDV SFEF DVELP QLAEMRIRLE QARWLEEVQQ ACLDPSSLTL DDMRRLIDLG VGLAPYSAVE KAMAR LQEL LTVSEHWDDK AKSLLKARPR HSLNSLATAV KEIEEIPAYL PNGAALKDSV QRARDW LQD VEGLQAGGRV PVLDTLIELV TRGRSIPVHL NSLPRLETLV AEVQAWKECA VNTFLTE NS PYSLLEVLCP RCDIGLLGLK RKQRKLKEPL PNGKKKSTKL ESLSDLERAL TESKETAS A MATLGEARLR EMEALQSLRL ANEGKLLSPL QDVDIKICLC QKAPAAPMIQ CELCRDAFH TSCVAVPSIS QGLRIWLCPH CRRSEKPPLE KILPLLASLQ RIRVRLPEGD ALRYMIERTV NWQHRAQQL LSSGNLKFVQ DRVGSGLLYS RWQASAGQVS DTNKVSQPPG TTSFSLPDDW D NRTSYLHS PFSTGRSCIP LHGVSPEVNE LLMEAQLLQV SLPEIQELYQ TLLAKPSPAQ QT DRSSPVR PSSEKNDCCR GKRDGINSLE RKLKRRLERE GLSSERWERV KKMRTPKKKK IKL SHPKDM NNFKLERERS YELVRSAETH SLPSDTSYSE QEDSEDEDAI CPAVSCLQPE GDEV DWVQC DGSCNQWFHQ VCVGVSPEMA EKEDYICVRC TVKDAPSRK |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.7 |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 10.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
---|---|
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9599 |