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- EMDB-3921: Stalled E. coli ribosomes (Fo-c SecM nascent chains) and native E... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3921
タイトルStalled E. coli ribosomes (Fo-c SecM nascent chains) and native E. coli membranes containing recombinant YidC
マップデータAverage of subvolumes in class 3
試料Ribosome-nascent chains with native E.coli membranes containing YidC
  • E. coli native membranes containing YidC
  • Ribosomes with SecM stalled nascent chains of ATP synthase subunit c
由来Escherichia coli (大腸菌)
実験手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 100Å分解能
データ登録者Baker LA / Gruenewald K
引用ジャーナル: Structure / : 2018
タイトル: Combined H-Detected Solid-State NMR Spectroscopy and Electron Cryotomography to Study Membrane Proteins across Resolutions in Native Environments.
著者: Lindsay A Baker / Tessa Sinnige / Pascale Schellenberger / Jeanine de Keyzer / C Alistair Siebert / Arnold J M Driessen / Marc Baldus / Kay Grünewald
要旨: Membrane proteins remain challenging targets for structural biology, despite much effort, as their native environment is heterogeneous and complex. Most methods rely on detergents to extract membrane ...Membrane proteins remain challenging targets for structural biology, despite much effort, as their native environment is heterogeneous and complex. Most methods rely on detergents to extract membrane proteins from their native environment, but this removal can significantly alter the structure and function of these proteins. Here, we overcome these challenges with a hybrid method to study membrane proteins in their native membranes, combining high-resolution solid-state nuclear magnetic resonance spectroscopy and electron cryotomography using the same sample. Our method allows the structure and function of membrane proteins to be studied in their native environments, across different spatial and temporal resolutions, and the combination is more powerful than each technique individually. We use the method to demonstrate that the bacterial membrane protein YidC adopts a different conformation in native membranes and that substrate binding to YidC in these native membranes differs from purified and reconstituted systems.
日付登録: 2017年10月12日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年12月20日 / マップ公開: 2017年12月27日 / 最新の更新: 2018年1月10日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3921.map.gz (map file in CCP4 format, 321 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
40 pix
9.04 Å/pix.
= 361.6 Å
50 pix
9.04 Å/pix.
= 452. Å
40 pix
9.04 Å/pix.
= 361.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.04 Å
密度
表面のレベル:0.005 (by author), 0.005 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.0373474 - 0.035813507
平均 (標準偏差)-0.0064569362 (0.01069729)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions504040
Origin50.040.040.0
Limit99.079.079.0
Spacing405040
セルA: 361.6 Å / B: 452.0 Å / C: 361.6 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z9.049.049.04
M x/y/z405040
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z361.600452.000361.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS405040
NC/NR/NS405040
D min/max/mean-0.0370.036-0.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Ribosome-nascent chains with native E.coli membranes containing YidC

全体名称: Ribosome-nascent chains with native E.coli membranes containing YidC
構成要素数: 3

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構成要素 #1: 細胞要素, Ribosome-nascent chains with native E.coli membranes contai...

細胞要素名称: Ribosome-nascent chains with native E.coli membranes containing YidC
組換発現: No
由来生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌) / ベクター: pHisLIC_YidC/pJK763 / : LEMO/BL21delta Trigger Factor
由来(天然)細胞中の位置: membrane

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構成要素 #2: 細胞要素, E. coli native membranes containing YidC

細胞要素名称: E. coli native membranes containing YidC / 組換発現: No
由来生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌) / ベクター: pHisLIC_YidC / : LEMO
由来(天然)細胞中の位置: membrane

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構成要素 #3: タンパク質, Ribosomes with SecM stalled nascent chains of ATP synthase...

タンパク質名称: Ribosomes with SecM stalled nascent chains of ATP synthase subunit c
組換発現: No
由来生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌) / ベクター: pJK763 / : BL21 delta Trigger Factor

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 2 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズCs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 2500.0 - 5000.0 nm / エネルギーフィルター: GIF Quantum LS / スリット: 0-20 eV
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: サブトモグラム平均法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / サブトモグラムの数: 55 / クラス平均の数: 10
詳細: Tomograms were built with IMOD, after correction of movie stacks with Unblur.
3次元再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 分解能: 1 Å / 分解能の算定法: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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