EMDB-39180: Non-catalytic site depleted and epsilon C-terminal domain deleted...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-39180

タイトル

Non-catalytic site depleted and epsilon C-terminal domain deleted FoF1-ATPase from Bacillus PS3,state2,nucleotide depleted condition

マップデータ

試料

複合体: FoF1 from Bacillus sp. PS3

キーワード

Complex /

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)

生物種

Bacillus sp. PS3 (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Kobayashi R / Nakano A / Mitsuoka K / Yokoyoma K

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: ADP inhibited structure of non-catalytic site depleted FoF1
著者: Kobayashi R / Nakano A / Mitsuoka K / Yokoyama K

履歴

登録	2024年2月20日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年4月24日	-
マップ公開	2024年4月24日	-
更新	2024年4月24日	-
現状	2024年4月24日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_39180.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_39180.map.gz	88.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-39180-v30.xml emd-39180.xml	15.6 KB 15.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_39180_fsc.xml	11.9 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_39180.png	106.5 KB
マスクデータ	emd_39180_msk_1.map	178 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-39180.cif.gz	3.8 KB
その他	emd_39180_additional_1.map.gz emd_39180_additional_2.map.gz emd_39180_half_map_1.map.gz emd_39180_half_map_2.map.gz	168.1 MB 12.1 MB 165 MB 165 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39180	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	39165C 39174C 39175C 39178C 39182C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_39180.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.88 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.123
最小 - 最大	-0.20966688 - 0.48276982
平均 (標準偏差)	-0.00015581162 (±0.023639053)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_39180_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_39180_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #2

ファイル

emd_39180_additional_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_39180_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_39180_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : FoF1 from Bacillus sp. PS3

全体	名称: FoF1 from Bacillus sp. PS3
要素	複合体: FoF1 from Bacillus sp. PS3

-
超分子 #1: FoF1 from Bacillus sp. PS3

超分子	名称: FoF1 from Bacillus sp. PS3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER / 詳細: This study
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 19465
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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