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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3918 | |||||||||
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タイトル | Recombinant human Bri2 BRICHOS domain, oligomeric state | |||||||||
マップデータ | Negative stain 3D density map of the Bri2 Brichos domain in its oligomeric state, Molecular wieght, 370 kDaMethod: Single particle TEM | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Hebert H / Johansson J / Nilsson HE / Koeck PJB / Chen G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Bri2 BRICHOS client specificity and chaperone activity are governed by assembly state. 著者: Gefei Chen / Axel Abelein / Harriet E Nilsson / Axel Leppert / Yuniesky Andrade-Talavera / Simone Tambaro / Lovisa Hemmingsson / Firoz Roshan / Michael Landreh / Henrik Biverstål / Philip J ...著者: Gefei Chen / Axel Abelein / Harriet E Nilsson / Axel Leppert / Yuniesky Andrade-Talavera / Simone Tambaro / Lovisa Hemmingsson / Firoz Roshan / Michael Landreh / Henrik Biverstål / Philip J B Koeck / Jenny Presto / Hans Hebert / André Fisahn / Jan Johansson / 要旨: Protein misfolding and aggregation is increasingly being recognized as a cause of disease. In Alzheimer's disease the amyloid-β peptide (Aβ) misfolds into neurotoxic oligomers and assembles into ...Protein misfolding and aggregation is increasingly being recognized as a cause of disease. In Alzheimer's disease the amyloid-β peptide (Aβ) misfolds into neurotoxic oligomers and assembles into amyloid fibrils. The Bri2 protein associated with Familial British and Danish dementias contains a BRICHOS domain, which reduces Aβ fibrillization as well as neurotoxicity in vitro and in a Drosophila model, but also rescues proteins from irreversible non-fibrillar aggregation. How these different activities are mediated is not known. Here we show that Bri2 BRICHOS monomers potently prevent neuronal network toxicity of Aβ, while dimers strongly suppress Aβ fibril formation. The dimers assemble into high-molecular-weight oligomers with an apparent two-fold symmetry, which are efficient inhibitors of non-fibrillar protein aggregation. These results indicate that Bri2 BRICHOS affects qualitatively different aspects of protein misfolding and toxicity via different quaternary structures, suggesting a means to generate molecular chaperone diversity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3918.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3918-v30.xml emd-3918.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3918.png | 132.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3918 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3918 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3918.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain 3D density map of the Bri2 Brichos domain in its oligomeric state, Molecular wieght, 370 kDaMethod: Single particle TEM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.076 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Oligomeric Bri2 BRICHOS
全体 | 名称: Oligomeric Bri2 BRICHOS |
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要素 |
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-超分子 #1: Oligomeric Bri2 BRICHOS
超分子 | 名称: Oligomeric Bri2 BRICHOS / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 実験値: 370 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Shuttle T7 / 組換プラスミド: pET |
-分子 #1: Bri2 BRICHOS domain
分子 | 名称: Bri2 BRICHOS domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSQTIEENIK IFEEEEVEFS VPVPEFADDP ANIVHDFNKK LTAYLDLNLD KCYVIPLNTS IVMPPRNLLE LLINIKAGTY LPQSYLIHEH MVITDRIENI DHLGFFIYRL CHDKETYKL |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.047 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: C2H7NO2 / 構成要素 - 名称: Ammonium acetate |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate / 詳細: 2% Uranyl Acetate |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.005 kPa |
詳細 | Purified fraction with protein was immediately stored on ice followed by grid preparation. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100F |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 倍率(補正後): 61680 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL |
詳細 | per frame =1.44 e/A2 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 5120 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / 実像数: 24 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 57.5 e/Å2 詳細: Negative stain images were collected in movie-mode at 20 frames per second. For each exposure, the comprised frames were drift corrected using the DE_process_frames-2.7.1.py script |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 3000 詳細: negative monitor contrast faciliated particle picking |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12) 詳細: For low resolution data EMAN2 use a 1D structure factor during the CTF procedure |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: The initial model was based on a subset of class-averages representing different views |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称) アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 2718 |