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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37901 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human SLC15A4 in complex with TASL (inward-facing open) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Transporter (運搬体タンパク質) / Immune system (免疫系) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan transport / Proton/oligopeptide cotransporters / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway ...L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan transport / Proton/oligopeptide cotransporters / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / dipeptide import across plasma membrane / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / specific granule membrane / monoatomic ion transport / protein transport / early endosome membrane / lysosomal membrane / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.91 Å | |||||||||
データ登録者 | Ohto U / Zhang Z / Fujimura A / Shimizu T | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human SLC15A4 in complex with TASL (inward-facing open) 著者: Zhang Z / Kasai S / Sakaniwa K / Fujimura A / Ohto U / Shimizu T | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37901.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37901-v30.xml emd-37901.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37901.png | 105.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37901.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_37901_additional_1.map.gz emd_37901_half_map_1.map.gz emd_37901_half_map_2.map.gz | 31.4 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37901 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37901 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wx5MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37901.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_37901_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37901_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37901_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human SLC15A4 and TASL complex
全体 | 名称: Human SLC15A4 and TASL complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Human SLC15A4 and TASL complex
超分子 | 名称: Human SLC15A4 and TASL complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Solute carrier family 15 member 4
分子 | 名称: Solute carrier family 15 member 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 64.856176 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEGSGGGAGE RAPLLGARRA AAAAAAAGAF AGRRAACGAV LLTELLERAA FYGITSNLVL FLNGAPFCWE GAQASEALLL FMGLTYLGS PFGGWLADAR LGRARAILLS LALYLLGMLA FPLLAAPATR AALCGSARLL NCTAPGPDAA ARCCSPATFA G LVLVGLGV ...文字列: MEGSGGGAGE RAPLLGARRA AAAAAAAGAF AGRRAACGAV LLTELLERAA FYGITSNLVL FLNGAPFCWE GAQASEALLL FMGLTYLGS PFGGWLADAR LGRARAILLS LALYLLGMLA FPLLAAPATR AALCGSARLL NCTAPGPDAA ARCCSPATFA G LVLVGLGV ATVKANITPF GADQVKDRGP EATRRFFNWF YWSINLGAIL SLGGIAYIQQ NVSFVTGYAI PTVCVGLAFV VF LCGQSVF ITKPPDGSAF TDMFKILTYS CCSQKRSGER QSNGEGIGVF QQSSKQSLFD SCKMSHGGPF TEEKVEDVKA LVK IVPVFL ALIPYWTVYF QMQTTYVLQS LHLRIPEISN ITTTPHTLPA AWLTMFDAVL ILLLIPLKDK LVDPILRRHG LLPS SLKRI AVGMFFVMCS AFAAGILESK RLNLVKEKTI NQTIGNVVYH AADLSLWWQV PQYLLIGISE IFASIAGLEF AYSAA PKSM QSAIMGLFFF FSGVGSFVGS GLLALVSIKA IGWMSSHTDF GNINGCYLNY YFFLLAAIQG ATLLLFLIIS VKYDHH RDH QRSRANGVPT SRRAGSIEGR IVKDYKDDDD KHHHHHH UniProtKB: Solute carrier family 15 member 4 |
-分子 #2: TASL (TASL-SLC15A4 fusion protein)
分子 | 名称: TASL (TASL-SLC15A4 fusion protein) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.776919 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLSEGYLSGL EYWND |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 367747 |