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- EMDB-37900: Cryo-EM structure of human SLC15A4 in complex with Lys-Leu (outwa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37900
タイトルCryo-EM structure of human SLC15A4 in complex with Lys-Leu (outward-facing open)
マップデータB-factor sharpened map
試料
  • 複合体: Human SLC15A4 with KL
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 15 member 4
  • リガンド: LYSINEリシン
  • リガンド: LEUCINEロイシン
キーワードTransporter (運搬体タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan transport / Proton/oligopeptide cotransporters / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway ...L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan transport / Proton/oligopeptide cotransporters / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / dipeptide import across plasma membrane / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / specific granule membrane / monoatomic ion transport / protein transport / early endosome membrane / lysosomal membrane / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 15 member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Sakaniwa K / Zhang Z / Ohto U / Shimizu T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human SLC15A4 in complex with Lys-Leu (outward-facing open)
著者: Zhang Z / Kasai S / Sakaniwa K / Fujimura A / Ohto U / Shimizu T
履歴
登録2023年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月13日-
マップ公開2023年12月13日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37900.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.2578137 - 3.4834304
平均 (標準偏差)0.001971771 (±0.08918353)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_37900_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37900_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37900_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human SLC15A4 with KL

全体名称: Human SLC15A4 with KL
要素
  • 複合体: Human SLC15A4 with KL
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 15 member 4
  • リガンド: LYSINEリシン
  • リガンド: LEUCINEロイシン

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超分子 #1: Human SLC15A4 with KL

超分子名称: Human SLC15A4 with KL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 15 member 4

分子名称: Solute carrier family 15 member 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.856176 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGSGGGAGE RAPLLGARRA AAAAAAAGAF AGRRAACGAV LLTELLERAA FYGITSNLVL FLNGAPFCWE GAQASEALLL FMGLTYLGS PFGGWLADAR LGRARAILLS LALYLLGMLA FPLLAAPATR AALCGSARLL NCTAPGPDAA ARCCSPATFA G LVLVGLGV ...文字列:
MEGSGGGAGE RAPLLGARRA AAAAAAAGAF AGRRAACGAV LLTELLERAA FYGITSNLVL FLNGAPFCWE GAQASEALLL FMGLTYLGS PFGGWLADAR LGRARAILLS LALYLLGMLA FPLLAAPATR AALCGSARLL NCTAPGPDAA ARCCSPATFA G LVLVGLGV ATVKANITPF GADQVKDRGP EATRRFFNWF YWSINLGAIL SLGGIAYIQQ NVSFVTGYAI PTVCVGLAFV VF LCGQSVF ITKPPDGSAF TDMFKILTYS CCSQKRSGER QSNGEGIGVF QQSSKQSLFD SCKMSHGGPF TEEKVEDVKA LVK IVPVFL ALIPYWTVYF QMQTTYVLQS LHLRIPEISN ITTTPHTLPA AWLTMFDAVL ILLLIPLKDK LVDPILRRHG LLPS SLKRI AVGMFFVMCS AFAAGILESK RLNLVKEKTI NQTIGNVVYH AADLSLWWQV PQYLLIGISE IFASIAGLEF AYSAA PKSM QSAIMGLFFF FSGVGSFVGS GLLALVSIKA IGWMSSHTDF GNINGCYLNY YFFLLAAIQG ATLLLFLIIS VKYDHH RDH QRSRANGVPT SRRAGSIEGR IVKDYKDDDD KHHHHHH

UniProtKB: Solute carrier family 15 member 4

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分子 #2: LYSINE

分子名称: LYSINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: LYS
分子量理論値: 147.195 Da
Chemical component information

ChemComp-LYS:
LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン / リシン

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分子 #3: LEUCINE

分子名称: LEUCINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: LEU
分子量理論値: 131.173 Da
Chemical component information

ChemComp-LEU:
LEUCINE / ロイシン / ロイシン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 280710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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