+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35400 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of human alpha-2/delta-1 without mirogabalin | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of membrane repolarization during action potential / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / L-type voltage-gated calcium channel complex / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / calcium ion transport into cytosol / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex ...regulation of membrane repolarization during action potential / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / L-type voltage-gated calcium channel complex / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / calcium ion transport into cytosol / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / neuronal dense core vesicle / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium ion import across plasma membrane / regulation of calcium ion transport / voltage-gated calcium channel activity / 筋小胞体 / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Kozai D / Numoto N / Fujiyoshi Y | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Recognition Mechanism of a Novel Gabapentinoid Drug, Mirogabalin, for Recombinant Human αδ1, a Voltage-Gated Calcium Channel Subunit. 著者: Daisuke Kozai / Nobutaka Numoto / Kouki Nishikawa / Akiko Kamegawa / Shohei Kawasaki / Yoko Hiroaki / Katsumasa Irie / Atsunori Oshima / Hiroyuki Hanzawa / Kousei Shimada / Yutaka Kitano / Yoshinori Fujiyoshi / 要旨: Mirogabalin is a novel gabapentinoid drug with a hydrophobic bicyclo substituent on the γ-aminobutyric acid moiety that targets the voltage-gated calcium channel subunit αδ1. Here, to reveal the ...Mirogabalin is a novel gabapentinoid drug with a hydrophobic bicyclo substituent on the γ-aminobutyric acid moiety that targets the voltage-gated calcium channel subunit αδ1. Here, to reveal the mirogabalin recognition mechanisms of αδ1, we present structures of recombinant human αδ1 with and without mirogabalin analyzed by cryo-electron microscopy. These structures show the binding of mirogabalin to the previously reported gabapentinoid binding site, which is the extracellular dCache_1 domain containing a conserved amino acid binding motif. A slight conformational change occurs around the residues positioned close to the hydrophobic group of mirogabalin. Mutagenesis binding assays identified that residues in the hydrophobic interaction region, in addition to several amino acid binding motif residues around the amino and carboxyl groups of mirogabalin, are critical for mirogabalin binding. The A215L mutation introduced to decrease the hydrophobic pocket volume predictably suppressed mirogabalin binding and promoted the binding of another ligand, L-Leu, with a smaller hydrophobic substituent than mirogabalin. Alterations of residues in the hydrophobic interaction region of αδ1 to those of the αδ2, αδ3, and αδ4 isoforms, of which αδ3 and αδ4 are gabapentin-insensitive, suppressed the binding of mirogabalin. These results support the importance of hydrophobic interactions in αδ1 ligand recognition. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35400.map.gz | 23.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-35400-v30.xml emd-35400.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35400_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35400.png | 136.5 KB | ||
マスクデータ | emd_35400_msk_1.map | 25.3 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_35400_half_map_1.map.gz emd_35400_half_map_2.map.gz | 23.5 MB 23.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35400 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35400 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8if4MC 8if3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35400.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.765 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_35400_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35400_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35400_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
全体 | 名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1電位依存性カルシウムチャネル |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
超分子 | 名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 140 KDa |
-分子 #1: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
分子 | 名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 124.413062 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAAGCLLALT LTLFQSLLIG PSSEEPFPSA VTIKSWVDKM QEDLVTLAKT ASGVNQLVDI YEKYQDLYTV EPNNARQLVE IAARDIEKL LSNRSKALVR LALEAEKVQA AHQWREDFAS NEVVYYNAKD DLDPEKNDSE PGSQRIKPVF IEDANFGRQI S YQHAAVHI ...文字列: MAAGCLLALT LTLFQSLLIG PSSEEPFPSA VTIKSWVDKM QEDLVTLAKT ASGVNQLVDI YEKYQDLYTV EPNNARQLVE IAARDIEKL LSNRSKALVR LALEAEKVQA AHQWREDFAS NEVVYYNAKD DLDPEKNDSE PGSQRIKPVF IEDANFGRQI S YQHAAVHI PTDIYEGSTI VLNELNWTSA LDEVFKKNRE EDPSLLWQVF GSATGLARYY PASPWVDNSR TPNKIDLYDV RR RPWYIQG AASPKDMLIL VDVSGSVSGL TLKLIRTSVS EMLETLSDDD FVNVASFNSN AQDVSCFQHL VQANVRNKKV LKD AVNNIT AKGITDYKKG FSFAFEQLLN YNVSRANCNK IIMLFTDGGE ERAQEIFNKY NKDKKVRVFT FSVGQHNYDR GPIQ WMACE NKGYYYEIPS IGAIRINTQE YLDVLGRPMV LAGDKAKQVQ WTNVYLDALE LGLVITGTLP VFNITGQFEN KTNLK NQLI LGVMGVDVSL EDIKRLTPRF TLCPNGYYFA IDPNGYVLLH PNLQPKNPKS QEPVTLDFLD AELENDIKVE IRNKMI DGE SGEKTFRTLV KSQDERYIDK GNRTYTWTPV NGTDYSLALV LPTYSFYYIK AKLEETITQA RSKKGKMKDS ETLKPDN FE ESGYTFIAPR DYCNDLKISD NNTEFLLNFN EFIDRHHHHH HHHKTPNNPS CNADLINRVL LDAGFTNELV QNYWSKQK N IKGVKARFVV TDGGITRVYP KEAGENWQEN PETYEDSFYK RSLDNDNYVF TAPYFNKSGP GAYESGIMVS KAVEIYIQG KLLKPAVVGI KIDVNSWIEN FTKTSIRDPC AGPVCDCKRN SDVMDCVILD DGGFLLMANH DDYTNQIGRF FGEIDPSLMR HLVNISVYA FNKSYDYQSV CEPGAAPKQG AGHRSAYVPS VADILQIGWW ATAAAWSILQ QFLLSLTFPR LLEAVEMEDD D FTASLSKQ SCITEQTQYF FDNDSKSFSG VLDCGNCSRI FHGEKLMNTN LIFIMVESKG TCPCDTRLLI QAEQTSDGPN PC DMVKQPR YRKGPDVCFD NNVLEDYTDC GGVSGLNPSL WYIIGIQFLL LWLVSGSTHR LL |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 68.3 e/Å2 |