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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35183 | |||||||||
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タイトル | Structure of the asymmetric unit of SFTSV virion | |||||||||
マップデータ | composite map of the asymmetric unit of SFTSV virion | |||||||||
試料 |
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キーワード | SFTSV (重症熱性血小板減少症候群ウイルス) / virion (ウイルス) / icosahedral reconstruction / VIRUS (ウイルス) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (重症熱性血小板減少症候群ウイルス) / Dabie bandavirus (重症熱性血小板減少症候群ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Du S / Peng R / Qi J / Li C | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus. 著者: Shouwen Du / Ruchao Peng / Wang Xu / Xiaoyun Qu / Yuhang Wang / Jiamin Wang / Letian Li / Mingyao Tian / Yudong Guan / Jigang Wang / Guoqing Wang / Hao Li / Lingcong Deng / Xiaoshuang Shi / ...著者: Shouwen Du / Ruchao Peng / Wang Xu / Xiaoyun Qu / Yuhang Wang / Jiamin Wang / Letian Li / Mingyao Tian / Yudong Guan / Jigang Wang / Guoqing Wang / Hao Li / Lingcong Deng / Xiaoshuang Shi / Yidan Ma / Fengting Liu / Minhua Sun / Zhengkai Wei / Ningyi Jin / Wei Liu / Jianxun Qi / Quan Liu / Ming Liao / Chang Li / 要旨: The severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a tick-borne human-infecting bunyavirus, which utilizes two envelope glycoproteins, Gn and Gc, to enter host cells. However, the ...The severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a tick-borne human-infecting bunyavirus, which utilizes two envelope glycoproteins, Gn and Gc, to enter host cells. However, the structure and organization of these glycoproteins on virion surface are not yet known. Here we describe the structure of SFTSV determined by single particle reconstruction, which allows mechanistic insights into bunyavirus assembly at near-atomic resolution. The SFTSV Gn and Gc proteins exist as heterodimers and further assemble into pentameric and hexameric peplomers, shielding the Gc fusion loops by both intra- and inter-heterodimer interactions. Individual peplomers are associated mainly through the ectodomains, in which the highly conserved glycans on N914 of Gc play a crucial role. This elaborate assembly stabilizes Gc in the metastable prefusion conformation and creates some cryptic epitopes that are only accessible in the intermediate states during virus entry. These findings provide an important basis for developing vaccines and therapeutic drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35183.map.gz | 91.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35183-v30.xml emd-35183.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35183.png | 64.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35183.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_35183_additional_1.map.gz | 26 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35183 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35183 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8i4tMC 8ilqC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | composite map of the asymmetric unit of SFTSV virion | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.68 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: subtomogram averaging density map of SFTSV virion hexon peplomer
ファイル | emd_35183_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | subtomogram averaging density map of SFTSV virion hexon peplomer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dabie bandavirus
全体 | 名称: Dabie bandavirus (重症熱性血小板減少症候群ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Dabie bandavirus
超分子 | 名称: Dabie bandavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 2748958 / 生物種: Dabie bandavirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 1100.0 Å / T番号(三角分割数): 12 |
-分子 #1: Envelopment polyprotein
分子 | 名称: Envelopment polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (重症熱性血小板減少症候群ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.994797 KDa |
配列 | 文字列: ESCDEMVHAD SKLVSCRQGS GNMKECVTTG RALLPAVNPG QEACLHFTAP GSPDSKCLKI KVKRINLKCK KSSSYFVPDA RSRCTSVRR CRWAGDCQSG CPPHSTSNSF SDDWAGKMDR AGLGFSGCSD GCGGAACGCF NAAPSCIFWR KWVENPHGII W KVSPCAAW ...文字列: ESCDEMVHAD SKLVSCRQGS GNMKECVTTG RALLPAVNPG QEACLHFTAP GSPDSKCLKI KVKRINLKCK KSSSYFVPDA RSRCTSVRR CRWAGDCQSG CPPHSTSNSF SDDWAGKMDR AGLGFSGCSD GCGGAACGCF NAAPSCIFWR KWVENPHGII W KVSPCAAW VPSAVIELTM PSGEVRTFHP MSGIPTQVFK GVSVTYLGSD MEVSGLTDLC EIEELKSKKL ALAPCNQAGM GV VGKVGEI QCSSEESART IKKDGCIWNA DLVGIELRVD DAVCYSKITS VEAVANYSAI PTTIGGLRFE RSHDSLGKIS GSP LDITAI RGSFSVNYRG LRLSLSEITA TCTGEVTNVS GCYSCMTGAK VSIKLHSSKN STAHVRCKGD ETAFSVLEGV HSYT VSLSF DHAVVDEQCQ LNCGGHESQV TLKGNLIFLD VPKFVDGSYM QTYHSSVPTG ANIPSPTDWL NALFGNGLSR WILGV IGVL LGGLALFFLI MSLFKLGTKQ VFRSRTKLA UniProtKB: Envelopment polyprotein |
-分子 #2: Envelopment polyprotein
分子 | 名称: Envelopment polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (重症熱性血小板減少症候群ウイルス) |
分子量 | 理論値: 61.751246 KDa |
配列 | 文字列: MMKVIWFSSL ICLVIQCGGD SGPIICAGPI HSNKSANIPH LLGYSEKICQ IDRLIHVSSW LRNHSQFQGY VGQRGGRSQV SYYPAENSY SRWSGLLSPC DADWLGMLVV KKAKGSDMIV PGPSYKGKVF FERPTFDGYV GWGCSSGKSR TESGELCSSD S GTSSGLLP ...文字列: MMKVIWFSSL ICLVIQCGGD SGPIICAGPI HSNKSANIPH LLGYSEKICQ IDRLIHVSSW LRNHSQFQGY VGQRGGRSQV SYYPAENSY SRWSGLLSPC DADWLGMLVV KKAKGSDMIV PGPSYKGKVF FERPTFDGYV GWGCSSGKSR TESGELCSSD S GTSSGLLP SDRVLWIGDV ACQPMTPIPE ETFLELKSFS QSEFPDICKI DGVVFNQCEG ESLPQPFDVA WMDVGHSHKI IM REHKTKW VQESSSKDFV CYKAGTGPCS ESEEKTCKTS GSCRGDMQFC KVAGCEHGEE ASEAKCRCSL VHKPGEVVVS YGG MRVRPK CYGFSRMMAT LEVNPPEQRT GQCTGCHLEC INGGVRLITL TSELKSATVC ASHFCSSATS GKKSTEIQFH SGSL VGRTA IHVKGALVDG TEFTFEGSCM FPDGCDAVDC TFCREFLKNP QCYPAKKWLF IIIVILLGYA GLMLLTNVLK AIGIW GSWV IAPVKLIFAI IKKLMRTVSC LMGKLMDRGR QVIHEEIGEN REGNQDDVRI EMARPRRVRH WMYSPVILTI LAIGLA UniProtKB: Envelopment polyprotein |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 54 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: Model vs map FSC 0.5 cut-off / 使用した粒子像数: 90188 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-8i4t: |