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- EMDB-35031: SARS-CoV2 spike protein with ACE2. 2 ACE2 bound form. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35031
タイトルSARS-CoV2 spike protein with ACE2. 2 ACE2 bound form.
マップデータapike, 2 ACE2, 2 up
試料
  • 複合体: SARS-CoV2 spike protein with ACE2, 2 ACE2 bound form.
キーワードSARS-CoV2 (SARSコロナウイルス2) / spike protein (スパイクタンパク質) / ACE2 (アンジオテンシン変換酵素2) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kishikawa J / Hirose M / Kato T / Okamoto T
資金援助 日本, 5件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21fk0108465 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21fk0108481 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21wm0325009 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22wm0325009 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101075 日本
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: An inhaled ACE2 decoy confers protection against SARS-CoV-2 infection in preclinical models.
著者: Emiko Urano / Yumi Itoh / Tatsuya Suzuki / Takanori Sasaki / Jun-Ichi Kishikawa / Kanako Akamatsu / Yusuke Higuchi / Yusuke Sakai / Tomotaka Okamura / Shuya Mitoma / Fuminori Sugihara / Akira ...著者: Emiko Urano / Yumi Itoh / Tatsuya Suzuki / Takanori Sasaki / Jun-Ichi Kishikawa / Kanako Akamatsu / Yusuke Higuchi / Yusuke Sakai / Tomotaka Okamura / Shuya Mitoma / Fuminori Sugihara / Akira Takada / Mari Kimura / Shuto Nakao / Mika Hirose / Tadahiro Sasaki / Ritsuko Koketsu / Shunya Tsuji / Shota Yanagida / Tatsuo Shioda / Eiji Hara / Satoaki Matoba / Yoshiharu Matsuura / Yasunari Kanda / Hisashi Arase / Masato Okada / Junichi Takagi / Takayuki Kato / Atsushi Hoshino / Yasuhiro Yasutomi / Akatsuki Saito / Toru Okamoto /
要旨: The Omicron variant continuously evolves under the humoral immune pressure exerted by vaccination and severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection, and the resulting Omicron ...The Omicron variant continuously evolves under the humoral immune pressure exerted by vaccination and severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection, and the resulting Omicron subvariants display further immune evasion and antibody escape. An engineered angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) decoy composed of high-affinity ACE2 and an IgG1 Fc domain could offer an alternative modality to neutralize SARS-CoV-2. We previously reported its broad spectrum and therapeutic potential in rodent models. Here, we demonstrate that the engineered ACE2 decoy retains neutralization activity against Omicron subvariants, including the currently emerging XBB and BQ.1 strains, which completely evade antibodies currently in clinical use. SARS-CoV-2, under the suboptimal concentration of neutralizing drugs, generated SARS-CoV-2 mutants escaping wild-type ACE2 decoy and monoclonal antibodies, whereas no escape mutant emerged against the engineered ACE2 decoy. Furthermore, inhalation of aerosolized decoys improved the outcomes of rodents infected with SARS-CoV-2 at a 20-fold lower dose than that of intravenous administration. Last, the engineered ACE2 decoy exhibited therapeutic efficacy for cynomolgus macaques infected with SARS-CoV-2. These results indicate that this engineered ACE2 decoy represents a promising therapeutic strategy to overcome immune-evading SARS-CoV-2 variants and that liquid aerosol inhalation could be considered as a noninvasive approach to enhance the efficacy of COVID-19 treatments.
履歴
登録2022年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35031.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35031.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈apike, 2 ACE2, 2 up
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.17 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.9777404 - 1.7147207
平均 (標準偏差)-0.0005919935 (±0.044074375)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 351.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35031_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_35031_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_35031_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV2 spike protein with ACE2, 2 ACE2 bound form.

全体名称: SARS-CoV2 spike protein with ACE2, 2 ACE2 bound form.
要素
  • 複合体: SARS-CoV2 spike protein with ACE2, 2 ACE2 bound form.

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超分子 #1: SARS-CoV2 spike protein with ACE2, 2 ACE2 bound form.

超分子名称: SARS-CoV2 spike protein with ACE2, 2 ACE2 bound form.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 460 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
250.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.085 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4545 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 793794
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cryosparc ab initio reconstruction
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 171457 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 168640
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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