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- EMDB-34815: One asymmetric unit of Singapore grouper iridovirus capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34815
タイトルOne asymmetric unit of Singapore grouper iridovirus capsid
マップデータThis is a composite density map generated by combining the density maps of five blocks with the accession codes EMD-34227, EMD-34230, EMD-34235, EMD-34229, and EMD-34236, respectively.
試料
  • ウイルス: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP38
    • タンパク質・ペプチド: VP137
    • タンパク質・ペプチド: VP88
    • タンパク質・ペプチド: VP59
    • タンパク質・ペプチド: VP139
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein (VP14)
機能・相同性
機能・相同性情報


カプシド / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5850 / Family of unknown function (DUF5850) / Virion membrane protein, poxvirus L1-related / Lipid membrane protein of large eukaryotic DNA viruses / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Major capsid protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhao ZN / Liu CC / Zhu DJ / Qi JX / Zhang XZ / Gao GF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Near-atomic architecture of Singapore grouper iridovirus and implications for giant virus assembly.
著者: Zhennan Zhao / Youhua Huang / Congcong Liu / Dongjie Zhu / Shuaixin Gao / Sheng Liu / Ruchao Peng / Ya Zhang / Xiaohong Huang / Jianxun Qi / Catherine C L Wong / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / ...著者: Zhennan Zhao / Youhua Huang / Congcong Liu / Dongjie Zhu / Shuaixin Gao / Sheng Liu / Ruchao Peng / Ya Zhang / Xiaohong Huang / Jianxun Qi / Catherine C L Wong / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Qiwei Qin / George F Gao /
要旨: Singapore grouper iridovirus (SGIV), one of the nucleocytoviricota viruses (NCVs), is a highly pathogenic iridovirid. SGIV infection results in massive economic losses to the aquaculture industry and ...Singapore grouper iridovirus (SGIV), one of the nucleocytoviricota viruses (NCVs), is a highly pathogenic iridovirid. SGIV infection results in massive economic losses to the aquaculture industry and significantly threatens global biodiversity. In recent years, high morbidity and mortality in aquatic animals have been caused by iridovirid infections worldwide. Effective control and prevention strategies are urgently needed. Here, we present a near-atomic architecture of the SGIV capsid and identify eight types of capsid proteins. The viral inner membrane-integrated anchor protein colocalizes with the endoplasmic reticulum (ER), supporting the hypothesis that the biogenesis of the inner membrane is associated with the ER. Additionally, immunofluorescence assays indicate minor capsid proteins (mCPs) could form various building blocks with major capsid proteins (MCPs) before the formation of a viral factory (VF). These results expand our understanding of the capsid assembly of NCVs and provide more targets for vaccine and drug design to fight iridovirid infections.
履歴
登録2022年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34815.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a composite density map generated by combining the density maps of five blocks with the accession codes EMD-34227, EMD-34230, EMD-34235, EMD-34229, and EMD-34236, respectively.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.07132883 - 0.10519954
平均 (標準偏差)0.00022278047 (±0.0026708446)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ771790569
Spacing790771569
セルA: 1106.0 Å / B: 1079.4 Å / C: 796.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Singapore grouper iridovirus

全体名称: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP38
    • タンパク質・ペプチド: VP137
    • タンパク質・ペプチド: VP88
    • タンパク質・ペプチド: VP59
    • タンパク質・ペプチド: VP139
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein (VP14)

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超分子 #1: Singapore grouper iridovirus

超分子名称: Singapore grouper iridovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 262968 / 生物種: Singapore grouper iridovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 123 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
分子量理論値: 50.573141 KDa
配列文字列: MTCTTGAGVT SGFIDLATYD NLDRALYGGK DATTYFIKEH YPVGWFTKLP TMATRVSGNP AFGQEFSVGV PRSGDYVLNA WLTLKTPEI KLLETNRLGA NGTVRWTKNL MHNAVEHASL TFNDICAQQF NTAYLDAWTQ FNMCEGKRIG YDNMIGNTSD M TNPTPAQG ...文字列:
MTCTTGAGVT SGFIDLATYD NLDRALYGGK DATTYFIKEH YPVGWFTKLP TMATRVSGNP AFGQEFSVGV PRSGDYVLNA WLTLKTPEI KLLETNRLGA NGTVRWTKNL MHNAVEHASL TFNDICAQQF NTAYLDAWTQ FNMCEGKRIG YDNMIGNTSD M TNPTPAQG QDGARTLPSK NLVLPLPFFF SRDCGLALPT VVLPYNEIRI NIKLRSLQEL LVFQNKDTGN VIPISATDIA GG LADTVEA YVYMTVGLVS NVERCAMAGT VRDMVVEQMQ AAPTHIVNPQ NTNNVHVDMR FSHAVKALFF MVQNVTYKSV GSN YTCVTP VNGPGNTVME PAMSVDPIKS ASLTYENTTR LANMGVEYYS LVQPWYFSAS IPVYTGYHMY SYALNVGSVH PSGS TNYGR LTNASITVTM SPESVVAAAG GGNNNSGYNE PQRFALVVIA VNHNVIRIMN GSMGFPIL

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分子 #2: VP38

分子名称: VP38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
分子量理論値: 19.070715 KDa
配列文字列:
MIHNYAILIV TAAVVVWYYY KLYVVDKNGK KSLVRTRKHR NLESAARRDP ILKTYSKQDG TRSRKPKSTK KEPHWMDPQL MGSQTTQYS RNRGYGDPIR GDLPIVPDDG GWFATRANPA HHLHTGALSM IGGDASDCGS TAVQQLIKKY EDKGCNNNGL N VMSSHYGG VM

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分子 #3: VP137

分子名称: VP137 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
分子量理論値: 49.777852 KDa
配列文字列: MDCATYATRK DKGWELNENR CVWAASVKPT SGAIMTNVGV HGKSGNAVLM TPKRRPHAQN HAGYKIKYCK QVPLIPLHGG DYILNHWET RGVDRMRIPG IQHAPPPPAP SGMQNAYSTH PDAYRTPLLA DSHALSRMPV VQVHGPQVAP KNSHFTVAPE K HGPVEDMN ...文字列:
MDCATYATRK DKGWELNENR CVWAASVKPT SGAIMTNVGV HGKSGNAVLM TPKRRPHAQN HAGYKIKYCK QVPLIPLHGG DYILNHWET RGVDRMRIPG IQHAPPPPAP SGMQNAYSTH PDAYRTPLLA DSHALSRMPV VQVHGPQVAP KNSHFTVAPE K HGPVEDMN AIINALPTKV DAVKLEYSAS KTNRTNKRPG DGGAPPPKNL SKCHQNKLKT FARTANSGAN PFRPATAAPQ GL SKQPVRK PFASARNANS GANPFRPPLA HQGLSKAHVV KTAVSVANRS AGAEPFVTRN DPRALAMELA NNKTISVTLG LRH WKTVSA APPEKMSKSG VCKIATNVYN RDGGANPFLV KYEPDSLAVC PMETVEIAAV PSKRPWEGSA NPRRPEQISF GMSD KPKFV NDKIGIVLRG PTLAPTLDRT ATHTVTRPRA LGSFHSTAGP AKHAASIMAE CKDESR

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分子 #4: VP88

分子名称: VP88 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
分子量理論値: 54.052152 KDa
配列文字列: MGAAQSVNGV KIVTNAYAEI MTDLAVDQDI TADQTQVFSI DNVSGDVYVE GTVMTEKLVI NLASLMKAVT NQSSQDELID NIAQQAQAA VSGLNFAQFA FVTNNIDRLI TACVKLSVDM RVSCTAKVEM TQSFSVSSVM GDVRVKDVRM EEFSDVISTC A LNAAITNA ...文字列:
MGAAQSVNGV KIVTNAYAEI MTDLAVDQDI TADQTQVFSI DNVSGDVYVE GTVMTEKLVI NLASLMKAVT NQSSQDELID NIAQQAQAA VSGLNFAQFA FVTNNIDRLI TACVKLSVDM RVSCTAKVEM TQSFSVSSVM GDVRVKDVRM EEFSDVISTC A LNAAITNA QLSDIVSQIK QRGDATATGL NPMAILAAVV LAIIGLPLGA GFLAGRRVVG PLMMVTGMVG GGALAMGYVP EP IKLTGFA PEPDLTAVVP VAVENGLTLK AAISKLTGDP QYGAVYWQNY KVTGTTAVKL NQTVSYYAPP NFDPVTWTAS EPA QKQPSF RVFPTLFQGQ GLPKISYRLA YGTVALTQGP ERGDVYLDST TGNYYVLKDG WKLNGTIPGA IKDRPEAWGI VDPN ETTAL TGSERYTWVD PYTRVQGTLW YKPKDSHEWV KERQDPVPIN VPLTETPSDF NVWVYKDATA KKIVGWVSAG AGAAG AGLT ASAYFMPSTA VDAKAEVGEA AK

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分子 #5: VP59

分子名称: VP59 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
分子量理論値: 16.343806 KDa
配列文字列:
MDSQGFWAIL AFTPVLMILS LKGEGLLAMV GLLVLTVTLL ASREKNDRPR LSCRGKIGRK VSGFENAGHV RDSHHVIYKR PPVNEYCAE TREDNSLYVP EYCGQNWKNG VLSGMGTHHD AYRNLAVNMM TLRRESAVSA GWAHSYL

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分子 #6: VP139

分子名称: VP139 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
分子量理論値: 11.354337 KDa
配列文字列:
MNAYQNDKLH LCAPRPDLVR AAMSAMVRET GCTPNVNIRE MAISAGVMLT KIRANPGMLR YGMTATQTVI YNLKELFAAH AARGVVFKT PAIHPAHPSQ WKGF

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分子 #7: Penton protein (VP14)

分子名称: Penton protein (VP14) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
分子量理論値: 15.872862 KDa
配列文字列:
MYRGFSLKLP NNYRSGQVTT EHRLPASNSH ARWPVEVSFY SAVLHVPAKH QHKFPPVLEL KLHNMTTGSM AAHRGSGHHF TFMFHAQSS PTEAVYSCVP VPIVFSDYQS NVIASVDMGE HDTAEKLHFY GSIRNCDNGC TY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 37161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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