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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34627 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human soluble guanylate cyclase in the NO+Rio state at 3.1 angstrom | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / cytidylate cyclase activity / guanylate cyclase complex, soluble / trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / グアニル酸シクラーゼ / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / response to oxygen levels / presynaptic active zone cytoplasmic component / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase ...retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / cytidylate cyclase activity / guanylate cyclase complex, soluble / trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / グアニル酸シクラーゼ / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / response to oxygen levels / presynaptic active zone cytoplasmic component / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / relaxation of vascular associated smooth muscle / adenylate cyclase activity / 循環器 / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / cGMP-mediated signaling / GABA-ergic synapse / cellular response to nitric oxide / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / nitric oxide mediated signal transduction / Hsp90 protein binding / 血圧 / signaling receptor activity / glutamatergic synapse / heme binding / protein-containing complex binding / GTP binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen L / Liu R | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nitric Oxide / 年: 2023 タイトル: NO binds to the distal site of haem in the fully activated soluble guanylate cyclase. 著者: Rui Liu / Yunlu Kang / Lei Chen / 要旨: Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary receptor for nitric oxide (NO). The binding of NO to the haem of sGC induces a large conformational change in the enzyme and activates its cyclase ...Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary receptor for nitric oxide (NO). The binding of NO to the haem of sGC induces a large conformational change in the enzyme and activates its cyclase activity. However, whether NO binds to the proximal site or the distal site of haem in the fully activated state remains under debate. Here, we present cryo-EM maps of sGC in the NO-activated state at high resolutions, allowing the observation of the density of NO. These cryo-EM maps show the binding of NO to the distal site of haem in the NO-activated state. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34627.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34627-v30.xml emd-34627.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34627.png | 62.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34627 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34627 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hbfMC 8hbeC 8hbhC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34627.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human soluble guanylate cyclase
全体 | 名称: human soluble guanylate cyclase可溶性グアニル酸シクラーゼ |
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要素 |
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-超分子 #1: human soluble guanylate cyclase
超分子 | 名称: human soluble guanylate cyclase / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Guanylate cyclase soluble subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanylate cyclase soluble subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: グアニル酸シクラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 77.566484 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MFCTKLKDLK ITGECPFSLL APGQVPNESS EEAAGSSESC KATMPICQDI PEKNIQESLP QRKTSRSRVY LHTLAESICK LIFPEFERL NVALQRTLAK HKIKESRKSL EREDFEKTIA EQAVAAGVPV EVIKESLGEE VFKICYEEDE NILGVVGGTL K DFLNSFST ...文字列: MFCTKLKDLK ITGECPFSLL APGQVPNESS EEAAGSSESC KATMPICQDI PEKNIQESLP QRKTSRSRVY LHTLAESICK LIFPEFERL NVALQRTLAK HKIKESRKSL EREDFEKTIA EQAVAAGVPV EVIKESLGEE VFKICYEEDE NILGVVGGTL K DFLNSFST LLKQSSHCQE AGKRGRLEDA SILCLDKEDD FLHVYYFFPK RTTSLILPGI IKAAAHVLYE TEVEVSLMPP CF HNDCSEF VNQPYLLYSV HMKSTKPSLS PSKPQSSLVI PTSLFCKTFP FHFMFDKDMT ILQFGNGIRR LMNRRDFQGK PNF EEYFEI LTPKINQTFS GIMTMLNMQF VVRVRRWDNS VKKSSRVMDL KGQMIYIVES SAILFLGSPC VDRLEDFTGR GLYL SDIPI HNALRDVVLI GEQARAQDGL KKRLGKLKAT LEQAHQALEE EKKKTVDLLC SIFPCEVAQQ LWQGQVVQAK KFSNV TMLF SDIVGFTAIC SQCSPLQVIT MLNALYTRFD QQCGELDVYK VETIGDAYCV AGGLHKESDT HAVQIALMAV KMMELS DEV MSPHGEPIKM RIGLHSGSVF AGVVGVKMPR YCLFGNNVTL ANKFESCSVP RKINVSPTTY RLLKDCPGFV FTPRSRE EL PPNFPSEIPG ICHFLDAYQQ GTNSKPCFQK KDVEDGNANF LGKASGID |
-分子 #2: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
分子 | 名称: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: グアニル酸シクラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 70.59932 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MYGFVNHALE LLVIRNYGPE VWEDIKKEAQ LDEEGQFLVR IIYDDSKTYD LVAAASKVLN LNAGEILQMF GKMFFVFCQE SGYDTILRV LGSNVREFLQ NLDALHDHLA TIYPGMRAPS FRCTDAEKGK GLILHYYSER EGLQDIVIGI IKTVAQQIHG T EIDMKVIQ ...文字列: MYGFVNHALE LLVIRNYGPE VWEDIKKEAQ LDEEGQFLVR IIYDDSKTYD LVAAASKVLN LNAGEILQMF GKMFFVFCQE SGYDTILRV LGSNVREFLQ NLDALHDHLA TIYPGMRAPS FRCTDAEKGK GLILHYYSER EGLQDIVIGI IKTVAQQIHG T EIDMKVIQ QRNEECDHTQ FLIEEKESKE EDFYEDLDRF EENGTQESRI SPYTFCKAFP FHIIFDRDLV VTQCGNAIYR VL PQLQPGN CSLLSVFSLV RPHIDISFHG ILSHINTVFV LRSKEGLLDV EKLECEDELT GTEISCLRLK GQMIYLPEAD SIL FLCSPS VMNLDDLTRR GLYLSDIPLH DATRDLVLLG EQFREEYKLT QELEILTDRL QLTLRALEDE KKKTDTLLYS VLPP SVANE LRHKRPVPAK RYDNVTILFS GIVGFNAFCS KHASGEGAMK IVNLLNDLYT RFDTLTDSRK NPFVYKVETV GDKYM TVSG LPEPCIHHAR SICHLALDMM EIAGQVQVDG ESVQITIGIH TGEVVTGVIG QRMPRYCLFG NTVNLTSRTE TTGEKG KIN VSEYTYRCLM SPENSDPQFH LEHRGPVSMK GKKEPMQVWF LSRKNTGTEE TKQDDD |
-分子 #3: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: G2P |
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分子量 | 理論値: 521.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-G2P: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEM: |
-分子 #6: methyl ~{N}-[4,6-bis(azanyl)-2-[1-[(2-fluorophenyl)methyl]pyrazol...
分子 | 名称: methyl ~{N}-[4,6-bis(azanyl)-2-[1-[(2-fluorophenyl)methyl]pyrazolo[3,4-b]pyridin-3-yl]pyrimidin-5-yl]-~{N}-methyl-carbamate タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GZO |
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分子量 | 理論値: 422.416 Da |
Chemical component information | ChemComp-GZO: |
-分子 #7: NITRIC OXIDE
分子 | 名称: NITRIC OXIDE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: NO |
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分子量 | 理論値: 30.006 Da |
Chemical component information | ChemComp-NO: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 330636 |