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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34520 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human SAGA complex | |||||||||
マップデータ | this is the main map of the human SAGA complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / : / SAGA-type complex / : / : / : / regulation of somatic stem cell population maintenance / SAGA complex assembly ...: / : / : / : / SAGA-type complex / : / : / : / regulation of somatic stem cell population maintenance / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / pre-snoRNP complex / Swr1 complex / transcription factor TFTC complex / SLIK (SAGA-like) complex / splicing factor binding / regulation of double-strand break repair / U12-type spliceosomal complex / negative regulation of microtubule depolymerization / hepatocyte differentiation / maintenance of protein location in nucleus / positive regulation of response to cytokine stimulus / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / C2H2 zinc finger domain binding / U2-type prespliceosome assembly / box C/D snoRNP assembly / U2 snRNP / SAGA complex / RNA polymerase binding / limb development / 転写開始前複合体 / nucleus organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / response to L-glutamate / precatalytic spliceosome / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mRNA Splicing - Minor Pathway / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / regulation of RNA splicing / MLL1 complex / histone deacetylase complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone acetyltransferase complex / gastrulation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic placenta development / U2 snRNA binding / regulation of DNA repair / somitogenesis / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / 視覚 / catalytic step 2 spliceosome / response to interleukin-1 / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / male germ cell nucleus / promoter-specific chromatin binding / nuclear estrogen receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / transcription coregulator activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / spliceosomal complex / multicellular organism growth / mRNA transcription by RNA polymerase II / negative regulation of protein catabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / microtubule cytoskeleton organization / mRNA splicing, via spliceosome / オートファジー / nuclear matrix / microtubule cytoskeleton / ヌクレオソーム / p53 binding / chromatin organization / HATs acetylate histones / ATPase binding / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang J / Zhang Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of human SAGA transcriptional coactivator complex. 著者: Yuzhu Zhang / Changping Yin / Yue Yin / Mengqi Wei / Wei Jing / Chao Peng / Zhengjun Chen / Jing Huang / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34520.map.gz | 228.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34520-v30.xml emd-34520.xml | 48.1 KB 48.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34520_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34520.png | 208.9 KB | ||
その他 | emd_34520_additional_1.map.gz emd_34520_additional_2.map.gz emd_34520_additional_3.map.gz emd_34520_additional_4.map.gz emd_34520_additional_5.map.gz emd_34520_additional_6.map.gz emd_34520_additional_7.map.gz emd_34520_half_map_1.map.gz emd_34520_half_map_2.map.gz | 228.5 MB 193.9 MB 228.8 MB 229 MB 229 MB 193.7 MB 228.9 MB 194.3 MB 194.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34520 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34520 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8h7gMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | this is the main map of the human SAGA complex | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: this is the first map focused on SUPT3H to build chain E
ファイル | emd_34520_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | this is the first map focused on SUPT3H to build chain E | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: this is a map focused on the SF3B3...
ファイル | emd_34520_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | this is a map focused on the SF3B3 and SF3B5 to help the model building | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: this is a map focused on TRRAP to help the model building
ファイル | emd_34520_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | this is a map focused on TRRAP to help the model building | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: this is a map focused on the weak...
ファイル | emd_34520_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | this is a map focused on the weak regions of TRRAP to help the model building | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: this is a map focused on the core...
ファイル | emd_34520_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | this is a map focused on the core module of the human SAGA complex to help the model building | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: this is the second map focused on SUPT3H to build chain E
ファイル | emd_34520_additional_6.map | ||||||||||||
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注釈 | this is the second map focused on SUPT3H to build chain E | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: this is a map focused on the TAF6L...
ファイル | emd_34520_additional_7.map | ||||||||||||
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注釈 | this is a map focused on the TAF6L HEAT domain to help the model building | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: this is the EM half map 1
ファイル | emd_34520_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | this is the EM half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: this is the EM half map 1
ファイル | emd_34520_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | this is the EM half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : human SAGA transcriptional coactivator complex
+超分子 #1: human SAGA transcriptional coactivator complex
+分子 #1: Transformation/transcription domain-associated protein
+分子 #2: Splicing factor 3B subunit 3
+分子 #3: Splicing factor 3B subunit 5
+分子 #4: Transcription factor SPT20 homolog
+分子 #5: Transcription initiation protein SPT3 homolog
+分子 #6: Transcriptional adapter 1
+分子 #7: TAF5-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated...
+分子 #8: STAGA complex 65 subunit gamma
+分子 #9: TAF6-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated...
+分子 #10: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
+分子 #11: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
+分子 #12: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
+分子 #13: Unassigned sequence
+分子 #14: Ataxin-7
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |