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- EMDB-34313: A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34313
タイトルA mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors
マップデータ
試料
  • 複合体: E-RTC_SMP-nsp9_GTP
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • RNA: primer
    • RNA: RNA (27-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Helicaseヘリカーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 9
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / methyltransferase activity / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins ...viral genome replication / methyltransferase activity / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / メチル化 / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / TRAF3-dependent IRF activation pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / : / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / ヘリカーゼ / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Lipocalin signature. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1a / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Yan LM / Huang YC / Ge J / Liu ZY / Gao Y / Rao ZH / Lou ZY
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0707500 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFC0840300 中国
引用ジャーナル: Cell / : 2022
タイトル: A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analog inhibitors.
著者: Liming Yan / Yucen Huang / Ji Ge / Zhenyu Liu / Pengchi Lu / Bo Huang / Shan Gao / Junbo Wang / Liping Tan / Sihan Ye / Fengxi Yu / Weiqi Lan / Shiya Xu / Feng Zhou / Lei Shi / Luke W Guddat ...著者: Liming Yan / Yucen Huang / Ji Ge / Zhenyu Liu / Pengchi Lu / Bo Huang / Shan Gao / Junbo Wang / Liping Tan / Sihan Ye / Fengxi Yu / Weiqi Lan / Shiya Xu / Feng Zhou / Lei Shi / Luke W Guddat / Yan Gao / Zihe Rao / Zhiyong Lou /
要旨: Decoration of cap on viral RNA plays essential roles in SARS-CoV-2 proliferation. Here, we report a mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and document structural details at atomic resolution. The ...Decoration of cap on viral RNA plays essential roles in SARS-CoV-2 proliferation. Here, we report a mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and document structural details at atomic resolution. The NiRAN domain in polymerase catalyzes the covalent link of RNA 5' end to the first residue of nsp9 (termed as RNAylation), thus being an intermediate to form cap core (GpppA) with GTP catalyzed again by NiRAN. We also reveal that triphosphorylated nucleotide analog inhibitors can be bonded to nsp9 and fit into a previously unknown "Nuc-pocket" in NiRAN, thus inhibiting nsp9 RNAylation and formation of GpppA. S-loop (residues 50-KTN-52) in NiRAN presents a remarkable conformational shift observed in RTC bound with sofosbuvir monophosphate, reasoning an "induce-and-lock" mechanism to design inhibitors. These findings not only improve the understanding of SARS-CoV-2 RNA capping and the mode of action of NAIs but also provide a strategy to design antiviral drugs.
履歴
登録2022年9月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34313.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.7590687 - 3.114526
平均 (標準偏差)-8.537329e-05 (±0.048448067)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 367.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: E-RTC SMP-nsp9 GTP

ファイルemd_34313_half_map_1.map
注釈E-RTC_SMP-nsp9_GTP
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_34313_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : E-RTC_SMP-nsp9_GTP

全体名称: E-RTC_SMP-nsp9_GTP
要素
  • 複合体: E-RTC_SMP-nsp9_GTP
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • RNA: primer
    • RNA: RNA (27-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Helicaseヘリカーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 9
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: water

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超分子 #1: E-RTC_SMP-nsp9_GTP

超分子名称: E-RTC_SMP-nsp9_GTP / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase

分子名称: RNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 106.780977 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SADAQSFLNR VCGVSAARLT PCGTGTSTDV VYRAFDIYND KVAGFAKFLK TNCCRFQEKD EDDNLIDSYF VVKRHTFSNY QHEETIYNL LKDCPAVAKH DFFKFRIDGD MVPHISRQRL TKYTMADLVY ALRHFDEGNC DTLKEILVTY NCCDDDYFNK K DWYDFVEN ...文字列:
SADAQSFLNR VCGVSAARLT PCGTGTSTDV VYRAFDIYND KVAGFAKFLK TNCCRFQEKD EDDNLIDSYF VVKRHTFSNY QHEETIYNL LKDCPAVAKH DFFKFRIDGD MVPHISRQRL TKYTMADLVY ALRHFDEGNC DTLKEILVTY NCCDDDYFNK K DWYDFVEN PDILRVYANL GERVRQALLK TVQFCDAMRN AGIVGVLTLD NQDLNGNWYD FGDFIQTTPG SGVPVVDSYY SL LMPILTL TRALTAESHV DTDLTKPYIK WDLLKYDFTE ERLKLFDRYF KYWDQTYHPN CVNCLDDRCI LHCANFNVLF STV FPPTSF GPLVRKIFVD GVPFVVSTGY HFRELGVVHN QDVNLHSSRL SFKELLVYAA DPAMHAASGN LLLDKRTTCF SVAA LTNNV AFQTVKPGNF NKDFYDFAVS KGFFKEGSSV ELKHFFFAQD GNAAISDYDY YRYNLPTMCD IRQLLFVVEV VDKYF DCYD GGCINANQVI VNNLDKSAGF PFNKWGKARL YYDSMSYEDQ DALFAYTKRN VIPTITQMNL KYAISAKNRA RTVAGV SIC STMTNRQFHQ KLLKSIAATR GATVVIGTSK FYGGWHNMLK TVYSDVENPH LMGWDYPKCD RAMPNMLRIM ASLVLAR KH TTCCSLSHRF YRLANECAQV LSEMVMCGGS LYVKPGGTSS GDATTAYANS VFNICQAVTA NVNALLSTDG NKIADKYV R NLQHRLYECL YRNRDVDTDF VNEFYAYLRK HFSMMILSDD AVVCFNSTYA SQGLVASIKN FKSVLYYQNN VFMSEAKCW TETDLTKGPH EFCSQHTMLV KQGDDYVYLP YPDPSRILGA GCFVDDIVKT DGTLMIERFV SLAIDAYPLT KHPNQEYADV FHLYLQYIR KLHDELTGHM LDMYSVMLTN DNTSRYWEPE FYEAMYTPHT VLQ

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分子 #2: Non-structural protein 8

分子名称: Non-structural protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 21.903047 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: AIASEFSSLP SYAAFATAQE AYEQAVANGD SEVVLKKLKK SLNVAKSEFD RDAAMQRKLE KMADQAMTQM YKQARSEDKR AKVTSAMQT MLFTMLRKLD NDALNNIINN ARDGCVPLNI IPLTTAAKLM VVIPDYNTYK NTCDGTTFTY ASALWEIQQV V DADSKIVQ ...文字列:
AIASEFSSLP SYAAFATAQE AYEQAVANGD SEVVLKKLKK SLNVAKSEFD RDAAMQRKLE KMADQAMTQM YKQARSEDKR AKVTSAMQT MLFTMLRKLD NDALNNIINN ARDGCVPLNI IPLTTAAKLM VVIPDYNTYK NTCDGTTFTY ASALWEIQQV V DADSKIVQ LSEISMDNSP NLAWPLIVTA LRANSAVKLQ

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分子 #3: Non-structural protein 7

分子名称: Non-structural protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 9.248804 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SKMSDVKCTS VVLLSVLQQL RVESSSKLWA QCVQLHNDIL LAKDTTEAFE KMVSLLSVLL SMQGAVDINK LCEEMLDNRA TLQ

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分子 #6: Helicase

分子名称: Helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 66.930531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: AVGACVLCNS QTSLRCGACI RRPFLCCKCC YDHVISTSHK LVLSVNPYVC NAPGCDVTDV TQLYLGGMSY YCKSHKPPIS FPLCANGQV FGLYKNTCVG SDNVTDFNAI ATCDWTNAGD YILANTCTER LKLFAAETLK ATEETFKLSY GIATVREVLS D RELHLSWE ...文字列:
AVGACVLCNS QTSLRCGACI RRPFLCCKCC YDHVISTSHK LVLSVNPYVC NAPGCDVTDV TQLYLGGMSY YCKSHKPPIS FPLCANGQV FGLYKNTCVG SDNVTDFNAI ATCDWTNAGD YILANTCTER LKLFAAETLK ATEETFKLSY GIATVREVLS D RELHLSWE VGKPRPPLNR NYVFTGYRVT KNSKVQIGEY TFEKGDYGDA VVYRGTTTYK LNVGDYFVLT SHTVMPLSAP TL VPQEHYV RITGLYPTLN ISDEFSSNVA NYQKVGMQKY STLQGPPGTG KSHFAIGLAL YYPSARIVYT ACSHAAVDAL CEK ALKYLP IDKCSRIIPA RARVECFDKF KVNSTLEQYV FCTVNALPET TADIVVFDEI SMATNYDLSV VNARLRAKHY VYIG DPAQL PAPRTLLTKG TLEPEYFNSV CRLMKTIGPD MFLGTCRRCP AEIVDTVSAL VYDNKLKAHK DKSAQCFKMF YKGVI THDV SSAINRPQIG VVREFLTRNP AWRKAVFISP YNSQNAVASK ILGLPTQTVD SSQGSEYDYV IFTQTTETAH SCNVNR FNV AITRAKVGIL CIMSDRDLYD KLQFTSLEIP RRNVATLQ

+
分子 #7: Non-structural protein 9

分子名称: Non-structural protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 12.391171 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
NNELSPVALR QMSCAAGTTQ TACTDDNALA YYNTTKGGRF VLALLSDLQD LKWARFPKSD GTGTIYTELE PPCRFVTDTP KGPKVKYLY FIKGLNNLNR GMVLGSLAAT VRLQ

+
分子 #4: primer

分子名称: primer / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 8.172932 KDa
配列文字列:
GCGGUAGUAG CAUGCUAGGG AGCAG

+
分子 #5: RNA (27-MER)

分子名称: RNA (27-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 10.443209 KDa
配列文字列:
AAUGUCUGAC UGCUCCCUAG CAUGCUACUA CCG

+
分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 8 / : ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #9: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / : GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

+
分子 #10: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / : HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER /

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1119306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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