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- EMDB-34083: GluK1-1a extracellular domain captured in SYM2081 bound desensiti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34083
タイトルGluK1-1a extracellular domain captured in SYM2081 bound desensitized state
マップデータGluK1-1a extracellular domain captured in desensitized state
試料
  • 複合体: Complex of GluK1-1a extracellular domain with SYM2081
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptorグルタミン酸受容体
キーワードKainate receptor (カイニン酸型グルタミン酸受容体) / GluK1-1a splice variant / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / signaling receptor activity / postsynaptic membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタミン酸受容体
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.01 Å
データ登録者Dhingra S / Kumar J
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2020/003971 インド
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Functional Implications of the Exon 9 Splice Insert in GluK1 Kainate Receptors
著者: Dhingra S / Chopade PM / Vinnakota R / Kumar J
履歴
登録2022年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34083.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34083.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GluK1-1a extracellular domain captured in desensitized state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.55
最小 - 最大-1.3355312 - 2.6262696
平均 (標準偏差)0.0046635456 (±0.10914072)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 353.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34083_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: GluK1-1a extracellular domain captured in desensitized state additional EM...

ファイルemd_34083_additional_1.map
注釈GluK1-1a extracellular domain captured in desensitized state_additional EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: GluK1-1a extracellular domain captured in desensitized state halfmap A...

ファイルemd_34083_half_map_1.map
注釈GluK1-1a extracellular domain captured in desensitized state halfmap_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: GluK1-1a extracellular domain captured in desensitized state halfmap B...

ファイルemd_34083_half_map_2.map
注釈GluK1-1a extracellular domain captured in desensitized state halfmap_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of GluK1-1a extracellular domain with SYM2081

全体名称: Complex of GluK1-1a extracellular domain with SYM2081
要素
  • 複合体: Complex of GluK1-1a extracellular domain with SYM2081
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptorグルタミン酸受容体

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超分子 #1: Complex of GluK1-1a extracellular domain with SYM2081

超分子名称: Complex of GluK1-1a extracellular domain with SYM2081
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 390 KDa

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分子 #1: Glutamate receptor

分子名称: Glutamate receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 95.606672 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVLRIGGIFE TVENEPVNVE ELAFKFAVTS INRNRTLMPN TTLTYDIQRI NLFDSFEASR RACDQLALGV AALFGPSHSS SVSAVQSIC NALEVPHIQT RWKHPSVDSR DLFYINLYPD YAAISRAVLD LVLYYNWKTV TVVYEDSTGL IRLQELIKAP S RYNIKIKI ...文字列:
QVLRIGGIFE TVENEPVNVE ELAFKFAVTS INRNRTLMPN TTLTYDIQRI NLFDSFEASR RACDQLALGV AALFGPSHSS SVSAVQSIC NALEVPHIQT RWKHPSVDSR DLFYINLYPD YAAISRAVLD LVLYYNWKTV TVVYEDSTGL IRLQELIKAP S RYNIKIKI RQLPPANKDA KPLLKEMKKS KEFYVIFDCS HETAAEILKQ ILFMGMMTEY YHYFFTTLDL FALDLELYRY SG VNMTGFR LLNIDNPHVS SIIEKWSMER LQAPPRPETG LLDGMMTTEA ALMYDAVYMV AIASHRASQL TVSSLQCHRH KPW RLGPRF MNLIKEARWD GLTGRITFNK TDGLRKDFDL DIISLKEEGT EKASGEVSKH LYKVWKKIGI WNSNSGLNMT DGNR DRSNN ITDSLANRTL IVTTILEEPY VMYRKSDKPL YGNDRFEGYC LDLLKELSNI LGFLYDVKLV PDGKYGAQND KGEWN GMVK ELIDHRADLA VAPLTITYVR EKVIDFSKPF MTLGISILYR KPNGTNPGVF SFLNPLSPDI WMYVLLAYLG VSVVLF VIA RFTPYEWYNP HPCNPDSDVV ENNFTLLNSF WFGVGALMQQ GSELMPKALS TRIVGGIWWF FTLIIISSYT ANLAAFL TV ERMESPIDSA DDLAKQTKIE YGAVRDGSTM TFFKKSKIST YEKMWAFMSS RQQSALVKNS DEGIQRVLTT DYALLMES T SIEYVTQRNC NLTQIGGLID SKGYGVGTPI GSPYRDKITI AILQLQEEGK LHMMKEKWWR GNGCPEEDSK EASALGVEN IGGIFIVLAA GLVLSVFVAI GEFLYKSRKN NDVEQHYLVP R

UniProtKB: グルタミン酸受容体

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.57 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1100 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 19.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3c32


詳細: Unpublished coordinates for the amino-terminal domain model 3C32 used for ligand binding domain model
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5372

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3c32


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7ysv:
GluK1-1a extracellular domain captured in SYM2081 bound desensitized state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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