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- EMDB-33929: PSII-Pcb Dimer of Acaryochloris Marina -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33929
タイトルPSII-Pcb Dimer of Acaryochloris Marina
マップデータ
試料
  • 複合体: PSII-Pcb Dimer of Acaryochloris Marina
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 12種
キーワードPhotosystem II (光化学系II) / Pcb / PHOTOSYNTHESIS (光合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem II ...photosystem / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / 光合成 / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) ...Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II protein D1 2 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II D2 protein 1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Y / High light inducible protein / High light inducible protein / High light inducible protein / Photosystem II protein PsbI ...Photosystem II protein D1 2 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II D2 protein 1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Y / High light inducible protein / High light inducible protein / High light inducible protein / Photosystem II protein PsbI / Photosystem II protein PsbT / High light inducible protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Shen LL / Gao YZ / Wang WD / Zhang X / Shen JR / Wang PY / Han GY
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesQYZDY-SSW-SMC003 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2015CB150100 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a large photosystem II supercomplex from Acaryochloris marina.
著者: Shen LL / Gao YZ / Wang WD / Zhang X / Shen JR / Wang PY / Han GY
履歴
登録2022年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33929.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33929.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0188
最小 - 最大-0.040508855 - 0.08321751
平均 (標準偏差)0.00012799191 (±0.0016386111)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 513.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_33929_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33929_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_33929_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PSII-Pcb Dimer of Acaryochloris Marina

全体名称: PSII-Pcb Dimer of Acaryochloris Marina
要素
  • 複合体: PSII-Pcb Dimer of Acaryochloris Marina
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1 2光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein 1光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein Y光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein PsbI光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: High light inducible protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: High light inducible protein
    • タンパク質・ペプチド: High light inducible protein
    • タンパク質・ペプチド: High light inducible protein
  • リガンド: CHLOROPHYLL D
  • リガンド: PHEOPHYTIN Aフェオフィチン
  • リガンド: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: BICARBONATE ION炭酸水素塩
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol

+
超分子 #1: PSII-Pcb Dimer of Acaryochloris Marina

超分子名称: PSII-Pcb Dimer of Acaryochloris Marina / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1 2

分子名称: Photosystem II protein D1 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 39.695211 KDa
配列文字列: MTTVLQRRES ASAWERFCSF ITSTNNRLYI GWFGVLMIPT LLTAVTCFVI AFIGAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIITG AVVPSSNAI GLHLYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIIFHY MIGCICYLGR QWEYSYRLGM RPWICVAYSA PLAATYSVFL I YPLGQGSF ...文字列:
MTTVLQRRES ASAWERFCSF ITSTNNRLYI GWFGVLMIPT LLTAVTCFVI AFIGAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIITG AVVPSSNAI GLHLYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIIFHY MIGCICYLGR QWEYSYRLGM RPWICVAYSA PLAATYSVFL I YPLGQGSF SDGMPLGISG TFNFMFVFQA EHNILMHPFH MFGVAGVLGG SLFAAMHGSL VSSTLVRETT EGESANYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFSN SRSLHFFLGA WPVVCIWLTA MGISTMAFNL NGFNFNHSIV DSQGNVVNTW ADV LNRANL GFEVMHERNA HNFPLDLAAG ESAPVALTAP VING

UniProtKB: Photosystem II protein D1 2

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 56.518746 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLL SVHLMHTALV SGWAGSMALY ELAKYDPSDP VLNPMWRQGT FVMPVMTRIG VTHSWSGWTV TGEPWVTQP GILGAHLNFF SYEGVILMHI LAAGLFFLAA VWHWINWDLD IYYPDGSSEP ASDWPKIFGL HLLTLGIVCF G FGSLHLTG ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLL SVHLMHTALV SGWAGSMALY ELAKYDPSDP VLNPMWRQGT FVMPVMTRIG VTHSWSGWTV TGEPWVTQP GILGAHLNFF SYEGVILMHI LAAGLFFLAA VWHWINWDLD IYYPDGSSEP ASDWPKIFGL HLLTLGIVCF G FGSLHLTG ILGPGMWVSD PYGLTGHVQG VSPDWRPFAF DPYNPTGLVT HHISAGIALI IGGIFHTVSR PSERLYNALS MG NVETVLS SSVAFVAAAA FVMVGTMWYG SATTPIELFG PTRYQWDSGY FQTEIQRRVQ SGQTWDQIPE KLVFYDYIGN SPA KGGLFR TGAMNSGDGI ARAWEGHPTF TDSEGRELFV RRMPNFFETF PVVLTDKDGV VRADIPFRRA ESRYSFEQKG VSVS FEGGT LNGQTFTDAP SVKKYARKAQ LGEPFEFDRE TLGSDGVFRT STRGWFAFSH SCYALLFFFG HWWHGARTIF KDVFE GVDP NLPEEQVEWG VFQKVGDTTT RA

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 53.97832 KDa
配列文字列: MKVCALGWHP KTKSMKTSSS LRRFYHVETP FNPSAAGYDR ATTGYGWWAG NARLTDLSGQ LTGAHIAHAG MITFWAGAMT LFEVSHFIP EKPMYEQGSI LLAHLAAEGF GVGPGGEVIS TYPYFVIGAI HLIASAVLGF GGLYHTFRGP AKFEDYSDWW G YDWEDKEK ...文字列:
MKVCALGWHP KTKSMKTSSS LRRFYHVETP FNPSAAGYDR ATTGYGWWAG NARLTDLSGQ LTGAHIAHAG MITFWAGAMT LFEVSHFIP EKPMYEQGSI LLAHLAAEGF GVGPGGEVIS TYPYFVIGAI HLIASAVLGF GGLYHTFRGP AKFEDYSDWW G YDWEDKEK MMQILGIHLI FLGIGALAFA AKAMFFGGLY DPWAPGGGNV RLITNPTWNL GTFLGYITRS PWGEGGWIVS VN NLEDVVG GHLLVGVHYI FGGVFHILVK PWGWVRRAYV WSGEAYLSYS LGALYMCGMI AVGYVWFNNT VYPSEFYGPT AAE ASQAQA MTFLIRDQRL GANIASAQGP TGLGKYLMRS PSGEIIFGGE TMRFWDFRGP WLEPLRGPNG LDLNKLRNDI QPWQ ARRAA EYMTHAPLGA LNSVGGVATE INSVNYVSPR SWLSTSHFCL AFFFFVGHIW HSGRARAAAA GFEKGIERKT EYALS LPDI DATSVD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein 1

分子名称: Photosystem II D2 protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 39.291852 KDa
配列文字列: MTIAVGRAQE RGWFDVLDDW LKRDRFVFIG WSGILLFPCA FLSIGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGA NFLTVAVSTP ADSLGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQLGGL WNFTTLHGVF GLIGFMLRQF EIARLVGVRP YNAVAFSGPI AVYVSVFLMY P LGQSSWFF ...文字列:
MTIAVGRAQE RGWFDVLDDW LKRDRFVFIG WSGILLFPCA FLSIGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGA NFLTVAVSTP ADSLGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQLGGL WNFTTLHGVF GLIGFMLRQF EIARLVGVRP YNAVAFSGPI AVYVSVFLMY P LGQSSWFF APSWGVTSIF RFLLFAQGFH NLTLNPFHMM GVAGILGGAL LCAIHGATVE NTLFEDGQDA NTFAAFTPTQ AE ETYSMVT ANRFWSQIFG IAFSNKRWLH FFMLFVPVTG LWASAIGLVG IALNMRAYDF VSQEIRAAED PEFETFYTKN ILL NEGLRA WMAPQDQIHE NFIFPEEVLP RGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein 1

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 9.495788 KDa
配列文字列:
MSGRTGERPF GDIVTSIRYW IIHTITVPML FLAGWLFVST GLAYDVFGTP RPNEYFDQAR QGLPLVTDRY EGKQQIDEFT KGL

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Photosystem II protein Y

分子名称: Photosystem II protein Y / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 11.27732 KDa
配列文字列:
MTARTQLQRP PQRKYPIYTV RWLAVHTLGV PLVWFLGAIA SMQFINRMDA YEAVAPTMIA GIDLRLALVL APILFSVVWN VIFFGGPTL QELQEVLQRE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Y

+
分子 #7: Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH

分子名称: Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 7.683901 KDa
配列文字列:
MPKQTWWGDV LKGNNNSEAG KFVPGWGTTP VMAGFVVMIT LLLLIMLQVY NHTIVLDGVD AGWTSLGGFG Q

UniProtKB: Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH

+
分子 #8: Photosystem II protein PsbI

分子名称: Photosystem II protein PsbI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 3.948692 KDa
配列文字列:
MAILKFVTYA WIIFVISLFF FGFISSDTTR NPKA

UniProtKB: Photosystem II protein PsbI

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 4.939008 KDa
配列文字列:
MEAVLLLAKL PEAFSVFSPI VDVMPVIPLF FLALAFVWQA AVGFK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 4.254045 KDa
配列文字列:
MATPNPNKQP VELNRASLFI GLLLVLVLAL LFSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 3.614302 KDa
配列文字列:
MPVNDLGAIA TALFVFIPCV FLILLYAQTA SRGS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 5.442383 KDa
配列文字列:
MDVIAYVFIL ACIIGLFFFA VFFREKPTLD KIQSRSFRES SQSTRR

UniProtKB: Photosystem II protein PsbT

+
分子 #13: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 4.443303 KDa
配列文字列:
MTITPSLQGF FYSILFGAIV LGLLGGGFIF FSQKDKIVRR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 4.015932 KDa
配列文字列:
MDLLAAINLQ VVLQLTMLGA VVIAGPIVVL LVALRSNAT

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 6.395632 KDa
配列文字列:
MSVLFQLLIA AFVALSFAMI IGVPVVFSTG DASDDANKLI WGGAAAWVVL LFVAALASIV VI

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #16: High light inducible protein

分子名称: High light inducible protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 38.753934 KDa
配列文字列: MQTYGNQNVE YGWWSGNSRF TDFSAQFLAA HIGQIASMTF FAGSITLFEL SRYNPDIPLY AQGFVCLPQL SRVGFGVGAG GAVVDTYPF FAVGMIHLFA AAVFGSGAIF HILTGPKVLA DSDSAASQRF HFEWDDFETQ GRILGHHLLF LGSGALLFVV W AATHGIYD ...文字列:
MQTYGNQNVE YGWWSGNSRF TDFSAQFLAA HIGQIASMTF FAGSITLFEL SRYNPDIPLY AQGFVCLPQL SRVGFGVGAG GAVVDTYPF FAVGMIHLFA AAVFGSGAIF HILTGPKVLA DSDSAASQRF HFEWDDFETQ GRILGHHLLF LGSGALLFVV W AATHGIYD PNVGEVRAVS PGFDIVRIFK YGWATPGFNP FFVDNLEDVM GGHLFIALID IAGGIYHILV KPWPYTERIF TK SGEALLG YALGGLGLMG LVAAYFCSVN DVVFPVEFFG PVLQPNLGFL PNFADTLDVS ASGHTSRFWI ANFHYFWGFY CIQ GHLFHA LRASGFDFRV LTKFFTTETV ELGADI

UniProtKB: High light inducible protein

+
分子 #17: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 3.507314 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #18: High light inducible protein

分子名称: High light inducible protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 38.612156 KDa
配列文字列: MATKVDTAPE YPWYSGNSRL EDPAVQGKWL AAHIAQIALI VFWVGLNTFS ENQAFDTSLP MFDQGLVLIP HLAALGFGVG SGGVVTNTF VFTQIGAIHM VSSFVLFGGA YFHAKIGPSV LADGGRGNTD QFAFSWDDPK KLGYILGHHL VLIGTGALLF V LWIKFHGI ...文字列:
MATKVDTAPE YPWYSGNSRL EDPAVQGKWL AAHIAQIALI VFWVGLNTFS ENQAFDTSLP MFDQGLVLIP HLAALGFGVG SGGVVTNTF VFTQIGAIHM VSSFVLFGGA YFHAKIGPSV LADGGRGNTD QFAFSWDDPK KLGYILGHHL VLIGTGALLF V LWIKFHGI YDPTIGEVRT VAAPGSTIGD VVLKYGWFTP GYNCFFVDNL EDLASGHLFI GLVDIAGGIF HINVAPLPWS KV VNKYTYS PDGLLGTAIG GLALMGFISA YFCAVNTLVY PVEFFGPALE VKFGIAPYFK DTADLADGFY TSRAWLANIT YYL AFYMLQ GHLYHTLKAM GFKFEDIPAV IARDTGNAPA

UniProtKB: High light inducible protein

+
分子 #19: High light inducible protein

分子名称: High light inducible protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 38.707781 KDa
配列文字列: MQTYGQTDVE YGWWSGNSRF SDYSGQFLAA HNGQIASMCF WAGSFTLFEV SRFNPDLPVY QQNLVCIPQL ARAGWGVAAG GAVVDTYPY FAIAMIHLVA AAILGAGALY GVTKGPKVLA DSEFSGAQRF HFEWDDFETQ GRILGHHLLF LGAACLLFAT W ACTHGVYD ...文字列:
MQTYGQTDVE YGWWSGNSRF SDYSGQFLAA HNGQIASMCF WAGSFTLFEV SRFNPDLPVY QQNLVCIPQL ARAGWGVAAG GAVVDTYPY FAIAMIHLVA AAILGAGALY GVTKGPKVLA DSEFSGAQRF HFEWDDFETQ GRILGHHLLF LGAACLLFAT W ACTHGVYD PVAGEVRAIS PSLNLVRFFK YGWATPGFNP YFVNNLEDVI GGHFFVSSLY IAGGIWHILV KPWPYTDKIF VK SGEALLA YALAGLAFAG FNAAYFCSVN DVVFPVELFG PVLEAKLNVT PYFAETLDAS DGGHTTRFWI SNFHYYWAFY CLQ GHLFHA LRSYGFDFRR IPRALASLTP QAN

UniProtKB: High light inducible protein

+
分子 #20: High light inducible protein

分子名称: High light inducible protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
分子量理論値: 37.967473 KDa
配列文字列: MTASVRGRRG GKVAVQTDLP TSVLSNFENE WWAGNVRMTD LSGMLLGAHL CHAALMSVVP GAFIVQEVAR YQPGVSLPDQ GMIFMPHLA ALGVGVGAGG EIVDTYPFFV IGVLHFFIAA VCCAAGLFHT FRGETDLNDA PDDSYAAAFR YEWDDFESLS T IVGHHLVF ...文字列:
MTASVRGRRG GKVAVQTDLP TSVLSNFENE WWAGNVRMTD LSGMLLGAHL CHAALMSVVP GAFIVQEVAR YQPGVSLPDQ GMIFMPHLA ALGVGVGAGG EIVDTYPFFV IGVLHFFIAA VCCAAGLFHT FRGETDLNDA PDDSYAAAFR YEWDDFESLS T IVGHHLVF ISVACLIFAV NATYGTGMYD INTDTVHQIS PNLNPITLIG YLFGFTPDGW SGAGMAAVNN MEDVIGGHFL IG VIDLLGA AFHILYRKPT PLFTKHPVFS PANGGWSNVG MLNSELILSW SVASVGFMGI SSSLFIRYCD VAYPPVFHGV DRT GAATLQ LILGLVWMLG GGLWHGLRGE RLYAANK

UniProtKB: High light inducible protein

+
分子 #21: CHLOROPHYLL D

分子名称: CHLOROPHYLL D / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 212 / 式: CL7
分子量理論値: 895.462 Da
Chemical component information

ChemComp-CL7:
CHLOROPHYLL D / Chlorophyll d

+
分子 #22: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン

+
分子 #23: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta...

分子名称: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 22 / 式: 8CT
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-8CT:
(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene

+
分子 #24: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 14 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #25: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 12 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #26: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 8 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #27: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #28: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #29: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM / 炭酸水素塩

+
分子 #30: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / プラストキノン

+
分子 #31: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #32: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,...

分子名称: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 28 / 式: ZEX
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-ZEX:
(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 132346
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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