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万見
- EMDB-33521: Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33521
タイトルCryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 of the nucleosome (Class II Fft3-nucleosome complex)
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2AヒストンH2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2BヒストンH2B
    • DNA: DNA (167-MER)
    • DNA: DNA (167-MER)
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent helicase fft3
キーワードDNA binding (デオキシリボ核酸) / remodeler (リフォーム) / nucleosome (ヌクレオソーム) / Fft3-nucleosome complex / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


attachment of telomeric heterochromatin to nuclear envelope / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / polytene chromosome band / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Ub-specific processing proteases / larval somatic muscle development / histone chaperone activity / 多糸染色体 ...attachment of telomeric heterochromatin to nuclear envelope / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / polytene chromosome band / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Ub-specific processing proteases / larval somatic muscle development / histone chaperone activity / 多糸染色体 / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / replication fork processing / ATP-dependent activity, acting on DNA / ヘテロクロマチン / helicase activity / nucleosome assembly / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / 染色体 / chromatin organization / ヘリカーゼ / damaged DNA binding / クロマチンリモデリング / protein heterodimerization activity / chromatin binding / クロマチン / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
: / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain ...: / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ヒストンH4 / ヒストンH3 / ATP-dependent helicase fft3 / ヒストンH2B / ヒストンH2A
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Nan Z / Tao J / Yangao H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800632 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome (Class II Fft3-nucleosome complex)
著者: Nan Z / Tao J / Yangao H
履歴
登録2022年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33521.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0173
最小 - 最大-0.01472693 - 0.056517452
平均 (標準偏差)0.0005173407 (±0.0030856582)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 232.95999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33521_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33521_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 of th...

全体名称: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 of the nucleosome (Class II Fft3-nucleosome complex)
要素
  • 複合体: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 of the nucleosome (Class II Fft3-nucleosome complex)
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2AヒストンH2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2BヒストンH2B
    • DNA: DNA (167-MER)
    • DNA: DNA (167-MER)
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent helicase fft3

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超分子 #1: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 of th...

超分子名称: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 of the nucleosome (Class II Fft3-nucleosome complex)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)

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分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 15.289904 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: ヒストンH3

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.408452 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: ヒストンH4

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分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.257529 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKVK GKAKSRSNRA GLQFPVGRIH RLLRKGNYAE RVGAGAPVYL AAVMEYLAAE VLELAGNAAR DNKKTRIIPR HLQLAIRND EELNKLLSGV TIAQGGVLPN IQAVLLPKKT EKKA

UniProtKB: ヒストンH2A

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分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.727064 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPPKTSGKAA KKAGKAQKNI TKTDKKKKRK RKESYAIYIY KVLKQVHPDT GISSKAMSIM NSFVNDIFER IAAEASRLAH YNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTKY TSSK

UniProtKB: ヒストンH2B

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分子 #7: ATP-dependent helicase fft3

分子名称: ATP-dependent helicase fft3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 104.629953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDGKRKIEHT ADGTHYDATS NVKRKPIFPP FIADSLSEAT EKANVMGGGM NSRLQILSEM SKRVQATAPI SSLEHFKQLS DISPSFTSS ANSINQPYNY SGSLENLVPT PSAGTPSQFM DAQNPYGAVY NALSQFSETE PKMPSYMDDE EASDSLPLSL S SQSLSSQV ...文字列:
MDGKRKIEHT ADGTHYDATS NVKRKPIFPP FIADSLSEAT EKANVMGGGM NSRLQILSEM SKRVQATAPI SSLEHFKQLS DISPSFTSS ANSINQPYNY SGSLENLVPT PSAGTPSQFM DAQNPYGAVY NALSQFSETE PKMPSYMDDE EASDSLPLSL S SQSLSSQV TNQKPAPHRL TMRERYAANN LTNGLQFTLP LSSRKTYEPE ADDDSNDDMY SDDDSNADRW ASRIDTAALK EE VLKYMNR CSTQDLADMT GCTLAEAEFM VAKRPFPDLE SALVVKQPRP VIPKGRRGRR EKTPLGPRLV GICMEIMRGY FVV DALIRQ CEQLGGKIQR GIEAWGLSNT ATSDEGETSL VNFDQMKSFG TPANSSFITT PPASFSPDIK LQDYQIIGIN WLYL LYELK LAGILADEMG LGKTCQTIAF FSLLMDKNIN GPHLVIAPAS TMENWLREFA KFCPKLKIEL YYGSQVEREE IRERI NSNK DSYNVMLTTY RLAATSKADR LFLRNQKFNV CVYDEGHYLK NRASERYRHL MSIPADFRVL LTGTPLQNNL KELISL LAF ILPHVFDYGL KSLDVIFTMK KSPESDFERA LLSEQRVSRA KMMMAPFVLR RKKSQVLDAL PKKTRIIEFC EFSEEER RR YDDFASKQSV NSLLDENVMK TNLDTNANLA KKKSTAGFVL VQLRKLADHP MLFRIHYKDD ILRQMAKAIM NEPQYKKA N ELYIFEDMQY MSDIELHNLC CKFPSINSFQ LKDEPWMDAT KVRKLKKLLT NAVENGDRVV LFSQFTQVLD ILQLVMKSL NLKFLRFDGS TQVDFRQDLI DQFYADESIN VFLLSTKAGG FGINLACANM VILYDVSFNP FDDLQAEDRA HRVGQKKEVT VYKFVVKDT IEEHIQRLAN AKIALDATLS GNAETVEAED DDD

UniProtKB: ATP-dependent helicase fft3

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分子 #5: DNA (167-MER)

分子名称: DNA (167-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 51.783977 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DT)

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分子 #6: DNA (167-MER)

分子名称: DNA (167-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 51.325676 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5x0y

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19730

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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