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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33520 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | DNA binding (デオキシリボ核酸) / remodeler (リフォーム) / nucleosome (ヌクレオソーム) / Fft3-nucleosome complex / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 attachment of telomeric heterochromatin to nuclear envelope / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Ub-specific processing proteases / histone chaperone activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / replication fork processing / ATP-dependent activity, acting on DNA ...attachment of telomeric heterochromatin to nuclear envelope / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Ub-specific processing proteases / histone chaperone activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / replication fork processing / ATP-dependent activity, acting on DNA / ヘテロクロマチン / helicase activity / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / chromatin organization / ヘリカーゼ / damaged DNA binding / クロマチンリモデリング / protein heterodimerization activity / chromatin binding / クロマチン / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Nan Z / Tao J / Yangao H | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex) 著者: Nan Z / Tao J / Yangao H | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33520.map.gz | 4.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33520-v30.xml emd-33520.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33520.png | 56.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33520.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_33520_half_map_1.map.gz emd_33520_half_map_2.map.gz | 11.8 MB 11.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33520 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33520 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xyfMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33520_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33520_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of th...
全体 | 名称: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex) |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of th...
超分子 | 名称: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) |
-分子 #1: Histone H3
分子 | 名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 11.48841 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: PHRYRPGTVA LREIRRYQKS TELLIRKLPF QRLVREIAQD FKTDLRFQSS AVMALQEASE AYLVGLFEDT NLCAIHAKRV TIMPKDIQL ARRIRGERA UniProtKB: ヒストンH3 |
-分子 #2: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 9.86159 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: RHRKVLRDNI QGITKPAIRR LARRGGVKRI SGLIYEETRG VLKVFLENVI RDAVTYTEHA KRKTVTAMDV VYALKRQGRT LYGFGG UniProtKB: ヒストンH4 |
-分子 #3: Histone H2A
分子 | 名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 11.552494 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: AKSRSNRAGL QFPVGRIHRL LRKGNYAERV GAGAPVYLAA VMEYLAAEVL ELAGNAARDN KKTRIIPRHL QLAIRNDEEL NKLLSGVTI AQGGVLPNIQ AVLLPKK UniProtKB: ヒストンH2A |
-分子 #4: Histone H2B
分子 | 名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 10.721382 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: RKRKESYAIY IYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDIF ERIAAEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVT KYTSSK UniProtKB: ヒストンH2B |
-分子 #7: ATP-dependent helicase fft3
分子 | 名称: ATP-dependent helicase fft3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843 |
分子量 | 理論値: 78.351766 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: IDTAALKEEV LKY(MSE)NRCSTQ DLAD(MSE)TGCTL AEAEF(MSE)VAKR PFPDLESALV VKQPRPVIPK GRRGRREK T PLGPRLVGIC (MSE)EI(MSE)RGYFVV DALIRQCEQL GGKIQRGIEA WGLSNTATSD EGETSLVNFD Q(MSE)KSFGT PA NSSFITTPPA ...文字列: IDTAALKEEV LKY(MSE)NRCSTQ DLAD(MSE)TGCTL AEAEF(MSE)VAKR PFPDLESALV VKQPRPVIPK GRRGRREK T PLGPRLVGIC (MSE)EI(MSE)RGYFVV DALIRQCEQL GGKIQRGIEA WGLSNTATSD EGETSLVNFD Q(MSE)KSFGT PA NSSFITTPPA SFSPDIKLQD YQIIGINWLY LLYELKLAGI LADE(MSE)GLGKT CQTIAFFSLL (MSE)DKNINGPHL VIAPAST(MSE)E NWLREFAKFC PKLKIELYYG SQVEREEIRE RINSNKDSYN V(MSE)LTTYRLAA TSKADRLFLR NQK FNVCVY DEGHYLKNRA SERYRHL(MSE)SI PADFRVLLTG TPLQNNLKEL ISLLAFILPH VFDYGLKSLD VIFT(MSE)K KSP ESDFERALLS EQRVSRAK(MSE)(MSE) (MSE)APFVLRRKK SQVLDALPKK TRIIEFCEFS EEERRRYDDF ASKQS VNSL LDENV(MSE)KTNL DTNANLAKKK STAGFVLVQL RKLADHP(MSE)LF RIHYKDDILR Q(MSE)AKAI(MSE)NEP QYKKANELY IFED(MSE)QY(MSE)SD IELHNLCCKF PSINSFQLKD EPW(MSE)DATKVR KLKKLLTNAV ENGDRVVLF SQFTQVLDIL QLV(MSE)KSLNLK FLRFDGSTQV DFRQDLIDQF YADESINVFL LSTKAGGFGI NLACAN(MSE)VIL YD VSFNPFD DLQAEDRAHR VGQKKEVTVY KFVVKDTIEE HIQRLANAKI A UniProtKB: ATP-dependent helicase fft3 |
-分子 #5: DNA (167-MER)
分子 | 名称: DNA (167-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 45.27484 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA) |
-分子 #6: DNA (167-MER)
分子 | 名称: DNA (167-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 44.85657 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列: (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26485 |