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- EMDB-33515: The cryo-EM structure of an AlpA-loading complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33515
タイトルThe cryo-EM structure of an AlpA-loading complex
マップデータ
試料
  • 複合体: AlpA-loading complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alphaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omegaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • DNA: nontemplate strand DNA
    • RNA: RNAリボ核酸
    • DNA: template strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: AlpA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 ...RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Helix-turn-helix domain-containing protein / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wen A / Feng Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970040 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis of AlpA-dependent transcription antitermination.
著者: Aijia Wen / Minxing Zhao / Sha Jin / Yuan-Qiang Lu / Yu Feng /
要旨: AlpA positively regulates a programmed cell death pathway linked to the virulence of Pseudomonas aeruginosa by recognizing an AlpA binding element within the promoter, then binding RNA polymerase ...AlpA positively regulates a programmed cell death pathway linked to the virulence of Pseudomonas aeruginosa by recognizing an AlpA binding element within the promoter, then binding RNA polymerase directly and allowing it to bypass an intrinsic terminator positioned downstream. Here, we report the single-particle cryo-electron microscopy structures of both an AlpA-loading complex and an AlpA-loaded complex. These structures indicate that the C-terminal helix-turn-helix motif of AlpA binds to the AlpA binding element and that the N-terminal segment of AlpA forms a narrow ring inside the RNA exit channel. AlpA was also revealed to render RNAP resistant to termination signals by prohibiting RNA hairpin formation in the RNA exit channel. Structural analysis predicted that AlpA, 21Q, λQ and 82Q share the same mechanism of transcription antitermination.
履歴
登録2022年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33515.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33515.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.011269405 - 0.028730497
平均 (標準偏差)0.00013092536 (±0.0014360443)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 260.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_33515_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_33515_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33515_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AlpA-loading complex

全体名称: AlpA-loading complex
要素
  • 複合体: AlpA-loading complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alphaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omegaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • DNA: nontemplate strand DNA
    • RNA: RNAリボ核酸
    • DNA: template strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: AlpA
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: AlpA-loading complex

超分子名称: AlpA-loading complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 36.694555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQSSVNEFLT PRHIDVQVVS QTRAKITLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVVEAE IDGVLHEYSA IEGVQEDVIE ILLNLKGLA IKLHGRDEVT LTLAKKGSGV VTAADIQLDH DVEIINGDHV IANLADNGAL NMKLKVARGR GYEPADARQS D EDESRSIG ...文字列:
MQSSVNEFLT PRHIDVQVVS QTRAKITLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVVEAE IDGVLHEYSA IEGVQEDVIE ILLNLKGLA IKLHGRDEVT LTLAKKGSGV VTAADIQLDH DVEIINGDHV IANLADNGAL NMKLKVARGR GYEPADARQS D EDESRSIG RLQLDASFSP VRRVSYVVEN ARVEQRTNLD KLVLDLETNG TLDPEEAIRR AATILQQQLA AFVDLKGDSE PV VEEQEDE IDPILLRPVD DLELTVRSAN CLKAENIYYI GDLIQRTEVE LLKTPNLGKK SLTEIKDVLA SRGLSLGMRL DNW PPASLK KDDKATA

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 151.037047 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAYSYTEKKR IRKDFSKLPD VMDVPYLLAI QLDSYREFLQ AGATKEQFRD VGLHAAFKSV FPIISYSGNA ALEYVGYRLG EPAFDVKEC VLRGVTFAVP LRVKVRLIIF DRESSNKAIK DIKEQEVYMG EIPLMTENGT FIINGTERVI VSQLHRSPGV F FDHDRGKT ...文字列:
MAYSYTEKKR IRKDFSKLPD VMDVPYLLAI QLDSYREFLQ AGATKEQFRD VGLHAAFKSV FPIISYSGNA ALEYVGYRLG EPAFDVKEC VLRGVTFAVP LRVKVRLIIF DRESSNKAIK DIKEQEVYMG EIPLMTENGT FIINGTERVI VSQLHRSPGV F FDHDRGKT HSSGKLLYSA RIIPYRGSWL DFEFDPKDCV FVRIDRRRKL PASVLLRALG YSTEEILNAF YATNVFHIKG ET LNLELVP QRLRGEVASI DIKDGSGKVI VEQGRRITAR HINQLEKAGV SQLEVPFDYL IGRTIAKAIV HPATGEIIAE CNT ELTLDL LAKVAKAQVV RIETLYTNDI DCGPFISDTL KIDNTSNQLE ALVEIYRMMR PGEPPTKEAA ETLFGNLFFS AERY DLSAV GRMKFNRRIG RTEIEGPGVL SKEDIIDVLK TLVDIRNGKG IVDDIDHLGN RRVRCVGEMA ENQFRVGLVR VERAV KERL SMAESEGLMP QDLINAKPVA AAIKEFFGSS QLSQFMDQNN PLSEITHKRR VSALGPGGLT RERAGFEVRD VHPTHY GRV CPIETPEGPN IGLINSLATY ARTNKYGFLE SPYRVVKDSL VTDEIVFLSA IEEADHVIAQ ASATLNEKGQ LVDELVA VR HLNEFTVKAP EDVTLMDVSP KQVVSVAASL IPFLEHDDAN RALMGSNMQR QAVPTLRADK PLVGTGMERN VARDSGVC V VARRGGVIDS VDASRVVVRV ADDEVETGEA GVDIYNLTKY TRSNQNTCIN QRPLVSKGDV VARGDILADG PSTDMGELA LGQNMRVAFM PWNGFNFEDS ICLSERVVQE DRFTTIHIQE LTCVARDTKL GPEEITADIP NVGEAALNKL DEAGIVYVGA EVQAGDILV GKVTPKGETQ LTPEEKLLRA IFGEKASDVK DTSLRVPTGT KGTVIDVQVF TRDGVERDSR ALSIEKMQLD Q IRKDLNEE FRIVEGATFE RLRAALVGAK AEGGPALKKG TEITDDYLDG LERGQWFKLR MADDALNEQL EKAQAYISDR RQ LLDDKFE DKKRKLQQGD DLAPGVLKIV KVYLAIKRRI QPGDKMAGRH GNKGVVSVIM PVEDMPHDAN GTPVDIVLNP LGV PSRMNV GQILETHLGL AAKGLGEKIN RMLEEQRKVA ELRKFLHEIY NEIGGREENL DELGDNEILA LAKNLRGGVP MATP VFDGA KEREIKAMLK LADLPESGQM RLFDGRTGNQ FERPTTVGYM YMLKLNHLVD DKMHARSTGS YSLVTQQPLG GKAQF GGQR FGEMEVWALE AYGAAYTLQE MLTVKSDDVN GRTKMYKNIV DGDHRMEAGM PESFNVLIKE IRSLGIDIEL ETE

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 154.595 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDLLNLLKN QGQIEEFDAI RIGLASPEMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAK IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVALAKVRR ERMGHIELAS PVAHIWFLKS LPSRIGLLLD MTLRDIERVL YFESYVVIDP GMTTLEKGQL L NDEQYFEA ...文字列:
MKDLLNLLKN QGQIEEFDAI RIGLASPEMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAK IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVALAKVRR ERMGHIELAS PVAHIWFLKS LPSRIGLLLD MTLRDIERVL YFESYVVIDP GMTTLEKGQL L NDEQYFEA LEEFGDDFDA RMGAEAVHEL LNAIDLEHEI GRLREEIPQT NSETKIKKLS KRLKLMEAFQ GSGNKPEWMV LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLDLAA PDIIVRNEKR MLQEAVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPTLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIFGKLE GRGMATTIKA AKKM VEREL PEVWDVLAEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVMGLYYMT REAINAKGEG MAFADLQEVD RAYRSGQASL HARVKVRINE KIKGED GQL TANTRIVDTT VGRALLFQVV PAGLPFDVVN QSMKKKAISK LINHCYRVVG LKDTVIFADQ LMYTGFAYST ISGVSIG VN DFVIPDEKAR IINAATDEVK EIESQYASGL VTQGEKYNKV IDLWSKANDE VSKAMMANLS KEKVVDREGK EVDQESFN S MYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMAKPD GSIIETPITA NFREGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDLVVT EIDCGTEHGL LMSPHIEGGD VVEPLGERVL GRVIARDVFK PGSDEVIVPA GTLIDEKWVD FLEVMSVDEV VVRSPITCE TRHGICAMCY GRDLARGHRV NIGEAVGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASRTSAADN VQVKNGGTIR L HNLKHVVR ADGALVAVSR SGELAVADDF GRERERYKLP YGAVISVKEG DKVDPGAIVA KWDPHTHPIV TEVDGTVAFV GM EEGITVK RQTDELTGLT NIEVMDPKDR PAAGKDIRPA VKLIDAAGKD LLLPGTDVPA QYFLPANALV NLTDGAKVSI GDV VARIPQ ETSKTRDITG GLPRVADLFE ARRPKEPSIL AEISGTISFG KETKGKRRLV ITPNDGSDPY EELIPKWRHL NVFE GEQVN RGEVISDGPS NPHDILRLLG VSSLAKYIVN EIQDVYRLQG VKINDKHIET ILRQMLRKVE VSESGDSSFI KGDQV ELTQ VLEENEQLGT EDKFPAKYER VLLGITKASL STESFISAAS FQETTRVLTE AAVTGKRDFL RGLKENVVVG RLIPAG TGL AYHSERKRQR DLGKPQRVSA SEAEAALTEA LNSSGN

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 9.783876 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVEDCL DNVDNRFELV MLATKRARQL ATGGKEPKVA WENDKPTVVA LREIASGLVD ENVVQQEDIV EDEPLFAAFD DEANTEAL

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 69.74282 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGKAQQQSR LKELIARGRE QGYLTYAEVN DHLPEDISDP EQVEDIIRMI NDMGINVFET APDADALLLA EADTDEAAAE EAAAALAAV ESDIGRTTDP VRMYMREMGT VELLTREGEI EIAKRIEEGI REVMSAIAQF PGTVDSILAD YNRIVAEGGR L SDVLSGYI ...文字列:
MSGKAQQQSR LKELIARGRE QGYLTYAEVN DHLPEDISDP EQVEDIIRMI NDMGINVFET APDADALLLA EADTDEAAAE EAAAALAAV ESDIGRTTDP VRMYMREMGT VELLTREGEI EIAKRIEEGI REVMSAIAQF PGTVDSILAD YNRIVAEGGR L SDVLSGYI DPDDGSLPAE EVEPVNLKDD SADSKEKDDE EEESDDSSDS DDEGDGGPDP EEARLRFTAV SEQLDKAKKA LK KHGRGSK QATAELTGLA ELFMPIKLVP KQFDALVARV RSALEGVRAQ ERAIMQLCVR DARMPRADFL RLFPNHETDE KWV DSVLKS KPKYAEAIER LRDDILRNQQ KLAALESEVE LTVAEIKEIN RAMSIGEAKA RRAKKEMVEA NLRLVISIAK KYTN RGLQF LDLIQEGNIG LMKAVDKFEY RRGYKFSTYA TWWIRQAITR SIADQARTIR IPVHMIETIN KLNRISRQML QEMGR EPTP EELGERMDMP EDKIRKVLKI AKEPISMETP IGDDEDSHLG DFIEDSTMQS PIEMATSESL KESTREVLAG LTAREA KVL RMRFGIDMNT DHTLEEVGKQ FDVTRERIRQ IEAKALRKLR HPSRSEHLRS FLDE

+
分子 #9: AlpA

分子名称: AlpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 20.3156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MFQSTEQALA VAYWMFEQQP GPRSSTAMVI DSLRERFDRR FIERLPSGLS PHEWQAQAVM TVRFAQRQLA AHPLELAVVR AEFARGRDF VLGLAALRDW LKPAAGPIEQ RAALALLMRM FRRPPSSIRE IERLSGLSKS TLHRWDKEWR ERVAALLRQA L LRLEEPMA QVGIVCEH

+
分子 #6: nontemplate strand DNA

分子名称: nontemplate strand DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 19.159277 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA) (DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA) (DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC) (DC)(DG) (DC)(DC)

+
分子 #8: template strand DNA

分子名称: template strand DNA / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 19.230307 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT) (DA)(DT)(DA)(DC)(DC) ...文字列:
(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT) (DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT) (DA)(DG) (DC)(DG)

+
分子 #7: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 3.756296 KDa
配列文字列:
AUAUACCCUC GA

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 62.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6jnx

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 64002

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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