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- EMDB-32653: Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32653
タイトルCryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP188
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NIC96
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP157
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP170
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP192
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP49/NSP49
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP57
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NSP1
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore linkers / : / mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore inner ring / protein localization to nuclear inner membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore organization ...nuclear pore linkers / : / mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore inner ring / protein localization to nuclear inner membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore organization / nuclear pore complex assembly / tRNA export from nucleus / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / nuclear pore nuclear basket / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / heterochromatin formation / 核膜孔 / nuclear periphery / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / phospholipid binding / protein import into nucleus / protein transport / 核膜 / 核膜 / molecular adaptor activity / chromatin binding / protein-containing complex binding / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin Nup188 ...Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin Nup188 / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NSP1 / Nucleoporin NIC96 / Nucleoporin NUP170 / Nucleoporin NUP157 / Nucleoporin NUP192 / Nucleoporin NUP57 / Nucleoporin NUP188 / Nucleoporin NUP49/NSP49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Li ZQ / Chen SJB / Zhao L / Sui SF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Near-atomic structure of the inner ring of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex.
著者: Zongqiang Li / Shuaijiabin Chen / Liang Zhao / Guoqiang Huang / Xiong Pi / Shan Sun / Peiyi Wang / Sen-Fang Sui /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) mediate bidirectional nucleocytoplasmic transport of substances in eukaryotic cells. However, the accurate molecular arrangement of NPCs remains enigmatic owing to their ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate bidirectional nucleocytoplasmic transport of substances in eukaryotic cells. However, the accurate molecular arrangement of NPCs remains enigmatic owing to their huge size and highly dynamic nature. Here we determined the structure of the asymmetric unit of the inner ring (IR monomer) at 3.73 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy, and created an atomic model of the intact IR consisting of 192 molecules of 8 nucleoporins. In each IR monomer, the Z-shaped Nup188-Nup192 complex in the middle layer is sandwiched by two approximately parallel rhomboidal structures in the inner and outer layers, while Nup188, Nup192 and Nic96 link all subunits to constitute a relatively stable IR monomer. In contrast, the intact IR is assembled by loose and instable interactions between IR monomers. These structures, together with previously reported structural information of IR, reveal two distinct interaction modes between IR monomers and extensive flexible connections in IR assembly, providing a structural basis for the stability and malleability of IR.
履歴
登録2022年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月13日-
マップ公開2022年4月13日-
更新2022年5月18日-
現状2022年5月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32653.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32653.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.336 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-1.7818242 - 2.6767788
平均 (標準偏差)0.008217458 (±0.04289786)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 467.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces...

全体名称: Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP188
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NIC96
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP157
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP170
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP192
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP49/NSP49
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP57
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NSP1

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces...

超分子名称: Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Nucleoporin NIC96

分子名称: Nucleoporin NIC96 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 96.291586 KDa
配列文字列: MLETLRGNKL HSGTSKGANK KLNELLESSD NLPSASSELG SIQVSINELR RRVFQLRSKN KASKDYTKAH YLLANSGLSF EDVDAFIKD LQTNQFLEPN PPKIIESEEL EFYIRTKKEE NILMSIEQLL NGATKDFDNF INHNLNLDWA QHKNEVMKNF G ILIQDKKT ...文字列:
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分子 #2: Nucleoporin NUP157

分子名称: Nucleoporin NUP157 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 156.827484 KDa
配列文字列: MYSTPLKKRI DYDRETFTAS ASLGGNRLRN RPRDDQNNGK PNLSSRSFLS ERKTRKDVLN KYGEAGNTIE SELRDVTTHV KISGLTSSE PLQLASEFVQ DLSFRDRNTP ILDNPDYYSK GLDYNFSDEV GGLGAFTPFQ RQQVTNIPDE VLSQVSNTEI K SDMGIFLE ...文字列:
MYSTPLKKRI DYDRETFTAS ASLGGNRLRN RPRDDQNNGK PNLSSRSFLS ERKTRKDVLN KYGEAGNTIE SELRDVTTHV KISGLTSSE PLQLASEFVQ DLSFRDRNTP ILDNPDYYSK GLDYNFSDEV GGLGAFTPFQ RQQVTNIPDE VLSQVSNTEI K SDMGIFLE LNYCWITSDN KLILWNINNS SEYHCIDEIE HTILKVKLVK PSPNTFVSSV ENLLIVATLF DIYILTISFN DR THELNIF NTGLKVNVTG FNVSNIISYE RTGQIFFTGA TDGVNVWELQ YNCSENLFNS KSNKICLTKS NLANLLPTKL IPS IPGGKL IQKVLEGDAG TEEETISQLE VDQSRGVLHT LSTKSIVRSY LITSNGLVGP VLIDAAHIRR GMNALGVKNS PLLS NRAFK IAKIVSISMC ENNDLFLAVI TTTGVRLYFK GSISRRSIGS LKLDSVKFPP TSISSSLEQN KSFIIGHHPL NTHDT GPLS TQKASSTYIN TTCASTIISP GIYFTCVRKR ANSGELSKGI TNKALLENKE EHKLYVSAPD YGILKNYGKY VENTAL LDT TDEIKEIVPL TRSFNYTSTP QGYANVFASQ YSAEPLKVAV LTSNALEIYC YRTPDEVFES LIENPLPFIH SYGLSEA CS TALYLACKFN KSEHIKSSAL AFFSAGIPGV VEIKPKSSRE SGSVPPISQN LFDKSGECDG IVLSPRFYGS ALLITRLF S QIWEERVFVF KRASKTEKMD AFGISITRPQ VEYYLSSISV LADFFNIHRP SFVSFVPPKG SNAITASDAE SIAMNALIL LINSIKDALS LINVFYEDID AFKSLLNTLM GAGGVYDSKT REYFFDLKFH DLFTPNAKTK QLIKEILIEV VNANIASGTS ADYIVNVLK ERFGSFCHSA DILCYRAGEH LEAAQKFEMI DSKISRNHLD TAIDLYERCA ENIELCELRR VVDIMVKLNY Q PKTVGFLL RFADKIDKGN QAQEYVSRGC NTADPRKVFY DKRINVYTLI FEIVKSVDDY TSIEQSPSIA NISIFSPASS LK KRVYSVI MNSNNRFFHY CFYDWLVANK RQDYLLRLDS QFVLPYLKER AEKSLEISNL LWFYLFKEEH FLEAADVLYA LAS SDFDLK LSERIECLAR ANGLCDSSTS FDQKPALVQL SENIHELFDI ASIQDDLLNL VRNETRIDED YRKQLTLKLN GRVL PLSDL FNDCADPLDY YEIKLRIFKV SQFKDEKVIQ GEWNRLLDSM KNAPSPDVGS VGQESFLSSI SNTLIRIGKT TRDTD VVFP VHFLMNKILE SFIDKSSAAD GSVCSMFLLA GVSHLKLYYI LSRIIENSEG NVELAKKEMV WLIKDWYQSD SDLRGS IAP EQIKKLEKYD PNTDPVQDYV KDRHHGLK

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分子 #3: Nucleoporin NUP170

分子名称: Nucleoporin NUP170 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 169.651969 KDa
配列文字列: MFQSFFHNNG PAAAGETFSD SRSYPLTNHQ EVPRNGLNEL ASSATKAQQQ PTHILNSYPI TGSNPLMRAS AMGATSGSIN PNMSNMNEH IRVSGMGTSK PLDLAGKYID HLQHKDSNTP VLDERSYYNS GVDYNFSREK NGLGAFTPFE KQDVFNIPDE I LHEFSTSQ ...文字列:
MFQSFFHNNG PAAAGETFSD SRSYPLTNHQ EVPRNGLNEL ASSATKAQQQ PTHILNSYPI TGSNPLMRAS AMGATSGSIN PNMSNMNEH IRVSGMGTSK PLDLAGKYID HLQHKDSNTP VLDERSYYNS GVDYNFSREK NGLGAFTPFE KQDVFNIPDE I LHEFSTSQ TKTDMGIFPE LNRCWITIDN KLILWNINND NEYQVVDDMK HTIQKVALVR PKPNTFVPAV KHLLLISTTM EL FMFAISL DKATNELSVF NTHLSVPVQG IDVIDIVSHE RSGRIFFAGQ ASGLNIWELH YSGSDDWFNS KCSKVCLTKS ALL SLLPTN MLSQIPGVDF IQALFEDNSN GNGGFSQETI TQLTIDQQRG IIYSLSSKST IRAYVITEKS LEGPMSIEPA YISR IIGTT TARAAPILGP KYLKIVKISS VAPEENNNLF LVALTVGGVR LYFNGSMGRF NIEALRLESI KFPPSSVTPE VIQQE LLHQ QQEQAKRSFP FFSNLMSSEP VLLKFQKKSS VLLETTKAST IISPGIFFSA VIKSSQQTHQ QEKKENSSVT GTTATA GSK TVKQQPVTLQ HKLFVSVPDY GILKTHGKYV ENATFLETAG PVQQIIPLSG LFNATTKPQG FANEFATQYT SETLRVA VL TSTSIEIYKY RTPDEIFEDL IDNPLPFVLN YGAAEACSTA LFVTCKSNKS EKLRSNALTF LTMGIPGVVD IKPVYNRY S VSTVSSLLSK PTLSTATTNL QQSITGFSKP SPANKEDFDL DDVILSPRFY GIALLITRLL RDIWGRHVFM TFTDNRVTS HAFISSSDPI TPSINNLKSD EISQNRNIIS KVSISKDCIE YYLSSINILN EFFITYGDSI SQISAPYVLA NNSNGRVIDK TEEVANQAE SIAINAMIKM VQSIKEGLSF LNVLYEESEV EGFDNQYLGF KDIISFVSLD VQKDLVKLDF KDLFAPNDKT K SLIREILL SIINRNITKG ASIEYTATAL QERCGSFCSA SDILGFRAIE HLRRAKEIGL RNYDSLNYHL KNATALLEQI VD DLSIEKL KEAVSMMLSV NYYPKSIEFL LNIANSMDKG KLACQYVANG FLENDDRKQY YDKRILVYDL VFDTLIKVDE LAE KKQSSK TQNQISISND DEVKLRQKSY EAALKYNDRL FHYHMYDWLV SQNREEKLLD IETPFILPYL MEKAGSSLKI SNIL WVYYS RRSKFFESAE ILYRLATSNF DITLFERIEF LSRANGFCNS VSPLSQKQRI VQLASRIQDA CEVAGIQGDI LSLVY TDAR IDSAIKDELI KTLDGKILST SELFNDFAVP LSYHEIALFI FKIADFRDHE VIMAKWDELF QSLRMEFNNT GKKEDS MNF INLLSNVLIK IGKNVQDSEF IFPIFELFPI VCNFFYETLP KEHIVSGSIV SIFITAGVSF NKMYYILKEL IETSDSD NS VFNKEMTWLI HEWYKSDRKF RDIISYNDII HLKEYKIDND PIEKYVKNSG NNLGICFYKE

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分子 #4: Nucleoporin NUP188

分子名称: Nucleoporin NUP188 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 188.753281 KDa
配列文字列: MATPSFGNSS PQLTFTHVAN FMNDAAADVS AVDAKQLAQI RQFLKANKTN LIESLNTIRQ NVTSSGDHNK LRSTIANLLQ INVDNDPFF AQSEDLSHAV EFFMSERSSR LHIVYSLLVN PDIDLETYSF IDNDRFNVVG KLISIISSVI QNYDIITASS L AHDYNNDQ ...文字列:
MATPSFGNSS PQLTFTHVAN FMNDAAADVS AVDAKQLAQI RQFLKANKTN LIESLNTIRQ NVTSSGDHNK LRSTIANLLQ INVDNDPFF AQSEDLSHAV EFFMSERSSR LHIVYSLLVN PDIDLETYSF IDNDRFNVVG KLISIISSVI QNYDIITASS L AHDYNNDQ DMFTIVSLVQ LKKFSDLKFI LQILQILNLM ILNTKVPVDI VNQWFLQYQN QFVEFCRNIN STDKSIDTSS LQ LYKFQNF QDLSYLSETL ISRISSLFTI TTILILGLNT SIAQFDIQSP LYMDTETFDT VNSALENDVA TNIVNEDPIF HPM IHYSWS FILYYRRALQ SSESFDDSDI TKFALFAESH DVLQKLNTLS EILSFDPVYT TVITVFLEFS LNFIPITAST SRVF AKIIS KAPEQFIENF LTNDTFEKKL SIIKAKLPLL NESLIPLINL ALIDTEFANF ELKDICSFAV TKSSLNDLDY DLIAD TITN SSSSSDIIVP DLIELKSDLL VAPPLENENS NCLLSIPKST KGKILTIKQQ QQQQQQQNGQ QPPTTSNLII FLYKFN GWS LVGRILQNLL HSYMEKGTQL DDLQHELMIS IIKLVTNVVD PKTSIEKSSE ILSYLSNSLD TSASTINGAS IIQVIFE IF EISLQRKDYT SIVQCCEFMT MLTPNYLHLV SSYLNKSDLL DKYGKTGLSN MILGSVELST GDYTFTIQLL KLTKVFIR E SLSLKNIHIS KRSKIDIINK LILHAIHIFE SYYNWKYNNF LQKFEIAFHL TLIFYDVLHD VFTINPHQKD QLIISSSAN KLLQLFLTPM DSIDLAPNTL TNILISPLNT TTKILGDKIL GNLYSKVMNN SFKLCTLLIA IRGSNRDLKP SNLEKLLFIN SSKLVDVYT LPSYVHFKVQ IIELLSYLVE APWNDDYPFL LSFLGEAKSM AFLKEVLSDL SSPVQDWNLL RSLYIFFTTL L ESKQDGLS ILFLTGQFAS NKKINDESSI DKKSSILTVL QKNSLLLDST PEEVSCKLLE TITYVLNTWT NSKIFIKDPK FV NSLLAKL KDSKKLFQKK ENLTRDETVS LIKKYKLISR IVEIFALCIY NSTDSNSEIL NFLNQEDLFE LVHHFFQIDG FNK TFHDEL NLKFKEKWPS LELQSFQKIP LSRINENENF GYDIPLLDIV LKADRSWNEP SKSQTNFKEE ITDASLNLQY VNYE ISTAK AWGALITTFV KRSTVPLNDG FVDLVEHFLK LNIDFGSDKQ MFTQIYLERI ELSFYILYSF KLSGKLLKEE KIIEL MNKI FTIFKSGEID FIKNIGKSLK NNFYRPLLRS VLVLLELVSS GDRFIELISD QLLEFFELVF SKGVYLILSE ILCQIN KCS TRGLSTDHTT QIVNLEDNTQ DLLLLLSLFK KITNVNPSKN FNVILASSLN EVGTLKVILN LYSSAHLIRI NDEPILG QI TLTFISELCS IEPIAAKLIN SGLYSVLLES PLSVAIQQGD IKPEFSPRLH NIWSNGLLSI VLLLLSQFGI KVLPETCL F VSYFGKQIKS TIYNWGDNKL AVSSSLIKET NQLVLLQKML NLLNYQELFI QPKNSDDQQE AVELVIGLDS EHDKKRLSA ALSKFLTHPK YLNSRIIPTT LEEQQQLEDE SSRLEFVKGI SRDIKALQDS LFKDV

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分子 #5: Nucleoporin NUP192

分子名称: Nucleoporin NUP192 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 191.718125 KDa
配列文字列: MKWSAIPFQT LYRSIESGEF DFDLFKEVLP DLQNLNLNTD KLKNNASRSQ LEKGEIELSD GSTFKVNQEF IFEAISLSDE LNLDEIVAC ELILSGDTTA NNGKVQYFLR RQYILQIVSF IVNCFHEDTE LYQELIKNGA LVSNILSAFK FIHTQLSEIK Q QINKAQIL ...文字列:
MKWSAIPFQT LYRSIESGEF DFDLFKEVLP DLQNLNLNTD KLKNNASRSQ LEKGEIELSD GSTFKVNQEF IFEAISLSDE LNLDEIVAC ELILSGDTTA NNGKVQYFLR RQYILQIVSF IVNCFHEDTE LYQELIKNGA LVSNILSAFK FIHTQLSEIK Q QINKAQIL ENYNALFQQN IKFRRDFLLR EYDILSQILY GLVDKGAIMK NKDFILSLLH HVSELDSNDF FIIYYTPAFF HL FASLRVL PDADVKLLHS QFMKDLKDDS IYTKPVKVAL IFIFFAYFIG WCKEDPKRRA DTMDFKTDVD EPMTSAVELG AIE QILIFA ADTSIVEQDK SMELFYDIRS LLERHIPRLI PKQLLDDEKI FSQTTNSTYN PASATDNMSG RGLWNPSYPG MMST TGTAR LNSMPNNVNE YSYTTIVLSD QTQEFFLSSF DDVLQTIITD CAFLLTKIKD AEEDSLLSGE DLTLDDISLK ADLER FFLS IYFFYASRPE YSCTFWSDKE SNAYGFIEWC SRCNDNLMRS CFYLMVSSLS FGPENALNVY HYFGENSSIS WKNIAQ CLS DYTKKISNFN SSLHKRQQFS ESTHNDIDST AVALEEGLNE EAVIFLSSLL TLVGSVTYQV DEDVKSSLSK VFSDVLF EF TKINTPLVGA AFKVISNLVP KLESSRTKFW SFLDSLIFKD SSLNYSSESY RNAFTNVLTK YSDVLGFLQL FHNLISIH S RENNSEYMVF GKLAFPTRLG QGYRKVGIWP YFDYIFNDIL AHVDQIVDIR NKRAVQLPIL KIIYTGLCSF DYSVILNSI PAAANLDALV DCENFFNYVQ ECPAIPIFNY IFTEKIYKSI FNVVDVGVDQ LSIELEGGKN QAELLQLAVK IINKVLDYQE TYVEELFPI VKKHGKTDYF LPKNYSLHGL RSFYDAIFFN IPLVAHLGLY VGVDDQILAT NSLRILAKLS ERSNGSVASL S KRNKLLTI FDSVDESARI KDAFITQLES SITDAGVLAL KLELLDFLTS NLSNYSRTMT ISHLLLGFQV SNVISLGPNL AT FISSGTS LLDSLISVLE ASLNSITKDN IDYAPMRLAT AALEIILKLC RNPLTSGLLY SYLIKENFFE RIMILDPQVT RFT TWNGSP FDNSTEEKCK NFIESESVGA FLSFLAYRNY WTQYLGLFIH KISFSGTKSE VLTYVNYLIS NTMYSVRLFS FLDP LNYGN ICEPKETLSI FTNVPLNLEQ VTLNKYCSGN IYDFHKMENL MRLIKRVRAE SLHSNSFSLT VSKEQFLKDA DVECI KAKS HFTNIISRNK ALELNLSVLH SWVQLVQIIV TDGKLEPSTR SNFILEVFGT IIPKISDYIE FNITFSEELV SLAVFL FDI YNRDRKLITD KGTVDGRLYQ LFKTCIQGIN SPLSSVALRS DFYILANHYL SRVLSDQVGS EKVLQDLRLG SKKLVEI IW NDVVYGEGTS RVTGILLLDS LIQLANRSKE NFILDSLMKT TRLLLIIRSL KNTDALLNST TEHINIDDLL YELTAFKA T VFFLIRVAET RGGASALIEN NLFRIIAELS FLKVDPDLGL DLMFDEVYVQ NSKFLKVNVT LDNPLLVDKD ANGVSLFEL IVPIFQLISA VLVSMGSSNK AVVQTVKGLL NTYKRLVIGI FKRDLLREKE DKKNSSDPNN QSLNEMVKLI VMLCTLTGYQ NND

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分子 #6: Nucleoporin NUP49/NSP49

分子名称: Nucleoporin NUP49/NSP49 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 49.174762 KDa
配列文字列: MFGLNKASST PAGGLFGQAS GASTGNANTG FSFGGTQTGQ NTGPSTGGLF GAKPAGSTGG LGASFGQQQQ QSQTNAFGGS ATTGGGLFG NKPNNTANTG GGLFGANSNS NSGSLFGSNN AQTSRGLFGN NNTNNINNSS SGMNNASAGL FGSKPAGGTS L FGNTSTSS ...文字列:
MFGLNKASST PAGGLFGQAS GASTGNANTG FSFGGTQTGQ NTGPSTGGLF GAKPAGSTGG LGASFGQQQQ QSQTNAFGGS ATTGGGLFG NKPNNTANTG GGLFGANSNS NSGSLFGSNN AQTSRGLFGN NNTNNINNSS SGMNNASAGL FGSKPAGGTS L FGNTSTSS APAQNQGMFG AKPAGTSLFG NNAGNTTTGG GLFGSKPTGA TSLFGSSNNN NNNNNSNNIM SASGGLFGNQ QQ QLQQQPQ MQCALQNLSQ LPITPMTRIS ELPPQIRQEI EQLDQYIQKQ VQISHHLKAD TIDHDELIDS IPRDVAYLLK SES ATSQYL KQDLKKISSF KSLIDEDLLD TQTFSVLLQQ LLTPGSKISS NDLDKFFQKK IHLYEKKLED YCRILSDIET AVNG IDTDL FGAPNNPNST AITADLGSSE AENLLQLKTG LAAIVSTVIE EFTLFMDIAE RIAVLHQKTK TLASLSI

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分子 #7: Nucleoporin NUP57

分子名称: Nucleoporin NUP57 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 57.547145 KDa
配列文字列: MFGFSGSNNG FGNKPAGSTG FSFGQNNNNT NTQPSASGFG FGGSQPNSGT ATTGGFGANQ ATNTFGSNQQ SSTGGGLFGN KPALGSLGS SSTTASGTTA TGTGLFGQQT AQPQQSTIGG GLFGNKPTTT TGGLFGNSAQ NNSTTSGGLF GNKVGSTGSL M GGNSTQNT ...文字列:
MFGFSGSNNG FGNKPAGSTG FSFGQNNNNT NTQPSASGFG FGGSQPNSGT ATTGGFGANQ ATNTFGSNQQ SSTGGGLFGN KPALGSLGS SSTTASGTTA TGTGLFGQQT AQPQQSTIGG GLFGNKPTTT TGGLFGNSAQ NNSTTSGGLF GNKVGSTGSL M GGNSTQNT SNMNAGGLFG AKPQNTTATT GGLFGSKPQG STTNGGLFGS GTQNNNTLGG GGLFGQSQQP QTNTAPGLGN TV STQPSFA WSKPSTGSNL QQQQQQQIQV PLQQTQAIAQ QQQLSNYPQQ IQEQVLKCKE SWDPNTTKTK LRAFVYNKVN ETE AILYTK PGHVLQEEWD QAMEKKPSPQ TIPIQIYGFE GLNQRNQVQT ENVAQARIIL NHILEKSTQL QQKHELDTAS RILK AQSRN VEIEKRILKL GTQLATLKNR GLPLGIAEEK MWSQFQTLLQ RSEDPAGLGK TNELWARLAI LKERAKNISS QLDSK LMVF NDDTKNQDSM SKGTGEESND RINKIVEILT NQQRGITYLN EVLEKDAAIV KKYKNKT

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分子 #8: Nucleoporin NSP1

分子名称: Nucleoporin NSP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 86.611672 KDa
配列文字列: MNFNTPQQNK TPFSFGTANN NSNTTNQNSS TGAGAFGTGQ STFGFNNSAP NNTNNANSSI TPAFGSNNTG NTAFGNSNPT SNVFGSNNS TTNTFGSNSA GTSLFGSSSA QQTKSNGTAG GNTFGSSSLF NNSTNSNTTK PAFGGLNFGG GNNTTPSSTG N ANTSNNLF ...文字列:
MNFNTPQQNK TPFSFGTANN NSNTTNQNSS TGAGAFGTGQ STFGFNNSAP NNTNNANSSI TPAFGSNNTG NTAFGNSNPT SNVFGSNNS TTNTFGSNSA GTSLFGSSSA QQTKSNGTAG GNTFGSSSLF NNSTNSNTTK PAFGGLNFGG GNNTTPSSTG N ANTSNNLF GATANANKPA FSFGATTNDD KKTEPDKPAF SFNSSVGNKT DAQAPTTGFS FGSQLGGNKT VNEAAKPSLS FG SGSAGAN PAGASQPEPT TNEPAKPALS FGTATSDNKT TNTTPSFSFG AKSDENKAGA TSKPAFSFGA KPEEKKDDNS SKP AFSFGA KSNEDKQDGT AKPAFSFGAK PAEKNNNETS KPAFSFGAKS DEKKDGDASK PAFSFGAKPD ENKASATSKP AFSF GAKPE EKKDDNSSKP AFSFGAKSNE DKQDGTAKPA FSFGAKPAEK NNNETSKPAF SFGAKSDEKK DGDASKPAFS FGAKS DEKK DSDSSKPAFS FGTKSNEKKD SGSSKPAFSF GAKPDEKKND EVSKPAFSFG AKANEKKESD ESKSAFSFGS KPTGKE EGD GAKAAISFGA KPEEQKSSDT SKPAFTFGAQ KDNEKKTEES STGKSTADVK SSDSLKLNSK PVELKPVSLD NKTLDDL VT KWTNQLTESA SHFEQYTKKI NSWDQVLVKG GEQISQLYSD AVMAEHSQNK IDQSLQYIER QQDELENFLD NFETKTEA L LSDVVSTSSG AAANNNDQKR QQAYKTAQTL DENLNSLSSN LSSLIVEINN VSNTFNKTTN IDINNEDENI QLIKILNSH FDALRSLDDN STSLEKQINS IKK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1266268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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