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万見
- EMDB-31732: ACE2 -Targeting Monoclonal Antibody as Potent and Broad-Spectrum ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31732
タイトルACE2 -Targeting Monoclonal Antibody as Potent and Broad-Spectrum Coronavirus Blocker
マップデータOverall structure of 3E8 bound with AEC2-B0AT1 complex
試料
  • 複合体: ACE2-B0AT1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2アンジオテンシン変換酵素2
  • タンパク質・ペプチド: 3E8
  • タンパク質・ペプチド: 3E8
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / amino acid transport / positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 ...Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / amino acid transport / positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / sodium ion transmembrane transport / angiotensin maturation / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / response to nutrient / regulation of transmembrane transporter activity / brush border membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 繊毛 / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / 小胞体 / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Neutral amino acid SLC6 transporter / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. ...Neutral amino acid SLC6 transporter / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1 / アンジオテンシン変換酵素2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yan RH / Zhang YY / Li YN / Zhou Q
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971123 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2.
著者: Renhong Yan / Yuanyuan Zhang / Yaning Li / Lu Xia / Yingying Guo / Qiang Zhou /
要旨: Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) is the cellular receptor for severe acute respiratory syndrome-coronavirus (SARS-CoV) and the new coronavirus (SARS-CoV-2) that is causing the serious ...Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) is the cellular receptor for severe acute respiratory syndrome-coronavirus (SARS-CoV) and the new coronavirus (SARS-CoV-2) that is causing the serious coronavirus disease 2019 (COVID-19) epidemic. Here, we present cryo-electron microscopy structures of full-length human ACE2 in the presence of the neutral amino acid transporter BAT1 with or without the receptor binding domain (RBD) of the surface spike glycoprotein (S protein) of SARS-CoV-2, both at an overall resolution of 2.9 angstroms, with a local resolution of 3.5 angstroms at the ACE2-RBD interface. The ACE2-BAT1 complex is assembled as a dimer of heterodimers, with the collectrin-like domain of ACE2 mediating homodimerization. The RBD is recognized by the extracellular peptidase domain of ACE2 mainly through polar residues. These findings provide important insights into the molecular basis for coronavirus recognition and infection.
履歴
登録2021年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2022年6月22日-
現状2022年6月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31732.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31732.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Overall structure of 3E8 bound with AEC2-B0AT1 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.077 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.066639975 - 0.1194129
平均 (標準偏差)0.00023591079 (±0.0036369658)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 310.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ACE2-B0AT1 complex

全体名称: ACE2-B0AT1 complex
要素
  • 複合体: ACE2-B0AT1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2アンジオテンシン変換酵素2
  • タンパク質・ペプチド: 3E8
  • タンパク質・ペプチド: 3E8
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水

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超分子 #1: ACE2-B0AT1 complex

超分子名称: ACE2-B0AT1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1

分子名称: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.289359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RVRLVLPNPG LDARIPSLAE LETIEQEEAS SRPKWDNKAQ YMLTCLGFCV GLGNVWRFPY LCQSHGGGA FMIPFLILLV LEGIPLLYLE FAIGQRLRRG SLGVWSSIHP ALKGLGLASM LTSFMVGLYY NTIISWIMWY L FNSFQEPL ...文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RVRLVLPNPG LDARIPSLAE LETIEQEEAS SRPKWDNKAQ YMLTCLGFCV GLGNVWRFPY LCQSHGGGA FMIPFLILLV LEGIPLLYLE FAIGQRLRRG SLGVWSSIHP ALKGLGLASM LTSFMVGLYY NTIISWIMWY L FNSFQEPL PWSDCPLNEN QTGYVDECAR SSPVDYFWYR ETLNISTSIS DSGSIQWWML LCLACAWSVL YMCTIRGIET TG KAVYITS TLPYVVLTIF LIRGLTLKGA TNGIVFLFTP NVTELAQPDT WLDAGAQVFF SFSLAFGGLI SFSSYNSVHN NCE KDSVIV SIINGFTSVY VAIVVYSVIG FRATQRYDDC FSTNILTLIN GFDLPEGNVT QENFVDMQQR CNASDPAAYA QLVF QTCDI NAFLSEAVEG TGLAFIVFTE AITKMPLSPL WSVLFFIMLF CLGLSSMFGN MEGVVVPLQD LRVIPPKWPK EVLTG LICL GTFLIGFIFT LNSGQYWLSL LDSYAGSIPL LIIAFCEMFS VVYVYGVDRF NKDIEFMIGH KPNIFWQVTW RVVSPL LML IIFLFFFVVE VSQELTYSIW DPGYEEFPKS QKISYPNWVY VVVVIVAGVP SLTIPGYAIY KLIRNHCQKP GDHQGLV ST LSTASMNGDL KY

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分子 #2: Angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: アンジオテンシン変換酵素2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.971266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASGRSSSSW LLLSLVAVTA AWSHPQFEKQ STIEEQAKTF LDKFNHEAED LFYQSSLASW NYNTNITEEN VQNMNNAGDK WSAFLKEQS TLAQMYPLQE IQNLTVKLQL QALQQNGSSV LSEDKSKRLN TILNTMSTIY STGKVCNPDN PQECLLLEPG L NEIMANSL ...文字列:
MASGRSSSSW LLLSLVAVTA AWSHPQFEKQ STIEEQAKTF LDKFNHEAED LFYQSSLASW NYNTNITEEN VQNMNNAGDK WSAFLKEQS TLAQMYPLQE IQNLTVKLQL QALQQNGSSV LSEDKSKRLN TILNTMSTIY STGKVCNPDN PQECLLLEPG L NEIMANSL DYNERLWAWE SWRSEVGKQL RPLYEEYVVL KNEMARANHY EDYGDYWRGD YEVNGVDGYD YSRGQLIEDV EH TFEEIKP LYEHLHAYVR AKLMNAYPSY ISPIGCLPAH LLGDMWGRFW TNLYSLTVPF GQKPNIDVTD AMVDQAWDAQ RIF KEAEKF FVSVGLPNMT QGFWENSMLT DPGNVQKAVC HPTAWDLGKG DFRILMCTKV TMDDFLTAHH EMGHIQYDMA YAAQ PFLLR NGANEGFHEA VGEIMSLSAA TPKHLKSIGL LSPDFQEDNE TEINFLLKQA LTIVGTLPFT YMLEKWRWMV FKGEI PKDQ WMKKWWEMKR EIVGVVEPVP HDETYCDPAS LFHVSNDYSF IRYYTRTLYQ FQFQEALCQA AKHEGPLHKC DISNST EAG QKLFNMLRLG KSEPWTLALE NVVGAKNMNV RPLLNYFEPL FTWLKDQNKN SFVGWSTDWS PYADQSIKVR ISLKSAL GD KAYEWNDNEM YLFRSSVAYA MRQYFLKVKN QMILFGEEDV RVANLKPRIS FNFFVTAPKN VSDIIPRTEV EKAIRMSR S RINDAFRLND NSLEFLGIQP TLGPPNQPPV SIWLIVFGVV MGVIVVGIVI LIFTGIRDRK KKNKARSGEN PYASIDISK GENNPGFQNT DDVQTSF

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分子 #3: 3E8

分子名称: 300000000 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 49.96698 KDa
組換発現生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
配列文字列: EVQLEESGAE LVRPGASVKI SCKAFGYTFT NHHINWMKQR PGQGLDWIGY VNPYNDYTKY SQNFKGKATL SVDRSSSTAY MELSSLTSE DSAVYYCARW RDYDRDWYFD VWGAGTTVIV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
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分子 #4: 3E8

分子名称: 300000000 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 23.507031 KDa
組換発現生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
配列文字列: DIVMTQSPAT LSVTPGDRVS LSCRASQSIR DYLYWYQQKS HESPRLLIKY ASQSISGIPS RFSGSGSGSD FTLSINSVEP EDVGVYYCQ NGHSFPYTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIVMTQSPAT LSVTPGDRVS LSCRASQSIR DYLYWYQQKS HESPRLLIKY ASQSISGIPS RFSGSGSGSD FTLSINSVEP EDVGVYYCQ NGHSFPYTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 101662

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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