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万見
- EMDB-31716: Cryo-EM structure of Alphavirus M1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31716
タイトルCryo-EM structure of Alphavirus M1
マップデータCryo-EM structure of alphavirus M1
試料
  • ウイルス: Alphavirus M1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Alphavirus M1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å
データ登録者Gao Y / Jia X / Zhang Q
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973342 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81773751 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81772675 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81903652 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81802536 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM evidence of viral N-glycosylation reveal receptor binding mechanisms of alphavirus M1
著者: Song D / Jia X
履歴
登録2021年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31716.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31716.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of alphavirus M1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.307 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-8.154184 - 14.300132
平均 (標準偏差)-1.1170833e-09 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-270-270-270
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 705.78 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Alphavirus M1

全体名称: Alphavirus M1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Alphavirus M1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Alphavirus M1

超分子名称: Alphavirus M1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 97469 / 生物種: Alphavirus M1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: E1 glycoprotein

分子名称: E1 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alphavirus M1 (ウイルス)
分子量理論値: 47.595766 KDa
配列文字列: YEHTATIPNV VGFPYKAHIE RNGFSPMTLQ LEVLGTSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPYI KCCGTSECRS MERPDYQCQV YTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQLSEAYVD RSDVCKHDHA AAYKAHTAAM KATIRISYGN LNQTTTAFVN GEHTVTVGGS R FTFGPIST ...文字列:
YEHTATIPNV VGFPYKAHIE RNGFSPMTLQ LEVLGTSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPYI KCCGTSECRS MERPDYQCQV YTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQLSEAYVD RSDVCKHDHA AAYKAHTAAM KATIRISYGN LNQTTTAFVN GEHTVTVGGS R FTFGPIST AWTPFDNKIV VYKNDVYNLD FPPYGSGQPG RFGDIQSRTV ESKDLYANTA LKLSRPSSGT VHVPYTQTPS GF KYWIKER GTSLNDKAPF GCVIKTNPVR AENCAVGNIP VSMDIPDSAF TRVIDAPAVT NLECQVAVCT HSSDFGGIAT LTF KTDKPG KCAVHSHSNV ATIQEAAVDI KTDGKITLHF STASASPAFK VSVCSAKTTC MAACEPPKDH IVPYGASHNN QVFP DMSGT AMTWVQRVAG GFGGLTLAAV AVLILVTCVT MRR

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分子 #2: E2 glycoprotein

分子名称: E2 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alphavirus M1 (ウイルス)
分子量理論値: 46.462031 KDa
配列文字列: SVTKHFNVYK ATKPYLAYCA DCGDGQFCYS PVAIEKIRDE ASDGMIKIQV AAQIGINKGG THEHNKIRYI AGHDMKEANR DSLQVHTSG VCAIRGTMGH FIVAYCPPGG ELKVQFQDAE SHTQACKVQY KHAPAPVGRE KFTVRPHFGI EVPCTTYQLT T APTEEEID ...文字列:
SVTKHFNVYK ATKPYLAYCA DCGDGQFCYS PVAIEKIRDE ASDGMIKIQV AAQIGINKGG THEHNKIRYI AGHDMKEANR DSLQVHTSG VCAIRGTMGH FIVAYCPPGG ELKVQFQDAE SHTQACKVQY KHAPAPVGRE KFTVRPHFGI EVPCTTYQLT T APTEEEID MHTPPDIPDI TLLSQRSGNV KITAGGKTIR YNCTCGSGNV GTTSSDKTIN SCKIAQCHAA VTNHDKWQYT SS FVPRADQ LSRKGKVHVP FPLTNSTCRV PLARAPGVTY GKRELTVKLH PDHPTLLTYR SLGADPRPYE EWIDRYVERT IPV TEDGIE YRWGNNPPVR LWAQLTTEGK PHGWPHEIIL YYYGLYPAAT IVAVSAACLA VVLSLLASCY MFATARRKCL TPYA LTPGA VVPVTLGVLC CAPRAHA

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分子 #3: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alphavirus M1 (ウイルス)
分子量理論値: 30.084988 KDa
配列文字列: MNYIPTQTFY GRRWRPRPAF RPWRVPMQPA PPMIPELQTP IVQAQQMQQL ISAVSALTTK QNGKAPKKPK KKPQKAKAKK NEQQKKNEN KKPPPKQKNP AKKKKPGKRE RMCMKIENDC IFEVKLDGKV TGYACLVGDK VMKPAHVKGV IDNPDLAKLT Y KKSSKYDL ...文字列:
MNYIPTQTFY GRRWRPRPAF RPWRVPMQPA PPMIPELQTP IVQAQQMQQL ISAVSALTTK QNGKAPKKPK KKPQKAKAKK NEQQKKNEN KKPPPKQKNP AKKKKPGKRE RMCMKIENDC IFEVKLDGKV TGYACLVGDK VMKPAHVKGV IDNPDLAKLT Y KKSSKYDL ECAQIPVHMK SDASKYTHEK PEGHYNWHHG AVQYSGGRFT IPTGAGKPGD SGRPIFDNKG RVVAIVLGGA NE GARTALS VVTWTKDMVT RYTPEGTEEW

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 32894
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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