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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31683 | |||||||||
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タイトル | MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 6516 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane ...host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERSコロナウイルス) / Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (MERSコロナウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang X / Zhao J / Wang Z / Wang Y / Zeng J | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 6516 著者: Wang X / Zhao J / Wang Z / Wang Y / Zeng J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31683.map.gz | 12.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31683-v30.xml emd-31683.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31683.png | 32.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31683 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31683 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7v3lMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31683.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0742 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MERS spike glycoprotein
全体 | 名称: MERS spike glycoprotein |
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要素 |
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-超分子 #1: MERS spike glycoprotein
超分子 | 名称: MERS spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERSコロナウイルス) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (MERSコロナウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.081391 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MIHSVFLLMF LLTPTESYVD VGPDSVKSAC IEVDIQQTFF DKTWPRPIDV SKADGIIYPQ GRTYSNITIT YQGLFPYQGD HGDMYVYSA GHATGTTPQK LFVANYSQDV KQFANGFVVR IGAAANSTGT VIISPSTSAT IRKIYPAFML GSSVGNFSDG K MGRFFNHT ...文字列: MIHSVFLLMF LLTPTESYVD VGPDSVKSAC IEVDIQQTFF DKTWPRPIDV SKADGIIYPQ GRTYSNITIT YQGLFPYQGD HGDMYVYSA GHATGTTPQK LFVANYSQDV KQFANGFVVR IGAAANSTGT VIISPSTSAT IRKIYPAFML GSSVGNFSDG K MGRFFNHT LVLLPDGCGT LLRAFYCILE PRSGNHCPAG NSYTSFATYH TPATDCSDGN YNRNASLNSF KEYFNLRNCT FM YTYNITE DEILEWFGIT QTAQGVHLFS SRYVDLYGGN MFQFATLPVY DTIKYYSIIP HSIRSIQSDR KAWAAFYVYK LQP LTFLLD FSVDGYIRRA IDCGFNDLSQ LHCSYESFDV ESGVYSVSSF EAKPSGSVVE QAEGVECDFS PLLSGTPPQV YNFK RLVFT NCNYNLTKLL SLFSVNDFTC SQISPAAIAS NCYSSLILDY FSYPLSMKSD LSVSSAGPIS QFNYKQSFSN PTCLI LATV PHNLTTITKP LKYSYINKCS RLLSDDRTEV PQLVNANQYS PCVSIVPSTV WEDGDYYRKQ LSPLEGGGWL VASGST VAM TEQLQMGFGI TVQYGTDTNS VCPKLEFAND TKIASQLGNC VEYSLYGVSG RGVFQNCTAV GVRQQRFVYD AYQNLVG YY SDDGNYYCLR ACVSVPVSVI YDKETKTHAT LFGSVACEHI SSTMSQYSRS TRSMLKRRDS TYGPLQTPVG CVLGLVNS S LFVEDCKLPL GQSLCALPDT PSTLTPRSVR SVPGEMRLAS IAFNHPIQVD QLNSSYFKLS IPTNFSFGVT QEYIQTTIQ KVTVDCKQYV CNGFQKCEQL LREYGQFCSK INQALHGANL RQDDSVRNLF ASVKSSQSSP IIPGFGGDFN LTLLEPVSIS TGSRSARSA IEDLLFDKVT IADPGYMQGY DDCMQQGPAS ARDLICAQYV AGYKVLPPLM DVNMEAAYTS SLLGSIAGVG W TAGLSSFA AIPFAQSIFY RLNGVGITQQ VLSENQKLIA NKFNQALGAM QTGFTTTNEA FQKVQDAVNN NAQALSKLAS EL SNTFGAI SASIGDIIQR LDVLEQDAQI DRLINGRLTT LNAFVAQQLV RSESAALSAQ LAKDKVNECV KAQSKRSGFC GQG THIVSF VVNAPNGLYF MHVGYYPSNH IEVVSAYGLC DAANPTNCIA PVNGYFIKTN NTRIVDEWSY TGSSFYAPEP ITSL NTKYV APQVTYQNIS TNLPPPLLGN STGIDFQDEL DEFFKNVSTS IPNFGSLTQI NTTLLDLTYE MLSLQQVVKA LNESY IDLK ELGNYT |
-分子 #2: antibody H
分子 | 名称: antibody H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.025836 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS SYAICWVRQA PGQGLEWMGG IIPFFGTVNY AQKFQGRVTI TADESTSTVY MELSSLRSE DTAVYYCANS YCSSTNCYRY YQNGLDVWGQ GTTVTVSSAW STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列: EVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS SYAICWVRQA PGQGLEWMGG IIPFFGTVNY AQKFQGRVTI TADESTSTVY MELSSLRSE DTAVYYCANS YCSSTNCYRY YQNGLDVWGQ GTTVTVSSAW STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRV |
-分子 #3: antibody L
分子 | 名称: antibody L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.581295 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AIRMTQSPVT LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASTLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QYDNYSQLTF GPGTKLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: AIRMTQSPVT LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASTLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QYDNYSQLTF GPGTKLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1289518 |