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- EMDB-31655: T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K1k2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31655
タイトルT.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K1k2
マップデータB-factor sharpened map from the postprocess routine in Relion
試料
  • 複合体: 30S ribosomal with bound KsgA, a RNA methyltransferase at position 2
    • 複合体: 30S ribosomal subunitProkaryotic small ribosomal subunit
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 20種
    • 複合体: RNA methyltransferase
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) ...16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / 30S ribosomal protein Thx ...rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S13-like, H2TH / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 ...Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) / Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Raina R / Singh J / Anand R / Vinothkumar KR
資金援助 インド, 3件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)RJN-094/2017 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/S/19/1/504293 インド
引用ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Decoding the Mechanism of Specific RNA Targeting by Ribosomal Methyltransferases.
著者: Juhi Singh / Rahul Raina / Kutti R Vinothkumar / Ruchi Anand /
要旨: Methylation of specific nucleotides is integral for ribosomal biogenesis and also serves as a common mechanism to confer antibiotic resistance by pathogenic bacteria. Here, by determining the high- ...Methylation of specific nucleotides is integral for ribosomal biogenesis and also serves as a common mechanism to confer antibiotic resistance by pathogenic bacteria. Here, by determining the high-resolution structure of the 30S-KsgA complex by cryo-electron microscopy, a state was captured, where KsgA juxtaposes between helices h44 and h45 of the 30S ribosome, separating them, thereby enabling remodeling of the surrounded rRNA and allowing the cognate site to enter the methylation pocket. With the structure as a guide, several mutant versions of the ribosomes, where interacting bases in the catalytic helix h45 and surrounding helices h44, h24, and h27, were mutated and evaluated for their methylation efficiency revealing factors that direct the enzyme to its cognate site with high fidelity. The biochemical studies show that the three-dimensional environment of the ribosome enables the interaction of select loop regions in KsgA with the ribosome helices paramount to maintain selectivity.
履歴
登録2021年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2022年4月27日-
現状2022年4月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31655.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor sharpened map from the postprocess routine in Relion
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.088
最小 - 最大-0.18329349 - 0.5684094
平均 (標準偏差)0.00011497052 (±0.018374871)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 441.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: One of the maps from multibody refinement from...

ファイルemd_31655_additional_1.map
注釈One of the maps from multibody refinement from Relion. This map was used in model building
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: One of the maps from multibody refinement from...

ファイルemd_31655_additional_2.map
注釈One of the maps from multibody refinement from Relion. This map was used in model building
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: Composite map of the multibody refinement from Phenix...

ファイルemd_31655_additional_3.map
注釈Composite map of the multibody refinement from Phenix software. This map was used in model building
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: One of the maps from multibody refinement from...

ファイルemd_31655_additional_4.map
注釈One of the maps from multibody refinement from Relion. This map was used in model building
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軸ZYX

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追加マップ: This map was calculated using LocSpiral. This map...

ファイルemd_31655_additional_5.map
注釈This map was calculated using LocSpiral. This map was used in model building.
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: One of the half maps from 3D refine,...

ファイルemd_31655_half_map_1.map
注釈One of the half maps from 3D refine, used in the postprocess routine to obtain the primary map.
投影像・断面図
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ハーフマップ: One of the half maps from 3D refine,...

ファイルemd_31655_half_map_2.map
注釈One of the half maps from 3D refine, used in the postprocess routine to obtain the primary map.
投影像・断面図
軸ZYX

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試料の構成要素

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全体 : 30S ribosomal with bound KsgA, a RNA methyltransferase at position 2

全体名称: 30S ribosomal with bound KsgA, a RNA methyltransferase at position 2
要素
  • 複合体: 30S ribosomal with bound KsgA, a RNA methyltransferase at position 2
    • 複合体: 30S ribosomal subunitProkaryotic small ribosomal subunit
      • RNA: 16s ribosomal RNA16SリボソームRNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein Thxリボソーム
    • 複合体: RNA methyltransferase
      • タンパク質・ペプチド: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase AリボソームRNA
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: 30S ribosomal with bound KsgA, a RNA methyltransferase at position 2

超分子名称: 30S ribosomal with bound KsgA, a RNA methyltransferase at position 2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
詳細: 30S ribosomal subunit purified from delta KsgA strain and KsgA recombinantly purified has been added after isolation for complex formation
分子量理論値: 746 KDa

+
超分子 #2: 30S ribosomal subunit

超分子名称: 30S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#21
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)

+
超分子 #3: RNA methyltransferase

超分子名称: RNA methyltransferase / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #22
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
分子 #1: 16s ribosomal RNA

分子名称: 16s ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 493.958281 KDa
配列文字列: UUUGUUGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGG UGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAGACAUGCA AGUCGUGCGG GCCGCGGGGU UUUACUCCG UGGUCAGCGG CGGACGGGUG AGUAACGCGU GGGUGACCUA CCCGGAAGAG GGGGACAACC CGGGGAAACU C GGGCUAAU ...文字列:
UUUGUUGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGG UGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAGACAUGCA AGUCGUGCGG GCCGCGGGGU UUUACUCCG UGGUCAGCGG CGGACGGGUG AGUAACGCGU GGGUGACCUA CCCGGAAGAG GGGGACAACC CGGGGAAACU C GGGCUAAU CCCCCAUGUG GACCCGCCCC UUGGGGUGUG UCCAAAGGGC UUUGCCCGCU UCCGGAUGGG CCCGCGUCCC AU CAGCUAG UUGGUGGGGU AAUGGCCCAC CAAGGCGACG ACGGGUAGCC GGUCUGAGAG GAUGGCCGGC CACAGGGGCA CUG AGACAC GGGCCCCACU CCUACGGGAG GCAGCAGUUA GGAAUCUUCC GCAAUGGGCG CAAGCCUGAC GGAGCGACGC CGCU UGGAG GAAGAAGCCC UUCGGGGUGU AAACUCCUGA ACCCGGGACG AAACCCCCGA CGAGGGGACU GACGGUACCG GGGUA AUAG CGCCGGCCAA CUCCGUGCCA GCAGCCGCGG UAAUACGGAG GGCGCGAGCG UUACCCGGAU UCACUGGGCG UAAAGG GCG UGUAGGCGGC CUGGGGCGUC CCAUGUGAAA GACCACGGCU CAACCGUGGG GGAGCGUGGG AUACGCUCAG GCUAGAC GG UGGGAGAGGG UGGUGGAAUU CCCGGAGUAG CGGUGAAAUG CGCAGAUACC GGGAGGAACG CCGAUGGCGA AGGCAGCC A CCUGGUCCAC CCGUGACGCU GAGGCGCGAA AGCGUGGGGA GCAAACCGGA UUAGAUACCC GGGUAGUCCA CGCCCUAAA CGAUGCGCGC UAGGUCUCUG GGUCUCCUGG GGGCCGAAGC UAACGCGUUA AGCGCGCCGC CUGGGGAGUA CGGCCGCAAG GCUGAAACU CAAAGGAAUU GACGGGGGCC CGCACAAGCG GUGGAGCAUG UGGUUUAAUU CGAAGCAACG CGAAGAACCU U ACCAGGCC UUGACAUGCU AGGGAACCCG GGUGAAAGCC UGGGGUGCCC CGCGAGGGGA GCCCUAGCAC AGGUGCUGCA UG GCCGUCG UCAGCUCGUG CCGUGAGGUG UUGGGUUAAG UCCCGCAACG AGCGCAACCC CCGCCGUUAG UUGCCAGCGG UUC GGCCGG GCACUCUAAC GGGACUGCCC GCGAAAGCGG GAGGAAGGAG GGGACGACGU CUGGUCAGCA UGGCCCUUAC GGCC UGGGC GACACACGUG CUACAAUGCC CACUACAAAG CGAUGCCACC CGGCAACGGG GAGCUAAUCG CAAAAAGGUG GGCCC AGUU CGGAUUGGGG UCUGCAACCC GACCCCAUGA AGCCGGAAUC GCUAGUAAUC GCGGAUCAGC CAUGCCGCGG UGAAUA CGU UCCCGGGCCU UGUACACACC GCCCGUCACG CCAUGGGAGC GGGCUCUACC CGAAGUCGCC GGGAGCCUAC GGGCAGG CG CCGAGGGUAG GGCCCGUGAC UGGGGCGAAG UCGUAACAAG GUAGCUGUAC CGGAAGGUGC GGCUGGAUCA CCUCCUUU C U

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 29.317703 KDa
配列文字列: MPVEITVKEL LEAGVHFGHE RKRWNPKFAR YIYAERNGIH IIDLQKTMEE LERTFRFIED LAMRGGTILF VGTKKQAQDI VRMEAERAG MPYVNQRWLG GMLTNFKTIS QRVHRLEELE ALFASPEIEE RPKKEQVRLK HELERLQKYL SGFRLLKRLP D AIFVVDPT ...文字列:
MPVEITVKEL LEAGVHFGHE RKRWNPKFAR YIYAERNGIH IIDLQKTMEE LERTFRFIED LAMRGGTILF VGTKKQAQDI VRMEAERAG MPYVNQRWLG GMLTNFKTIS QRVHRLEELE ALFASPEIEE RPKKEQVRLK HELERLQKYL SGFRLLKRLP D AIFVVDPT KEAIAVREAR KLFIPVIALA DTDSDPDLVD YIIPGNDDAI RSIQLILSRA VDLIIQARGG VVEPSPSYAL VQ EAEATET PEGESEVEA

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 26.751076 KDa
配列文字列: MGNKIHPIGF RLGITRDWES RWYAGKKQYR HLLLEDQRIR GLLEKELYSA GLARVDIERA ADNVAVTVHV AKPGVVIGRG GERIRVLRE ELAKLTGKNV ALNVQEVQNP NLSAPLVAQR VAEQIERRFA VRRAIKQAVQ RVMESGAKGA KVIVSGRIGG A EQARTEWA ...文字列:
MGNKIHPIGF RLGITRDWES RWYAGKKQYR HLLLEDQRIR GLLEKELYSA GLARVDIERA ADNVAVTVHV AKPGVVIGRG GERIRVLRE ELAKLTGKNV ALNVQEVQNP NLSAPLVAQR VAEQIERRFA VRRAIKQAVQ RVMESGAKGA KVIVSGRIGG A EQARTEWA AQGRVPLHTL RANIDYGFAL ARTTYGVLGV KAYIFLGEVI GGQKPKARPE LPKAEERPRR RRPAVRVKKE E

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 24.373447 KDa
配列文字列: MGRYIGPVCR LCRREGVKLY LKGERCYSPK CAMERRPYPP GQHGQKRARR PSDYAVRLRE KQKLRRIYGI SERQFRNLFE EASKKKGVT GSVFLGLLES RLDNVVYRLG FAVSRRQARQ LVRHGHITVN GRRVDLPSYR VRPGDEIAVA EKSRNLELIR Q NLEAMKGR ...文字列:
MGRYIGPVCR LCRREGVKLY LKGERCYSPK CAMERRPYPP GQHGQKRARR PSDYAVRLRE KQKLRRIYGI SERQFRNLFE EASKKKGVT GSVFLGLLES RLDNVVYRLG FAVSRRQARQ LVRHGHITVN GRRVDLPSYR VRPGDEIAVA EKSRNLELIR Q NLEAMKGR KVGPWLSLDV EGMKGKFLRL PDREDLALPV NEQLVIEFYS R

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 17.583416 KDa
配列文字列:
MPETDFEEKM ILIRRTARMQ AGGRRFRFGA LVVVGDRQGR VGLGFGKAPE VPLAVQKAGY YARRNMVEVP LQNGTIPHEI EVEFGASKI VLKPAAPGTG VIAGAVPRAI LELAGVTDIL TKELGSRNPI NIAYATMEAL RQLRTKADVE RLRKGEAHAQ A QG

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 11.988753 KDa
配列文字列:
MRRYEVNIVL NPNLDQSQLA LEKEIIQRAL ENYGARVEKV EELGLRRLAY PIAKDPQGYF LWYQVEMPED RVNDLARELR IRDNVRRVM VVKSQEPFLA NA

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 18.050973 KDa
配列文字列:
MARRRRAEVR QLQPDLVYGD VLVTAFINKI MRDGKKNLAA RIFYDACKII QEKTGQEPLK VFKQAVENVK PRMEVRSRRV GGANYQVPM EVSPRRQQSL ALRWLVQAAN QRPERRAAVR IAHELMDAAE GKGGAVKKKE DVERMAEANR AYAHYRW

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 15.86857 KDa
配列文字列:
MLTDPIADML TRIRNATRVY KESTDVPASR FKEEILRILA REGFIKGYER VDVDGKPYLR VYLKYGPRRQ GPDPRPEQVI HHIRRISKP GRRVYVGVKE IPRVRRGLGI AILSTSKGVL TDREARKLGV GGELICEVW

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 14.410614 KDa
配列文字列:
MEQYYGTGRR KEAVARVFLR PGNGKVTVNG QDFNEYFQGL VRAVAALEPL RAVDALGHFD AYITVRGGGK SGQIDAIKLG IARALVQYN PDYRAKLKPL GFLTRDARVV ERKKYGKHKA RRAPQYSKR

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 11.954968 KDa
配列文字列:
MPKIRIKLRG FDHKTLDASA QKIVEAARRS GAQVSGPIPL PTRVRRFTVI RGPFKHKDSR EHFELRTHNR LVDIINPNRK TIEQLMTLD LPTGVEIEIK TVGGGR

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 13.737868 KDa
配列文字列:
MAKKPSKKKV KRQVASGRAY IHASYNNTIV TITDPDGNPI TWSSGGVIGY KGSRKGTPYA AQLAALDAAK KAMAYGMQSV DVIVRGTGA GREQAIRALQ ASGLQVKSIV DDTPVPHNGC RPKKKFRKAS

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 14.637384 KDa
配列文字列:
MPTINQLVRK GREKVRKKSK VPALKGAPFR RGVCTVVRTV TPKKPNSALR KVAKVRLTSG YEVTAYIPGE GHNLQEHSVV LIRGGRVKD LPGVRYHIVR GVYDAAGVKD RKKSRSKYGT KKPKEAAKTA AKK

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 14.338861 KDa
配列文字列:
MARIAGVEIP RNKRVDVALT YIYGIGKARA KEALEKTGIN PATRVKDLTE AEVVRLREYV ENTWKLEGEL RAEVAANIKR LMDIGCYRG LRHRRGLPVR GQRTRTNART RKGPRKTVAG KKKAPRK

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 7.158725 KDa
配列文字列:
MARKALIEKA KRTPKFKVRA YTRCVRCGRA RSVYRFFGLC RICLRELAHK GQLPGVRKAS W

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分子 #15: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 10.578407 KDa
配列文字列:
MPITKEEKQK VIQEFARFPG DTGSTEVQVA LLTLRINRLS EHLKVHKKDH HSHRGLLMMV GQRRRLLRYL QREDPERYRA LIEKLGIRG

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分子 #16: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 10.409983 KDa
配列文字列:
MVKIRLARFG SKHNPHYRIV VTDARRKRDG KYIEKIGYYD PRKTTPDWLK VDVERARYWL SVGAQPTDTA RRLLRQAGVF RQEAREGA

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分子 #17: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 12.325655 KDa
配列文字列:
MPKKVLTGVV VSDKMQKTVT VLVERQFPHP LYGKVIKRSK KYLAHDPEEK YKLGDVVEII ESRPISKRKR FRVLRLVESG RMDLVEKYL IRRQNYESLS KRGGKA

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分子 #18: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 10.258299 KDa
配列文字列:
MSTKNAKPKK EAQRRPSRKA KVKATLGEFD LRDYRNVEVL KRFLSETGKI LPRRRTGLSA KEQRILAKTI KRARILGLLP FTEKLVRK

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分子 #19: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 10.605464 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGVF VDDHLLEKVL ELNAKGEKRL IKTWSRRSTI VPEMVGHTIA VYNGKQHVPV YITENMVGHK LGEFAPTRTY RGHGKEAKA TKKK

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分子 #20: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 11.736143 KDa
配列文字列:
MAQKKPKRNL SALKRHRQSL KRRLRNKAKK SAIKTLSKKA IQLAQEGKAE EALKIMRKAE SLIDKAAKGS TLHKNAAARR KSRLMRKVR QLLEAAGAPL IGGGLSA

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分子 #21: 30S ribosomal protein Thx

分子名称: 30S ribosomal protein Thx / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 3.35003 KDa
配列文字列:
MGKGDRRTRR GKIWRGTYGK YRPRKKK

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分子 #22: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

分子名称: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 33.588812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHMNKD IATPIRTKEI LKKYGFSFKK SLGQNFLIDT NILNRIVDHA EVTEKTGVIE IGPGIGALTE QLAKRAKKVV AFEIDQRLL PILKDTLSPY ENVTVIHQDV LKADVKSVIE EQFQDCDEIM VVANLPYYVT TPIIMKLLEE HLPLKGIVVM L QKEVAERM ...文字列:
HHHHHHMNKD IATPIRTKEI LKKYGFSFKK SLGQNFLIDT NILNRIVDHA EVTEKTGVIE IGPGIGALTE QLAKRAKKVV AFEIDQRLL PILKDTLSPY ENVTVIHQDV LKADVKSVIE EQFQDCDEIM VVANLPYYVT TPIIMKLLEE HLPLKGIVVM L QKEVAERM AADPSSKEYG SLSIAVQFYT EAKTVMIVPK TVFVPQPNVD SAVIRLILRD GPAVDVENES FFFQLIKASF AQ RRKTLLN NLVNNLPEGK AQKSTIEQVL EETNIDGKRR GESLSIEEFA ALSNGLYKAL F

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分子 #23: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
50.0 mMHepes
40.0 mMAmmonium chloride
4.0 mMMagensium acetate
6.0 mMBeta mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: After application of the complex, 15 seconds wait time was given before blotting..
詳細~2 micromolar concentration of ribosome+KsgA was used during freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 101449 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
詳細: Total number of frames is 30. Each frame had 1.43 e/A2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
Gctf (ver. 1.06)Determine CTF value
RELION (ver. 3.1)CTF correction
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 53393
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4b3r

詳細Phenix was used in real space for initial refinement. The final refinements was performed with REFMAC within ccpem
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 80.1
得られたモデル

PDB-7v2l:
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K1k2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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