+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3072 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Representative tomogram of canine pancreatic rough Endoplasmic Reticulum vesicles | |||||||||
マップデータ | Representative tomogram of canine pancreatic rough Endoplasmic Reticulum vesicles. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Ribosome (リボソーム) / Sec61 (Sec61) / Translocon (トランスロコン) / Endoplasmic Reticulum (小胞体) / Cryoelectron Tomography / Subtomogram Analysis | |||||||||
生物種 | Canis lupus familiaris (イヌ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Pfeffer S / Burbaum L / Unverdorben P / Pech M / Chen Y / Zimmermann R / Beckmann R / Foerster F | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Structure of the native Sec61 protein-conducting channel. 著者: Stefan Pfeffer / Laura Burbaum / Pia Unverdorben / Markus Pech / Yuxiang Chen / Richard Zimmermann / Roland Beckmann / Friedrich Förster / 要旨: In mammalian cells, secretory and membrane proteins are translocated across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the universally conserved protein-conducting channel Sec61, ...In mammalian cells, secretory and membrane proteins are translocated across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the universally conserved protein-conducting channel Sec61, which has been structurally studied in isolated, detergent-solubilized states. Here we structurally and functionally characterize native, non-solubilized ribosome-Sec61 complexes on rough ER vesicles using cryo-electron tomography and ribosome profiling. Surprisingly, the 9-Å resolution subtomogram average reveals Sec61 in a laterally open conformation, even though the channel is not in the process of inserting membrane proteins into the lipid bilayer. In contrast to recent mechanistic models for polypeptide translocation and insertion, our results indicate that the laterally open conformation of Sec61 is the only conformation present in the ribosome-bound translocon complex, independent of its functional state. Consistent with earlier functional studies, our structure suggests that the ribosome alone, even without a nascent chain, is sufficient for lateral opening of Sec61 in a lipid environment. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3072.map.gz | 96.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3072-v30.xml emd-3072.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3072.tif | 398.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3072 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3072 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 101.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Representative tomogram of canine pancreatic rough Endoplasmic Reticulum vesicles. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 20.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Representative tomogram of canine pancreatic rough Endoplasmic Re...
全体 | 名称: Representative tomogram of canine pancreatic rough Endoplasmic Reticulum vesicles. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Representative tomogram of canine pancreatic rough Endoplasmic Re...
超分子 | 名称: Representative tomogram of canine pancreatic rough Endoplasmic Reticulum vesicles. タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
---|
-超分子 #1: Membrane-bound 80S ribosome
超分子 | 名称: Membrane-bound 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog / 組織: Pancreas |
-分子 #1: ER protein translocon
分子 | 名称: ER protein translocon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog / 組織: Pancreas / Organelle: Endoplasmic Reticulum |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: 20mM Hepes, 50mM KCl; 2mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: Lacey carbon molybdenum grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 ° |
日付 | 2014年6月18日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 100 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each tilt image |
---|---|
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: PyTom, tom_toolbox, av3_toolbox 使用した粒子像数: 61 |
詳細 | Tomogram reconstruction was accomplished using PyTom. |