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万見
- EMDB-29523: GC-C-Hsp90-Cdc37 regulatory complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29523
タイトルGC-C-Hsp90-Cdc37 regulatory complex
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: GC-C-Hsp90-Cdc37 regulatory complex
    • タンパク質・ペプチド: Heat shock protein HSP 90-betaHeat shock response
    • タンパク質・ペプチド: Hsp90 co-chaperone Cdc37
    • タンパク質・ペプチド: Guanylyl cyclase C
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードguanylyl cyclase (グアニル酸シクラーゼ) / receptor (受容体) / heat shock protein (熱ショックタンパク質) / regulation (規制) / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-CHAPERONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Intestinal infectious diseases / 消化 / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / グアニル酸シクラーゼ / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / adenylate cyclase activity / toxic substance binding / ATP-dependent protein folding chaperone ...Intestinal infectious diseases / 消化 / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / グアニル酸シクラーゼ / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / adenylate cyclase activity / toxic substance binding / ATP-dependent protein folding chaperone / response to toxic substance / unfolded protein binding / メラノソーム / regulation of cell population proliferation / protein kinase activity / intracellular signal transduction / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Membrane Guanylate Cyclase receptor GC-C, pseudokinase domain / Cdc37, C-terminal / Cdc37, Hsp90 binding / Cdc37, Hsp90-binding domain superfamily / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Cdc37 ...Membrane Guanylate Cyclase receptor GC-C, pseudokinase domain / Cdc37, C-terminal / Cdc37, Hsp90 binding / Cdc37, Hsp90-binding domain superfamily / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Cdc37 / Cdc37, N-terminal domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Periplasmic binding protein-like I / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein HSP 90-beta / Hsp90 co-chaperone Cdc37 / Guanylyl cyclase C
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Caveney NA / Garcia KC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural insight into guanylyl cyclase receptor hijacking of the kinase-Hsp90 regulatory mechanism.
著者: Nathanael A Caveney / Naotaka Tsutsumi / K Christopher Garcia /
要旨: Membrane receptor guanylyl cyclases play a role in many important facets of human physiology, from regulating blood pressure to intestinal fluid secretion. The structural mechanisms which influence ...Membrane receptor guanylyl cyclases play a role in many important facets of human physiology, from regulating blood pressure to intestinal fluid secretion. The structural mechanisms which influence these important physiological processes have yet to be explored. We present the 3.9 Å resolution cryo-EM structure of the human membrane receptor guanylyl cyclase GC-C in complex with Hsp90 and its co-chaperone Cdc37, providing insight into the mechanism of Cdc37 mediated binding of GC-C to the Hsp90 regulatory complex. As a membrane protein and non-kinase client of Hsp90-Cdc37, this work shows the remarkable plasticity of Cdc37 to interact with a broad array of clients with significant sequence variation. Furthermore, this work shows how membrane receptor guanylyl cyclases hijack the regulatory mechanisms used for active kinases to facilitate their regulation. Given the known druggability of Hsp90, these insights can guide the further development of membrane receptor guanylyl cyclase-targeted therapeutics and lead to new avenues to treat hypertension, inflammatory bowel disease, and other membrane receptor guanylyl cyclase-related conditions.
履歴
登録2023年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29523.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29523.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36256 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.175
最小 - 最大-0.0218821 - 2.3493292
平均 (標準偏差)0.002146361 (±0.033740845)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 267.0624 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29523_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29523_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29523_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GC-C-Hsp90-Cdc37 regulatory complex

全体名称: GC-C-Hsp90-Cdc37 regulatory complex
要素
  • 複合体: GC-C-Hsp90-Cdc37 regulatory complex
    • タンパク質・ペプチド: Heat shock protein HSP 90-betaHeat shock response
    • タンパク質・ペプチド: Hsp90 co-chaperone Cdc37
    • タンパク質・ペプチド: Guanylyl cyclase C
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: GC-C-Hsp90-Cdc37 regulatory complex

超分子名称: GC-C-Hsp90-Cdc37 regulatory complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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分子 #1: Heat shock protein HSP 90-beta

分子名称: Heat shock protein HSP 90-beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
分子量理論値: 83.38725 KDa
配列文字列: MPEEVHHGEE EVETFAFQAE IAQLMSLIIN TFYSNKEIFL RELISNASDA LDKIRYESLT DPSKLDSGKE LKIDIIPNPQ ERTLTLVDT GIGMTKADLI NNLGTIAKSG TKAFMEALQA GADISMIGQF GVGFYSAYLV AEKVVVITKH NDDEQYAWES S AGGSFTVR ...文字列:
MPEEVHHGEE EVETFAFQAE IAQLMSLIIN TFYSNKEIFL RELISNASDA LDKIRYESLT DPSKLDSGKE LKIDIIPNPQ ERTLTLVDT GIGMTKADLI NNLGTIAKSG TKAFMEALQA GADISMIGQF GVGFYSAYLV AEKVVVITKH NDDEQYAWES S AGGSFTVR ADHGEPIGRG TKVILHLKED QTEYLEERRV KEVVKKHSQF IGYPITLYLE KEREKEISDD EAEEEKGEKE EE DKDDEEK PKIEDVGSDE EDDSGKDKKK KTKKIKEKYI DQEELNKTKP IWTRNPDDIT QEEYGEFYKS LTNDWEDHLA VKH FSVEGQ LEFRALLFIP RRAPFDLFEN KKKKNNIKLY VRRVFIMDSC DELIPEYLNF IRGVVDSEDL PLNISREMLQ QSKI LKVIR KNIVKKCLEL FSELAEDKEN YKKFYEAFSK NLKLGIHEDS TNRRRLSELL RYHTSQSGDE MTSLSEYVSR MKETQ KSIY YITGESKEQV ANSAFVERVR KRGFEVVYMT EPIDEYCVQQ LKEFDGKSLV SVTKEGLELP EDEEEKKKME ESKAKF ENL CKLMKEILDK KVEKVTISNR LVSSPCCIVT STYGWTANME RIMKAQALRD NSTMGYMMAK KHLEINPDHP IVETLRQ KA EADKNDKAVK DLVVLLFETA LLSSGFSLED PQTHSNRIYR MIKLGLGIDE DEVTAEEPSA AVPDEIPPLE GDEDASRM E EVD

UniProtKB: Heat shock protein HSP 90-beta

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分子 #2: Hsp90 co-chaperone Cdc37

分子名称: Hsp90 co-chaperone Cdc37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
分子量理論値: 44.549434 KDa
配列文字列: MVDYSVWDHI EVSDDEDETH PNIDTASLFR WRHQARVERM EQFQKEKEEL DRGCRECKRK VAECQRKLRE LEVAEGGGQV ELERLRAEA QQLRKEERSW EQKLEDMRKK EKSMPWNVDT LSKDGFSKSI VNIKPEKAEE DSEEAREQKH KTFVEKYEKQ I KHFGMLHR ...文字列:
MVDYSVWDHI EVSDDEDETH PNIDTASLFR WRHQARVERM EQFQKEKEEL DRGCRECKRK VAECQRKLRE LEVAEGGGQV ELERLRAEA QQLRKEERSW EQKLEDMRKK EKSMPWNVDT LSKDGFSKSI VNIKPEKAEE DSEEAREQKH KTFVEKYEKQ I KHFGMLHR WDDSQKYLSD NVHLVCEETA NYLVIWCIDL EVEEKCALME QVAHQTMVMQ FILELAKSLK VDPRACFRQF FT KIKTADQ QYMEGFKYEL EAFKERVRGR AKLRIEKAMK EYEEEERKKR LGPGGLDPVE VYESLPEELQ KCFDVKDVQM LQD AISKMD PTDAKFHMQR CIDSGLWVPN SKSGEAKEGE EAGPGDPLLE AVPKAGNEKD VSA

UniProtKB: Hsp90 co-chaperone Cdc37

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分子 #3: Guanylyl cyclase C

分子名称: Guanylyl cyclase C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: グアニル酸シクラーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 85.974727 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DYKDDDDKGS LEVLFQGPGR MKQLEDKVEE LLSKNYHLEN EVARLKKLVG ERKLPNDITG RGPQILMIAV FTLTGAVVLL LLVALLMLR KYRKDYELRQ KKWSHIPPEN IFPLETNETN HVSLKIDDDK RRDTIQRLRQ CKYDKKRVIL KDLKHNDGNF T EKQKIELN ...文字列:
DYKDDDDKGS LEVLFQGPGR MKQLEDKVEE LLSKNYHLEN EVARLKKLVG ERKLPNDITG RGPQILMIAV FTLTGAVVLL LLVALLMLR KYRKDYELRQ KKWSHIPPEN IFPLETNETN HVSLKIDDDK RRDTIQRLRQ CKYDKKRVIL KDLKHNDGNF T EKQKIELN KLLQIDYYNL TKFYGTVKLD TMIFGVIEYC ERGSLREVLN DTISYPDGTF MDWEFKISVL YDIAKGMSYL HS SKTEVHG RLKSTNCVVD SRMVVKITDF GCNSILPPKK DLWTAPEHLR QANISQKGDV YSYGIIAQEI ILRKETFYTL SCR DRNEKI FRVENSNGMK PFRPDLFLET AEEKELEVYL LVKNCWEEDP EKRPDFKKIE TTLAKIFGLF HDQKNESYMD TLIR RLQLY SRNLEHLVEE RTQLYKAERD RADRLNFMLL PRLVVKSLKE KGFVEPELYE EVTIYFSDIV GFTTICKYST PMEVV DMLN DIYKSFDHIV DHHDVYKVET IGDAYMVASG LPKRNGNRHA IDIAKMALEI LSFMGTFELE HLPGLPIWIR IGVHSG PCA AGVVGIKMPR YCLFGDTVNT ASRMESTGLP LRIHVSGSTI AILKRTECQF LYEVRGETYL KGRGNETTYW LTGMKDQ KF NLPTPPTVEN QQRLQAEFSD MIANSLQKRQ AAGIRSQKPR RVASYKKGTL EYLQLNTTDK ESTYFAAALE VLFQGPGA A EDQVDPRLID GKHHHHHHHH

UniProtKB: Guanylyl cyclase C

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分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.8 e/Å2

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画像解析 #1

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 165635
Image processing ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

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画像解析 #2

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 165635
Image processing ID2
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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