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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28720 | |||||||||
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タイトル | 30S_delta_ksgA+KsgA complex | |||||||||
マップデータ | Consensus合意形成 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome (リボソーム) / KsgA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding ...16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun J / Kinman LF / Jahagirdar D / Ortega J / Davis JH | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: KsgA facilitates ribosomal small subunit maturation by proofreading a key structural lesion. 著者: Jingyu Sun / Laurel F Kinman / Dushyant Jahagirdar / Joaquin Ortega / Joseph H Davis / 要旨: Ribosome assembly is orchestrated by many assembly factors, including ribosomal RNA methyltransferases, whose precise role is poorly understood. Here, we leverage the power of cryo-EM and machine ...Ribosome assembly is orchestrated by many assembly factors, including ribosomal RNA methyltransferases, whose precise role is poorly understood. Here, we leverage the power of cryo-EM and machine learning to discover that the E. coli methyltransferase KsgA performs a 'proofreading' function in the assembly of the small ribosomal subunit by recognizing and partially disassembling particles that have matured but are not competent for translation. We propose that this activity allows inactive particles an opportunity to reassemble into an active state, thereby increasing overall assembly fidelity. Detailed structural quantifications in our datasets additionally enabled the expansion of the Nomura assembly map to highlight rRNA helix and r-protein interdependencies, detailing how the binding and docking of these elements are tightly coupled. These results have wide-ranging implications for our understanding of the quality-control mechanisms governing ribosome biogenesis and showcase the power of heterogeneity analysis in cryo-EM to unveil functionally relevant information in biological systems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28720.map.gz | 14.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28720-v30.xml emd-28720.xml | 41.8 KB 41.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28720_fsc.xml | 13.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28720.png | 72.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28720.cif.gz | 8.9 KB | ||
その他 | emd_28720_additional_1.map.gz emd_28720_additional_2.map.gz emd_28720_additional_3.map.gz emd_28720_additional_4.map.gz emd_28720_half_map_1.map.gz emd_28720_half_map_2.map.gz | 190 MB 192.5 MB 194 MB 195.8 MB 168.1 MB 168.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28720 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28720 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8eytMC 8eyqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 212.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Consensus | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Multibody body 1
ファイル | emd_28720_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Multibody body 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multibody body 2
ファイル | emd_28720_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Multibody body 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multibody body 3
ファイル | emd_28720_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Multibody body 3 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multibody composite
ファイル | emd_28720_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Multibody composite | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28720_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28720_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 30S_delta_KsgA+KsgA
+超分子 #1: 30S_delta_KsgA+KsgA
+分子 #1: 16S rRNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S4
+分子 #4: 30S ribosomal protein S5
+分子 #5: 30S ribosomal protein S8
+分子 #6: 30S ribosomal protein S12
+分子 #7: 30S ribosomal protein S16
+分子 #8: 30S ribosomal protein S17
+分子 #9: 30S ribosomal protein S20
+分子 #10: 30S ribosomal protein S3
+分子 #11: 30S ribosomal protein S7
+分子 #12: 30S ribosomal protein S9
+分子 #13: 30S ribosomal protein S10
+分子 #14: 30S ribosomal protein S13
+分子 #15: 30S ribosomal protein S14
+分子 #16: 30S ribosomal protein S19
+分子 #17: 30S ribosomal protein S6
+分子 #18: 30S ribosomal protein S11
+分子 #19: 30S ribosomal protein S15
+分子 #20: 30S ribosomal protein S18
+分子 #21: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 72.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |