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- EMDB-26067: CryoEM structure of the human 40S small ribosomal subunit in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26067
タイトルCryoEM structure of the human 40S small ribosomal subunit in complex with translation initiation factors eIF1A and eIF5B.
マップデータSharpened map
試料
  • 細胞: human 40S ribosomal subunit in complex with eIF1A and eIF5Bリボソーム
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 31種
  • タンパク質・ペプチド: x 4種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of gastrulation ...protein-synthesizing GTPase / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of gastrulation / IRE1-RACK1-PP2A complex / nucleolus organization / : / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of RNA splicing / negative regulation of DNA repair / oxidized purine DNA binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / supercoiled DNA binding / neural crest cell differentiation / negative regulation of phagocytosis / NF-kappaB complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / 顔料 / protein kinase A binding / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / phagocytic cup / positive regulation of mitochondrial depolarization / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / fibroblast growth factor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of cell division / ヒドロキシル化 / MTOR / iron-sulfur cluster binding / BH3 domain binding / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Selenocysteine synthesis / monocyte chemotaxis / Formation of a pool of free 40S subunits / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / Eukaryotic Translation Termination / ribosomal small subunit export from nucleus / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / translation regulator activity / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / gastrulation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 小胞体 / regulation of translational fidelity / spindle assembly / MDM2/MDM4 family protein binding / Protein methylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / rescue of stalled ribosome / signaling adaptor activity / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of cell cycle / translation initiation factor binding / stress granule assembly / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / Mitotic Prometaphase / positive regulation of apoptotic signaling pathway / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / positive regulation of JUN kinase activity / Maturation of protein E / positive regulation of microtubule polymerization
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / : / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site ...Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / : / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S7e / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S27 / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6e signature. / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ribosomal protein S3, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S19 / Ubiquitin family / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S10 / Eukaryotic translation initiation factor 5B / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 ...40S ribosomal protein S10 / Eukaryotic translation initiation factor 5B / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Lapointe CP / Grosely R / Sokabe M / Alvarado C / Wang J / Montabana E / Villa N / Shin B / Dever T / Fraser C ...Lapointe CP / Grosely R / Sokabe M / Alvarado C / Wang J / Montabana E / Villa N / Shin B / Dever T / Fraser C / Fernandez IS / Puglisi JD
資金援助 米国, スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-#2321-18 米国
Knut and Alice Wallenberg Foundation(KAW2015.0406 スウェーデン
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)(GM011378 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: eIF5B and eIF1A reorient initiator tRNA to allow ribosomal subunit joining.
著者: Christopher P Lapointe / Rosslyn Grosely / Masaaki Sokabe / Carlos Alvarado / Jinfan Wang / Elizabeth Montabana / Nancy Villa / Byung-Sik Shin / Thomas E Dever / Christopher S Fraser / Israel ...著者: Christopher P Lapointe / Rosslyn Grosely / Masaaki Sokabe / Carlos Alvarado / Jinfan Wang / Elizabeth Montabana / Nancy Villa / Byung-Sik Shin / Thomas E Dever / Christopher S Fraser / Israel S Fernández / Joseph D Puglisi /
要旨: Translation initiation defines the identity and quantity of a synthesized protein. The process is dysregulated in many human diseases. A key commitment step is when the ribosomal subunits join at a ...Translation initiation defines the identity and quantity of a synthesized protein. The process is dysregulated in many human diseases. A key commitment step is when the ribosomal subunits join at a translation start site on a messenger RNA to form a functional ribosome. Here, we combined single-molecule spectroscopy and structural methods using an in vitro reconstituted system to examine how the human ribosomal subunits join. Single-molecule fluorescence revealed when the universally conserved eukaryotic initiation factors eIF1A and eIF5B associate with and depart from initiation complexes. Guided by single-molecule dynamics, we visualized initiation complexes that contained both eIF1A and eIF5B using single-particle cryo-electron microscopy. The resulting structure revealed how eukaryote-specific contacts between the two proteins remodel the initiation complex to orient the initiator aminoacyl-tRNA in a conformation compatible with ribosomal subunit joining. Collectively, our findings provide a quantitative and architectural framework for the molecular choreography orchestrated by eIF1A and eIF5B during translation initiation in humans.
履歴
登録2022年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月27日-
マップ公開2022年4月27日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26067.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26067.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.031308204 - 2.5343385
平均 (標準偏差)0.0004691698 (±0.022956336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 628.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26067_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_26067_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_26067_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_26067_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human 40S ribosomal subunit in complex with eIF1A and eIF5B

全体名称: human 40S ribosomal subunit in complex with eIF1A and eIF5Bリボソーム
要素
  • 細胞: human 40S ribosomal subunit in complex with eIF1A and eIF5Bリボソーム
    • RNA: 18S ribosomal RNA
    • RNA: Human Met-tRNAiMet
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF1A
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4, X isoformリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS12
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS17
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15a
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of 40S ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS25
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS28
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS30
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eL41
    • タンパク質・ペプチド: Receptor of activated protein C kinase 1
  • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 5B
  • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
  • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS14
  • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27a
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: human 40S ribosomal subunit in complex with eIF1A and eIF5B

超分子名称: human 40S ribosomal subunit in complex with eIF1A and eIF5B
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#30, #32-#33, #36-#37
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Eukaryotic translation initiation factor 5B

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-synthesizing GTPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.868062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EERAYDKAKR RIEKRRLEHS KNVTEKDKLR APIICVLGHV DTGKTKILDK LRHTHVQDGE AGGITQQIGA TNVPLEAINE QTKMIKNFD RENVRIPGML IIDTPGHESF SNLRNRGSSL CDIAILVVDI MHGLEPQTIE SINLLKSKKC PFIVALNKID R LYDWKKSP ...文字列:
EERAYDKAKR RIEKRRLEHS KNVTEKDKLR APIICVLGHV DTGKTKILDK LRHTHVQDGE AGGITQQIGA TNVPLEAINE QTKMIKNFD RENVRIPGML IIDTPGHESF SNLRNRGSSL CDIAILVVDI MHGLEPQTIE SINLLKSKKC PFIVALNKID R LYDWKKSP DSDVAATLKK QKKNTKDEFE ERAKAIIVEF AQQGLNAALF YENKDPRTFV SLVPTSAHTG DGMGSLIYLL VE LTQTMLS KRLAHCEELR AQVMEVKALP GMGTTIDVIL INGRLKEGDT IIVPGVEGPI VTQIRGLLTP PPMKELRVKN QYE KHKEVE AAQGVKILGK DLEKTLAGLP LLVAYKEDEI PVLKDELIHE LKQTLNAIKL EEKGVYVQAS TLGSLEALLE FLKT SEVPY AGINIGPVHK KDVMKASVML EHDPQYAVIL AFDVRIERDA QEMADSLGVR IFSAEIIYHL FDAFTKYRQD YKKQK QEEF KHIAVFPCKI KILPQYIFNS RDPIVMGVTV EAGQVKQGTP MCVPSKNFVD IGIVTSIEIN HKQVDVAKKG QEVCVK IEP IPGESPKMFG RHFEATDILV SKISRQSIDA LKDWFRDEMQ KSDWQLIVEL KKVFEI

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分子 #4: Translation initiation factor eIF1A

分子名称: Translation initiation factor eIF1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.384011 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RELVFKEDGQ EYAQVIKMLG NGRLEAMCFD GVKRLCHIRG KLRKKVWINT SDIILVGLRD YQDNKADVIL KYNADEARSL KAYGELPEH A

+
分子 #5: ribosomal protein uS2

分子名称: ribosomal protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.84359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SGALDVLQMK EEDVLKFLAA GTHLGGTNLD FQMEQYIYKR KSDGIYIINL KRTWEKLLLA ARAIVAIENP ADVSVISSRN TGQRAVLKF AAATGATPIA GRFTPGTFTN QIQAAFREPR LLVVTDPRAD HQPLTEASYV NLPTIALCNT DSPLRYVDIA I PCNNKGAH ...文字列:
SGALDVLQMK EEDVLKFLAA GTHLGGTNLD FQMEQYIYKR KSDGIYIINL KRTWEKLLLA ARAIVAIENP ADVSVISSRN TGQRAVLKF AAATGATPIA GRFTPGTFTN QIQAAFREPR LLVVTDPRAD HQPLTEASYV NLPTIALCNT DSPLRYVDIA I PCNNKGAH SVGLMWWMLA REVLRMRGTI SREHPWEVMP DLYFYRDPVV DPFSKKDWYD VKAPAMFNIR NIGKTLVTRT QG TKIASDG LKGRVFEVSL ADLQNDEVAF RKFKLITEDV QGKNCLTNFH GMDLTRDKMC SMVKKWQTMI EAHVDVKTTD GYL LRLFCV GFTKKRNNQI RKTSYAQHQQ VRQIRKKMME IMTREVQTND LKEVVNKLIP DSIGKDIEKA CQSIYPLHDV FVRK VKMLK KPKFELGKLM ELHG

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S2

分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.091453 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EWMPVTKLGR LVKDMKIKSL EEIYLFSLPI KESEIIDFFL GASLKDEVLK IMPVQKQTRA GQRTRFKAFV AIGDYNGHVG LGVKCSKEV ATAIRGAIIL AKLSIVPVRR GYWGNKIGKP HTVPCKVTGR CGSVLVRLIP APRGTGIVSA PVPKKLLMMA G IDDCYTSA ...文字列:
EWMPVTKLGR LVKDMKIKSL EEIYLFSLPI KESEIIDFFL GASLKDEVLK IMPVQKQTRA GQRTRFKAFV AIGDYNGHVG LGVKCSKEV ATAIRGAIIL AKLSIVPVRR GYWGNKIGKP HTVPCKVTGR CGSVLVRLIP APRGTGIVSA PVPKKLLMMA G IDDCYTSA RGCTATLGNF AKATFDAISK TYSYLTPDLW KETVFTKSPY QEFTDHLVKT

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分子 #7: 40S ribosomal protein S4, X isoform

分子名称: 40S ribosomal protein S4, X isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.164336 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ARGPKKHLKR VAAPKHWMLD KLTGVFAPRP STGPHKLREC LPLIIFLRNR LKYALTGDEV KKICMQRFIK IDGKVRTDIT YPAGFMDVI SIDKTGENFR LIYDTKGRFA VHRITPEEAK YKLCKVRKIF VGTKGIPHLV THDARTIRYP DPLIKVNDTI Q IDLETGKI ...文字列:
ARGPKKHLKR VAAPKHWMLD KLTGVFAPRP STGPHKLREC LPLIIFLRNR LKYALTGDEV KKICMQRFIK IDGKVRTDIT YPAGFMDVI SIDKTGENFR LIYDTKGRFA VHRITPEEAK YKLCKVRKIF VGTKGIPHLV THDARTIRYP DPLIKVNDTI Q IDLETGKI TDFIKFDTGN LCMVTGGANL GRIGVITNRE RHPGSFDVVH VKDANGNSFA TRLSNIFVIG KGNKPWISLP RG KGIRLTI AEERDKRLAA K

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分子 #8: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.970289 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VQISKKRKFV ADGIFKAELN EFLTRELAED GYSGVEVRVT PTRTEIIILA TRTQNVLGEK GRRIRELTAV VQKRFGFPEG SVELYAEKV ATRGLCAIAQ AESLRYKLLG GLAVRRACYG VLRFIMESGA KGCEVVVSGK LRGQRAKSMK FVDGLMIHSG D PVNYYVDT ...文字列:
VQISKKRKFV ADGIFKAELN EFLTRELAED GYSGVEVRVT PTRTEIIILA TRTQNVLGEK GRRIRELTAV VQKRFGFPEG SVELYAEKV ATRGLCAIAQ AESLRYKLLG GLAVRRACYG VLRFIMESGA KGCEVVVSGK LRGQRAKSMK FVDGLMIHSG D PVNYYVDT AVRHVLLRQG VLGIKVKIML PWDPTGKIGP KKPLPDHVSI VEPKDEILPT TPISEQK

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分子 #9: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.157934 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQE

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分子 #10: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.187762 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
IVKPNGEKPD EFESGISQAL LELEMNSDLK AQLRELNITA AKEIEVGGGR KAIIIFVPVP QLKSFQKIQV RLVRELEKKF SGKHVVFIA QRRILPKPTR KSRTKNKQKR PRSRTLTAVH DAILEDLVFP SEIVGKRIRV KLDGSRLIKV HLDKAQQNNV E HKVETFSG VYKKLTGKDV NFEFPEF

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.945959 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GISRDNWHKR RKTGGKRKPY HKKRKYELGR PAANTKIGPR RIHTVRVRGG NKKYRALRLD VGNFSWGSEC CTRKTRIIDV VYNASNNEL VRTKTLVKNC IVLIDSTPYR QWYESHYALP LGRKKGAKLT PEEEEILNKK RSKKIQKKYD ERKKNAKISS L LEEQFQQG ...文字列:
GISRDNWHKR RKTGGKRKPY HKKRKYELGR PAANTKIGPR RIHTVRVRGG NKKYRALRLD VGNFSWGSEC CTRKTRIIDV VYNASNNEL VRTKTLVKNC IVLIDSTPYR QWYESHYALP LGRKKGAKLT PEEEEILNKK RSKKIQKKYD ERKKNAKISS L LEEQFQQG KLLACIASRP GQCGRADGYV LEGKELEFYL RKIKARK

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分子 #12: 40S ribosomal protein S9

分子名称: 40S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.279271 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PVARSWVCRK TYVTPRRPFE KSRLDQELKL IGEYGLRNKR EVWRVKFTLA KIRKAARELL TLDEKDPRRL FEGNALLRRL VRIGVLDEG KMKLDYILGL KIEDFLERRL QTQVFKLGLA KSIHHARVLI RQRHIRVRKQ VVNIPSFIVR LDSQKHIDFS L RSPYGGGR PGRVKRKNAK KG

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S5

分子名称: 40S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.327723 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIKLFGKWST DDVQINDISL QDYIAVKEKY AKYLPHSAGR YAAKRFRKAQ CPIVERLTNS MMMHGRNNGK KLMTVRIVKH AFEIIHLLT GENPLQVLVN AIINSGPRED STRIGRAGTV RRQAVDVSPL RRVNQAIWLL CTGAREAAFR NIKTIAECLA D ELINAAKG ...文字列:
DIKLFGKWST DDVQINDISL QDYIAVKEKY AKYLPHSAGR YAAKRFRKAQ CPIVERLTNS MMMHGRNNGK KLMTVRIVKH AFEIIHLLT GENPLQVLVN AIINSGPRED STRIGRAGTV RRQAVDVSPL RRVNQAIWLL CTGAREAAFR NIKTIAECLA D ELINAAKG SSNSYAIKKK DELERVAKSN R

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S11

分子名称: 40S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.170248 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ADIQTERAYQ KQPTIFQNKK RVLLGETGKE KLPRYYKNIG LGFKTPKEAI EGTYIDKKCP FTGNVSIRGR ILSGVVTKMK MQRTIVIRR DYLHYIRKYN RFEKRHKNMS VHLSPCFRDV QIGDIVTVGE CRPLSKTVRF NVLKVTKA

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S10

分子名称: 40S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.61676 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRS

+
分子 #16: ribosomal protein uS15

分子名称: ribosomal protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.340327 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GRMHAPGKGL SQSALPYRRS VPTWLKLTSD DVKEQIYKLA KKGLTPSQIG VILRDSHGVA QVRFVTGNKI LRILKSKGLA PDLPEDLYH LIKKAVAVRK HLERNRKDKD AKFRLILIES RIHRLARYYK TKRVLPPNWK YE

+
分子 #17: ribosomal protein eS12

分子名称: ribosomal protein eS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.347567 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GVMDVNTALQ EVLKTALIHD GLARGIREAA KALDKRQAHL CVLASNCDEP MYVKLVEALC AEHQINLIKV DDNKKLGEWV GLCKIDREG KPRKVVGCSC VVVKDYGKES QAKDVIEEYF K

+
分子 #18: ribosomal protein uS11

分子名称: ribosomal protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.344424 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GPQVAEGENV FGVCHIFASF NDTFVHVTDL SGKETICRVT GGMKVKADRD ESSPYAAMLA AQDVAQRCKE LGITALHIKL RATGGNRTK TPGPGAQSAL RALARSGMKI GRIEDVTPIP SDSTRRKGGR RGRRL

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S15

分子名称: 40S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.586022 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
FTYRGVDLDQ LLDMSYEQLM QLYSARQRRR LNRGLRRKQH SLLKRLRKAK KEAPPMEKPE VVKTHLRDMI ILPEMVGSMV GVYNGKTFN QVEIKPEMIG HYLGEFSITY KPVKHG

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S16

分子名称: 40S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.76548 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSVQVFGRKK TATAVAHCKR GNGLIKVNGR PLEMIEPRTL QYKLLEPVLL LGKERFAGVD IRVRVKGGGH VAQIYAIRQS ISKALVAYY QKYVDEASKK EIKDILIQYD RTLLVADPRR CESKKFGGPG ARARYQKSYR

+
分子 #21: ribosomal protein eS17

分子名称: ribosomal protein eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.250714 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GRVRTKTVKK AARVIIEKYY TRLGNDFHTN KRVCEEIAII PSKKLRNKIA GYVTHLMKRI QRGPVRGISI KLQEEERERR DNYVPEVSA LDQEIIEVDP DTKEMLKLLD FGSLSNLQVT QPTVGMNFKT PRG

+
分子 #22: ribosomal protein uS13

分子名称: ribosomal protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.496223 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LVIPEKFQHI LRVLNTNIDG RRKIAFAITA IKGVGRRYAH VVLRKADIDL TKRAGELTED EVERVITIMQ NPRQYKIPDW FLNRQKDVK DGKYSQVLAN GLDNKLREDL ERLKKIRAHR GLRHFWGLRV RGQHTKTTGR R

+
分子 #23: 40S ribosomal protein S19

分子名称: 40S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.409689 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VTVKDVNQQE FVRALAAFLK KSGKLKVPEW VDTVKLAKHK ELAPYDENWF YTRAASTARH LYLRGGAGVG SMTKIYGGRQ RNGVMPSHF SRGSKSVARR VLQALEGLKM VEKDQDGGRK LTPQGQRDLD RIAGQVAAAN

+
分子 #24: ribosomal protein uS10

分子名称: ribosomal protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.508648 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
IHRIRITLTS RNVKSLEKVC ADLIRGAKEK NLKVKGPVRM PTKTLRITTR KTPCGEGSKT WDRFQMRIHK RLIDLHSPSE IVKQITSIS IEPGVEVEVT IA

+
分子 #25: 40S ribosomal protein S15a

分子名称: 40S ribosomal protein S15a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.734357 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VRMNVLADAL KSINNAEKRG KRQVLIRPCS KVIVRFLTVM MKHGYIGEFE IIDDHRAGKI VVNLTGRLNK CGVISPRFDV QLKDLEKWQ NNLLPSRQFG FIVLTTSAGI MDHEEARRKH TGGKILGFFF

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S23

分子名称: 40S ribosomal protein S23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.626392 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GKCRGLRTAR KLRSHRRDQK WHDKQYKKAH LGTALKANPF GGASHAKGIV LEKVGVEAKQ PNSAIRKCVR VQLIKNGKKI TAFVPNDGC LNFIEENDEV LVAGFGRKGH AVGDIPGVRF KVVKVANVSL LALYKGKKER PR

+
分子 #27: Isoform 3 of 40S ribosomal protein S24

分子名称: Isoform 3 of 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.361046 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
TVTIRTRKFM TNRLLQRKQM VIDVLHPGKA TVPKTEIREK LAKMYKTTPD VIFVFGFRTH FGGGKTTGFG MIYDSLDYAK KNEPKHRLA RHGLYEKKKT SRKQRKERKN RMKKVRGTAK ANVG

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.977214 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MQNDAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIQMNVAEVD KVTGRFNGQF KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKADGIVS KN

+
分子 #29: ribosomal protein eS25

分子名称: ribosomal protein eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.182693 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DKLNNLVLFD KATYDKLCKE VPNYKLITPA VVSERLKIRG SLARAALQEL LSKGLIKLVS KHRAQVIYTR NT

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.210843 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PLAKDLLHPS PEEEKRKHKK KRLVQSPNSY FMDVKCPGCY KITTVFSHAQ TVVLCVGCST VLCQPTGGKA RLTEGCSFRR KQ

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.341426 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
TKKRRNNGRA KKGRGHVQPI RCTNCARCVP KDKAIKKFVI RNIVEAAAVR DISEASVFDA YVLPKLYVKL HYCVSCAIHS KVVRNRSRE ARKDRTPPPR

+
分子 #32: ribosomal protein eS28

分子名称: ribosomal protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.451396 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PIKLARVTKV LGRTGSQGQC TQVRVEFMDD TSRSIIRNVK GPVREGDVLT LLESEREA

+
分子 #33: ribosomal protein eS30

分子名称: ribosomal protein eS30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.640648 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AAAAAARAGK VRGQTPKVAK QEKKKKKTGR AKRRMQYNRR FVNVKGPNAN S

+
分子 #34: ribosomal protein uS14

分子名称: ribosomal protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.502573 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
HQQLYWSHPR KFGQGSRSCR VCSNRHGLIR KYGLNMCRQC FRQYAKDIGF IKLD

+
分子 #35: 40S ribosomal protein S27a

分子名称: 40S ribosomal protein S27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.623009 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
YTTPKKNKHK RKKVKLAVLK YYKVDENGKI SRLRRECPSD ECGAGVFMAS HFDRHYCGKC CLTYC

+
分子 #36: ribosomal protein eL41

分子名称: ribosomal protein eL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.683481 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MRAKWRKKRM RRLKRKRRK

+
分子 #37: Receptor of activated protein C kinase 1

分子名称: Receptor of activated protein C kinase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.726164 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TEQMTLRGTL KGHNGWVTQI ATTPQFPDMI LSASRDKTII MWKLTRDETN YGIPQRALRG HSHFVSDVVI SSDGQFALSG SWDGTLRLW DLTTGTTTRR FVGHTKDVLS VAFSSDNRQI VSGSRDKTIK LWNTLGVCKY TVQDESHSEW VSCVRFSPNS S NPIIVSCG ...文字列:
TEQMTLRGTL KGHNGWVTQI ATTPQFPDMI LSASRDKTII MWKLTRDETN YGIPQRALRG HSHFVSDVVI SSDGQFALSG SWDGTLRLW DLTTGTTTRR FVGHTKDVLS VAFSSDNRQI VSGSRDKTIK LWNTLGVCKY TVQDESHSEW VSCVRFSPNS S NPIIVSCG WDKLVKVWNL ANCKLKTNHI GHTGYLNTVT VSPDGSLCAS GGKDGQAMLW DLNEGKHLYT LDGGDIINAL CF SPNRYWL CAATGPSIKI WDLEGKIIVD ELKQEVISTS SKAEPPQCTS LAWSADGQTL FAGYTDNLVR VWQVTIG

+
分子 #2: 18S ribosomal RNA

分子名称: 18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 534.54475 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GUACUUGGAU AACUGUGGUA AUUCUAGAGC U AAUACAUG ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GUACUUGGAU AACUGUGGUA AUUCUAGAGC U AAUACAUG CCGACGGGCG CUGACCCCCU UCGCGGGGGG GAUGCGUGCA UUUAUCAGUG GUGACUCUAG AUAACCUCGG GC CGAUCGC ACGCCGGCGG CGACGACCCA UUCGAACGUC UGCCCUAUCA ACUUUCGAUG GUAGUCGCCG UGCCUACCAU GGU GACCAC GGGUGACGGG GAAUCAGGGU UCGAUUCCGG AGAGGGAGCC UGAGAAACGG CUACCACAUC CAAGGAAGGC AGCA GGCGC GCAAAUUACC CACUCCCGAC CCGGGGAGGU AGUGACGAAA AAUAACAAUA CAGGACUCUU UCGAGGCCCU GUAAU UGGA AUGAGUCCAC UUUAAAUCCU UUAACGAGGA UCCAUUGGAG GGCAAGUCUG GUGCCAGCAG CCGCGGUAAU UCCAGC UCC AAUAGCGUAU AUUAAAGUUG CUGCAGUUAA AAAGCUCGUA GUUGGAUCUC UAGCGUUUAC UUUGAAAAAA UUAGAGU GU UCAAAGCAGG CCGCCUGGAU ACCGCAGCUA GGAAUAAUGG AAUAGGACCG CGGUUCUAUU UUGUUGGUUU UCGGAACU G AGGCCAUGAU UAAGAGGGAC GGCCGGGGGC AUUCGUAUUG CGCCGCUAGA GGUGAAAUUC UUGGACCGGC GCAAGACGG ACCAGAGCGA AAGCAUUUGC CAAGAAUGUU UUCAUUAAUC AAGAACGAAA GUCGGAGGUU CGAAGACGAU CAGAUACCGU CGUAGUUCC GACCAUAAAC GAUGCCGACC GGCGAUGCGG CGGCGUUAUU CCCAUGACCC GCCGGGCAGC UUCCGGGAAA C CAAAGUCU UUGGGUUCCG GGGGGAGUAU GGUUGCAAAG CUGAAACUUA AAGGAAUUGA CGGAAGGGCA CCACCAGGAG UG GAGCCUG CGGCUUAAUU UGACUCAACA CGGGAAACCU CACCCGGCCC GGACACGGAC AGGAUUGACA GAUUGAUAGC UCU UUCUCG AUUCCGUGGG UGGUGGUGCA UGGCCGUUCU UAGUUGGUGG AGCGAUUUGU CUGGUUAAUU CCGAUAACGA ACGA GACUC UGGCAUGCUA ACUAGUUACG CGACCGGUCG GCGUAACUUC UUAGAGGGAC AAGUGGCGUU CAGCCACCCG AGAUU GAGC AAUAACAGGU CUGUGAUGCC CUUAGAUGUC CGGGGCUGCA CGCGCGCUAC ACUGACUGGC UCAGCGUGUC CUACGC CGG CAGGCGCGGG UAACCCGUUG AACCCCAUUC GUGAUGGGGA UCGGGGAUUG CAAUUAUUCC CCAUGAACGA GGAAUUC CC AGUAAGUGCG GGUCAUAAGC UUGCGUUGAU UAAGUCCCUG CCCUUUGUAC ACACCGCCCG UCGCUACUAC CGAUUGGA U GGUUUAGUGA GGCCCUCGGA UCGGCCCCGC CGGGGUGCCC UGGCGGAGCG CUGAGAAGAC GGUCGAACUU GACUAUCUA GAGGAAGUAA AAGUCGUAAC AAGGUUUCCG UAGGUGAACC UGCGGAAGGA UCAUUA

+
分子 #3: Human Met-tRNAiMet

分子名称: Human Met-tRNAiMet / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.23151 KDa
配列文字列:
AGCAGAGUGG CGCAGCGGAA GCGUGCUGGG CCCAUAACCC AGAGGUCGAU GGAUCGAAAC CAUCCUCUGC UACCA

+
分子 #38: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM / 5'-Guanylyl imidodiphosphate

+
分子 #39: GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: 5GP
分子量理論値: 363.221 Da
Chemical component information

ChemComp-5GP:
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸

+
分子 #40: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 190000

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万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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