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- EMDB-25217: Slice of a cryo-electron tomogram of PhiPA3-infected Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25217
タイトルSlice of a cryo-electron tomogram of PhiPA3-infected Pseudomonas aeruginosa cell at 70 mpi (Cell 3)
マップデータSlice of a cryo-electron tomogram of PhiPA3-infected Pseudomonas aeruginosa cell at 70 mpi (Cell 3)
試料
  • 細胞: Pseudomonas aeruginosa infected with bacteriophage PhiPA3 at 75 mpi
キーワードBacteriophage (ファージ) / Phage Bouquet / Jumbo phage infection / VIRUS (ウイルス)
生物種Pseudomonas aeruginosa PA1 (緑膿菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Khanna K / Villa E
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104556 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM129245 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI 1920374 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Subcellular organization of viral particles during maturation of nucleus-forming jumbo phage.
著者: Vorrapon Chaikeeratisak / Kanika Khanna / Katrina T Nguyen / MacKennon E Egan / Eray Enustun / Emily Armbruster / Jina Lee / Kit Pogliano / Elizabeth Villa / Joe Pogliano /
要旨: Many eukaryotic viruses assemble mature particles within distinct subcellular compartments, but bacteriophages are generally assumed to assemble randomly throughout the host cell cytoplasm. Here, we ...Many eukaryotic viruses assemble mature particles within distinct subcellular compartments, but bacteriophages are generally assumed to assemble randomly throughout the host cell cytoplasm. Here, we show that viral particles of nucleus-forming jumbo phage PhiPA3 assemble into a unique structure inside cells we term phage bouquets. We show that after capsids complete DNA packaging at the surface of the phage nucleus, tails assemble and attach to capsids, and these particles accumulate over time in a spherical pattern, with tails oriented inward and the heads outward to form bouquets at specific subcellular locations. Bouquets localize at the same fixed distance from the phage nucleus even when it is mispositioned, suggesting an active mechanism for positioning. These results mark the discovery of a pathway for organizing mature viral particles inside bacteria and demonstrate that nucleus-forming jumbo phages, like most eukaryotic viruses, are highly spatially organized during all stages of their lytic cycle.
履歴
登録2021年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25217.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25217.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 531.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Slice of a cryo-electron tomogram of PhiPA3-infected Pseudomonas aeruginosa cell at 70 mpi (Cell 3)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 22.46 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)32.027630000000002 (±8.504201)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00176
サイズ12801236352
Spacing12361280352
セルA: 27760.559 Å / B: 28748.799 Å / C: 7905.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas aeruginosa infected with bacteriophage PhiPA3 at 75 mpi

全体名称: Pseudomonas aeruginosa infected with bacteriophage PhiPA3 at 75 mpi
要素
  • 細胞: Pseudomonas aeruginosa infected with bacteriophage PhiPA3 at 75 mpi

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超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa infected with bacteriophage PhiPA3 at 75 mpi

超分子名称: Pseudomonas aeruginosa infected with bacteriophage PhiPA3 at 75 mpi
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PA1 (緑膿菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 1800 / 集束イオンビーム - 温度: 93 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 2000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FEI Scios. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 60

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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