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万見
- EMDB-2480: Tomogram of Injectisome (wild type) from Salmonella typhiumurium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2480
タイトルTomogram of Injectisome (wild type) from Salmonella typhiumurium (substrate trapped) in situ
マップデータTomogram of substrate trapped type-3 secretion systems from Salmonella typhimurium
試料
  • 試料: Type-3 secretion system from Salmonella typhimurium in situ (substrate trapped): Visualization of unfolded protein transport across membranes
  • 細胞器官・細胞要素: type 3 secretion systemType three secretion system
キーワードInjectisome / Pathogenic Type-3 Secretion System / Protein delivery machine / Salmonella typhimurium / cryo electron tomography
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Radics J / Konigsmaier L / Marlovits TC
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2014
タイトル: Structure of a pathogenic type 3 secretion system in action.
著者: Julia Radics / Lisa Königsmaier / Thomas C Marlovits /
要旨: Type 3 secretion systems use 3.5-megadalton syringe-like, membrane-embedded 'injectisomes', each containing an ~800-Å-long needle complex to connect intracellular compartments of infectious bacteria ...Type 3 secretion systems use 3.5-megadalton syringe-like, membrane-embedded 'injectisomes', each containing an ~800-Å-long needle complex to connect intracellular compartments of infectious bacteria and hosts. Here we identify requirements for substrate association with, transport through and exit from the injectisome of Salmonella enterica serovar Typhimurium. This guided the design of substrates that become trapped within the secretion path and enabled visualization of injectisomes in action in situ. We used cryo-EM to define the secretion path, providing a structural explanation as to why effector proteins must be unfolded during transport. Furthermore, trapping of a heterologous substrate in the needle prevents secretion of natural bacterial effectors. Together, the data reveal the path of protein secretion across multiple membranes and show that mechanisms rejecting unacceptable substrates can be undermined, and transport of bacterial effectors across an already assembled type 3 secretion system can be inhibited.
履歴
登録2013年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年11月13日-
マップ公開2013年12月11日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2480.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomogram of substrate trapped type-3 secretion systems from Salmonella typhimurium
ボクセルのサイズX=Y=Z: 19.88 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-64.995986939999995 (±3.70534849)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1-30247
サイズ768722101
Spacing768722101
セルA: 14353.359 Å / B: 15267.84 Å / C: 2007.8799 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z19.87999861495819.8819.88
M x/y/z722768101
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z14353.35915267.8402007.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-302-147
NC/NR/NS722768101
D min/max/mean-128.000127.000-64.996

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type-3 secretion system from Salmonella typhimurium in situ (subs...

全体名称: Type-3 secretion system from Salmonella typhimurium in situ (substrate trapped): Visualization of unfolded protein transport across membranes
要素
  • 試料: Type-3 secretion system from Salmonella typhimurium in situ (substrate trapped): Visualization of unfolded protein transport across membranes
  • 細胞器官・細胞要素: type 3 secretion systemType three secretion system

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超分子 #1000: Type-3 secretion system from Salmonella typhimurium in situ (subs...

超分子名称: Type-3 secretion system from Salmonella typhimurium in situ (substrate trapped): Visualization of unfolded protein transport across membranes
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 1
分子量理論値: 3.5 MDa

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超分子 #1: type 3 secretion system

超分子名称: type 3 secretion system / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: injectisome / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: SB905 / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 3.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris, 5 mM EDTA
グリッド詳細: 400 mesh Mo-Grid Quantifoil R2/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 65 % / チャンバー内温度: 91 K / 装置: LEICA EM GP
手法: 1. grids glowdischarged (300sec/20mAmp) 2. sample 5ul applied for 5sec (cell settling) 3. blotting for 2sec/distance 189

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 30120 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm / 倍率（公称値）: 23000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °
温度最低: 83 K / 最高: 108 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at appr 200.000 magnification
日付2012年3月2日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 60 / 平均電子線量: 100 e/Å2 / 詳細: Image acquisition using SerialEM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 60
詳細IMOD (weighted back-projection)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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