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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24709 | |||||||||
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タイトル | Composite Map BORF2-APOBEC3Bctd Complex | |||||||||
マップデータ | Composite Map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / release from viral latency / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate ...mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / release from viral latency / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / retrotransposon silencing / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / : / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / P-body / outer membrane-bounded periplasmic space / defense response to virus / DNA複製 / ペリプラズム / 自然免疫系 / DNA damage response / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Shaban NM / Yan R / Shi K / McLellan JS / Yu Z / Harris RS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the EBV ribonucleotide reductase BORF2 and mechanism of APOBEC3B inhibition. 著者: Nadine M Shaban / Rui Yan / Ke Shi / Sofia N Moraes / Adam Z Cheng / Michael A Carpenter / Jason S McLellan / Zhiheng Yu / Reuben S Harris / 要旨: Viruses use a plethora of mechanisms to evade immune responses. A recent example is neutralization of the nuclear DNA cytosine deaminase APOBEC3B by the Epstein-Barr virus (EBV) ribonucleotide ...Viruses use a plethora of mechanisms to evade immune responses. A recent example is neutralization of the nuclear DNA cytosine deaminase APOBEC3B by the Epstein-Barr virus (EBV) ribonucleotide reductase subunit BORF2. Cryo-EM studies of APOBEC3B-BORF2 complexes reveal a large >1000-Å binding surface composed of multiple structural elements from each protein, which effectively blocks the APOBEC3B active site from accessing single-stranded DNA substrates. Evolutionary optimization is suggested by unique insertions in BORF2 absent from other ribonucleotide reductases and preferential binding to APOBEC3B relative to the highly related APOBEC3A and APOBEC3G enzymes. A molecular understanding of this pathogen-host interaction has potential to inform the development of drugs that block the interaction and liberate the natural antiviral activity of APOBEC3B. In addition, given a role for APOBEC3B in cancer mutagenesis, it may also be possible for information from the interaction to be used to develop DNA deaminase inhibitors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24709.map.gz | 85.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24709-v30.xml emd-24709.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24709.png | 84 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24709 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24709 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rw6MC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24709.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite Map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.844 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : BORFf2/APOBEC3Bctd
全体 | 名称: BORFf2/APOBEC3Bctd |
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要素 |
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-超分子 #1: BORFf2/APOBEC3Bctd
超分子 | 名称: BORFf2/APOBEC3Bctd / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: MBP-BORF2 (large subunit of EBV ribonucleotide reductase with n-t...
超分子 | 名称: MBP-BORF2 (large subunit of EBV ribonucleotide reductase with n-terminal MBP tag) タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: APOBEC3Bctd-mychis (human APOBEC3B protein with c-terminal mychis tag)
超分子 | 名称: APOBEC3Bctd-mychis (human APOBEC3B protein with c-terminal mychis tag) タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Ribonucleoside-d...
分子 | 名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ |
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由来(天然) | 生物種: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 133.408031 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFWAHDRFGG YAQSGLLAEI TPAAAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW P LIAADGGY ...文字列: MKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFWAHDRFGG YAQSGLLAEI TPAAAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW P LIAADGGY AFKYAAGKYD IKDVGVDNAG AKAGLTFLVD LIKNKHMNAD TDYSIAEAAF NKGETAMTIN GPWAWSNIDT SA VNYGVTV LPTFKGQPSK PFVGVLSAGI NAASPNKELA KEFLENYLLT DEGLEAVNKD KPLGAVALKS YEEELAKDPR IAA TMENAQ KGEIMPNIPQ MSAFWYAVRT AVINAASGRQ TVDAALAAAQ TNAAAMATTS HVEHELLSKL IDELKVKANS DPEA DVLAG RLLHRLKAES VTHTVAEYLE VFSDKFYDEE FFQMHRDELE TRVSAFAQSP AYERIVSSGY LSALRYYDTY LYVGR SGKQ ESVQHFYMRL AGFCASTTCL YAGLRAALQR ARPEIESDME VFDYYFEHLT SQTVCCSTPF MRFAGVENST LASCIL TTP DLSSEWDVTQ ALYRHLGRYL FQRAGVGVGV TGAGQDGKHI SLLMRMINSH VEYHNYGCKR PVSVAAYMEP WHSQIFK FL ETKLPENHER CPGIFTGLFV PELFFKLFRD TPWSDWYLFD PKDAGDLERL YGEEFEREYY RLVTAGKFCG RVSIKSLM F SIVNCAVKAG SPFILLKEAC NAHFWRDLQG EAMNAANLCA EVLQPSRKSV ATCNLANICL PRCLVNAPLA VRAQRADTQ GDELLLALPR LSVTLPGEGA VGDGFSLARL RDATQCATFV VACSILQGSP TYDSRDMASM GLGVQGLADV FADLGWQYTD PPSRSLNKE IFEHMYFTAL CTSSLIGLHT RKIFPGFKQS KYAGGWFHWH DWAGTDLSIP REIWSRLSER IVRDGLFNSQ F IALMPTSG CAQVTGCSDA FYPFYANAST KVTNKEEALR PNRSFWRHVR LDDREALNLV GGRVSCLPEA LRQRYLRFQT AF DYNQEDL IQMSRDRAPF VDQSQSHSLF LREEDAARAS TLANLLVRSY ELGLKTIMYY CRIEKAADLG VMECKASAAL SVP REEQNE RSPAEQMPPR PMEPAQVAGP VDIMSKGPGE GPGGWCVPGG LEVCYKYRQL FSEDDLLETD GFTERACESC Q |
-分子 #2: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
分子 | 名称: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 活性化誘導シチジンデアミナーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.342541 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDPDTFTFNF NNDPLVLRRR QTYLCYEVER LDNGTWVLMD QHMGFLCNEA KNLLCGFYGR HAELRFLDLV PSLQLDPAQI YRVTWFISW SPCFSWGCAG EVRAFLQENT HVRLRIFAAR IYDYDPLYKE ALQMLRDAGA QVSIMTYDEF EYCWDTFVYR Q GCPFQPWD ...文字列: MDPDTFTFNF NNDPLVLRRR QTYLCYEVER LDNGTWVLMD QHMGFLCNEA KNLLCGFYGR HAELRFLDLV PSLQLDPAQI YRVTWFISW SPCFSWGCAG EVRAFLQENT HVRLRIFAAR IYDYDPLYKE ALQMLRDAGA QVSIMTYDEF EYCWDTFVYR Q GCPFQPWD GLEEHSQALS GRLRAILQNQ GNKLGPEQKL ISEEDLNSAV DHHHHHH |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
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最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 243192 |