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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24194 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike (2P) in complex with C12C11 Fab | |||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 Spike (2P) in complex with C12C11 Fab | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Windsor IW / Bajic G / Tong P / Gautam AK / Wesemann DR / Harrison SC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: Memory B cell repertoire for recognition of evolving SARS-CoV-2 spike. 著者: Pei Tong / Avneesh Gautam / Ian W Windsor / Meghan Travers / Yuezhou Chen / Nicholas Garcia / Noah B Whiteman / Lindsay G A McKay / Nadia Storm / Lauren E Malsick / Anna N Honko / Felipe J N ...著者: Pei Tong / Avneesh Gautam / Ian W Windsor / Meghan Travers / Yuezhou Chen / Nicholas Garcia / Noah B Whiteman / Lindsay G A McKay / Nadia Storm / Lauren E Malsick / Anna N Honko / Felipe J N Lelis / Shaghayegh Habibi / Simon Jenni / Yongfei Cai / Linda J Rennick / W Paul Duprex / Kevin R McCarthy / Christy L Lavine / Teng Zuo / Junrui Lin / Adam Zuiani / Jared Feldman / Elizabeth A MacDonald / Blake M Hauser / Anthony Griffths / Michael S Seaman / Aaron G Schmidt / Bing Chen / Donna Neuberg / Goran Bajic / Stephen C Harrison / Duane R Wesemann / 要旨: Memory B cell reserves can generate protective antibodies against repeated SARS-CoV-2 infections, but with unknown reach from original infection to antigenically drifted variants. We charted memory B ...Memory B cell reserves can generate protective antibodies against repeated SARS-CoV-2 infections, but with unknown reach from original infection to antigenically drifted variants. We charted memory B cell receptor-encoded antibodies from 19 COVID-19 convalescent subjects against SARS-CoV-2 spike (S) and found seven major antibody competition groups against epitopes recurrently targeted across individuals. Inclusion of published and newly determined structures of antibody-S complexes identified corresponding epitopic regions. Group assignment correlated with cross-CoV-reactivity breadth, neutralization potency, and convergent antibody signatures. Although emerging SARS-CoV-2 variants of concern escaped binding by many members of the groups associated with the most potent neutralizing activity, some antibodies in each of those groups retained affinity-suggesting that otherwise redundant components of a primary immune response are important for durable protection from evolving pathogens. Our results furnish a global atlas of S-specific memory B cell repertoires and illustrate properties driving viral escape and conferring robustness against emerging variants. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24194.map.gz | 7.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24194-v30.xml emd-24194.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24194.png | 45.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24194 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24194 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24194_validation.pdf.gz | 295.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24194_full_validation.pdf.gz | 295.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24194_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24194_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24194 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24194 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 Spike (2P) in complex with C12C11 Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Spike (2P) in complex with C12C11 Fab
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Spike (2P) in complex with C12C11 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike (2P) in complex with C12C11 Fab
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike (2P) in complex with C12C11 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: expi293F |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 88 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.13 µm / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 54.368 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |