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万見
- EMDB-22856: Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22856
タイトルCas6-RT-Cas1--Cas2 complex
マップデータfull complex map
試料
  • 複合体: Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Cas2
    • タンパク質・ペプチド: Cas6-RT-Cas1
キーワードComplex / Hydrolase (加水分解酵素) / CRISPR Cas Protein / Reverse Transcriptase (逆転写酵素)
生物種Thiomicrospira sp. (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Hoel CM / Wang JY
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM123496 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural coordination between active sites of a CRISPR reverse transcriptase-integrase complex.
著者: Joy Y Wang / Christopher M Hoel / Basem Al-Shayeb / Jillian F Banfield / Stephen G Brohawn / Jennifer A Doudna /
要旨: CRISPR-Cas systems provide adaptive immunity in bacteria and archaea, beginning with integration of foreign sequences into the host CRISPR genomic locus and followed by transcription and maturation ...CRISPR-Cas systems provide adaptive immunity in bacteria and archaea, beginning with integration of foreign sequences into the host CRISPR genomic locus and followed by transcription and maturation of CRISPR RNAs (crRNAs). In some CRISPR systems, a reverse transcriptase (RT) fusion to the Cas1 integrase and Cas6 maturase creates a single protein that enables concerted sequence integration and crRNA production. To elucidate how the RT-integrase organizes distinct enzymatic activities, we present the cryo-EM structure of a Cas6-RT-Cas1-Cas2 CRISPR integrase complex. The structure reveals a heterohexamer in which the RT directly contacts the integrase and maturase domains, suggesting functional coordination between all three active sites. Together with biochemical experiments, our data support a model of sequential enzymatic activities that enable CRISPR sequence acquisition from RNA and DNA substrates. These findings highlight an expanded capacity of some CRISPR systems to acquire diverse sequences that direct CRISPR-mediated interference.
履歴
登録2020年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kfu
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22856.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22856.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full complex map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.187 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.058099404 - 0.09492214
平均 (標準偏差)0.00003975058 (±0.0012000621)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 474.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1871.1871.187
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z474.800474.800474.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0580.0950.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex

全体名称: Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex
要素
  • 複合体: Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Cas2
    • タンパク質・ペプチド: Cas6-RT-Cas1

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超分子 #1: Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex

超分子名称: Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thiomicrospira sp. (バクテリア)
分子量理論値: 470 KDa

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分子 #1: Cas2

分子名称: Cas2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: N-terminal residues SNA are from the expression tag. Protein sequence corresponds to GenBank NCN43132.1.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiomicrospira sp. (バクテリア)
分子量理論値: 11.583263 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SNAMKHYLIC FDVQHDKTRA KLSRLLEKYG PRVQGSVFEV SFKTPDRKRQ LEYKIHQIIK QSNTEENNIR FYNLNKDTIK HSHDINGNP IAQLPAAIVL

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分子 #2: Cas6-RT-Cas1

分子名称: Cas6-RT-Cas1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Protein sequence corresponds to GenBank NCN66177.1. / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiomicrospira sp. (バクテリア)
分子量理論値: 112.869414 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SNAMILPSFP DLTGLVVNLK FTARAEFSLN HEMAVDAFLR HSLNLGESYS HHLSIITPEN GRLFYREGDT YRFVVIAMGN QQQTNSIWH TLINHLRKLP DSAPITDKQA PLRNNIKLES LNDLFDGIPV SSKESLDAYT LQRAMEQGLA WHKAANLTEQ P LDIQWYWQ ...文字列:
SNAMILPSFP DLTGLVVNLK FTARAEFSLN HEMAVDAFLR HSLNLGESYS HHLSIITPEN GRLFYREGDT YRFVVIAMGN QQQTNSIWH TLINHLRKLP DSAPITDKQA PLRNNIKLES LNDLFDGIPV SSKESLDAYT LQRAMEQGLA WHKAANLTEQ P LDIQWYWQ STVRILHADH KQHKGEQRYC RDAVQLTPLL LLKRIYETLN NVATYFGLKT NKNTTENHQA WLKEQAQYIE IQ HPDLYWI DTPYFGKDAE KNTLGGMAGN FTLSLKPGIE PGLLAMLILT QMVGVGQRRT SGLGKYWLKH SLKHAHLILG LKP NRVTRS QTLLDCIIQP HIISQAIAEI EKKTNIDTLN ERTLSQVQSA IGQLRKHQYQ APKLQGFTIP KKDGTERLLA VSPL YDRIL QKAAAIVLTP GLDAIMSQAS YGYRKGLSRQ QVRYEIQNAY RQGYHWVYES DIEDFFDAVY RPQLINRLKS LLGND PLWE QIESWLGQDI HIKDTIIERT PNLGLPQGSP LSPLLANFIL DDFDSDLETH GFKIIRFADD FIILCKSQHE AQQAAH AVE QSLKEVKLSI NVEKTHIIQL NQGFRFLGYL FREDHAIEIA GEKSDGRTTF AAEQTPTNLP PWLANLGTKS PQPLADD DL PKKSYGQIET QGTHLVLAGD AQIITTDNQN LIVKKDDKIT HKISLEQLHA VTLIGLHTMT LPAKHRLLEH KIPVHIAD R TGRYLGAVTS FQPAQNNYKN WFIQLQMCDR EPFAHAIAQQ IVISRIHNQR QTLLKRKAHR KQLQQTLSNL KKLQYKVTA ATKRSSLNGL EGSATREYFQ QFNLFLPEWA HFSKRTRRPP KDPFNVLLSL GYTILYSHTD AILQSAGFIT WKGIYHQQSA AHAALASDI MESYRHLVER YAIYIINHGQ IKQDDFRQEK DHLGQDTIRL SAEARRRYVG GLINRFQKFS KDKTLHQHLY Q QAQQLKNA MHNQQSSQFQ VWKELK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 1, 3 second blot.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.9 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 129175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る