[日本語] English
万見
- EMDB-21587: Structure of the S. cerevisiae ER membrane complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21587
タイトルStructure of the S. cerevisiae ER membrane complex
マップデータER membrane complex小胞体
試料
  • 複合体: ER Membrane Complex小胞体
    • タンパク質・ペプチド: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 1小胞体
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 2小胞体
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 3小胞体
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 4小胞体
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 5小胞体
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 6小胞体
    • タンパク質・ペプチド: Protein SOP4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phospholipid metabolic process / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane ...EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phospholipid metabolic process / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Protein Sop4 / Suppressor of PMA 1-7 protein / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like ...Protein Sop4 / Suppressor of PMA 1-7 protein / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 3 / Protein SOP4 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Bai L / Li H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA231466 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of the ER membrane complex, a transmembrane-domain insertase.
著者: Lin Bai / Qinglong You / Xiang Feng / Amanda Kovach / Huilin Li /
要旨: The endoplasmic reticulum (ER) membrane complex (EMC) cooperates with the Sec61 translocon to co-translationally insert a transmembrane helix (TMH) of many multi-pass integral membrane proteins into ...The endoplasmic reticulum (ER) membrane complex (EMC) cooperates with the Sec61 translocon to co-translationally insert a transmembrane helix (TMH) of many multi-pass integral membrane proteins into the ER membrane, and it is also responsible for inserting the TMH of some tail-anchored proteins. How EMC accomplishes this feat has been unclear. Here we report the first, to our knowledge, cryo-electron microscopy structure of the eukaryotic EMC. We found that the Saccharomyces cerevisiae EMC contains eight subunits (Emc1-6, Emc7 and Emc10), has a large lumenal region and a smaller cytosolic region, and has a transmembrane region formed by Emc4, Emc5 and Emc6 plus the transmembrane domains of Emc1 and Emc3. We identified a five-TMH fold centred around Emc3 that resembles the prokaryotic YidC insertase and that delineates a largely hydrophilic client protein pocket. The transmembrane domain of Emc4 tilts away from the main transmembrane region of EMC and is partially mobile. Mutational studies demonstrated that the flexibility of Emc4 and the hydrophilicity of the client pocket are required for EMC function. The EMC structure reveals notable evolutionary conservation with the prokaryotic insertases, suggests that eukaryotic TMH insertion involves a similar mechanism, and provides a framework for detailed understanding of membrane insertion for numerous eukaryotic integral membrane proteins and tail-anchored proteins.
履歴
登録2020年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月3日-
マップ公開2020年6月3日-
更新2020年9月2日-
現状2020年9月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wb9
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21587.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ER membrane complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.029 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.21250558 - 0.2880854
平均 (標準偏差)0.00030880127 (±0.006475034)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 246.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0291.0291.029
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z246.960246.960246.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.2130.2880.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : ER Membrane Complex

全体名称: ER Membrane Complex小胞体
要素
  • 複合体: ER Membrane Complex小胞体
    • タンパク質・ペプチド: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 1小胞体
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 2小胞体
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 3小胞体
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 4小胞体
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 5小胞体
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 6小胞体
    • タンパク質・ペプチド: Protein SOP4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

+
超分子 #1: ER Membrane Complex

超分子名称: ER Membrane Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)

+
分子 #1: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10

分子名称: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 22.792824 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MLVRLLRVIL LASMVFCADI LQLSYSDDAK DAIPLGTFEI DSTSDGNVTV TTVNIQDVEV SGEYCLNAQI EGKLDMPCFS YMKLRTPLK YDLIVDVDED NEVKQVSLSY DETNDAITAT VRYPEAGPTA PVTKLKKKTK TYADKKASKN KDGSTAQFEE D EEVKEVSW ...文字列:
MLVRLLRVIL LASMVFCADI LQLSYSDDAK DAIPLGTFEI DSTSDGNVTV TTVNIQDVEV SGEYCLNAQI EGKLDMPCFS YMKLRTPLK YDLIVDVDED NEVKQVSLSY DETNDAITAT VRYPEAGPTA PVTKLKKKTK TYADKKASKN KDGSTAQFEE D EEVKEVSW FQKNWKMLLL GLLIYNFVAG SAKKQQQGGA GADQKTE

+
分子 #2: ER membrane protein complex subunit 1

分子名称: ER membrane protein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 87.272938 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MKITCTDLVY VFILLFLNTS CVQAVFSDDA FITDWQLANL GPWEKVIPDS RDRNRVLILS NPTETSCLVS SFNVSSGQIL FRNVLPFTI DEIQLDSNDH NAMVCVNSSS NHWQKYDLHD WFLLEEGVDN APSTTILPQS SYLNDQVSIK NNELHILDEQ S KLAEWKLE ...文字列:
MKITCTDLVY VFILLFLNTS CVQAVFSDDA FITDWQLANL GPWEKVIPDS RDRNRVLILS NPTETSCLVS SFNVSSGQIL FRNVLPFTI DEIQLDSNDH NAMVCVNSSS NHWQKYDLHD WFLLEEGVDN APSTTILPQS SYLNDQVSIK NNELHILDEQ S KLAEWKLE LPQGFNKVEY FHREDPLALV LNVNDTQYMG FSANGTELIP VWQRDEWLTN VVDYAVLDVF DSRDVELNKD MK AELDSNS LWNAYWLRLT TNWNRLINLL KENQFSPGRV FTKLLALDAK DTTVSDLKFG FAKILIVLTH DGFIGGLDMV NKG QLIWKL DLEIDQGVKM FWTDKNHDEL VVFSHDGHYL TIEVTKDQPI IKSRSPLSER KTVDSVIRLN EHDHQYLIKF EDKD HLLFK LNPGKNTDVP IVANNHSSSH IFVTEHDTNG IYGYIIENDT VKQTWKKAVN SKEKMVAYSK RETTNLNTLG ITLGD KSVL YKYLYPNLAA YLIANEEHHT ITFNLIDTIT GEILITQEHK DSPDFRFPMD IVFGEYWVVY SYFSSEPVPE QKLVVV ELY ESLTPDERLS NSSDNFSYDP LTGHINKPQF QTKQFIFPEI IKTMSISKTT DDITTKAIVM ELENGQITYI PKLLLNA RG KPAEEMAKDK KKEFMATPYT PVIPINDNFI ITHFRNLLPG SDSQLISIPT NLESTSIICD LGLDVFCTRI TPSGQFDL M SPTFEKGKLL ITIFVLLVIT YFIRPSVSNK KLKSQWLIK

+
分子 #3: ER membrane protein complex subunit 2

分子名称: ER membrane protein complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 33.893211 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MLKDLVREKL LTIMNTKAYT QFNPEQLLQL ENEMKIYMKS GDSALTEGNY FFLMEMLFYV LVYRNQDVDA QVVYNTLRDR LGENSYKMV IMKATLLQIN GNDKGAIEYL ENLLNDDLEY ETDFVTYVSI AKKLIAIKTT SKNLSQESVL KEVVALTDKF P LDAELWWY ...文字列:
MLKDLVREKL LTIMNTKAYT QFNPEQLLQL ENEMKIYMKS GDSALTEGNY FFLMEMLFYV LVYRNQDVDA QVVYNTLRDR LGENSYKMV IMKATLLQIN GNDKGAIEYL ENLLNDDLEY ETDFVTYVSI AKKLIAIKTT SKNLSQESVL KEVVALTDKF P LDAELWWY ASEIYFEMGQ FEKACYCLEQ VLCITPFNYA CFGRLSETLY YEALRSKKQT KTELLEKALK NALRSVELSE LY LKGWALV NIISRELGRN KQNDLIKLSA SKLKEISAKS NNKDKITAEL ILNKI

+
分子 #4: ER membrane protein complex subunit 3

分子名称: ER membrane protein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 28.372842 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MLLDDQLKYW VLLPISIVMV LTGVLKQYIM TLITGSSANE AQPRVKLTEW QYLQWAQLLI GNGGNLSSDA FAAKKEFLVK DLTEERHLA KAKQQDGSQA GEVPNPFNDP SMSNAMMNMA KGNMASFIPQ TIIMWWVNHF FAGFILMQLP FPLTAKFKEM L QTGIICQD ...文字列:
MLLDDQLKYW VLLPISIVMV LTGVLKQYIM TLITGSSANE AQPRVKLTEW QYLQWAQLLI GNGGNLSSDA FAAKKEFLVK DLTEERHLA KAKQQDGSQA GEVPNPFNDP SMSNAMMNMA KGNMASFIPQ TIIMWWVNHF FAGFILMQLP FPLTAKFKEM L QTGIICQD LDVRWVSSIS WYFISVLGLN PVYNLIGLND QDMGIQAGIG GPQGPQGPPQ SQVDKAMHAM ANDLTIIQHE TC LDNVEQR VLKQYM

+
分子 #5: ER membrane protein complex subunit 4

分子名称: ER membrane protein complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 21.478721 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSEQEPYEWA KHLLDTKYIE KYNIQNSNTL PSPPGFEGNS SKGNVTRKQQ DATSQTTSLA QKNQITVLQV QKAWQIALQP AKSIPMNIF MSYMSGTSLQ IIPIMTALML LSGPIKAIFS TRSAFKPVLG NKATQSQVQT AMFMYIVFQG VLMYIGYRKL N SMGLIPNA ...文字列:
MSEQEPYEWA KHLLDTKYIE KYNIQNSNTL PSPPGFEGNS SKGNVTRKQQ DATSQTTSLA QKNQITVLQV QKAWQIALQP AKSIPMNIF MSYMSGTSLQ IIPIMTALML LSGPIKAIFS TRSAFKPVLG NKATQSQVQT AMFMYIVFQG VLMYIGYRKL N SMGLIPNA KGDWLPWERI AHYNNGLQWF SD

+
分子 #6: ER membrane protein complex subunit 5

分子名称: ER membrane protein complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 15.926407 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列:
MSFVSKLLYT VSALVLFHSG FSSYEFHHLL KLNSLNNAQG AISKLPKDIM YETYAGLILF VLAVFTSFEK LQYLPIESND GKIISQGNY LKEIALNKAT NVDNLIGSNP NGEIIFTPSF VDVHMKRKIC REWASNTVKK EK

+
分子 #7: ER membrane protein complex subunit 6

分子名称: ER membrane protein complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 12.401341 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列:
MSSNEEVFTQ INATANVVDN KKRLLFVQDS SALVLGLVAG FLQIESVHGF IWFLILYNLI NVIYIVWICQ LQPGKFYQSP LQDIFFESF FREITGFVMA WTFGYALIG

+
分子 #8: Protein SOP4

分子名称: Protein SOP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 26.627627 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MFSQIVLLLS AFIYVASATA RRGTIKGRLD LAASNITGFV STRTSFKLYQ IGNFSTEYPY TSTTMFQDDE GNFEFANLPL NDGVNETTY YVMYPASMDF NLKPNRILIE FKNLENGTLQ LNAFKNFFGR EYFPSKDITY PEKLQSMKVH PYITVELLHK A PIRSYLQA ...文字列:
MFSQIVLLLS AFIYVASATA RRGTIKGRLD LAASNITGFV STRTSFKLYQ IGNFSTEYPY TSTTMFQDDE GNFEFANLPL NDGVNETTY YVMYPASMDF NLKPNRILIE FKNLENGTLQ LNAFKNFFGR EYFPSKDITY PEKLQSMKVH PYITVELLHK A PIRSYLQA RNVSIFSTGI VGNILNSRWK LAGVITLIAL VVFPIIVEKL DPETARAIRE EAKRKQREKY AAVASK

+
分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

+
分子 #10: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM / POホスファチジルコリン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 590118
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: Coot, UCSF Chimera) / 使用した粒子像数: 355991

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6wb9:
Structure of the S. cerevisiae ER membrane complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る