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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21291 | |||||||||
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タイトル | 3-fold sub-particle reconstruction III of brome mosaic virus (RNA 3 and 4) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Brome mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Beren C / Cui YX / Chakravarty A / Yang X / Rao ALN / Knobler CM / Zhou ZH / Gelbart WM | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Genome organization and interaction with capsid protein in a multipartite RNA virus. 著者: Christian Beren / Yanxiang Cui / Antara Chakravarty / Xue Yang / A L N Rao / Charles M Knobler / Z Hong Zhou / William M Gelbart / 要旨: We report the asymmetric reconstruction of the single-stranded RNA (ssRNA) content in one of the three otherwise identical virions of a multipartite RNA virus, brome mosaic virus (BMV). We exploit a ...We report the asymmetric reconstruction of the single-stranded RNA (ssRNA) content in one of the three otherwise identical virions of a multipartite RNA virus, brome mosaic virus (BMV). We exploit a sample consisting exclusively of particles with the same RNA content-specifically, RNAs 3 and 4-assembled in planta by agrobacterium-mediated transient expression. We find that the interior of the particle is nearly empty, with most of the RNA genome situated at the capsid shell. However, this density is disordered in the sense that the RNA is not associated with any particular structure but rather, with an ensemble of secondary/tertiary structures that interact with the capsid protein. Our results illustrate a fundamental difference between the ssRNA organization in the multipartite BMV viral capsid and the monopartite bacteriophages MS2 and Qβ for which a dominant RNA conformation is found inside the assembled viral capsids, with RNA density conserved even at the center of the particle. This can be understood in the context of the differing demands on their respective lifecycles: BMV must package separately each of several different RNA molecules and has been shown to replicate and package them in isolated, membrane-bound, cytoplasmic complexes, whereas the bacteriophages exploit sequence-specific "packaging signals" throughout the viral RNA to package their monopartite genomes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21291.map.gz | 11.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21291-v30.xml emd-21291.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21291.png | 242.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21291 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21291 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21291_validation.pdf.gz | 78.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21291_full_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21291_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21291 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21291 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21291.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Brome mosaic virus
全体 | 名称: Brome mosaic virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Brome mosaic virus
超分子 | 名称: Brome mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 12302 / 生物種: Brome mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 163362 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |